Folding@Home под Linux

gjkjevysq · **Добавлено:** 24.12.2005 3:47

FAQ

Полезные ссылки:
Установка клиента nVidia GPU под Linux (английский с картинками)
Общий FAQ по Folding@Home
SMP-клиент Windows
SMP-клиент Linux в VMWare
Создание CD для бездисковых станций или быстрой установки Linux (в том числе с SMP-клиентом)
Мини-FAQ по настройке SAMBA через программу GSAMBAD
Folding@Home: обсуждение - рассматриваются общие вопросы.
Отредактировано модератором: Behc. Дата: 20.03.2009 20:50

Roman16 · **Добавлено:** 24.12.2005 4:10

ЧАВО
1. Пошаговое руководство по консольной установке и запуску SMP-клиента F@H в среде ОС Linux (SMP, x86_64)

1. Создаётся подкаталог для клиента, командой:

Код:

mkdir ~/fah_smp

2. Переход в каталог осуществляется командой:

Код:

cd ~/fah_smp

3. Скачиваете с сайта докторов сооотв. архив с клиентом, например:

Код:

wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.29-Linux.tgz

4. Распаковываете:

Код:

tar xf ./FAH6.29-Linux.tgz

5. Запускаете командой:

Код:

./fah6 -forceasm -verbosity 9 -smp 4

ключи служат для форсирования SSE инструкций и подробного лога. Ключ -smp 2, -smp 4 или -smp 8 (в зависимости от числа ядер) н не забудьте!
6.Конфигурируете аналогично обычному консольному клиенту. Далее он качает задачу, ядро и работает!

P.S. Удобно запускать клиента либо в свободной виртуальной консоли, либо в сеансе screen, например:

Код:

screen
cd ~/fah_smp
./fah6 -smp 4

процесс пошел... далее [Ctrl]+[a][d] и сессия screen отсоединяется от консоли. Чтобы снова к ней вернуться:

Код:

screen -r

P.P.S. Чтобы посмотреть, как F@H ест ресурсы системы:

Код:

top

Если что-то непонятно (или стало любопытно), то :

Код:

man соотв_команда

ВАЖНО!

1. При получении сообщения:

Код:

No such file or directory

Необходимо произвести установку библиотек. Выполняется командой:

Код:

Debian(и производные Ubuntu и т.д.): sudo apt-get install ia32-libs
Arch Linux: #pacman -Sy lib32-glibc 
Fedora: #yum -y install compat-libstdc++-33 
Gentoo: emul-linux-x86-sdl 

2. И ещё, если вы получаете ошибку вида

Код:

Fatal error in MPI_Wait: Other MPI error, error stack:

или клиент тормозит на 4-х строчках

Код:

4 NNODES

то проверьте, записано ли имя компьютера в строчке "127.0.0.1 localhost" в /etc/hosts

Существует Affinity(привязка к ядрам) для платформы Linux.
Для повышения скорости счета уже неактуально, но можно распределить нагрузку по ядрам и освободить одно из ядер для других целей.
Необходимо для повышения "отдачи" от системы. Каким образом получается "выигрышь": 4-х ядерные процессоры Intel - склейка из 2-х процессоров по 2 ядра каждый. В случае "автоматической" привязки все четыре ядра клиента будут "болтаться" между двумя половинами, так как ШИНА - узкое место, соответственно мы получаем потерю производительности. Данная методика позволяет вручную привязать ядра клиента к "парным" ядрам, освободив шину для обращений к памяти.
В начале устанавливаем пакет "sсhedutils". Выполняется командой

Код:

sudo apt-get install sсhedutils

В консоли или в скрипте запускаем клиента строкой вида

Цитата:

taskset -c 0 ./FAH6 -verbosity 9 -smp -forceasm

Жирным шрифтом выделен номер ядра/процессора в системе. Вешать можно на любое количество ядер/процессоров, номера указываются через запятую(запись вида "0,1,2,3").
Осуществлять привязку желательно при наличии двух либо четырех клиентов. Привязка по ядрам должна быть 0,1 и 2,3. Клиенты привязываются парами. По два на каждую пару ядер.
Необходимо обратить внимание на ЧАСТОТУ процессора. Отдельные материнские платы в среде Linux отказываются отключать C1E и EIST.
Можно решить проблему, отключив C1E и EIST или установив программу cpufrequtils и изменять профиль работы в самой ОС.

Если у вас сбойнул клиент и уже готовое (100%) задание не отправляется, не перезапускайте его, а попробуйте метод, предложенный здесь:
viewtopic.php?p=6175560#p6175560

gjkjevysq · **Добавлено:** 24.12.2005 4:49

Спасибо за обширнейший ответ.

Roman16 · **Добавлено:** 24.12.2005 5:03

пожалуйста

gjkjevysq · **Добавлено:** 24.12.2005 5:42

Запустил в background. Всё как обычно оказалось просто и легко "open 11 -- FAH502-Linux.exe".

romanivanov · **Добавлено:** 05.09.2007 11:20

извините, накипело....

Код:

[09:42:07] Writing local files
[09:42:07] Completed 4900000 out of 5000000 steps  (98 percent)
[09:52:44] Writing local files
[09:52:44] Completed 4950000 out of 5000000 steps  (99 percent)
[10:02:51] Warning:  long 1-4 interactions
[0]0:Return code = 0, signaled with Segmentation fault
[0]1:Return code = 0, signaled with Segmentation fault
[0]2:Return code = 0, signaled with Segmentation fault
[0]3:Return code = 0, signaled with Segmentation fault
[10:02:55] CoreStatus = 0 (0)
[10:02:55] Client-core communications error: ERROR 0x0
[10:02:55] Deleting current work unit & continuing...
[0]0:Return code = 0, signaled with Quit
[0]1:Return code = 0, signaled with Quit
[0]2:Return code = 0, signaled with Quit
[0]3:Return code = 18

targitaj · **Добавлено:** 05.09.2007 11:27

Код:

#!/bin/bash
# This script has started by cron

FAH1_STATUS=`ps -ef | grep fah1 | grep -v grep`
FAH2_STATUS=`ps -ef | grep fah2 | grep -v grep`

FAH1_HOME=/home/fah/fah1/
FAH2_HOME=/home/fah/fah2/

cd $FAH1_HOME
if [ -z "$FAH1_STATUS" ]
then
$FAH1_HOME/fah1 -local -verbosity 9 -forceasm >/dev/null 2>&1 &
fi
cd $FAH2_HOME
if [ -z "$FAH2_STATUS" ]
then
$FAH2_HOME/fah2 -local -verbosity 9 -forceasm >/dev/null 2>&1 &
fi

Здесь подразумевается, что копии клиента лежат в подпапках fah1-N в папке /home/fah/ и имена самих исполняемых файлов fah1-N
Скрипт проверяет наличие процесса, например, fah1, и, при его отсутствии, запускает, соответственно, fah1. Файл скрипта клади в одну из папок крона, например, в hourly. В этой папке он будет исполняться раз в час. Я себе делал на раз в 5 минут, но это потребовало переделки самого крона, посколько по его внутреннему скрипту у него дискретность проверки 15 минут.
И кстати, не слажай с именем файла скрипта. А то я уже успел наступить на грабли - в имени файла скрипта присутствовал текст, который он ищет в процессах и не запускал мне одну копию, считая, что она уже запущена.

Добавлено спустя 9 минут, 58 секунд
Переходить в папку клиента перед его запуском надо обязательно.

romanivanov · **Добавлено:** 05.09.2007 11:59

Так проблема не в том, что fah не стартует, а в том, что доктора пихают мне лажевые задания через одно. В итоге сутки сервак молотит задание и сдыхает на 99% или на 40%.
Сервак двухкамневый двухядерный брэндовый неразогнанный в охлаждаемой серверной. Претнзии только к докторам.

targitaj · **Добавлено:** 05.09.2007 12:04

romanivanov
Ты знаешь, у меня на линухе считает один сервак в два потока - никаких ошибок.Если и были, то давно. Может, что-то с правами? Попробуй грохни подчистую и сделай заново с нуля.

romanivanov · **Добавлено:** 05.09.2007 13:03

я не парюсь - рутом считаю :-)

остается только грохать queue и work/

antiBILLotic · **Добавлено:** 05.09.2007 13:06

У меня к счастью не smp - тупо трудится обычный клиент. А вот недостаток этого скрипта, имхо... от имени какого юзера запустится ФАХ, вызванный Кроном?

targitaj · **Добавлено:** 05.09.2007 13:26

antiBILLotic писал(а):

от имени какого юзера запустится ФАХ, вызванный Кроном?

У меня он его запускает от рута. Вероятно, крону можно указать отдельно, от какой учетки запускать.

antiBILLotic · **Добавлено:** 05.09.2007 13:45

targitaj Угу, у меня под ФАХ отдельный юзер выделен, чтоб не путать =)

vbif · **Добавлено:** 24.09.2007 17:51

Обновил ядро до 2.6.22 получил:

Код:

[13:48:40]
[13:48:40] Project: 3052 (Run 6, Clone 15, Gen 44)
[13:48:40]
[13:48:40] Assembly optimizations on if available.
[13:48:40] Entering M.D.
[0]0:Return code = 0, signaled with Floating point exception
[0]1:Return code = 0, signaled with Quit
[0]2:Return code = 0, signaled with Quit
[0]3:Return code = 0, signaled with Quit
[13:48:51] CoreStatus = 0 (0)
[13:48:51] Client-core communications error: ERROR 0x0
[13:48:51] Deleting current work unit & continuing...

и так по кругу, ткните носом что не так ???

Night wolf · **Добавлено:** 28.09.2007 21:14

Помогите пытался запустить клиента под ubuntu x64 + прокси, вот что выдал:

Код:

 Attempting to get work packet
[18:25:05] - Connecting to assignment server
[18:25:08] - Successful: assigned to (0.0.0.0).
[18:25:08] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[18:25:08] Work Unit has an invalid address.
[18:25:08] - Error: Attempt #1  to get work failed, and no other work to do.
             Waiting before retry.

Successful: assigned to (0.0.0.0).
хотя в конфе указывал нужный ip

Код:

[http]
active=yes
host=127.0.0.1
port=8081
usepasswd=no

куда копать?

Anoss · **Добавлено:** 28.09.2007 21:24

vbif 2.6.22 SMP?
Добавлено спустя 2 минуты, 58 секунд

Night wolf
Четыре нуля значат только то, что для тебя не нашлось подходящих заданий (Connecting to assignment server - Successful). Какой тип в конфиге?

Night wolf · **Добавлено:** 28.09.2007 23:39

Anoss писал(а):

Какой тип в конфиге?

type=2, поменял на 3, скачалось задание Считаю...
А в чем разница?

А нет под гном какого нибудь аплетика?

Anoss · **Добавлено:** 29.09.2007 4:16

Night wolf писал(а):

type=2, поменял на 3, скачалось задание Считаю... А в чем разница?

*Ласково* Ты фак читал?

Night wolf · **Добавлено:** 29.09.2007 7:23

Сорри, уже нашел, разобрался.

vbif · **Добавлено:** 29.09.2007 12:45

Anoss
ДА SMP , вылечилось установкой 6 беты.

Folding@Home под Linux

Кто сейчас на конференции