Если поставить в слай две карточки, одну в х16 процессорных линий другую в чипсетный Х16, в режиме 16+16, процессор допустим i7 7700k (16 линий pci) Будут ли работать обе карты? SLI? Будет ли производительность меньше, чем если бы два порта х16 линий процессорных, например i9 7900x (44 линии pci)?

разница в пределах погрешности.

Если карта уровня 1080 и выше, разница между х8 и х16 становится заметна.