Member
Статус: Не в сети Регистрация: 04.02.2003 Откуда: Москва
Hil, вообще ничего не трогал, связанное с этим. Но на всякий случай поставил постоянную обработку и постоянное подклчение к инету. Вроде зашевелилось что-то... Просто клиент не такой простой, как в фаде, надо знать всякие его особенности и примочки, чтобы заставить его работать по-человечески, вот и мучаюсь. У меня всю жизнь проблемы были с переходом на новый софт
_________________ Каждый человек по-своему прав. А по-моему, нет.
хммм..... про непростой клиент клевая шутка %)))) - там две галки выбирать можно для работы только %))
зато теперь понятно из-за кого скатились на одно место назад
Member
Статус: Не в сети Регистрация: 04.02.2003 Откуда: Москва
blackbird, что-нибудь можешь написать по поводу вопросов, которые я обозначил в первом сообщении темы? Добавлено спустя 53 минуты, 5 секунд 79е место по скорости, 81е по результатам
_________________ Каждый человек по-своему прав. А по-моему, нет.
Member
Статус: Не в сети Регистрация: 04.06.2004 Откуда: Мск.
РУ_ЛОСТ чего то недосмотрел, а трафик не для модема (дома), на работе около 2,5Мгб за задание, в день около 3-5 заданий выходит.
5меговые задания тоже приходят, да и сбойные какие то попадаются. То есть сначала качает нормальное задание - на нем происходит сбой при начале расчета, после этого он начинает качать 5 меговое.
Дома поставлю ФиндАидс там трафик около 1Мгб и задание часов 20 считается (а может и ничего на домашнием считать не буду, пока не решил).
Ура!!! Первый нормальный проект! posted Jan 01, 2006 20:09
Поздравляю всех с Новым Годом!
Удивлён отсутствием интереса к проекту Розетта!
Группа Девида Бейкера больше всех продвинулась в редсказании 3D структуры белков, как
это явствует из результатов CASPов.
С другими проектами (типа Folding@home) Rosetta не имеет практически ничего общего в методах.
Совпадает лишь то что они работают с белками.
Лично я скептически был настроен относительно других белковых проектов. И очень обрадовался,
когда увидел Розетту!
RM, предлагаю убрать из описания Розетты предложение о похожести на другие проекты.
Мы несколько лет занимались проблемой Protein Folding, я прочитал тогда довольно много статей и скрытые марковские цепи, которые используются в Розетте для предсказания шаблонов фрагментов и методы оценки энергии мне представляются наиболее перспективными.
hoarfrost
Senior Member
posted Jan 02, 2006 07:53
А вы не могли бы рассказать по подробнее обо всё этом? Интересно всё-таки...
Shrike
Senior Member
posted Jan 02, 2006 19:24
Меня запарили сообщения No work from project в результате которых комп простаивал 30-50% времени и я на F@H перешел.
SwZ
Senior Member
Originally Posted By: hoarfrost
А вы не могли бы рассказать по подробнее обо всё этом? Интересно всё-таки...
Нуу... пару слов если только, а то некогда много расписывать...
Был у нас довольно хороший проект - MD@home назывался, так там строились карты полей для четвёрок аминокислот. Несмотря на то, что Kleontiev утверждал, что это сильно поможет в продвижении понимания как строятся белки, вряд ли это действительно бы дало фактическое средство для конструирования белков. Слишком большой разрыв в размере между тетрадами и сотнями аминокислот. Возможно, отчасти поэтому проект и загнулся.
Rosetta же строилась на основе нескольких идей, развиваемых несколькими группами, которые потом объединили усилия.
Вот эти идеи
0. 3D структура белка полностью определяется 1D последовательностью.
1. Знание вторичной структуры сильно облегчает жизнь при предсказании 3D.
2. Нужен промежуточный набор блоков из которых можно строить белок для преодоления комбинаторного взрыва (эти блоки потом были названы мотивамиhttp://isites.bio.rpi.edu/bystrc/Isites/index.html)
3. Необходимо построить функцию пригодности смоделированной структуры достаточно хорошо описывающую свободную энергию белка в физиологическом растворе.
4. Поиск оптимальной конфигурации нужно вести, как минимум, в две стадии - на гладком потенциале для больших блоков, а затем на полноатомном потенциале.
5. Молекулярная динамика подходит только для заключительной полноатомной шлифовки, на начальных стадиях необходимо использовать методы Монте-Карло и генетические алгоритмы.
6. Самый компактный кластер решений в пространстве построенном по метрике RMSD обычно содержит правильное решение.
У меня сейчас нет сил подробно описывать все эти идеи, которые были воплощены в код программы Rpsetta, вы можете их подробно изучить в работах Baker Lab
Если интересны конретные вопросы - спрашивайте, по мере сил отвечу Отредактировано куратором: ShiZ. Дата: 18.05.2006 12:18
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 24
Вы не можете начинать темы Вы не можете отвечать на сообщения Вы не можете редактировать свои сообщения Вы не можете удалять свои сообщения Вы не можете добавлять вложения