Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Mad'Max    sashmxm   



Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 6382 • Страница 240 из 320<  1 ... 237  238  239  240  241  242  243 ... 320  >
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia


Последний раз редактировалось sashmxm 13.09.2021 12:16, всего редактировалось 30 раз(а).
Telegram



Партнер
 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 31.08.2005
Откуда: Петербург
Фото: 0
Интересные задания в Розетте сейчас пошли, или расчет очков за них. Осенью я удивлялся, почему при всех равных моя скорость по статистике в RAC упала до 9,5 тыс, а сейчас все 11, при том, что обычно у меня "пила" из-за особенностей графика домашнего счета около 10.200 очков. http://boinc.bakerlab.org/rosetta/resul ... =499873838 как наглядный пример, рассчитанное с гипертрейдингом задание не показывает штрафа за деление ядра с другим заданием, все остальные имеют granted незначительно меньше claimed credit, при том, что летом за объявленное в 200 задание я получал 130-140.
Робетты мне пока не попадались :) они вкусные?

_________________
www.btbooks.ru, www.forums.btbooks.ru - официальный русскоязычный фансайт Battletech


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.07.2010
Откуда: Казань
Про робетту пока ничего не скажу, но профильный комп прибавил по сравнению с мартом 10% RAC

_________________
RC64 (1997-1998); FaD (2005); F@H (2005-2006, 2011-...); S@H (2011-...); R@H (2011-...); WUProp (2012-...); Poem/Sat/Simap (2013-...)


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.01.2010
Откуда: Санкт-Петербург
Вышла новая версия минирозетты - 3.30.
Обновление было по научной части, так что вероятны свежие глюки.

Свежая информация по научной части проекта.
Помните в прошлом году успешное завершение одного из под проектов по нахождению ингибиторов связывающихся с гемаглютиином? (один из белков присутствующий во всех разновидностях вируса гриппа).
Все испытания по ним завершены, свойства подтверждены, разработанные белки пригодны как для диагностики (экспресс тестов) на вирус, так их лечения. Подходят для вирусов входящих в группы H1Nх и Н5Nх.
Тут уже дело за фармацевтическими компаниями - любая может брать модели и на их основе начинать выпуск лекарств (правда не очень-то рвутся, т.к. такое лекарство будет проблематично запатентовать - т.к. в базе лежит открытая, не принадлежащая им разработка, а на непатентованных лекарствах много не заработаешь).

А ученые решили вернуться к этому проекту и попробовать найти аналогичные белки, для разновидностей вируса гриппа, для которых первые ингибиторы оказались неэффективны - H3Nx, H2Nx H4Nx. В названиях жаб из этого проекта будет присутствовать метка "H3 Influenza Binder"

Добавлено спустя 39 минут 45 секунд:
Еще интересную статью в публикациях лаборатории Бейкера откопал.
Вышла в журнале Science за январь 2012г
Проект разработки энзимов, подпроект биотопливо.
Оригинал статьи скачать можно по ссылке: http://depts.washington.edu/bakerpg/drupal/node/431

Напомню, в чем основная проблема, стоящая перед 2м поколением биотоплив. В природе отсутствуют бактерии, которые могли бы усваивать полисахариды (такие как целлюлоза - основа древесины, да и вообще большинства растений) и производить жидкое топливо (например - спирты). А вот простые сахариды (глюкозу, фруктозу, лактозу и т.д.) перерабатывать в спирт - таких бактерий море.
Можно помочь бактериям предварительно расщепив полисахариды, на простые сахара в каком-нибудь физическом/химическом процессе(сильный нагрев, обработка концентрированными кислотами и другие), но все такие технологии либо экологически грязные и/или требуют больших затрат энергии (есть и другие сложности - типа требуемой высокой степени очистки после хим обраотки, иначе бактерии погибнут и т.д.).
Над чем бьются сейчас десятки лабораторий по всему миру - разработать энзим (фермент), который смог бы разлагать полисахариды при относительно нормальных условиях (без хим. реактивов и высоких температур) в которых могут жить бактерии, и внедрить его в генетический код какой-нибудь спиртобродильной бактерии. В результате получится биологический комбайн, которые будет жрать разные органические отходы (опилки, щепу, лузгу от семечек/орехов, солому и т.д.) и выдавать на выходе спирт.
В этой работе в лаборатории бейкера и пытались создать такой подходящий энзим. В качестве материала выбрали бурые водоросли (в морях недалеко от побережья их дофига растет, иногда даже судоходству мешают, когда их них целые острова образуются).
Удалось найти нужный кусок последовательности ДНК (кодирующий синтез нужного белка-энзима), который позволил бактериям усваивать эти водоросли и производить из них спирт.
Концентрация спирта в смеси после окончания "брожения" достигала 4.7% (хе-хе, бражку/пивко из водорослей гнать можно :D ), или в пересчете на сухой вес 280 грамм чистого спирта из 1 кг сухих водорослей. (80% от теоретического максимума)

Добавлено спустя 58 минут 39 секунд:
В статье объясняется, почему выбрали именно водоросли в качестве "корма" для бактерий - проще перерабатывать, а так же в случае масштабного производства именно для переработки в топливо имеют следующие преимущества:
1. не нужна с/х земля (т.к. растут в море), соответственно их производство не будет вытеснять производство продуктов питания
2. не нужны удобрения/гербициды/инсектициды
3. не нужны запасы/доступ к пресной воде (т.к. большинство видов живут в соленой морской, запасы которой не ограничены)
4. технология промышленного выращивания в принципе уже освоена (их уже выращивают в пром. масштабах для использования как добавки в корм скоту, как удобрение для с/х культур, сырье для химической промышленности и других целей, объем производства пока ограничен только спросом)
5. высокая скорость роста - 59 тонн (в сухом виде) с гектара в год, что при достигнутой эффективности переработки даст 19000 литров спирта с гектара в год (в ~2 раза больше, чем при выращивании и переработке на спирт сахарного тростника как в Бразилии, или почти в 5 раз больше чем выращивание и переработка Кукурузы, что распространено в США).

Добавлено спустя 1 час 5 минут 33 секунды:
Так идем дальше.
В бурых водорослях содержится 3 основных вида полисахаридов: маннитол, глюкан, альгинаты
Маннитол и глюкан уже научились перерабатывать раньше, но их переработка дает только от 80 до 120 грамм спирта с 1 кг сухих водорослей (причем с дополнительными сложностями приводящими к побочному синтезу нежелательных веществ).
До этого не существовало бактерий пригодных для переработки альгинатов (а альгинатов в бурых водорослях больше чем маннитола и глюкана вместе взятых). Их разработкой и занимались в лаборатории Бейкера, что завершилось успехом и позволит теперь поднять выход спирта до 250-280 грамм с 1 кг водорослей (т.е. в ~2.5 раза) и одновременно избавиться от нежелательных побочных продуктов.

В качестве подопытного кролика (базовой бактерии геном которой модифицировали) взяли опять кишечную палочку (E. Coli).
Расщепление альгината происходит в 5 стадий, там целый биологический "конвейер" выстроен.
Там дальше описание промежуточных этапов и сложностей, например синтезировать бактерию нужный фермент научили, но нужно чтобы он выделялся в раствор (наружу оболочки), а не оставался внутри (т.к. полисахариды которые нужно расщепить, через клеточную мембрану не проходят). Для этого "приспособили" собственный (натуральный) клеточный транспорт бактерии, чтобы он "подбирал" синтезируемый фермент и выделял его через мембрану наружу. Этот подход сработал, но не совсем - синтезированный фермент "выставлялся" наружу бактерии, но при этом оставался прикрепленным к ее поверхности (а для эффективного разложения альгината, нужно чтобы фермент свободно перемешивался с раствором). Доработали этот механизм под заданные цели.
Дальше нужно было создать механизм, позволяющий захватывать "раздробленные" остатки альгината обратно в бактерию для дальнейшей переработки.
Его нашли в открытой базе данных, позаимствовав у другой бактерии(Vibrio splendidus) и внедрив в геном той же кишечной палочки. Там еще много научных подробностей, я сам их с трудом понимаю, так что переводить не буду. В общем, в конечном итоге этот позаимствованный кусок кода, доработали, чтобы он эффективно "собирал" из раствора раздробленные куски (олигомеры, т.е. «обрывки» цепочки из 3-5 звеньев) альгината

Добавлено спустя 32 минуты 42 секунды:
Еще доработали геном, чтобы избавиться от производства нежелательных побочных продуктов (которые есть у природной кишечной палочки) - тут наоборот удаляли "лишние" гены у бактерии задействованные в нежелательных процессах.
Дальше описания испытаний получившегося штамма бактерий.
Для начала его "кормили" очищенной 5% смесью полисахаридов (альгинат, маннитол, глюкан), определяя зависимость эффективности и скорости реакций от условий (в частности температуры). В результате чего выявили, в частности, что лучше всего себя бактерии "чувствуют" при температуре от 25 до 30 градусов С.
Далее пробовали скармливать уже непосредственно водоросли, выбрали вид Saccharina japonica.
На нем и были получен тот выход спирта, что приведен в начале статьи: 4.7% концентрации, 280 грамм / 1 кг сухих водорослей, или 280 грамм спирта из 410 грамм всех сахаров в сумме содержащихся в 1 кг водорослей.
83% концентрации набирается за 48 часов (2 суток) брожения.
Производство побочных (нежелательных) продуктов либо полностью подавлено (точнее приспособлено для производства основного продукта - спирта), а один из оставшихся (лактат=молочная кислота) находится на невысоком уровне (2 грамма на литр).
Кстати побочные продукты образуются в основном при переработки маннитола (а не альгината). Так что в результате не просто добавили переработку альгината, но и повысили эффективность переработки маннитола (вместо нежелательных побочных продуктов, дополнительный объем нужного спирта).
Все преобразования идут через промежуточное вещество (пируват/Пировиноградная кислота), который может использоваться для производства многих других веществ в биохимии (спирт для использования в качестве топлива это только один из вариантов применения). Хотя для этого придется бактерию опять "доработать", но нужные куски генетического кода (которые будут отвечать за переработку пирувата в нужное соединение) уже известны и описаны.

Добавлено спустя 6 минут 34 секунды:
Уф, блин почти 4 часа на статью ушло...
Но интересно, как говорится, внушает.
Пока там физики возятся и теоретизируют о всяких нанороботах и наномашинах в дальнем будущем, биологи и генетики (с нашей помощью), уже давно с живыми нанороботами играются - программируя, живые бактерии и создавая нужные белки с заданными функциями и выстраивая их них целые конвееры и биофабрики, путем "программирования" генетического кода.


Последний раз редактировалось Mad'Max 06.05.2012 2:45, всего редактировалось 1 раз.

 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.07.2010
Откуда: Казань
Mad'Max, спасибо за интересный перевод. Еще в школе увлекался биологией и микробиологией, но в дальнейшем пошел по другому пути... :-)

_________________
RC64 (1997-1998); FaD (2005); F@H (2005-2006, 2011-...); S@H (2011-...); R@H (2011-...); WUProp (2012-...); Poem/Sat/Simap (2013-...)


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.04.2011
Откуда: Москва
Mad'Max огромное спасибо за титанический труд. Было очень интересно почитать. надеюсь, нет возражений, если я сделаю репост твоего перевода на другие тематические ресурсы?


Последний раз редактировалось Mad'Max 08.05.2012 20:18, всего редактировалось 1 раз.

 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.04.2011
Откуда: Москва
Однако, большие пошли белочки.
https://www.dropbox.com/s/spm0tm41ti3zpeq/rosetta1.png
На ядре i7 1 модель считается полтора часа. Так что на более слабых машинках могут быть сильные превышения заданного времени выполнения, чтобы вычислилась хотя бы одна моделька. Судя по всему, так себя ведут все ВУ с "C4" в названии.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 31.08.2005
Откуда: Петербург
Фото: 0
bronevik писал(а):
считается полтора часа


К размеру белочки это отношения не имеет, в настройках "время вычислений" что стоит?

_________________
www.btbooks.ru, www.forums.btbooks.ru - официальный русскоязычный фансайт Battletech


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.04.2011
Откуда: Москва
Leonator писал(а):
bronevik писал(а):
считается полтора часа


К размеру белочки это отношения не имеет, в настройках "время вычислений" что стоит?


Я говорю не ВУ считается, а модель считается. см. скрин.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 31.08.2005
Откуда: Петербург
Фото: 0
bronevik
Ну и что? За время расчета ВУ в целом будет меньше число моделек, это нормально. Сам у себя наблюдал, за 6 часов то сотни, то 11 всего.

Добавлено спустя 3 минуты 15 секунд:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/resul ... =502321527 - 78 decoys/attempts
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/resul ... =502146761 - 7 всего
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/resul ... =502100974 - все 99

_________________
www.btbooks.ru, www.forums.btbooks.ru - официальный русскоязычный фансайт Battletech


 

Junior
Статус: Не в сети
Регистрация: 25.11.2009
макс, если вы оформите свои переводы то я могу опубликовать их на хабре (http://habrahabr.ru/). инвайта дать не могу кармы не хватает.
думаю это поможет нашему делу.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.04.2011
Откуда: Москва
Leonator писал(а):
Ну и что? За время расчета ВУ в целом будет меньше число моделек, это нормально.

Конечно, совершенно нормально. Вот только если стоит таргет рантайм 3 часа, а процик слабый, а кусок белка большой, то за это время может не посчитаться даже одна моделька. Думаю, в таком случае ВУ зависнет больше рантайма. Дико сомневаюсь, что мощность камушка как-то учитывается при раздаче заданий. Хотя это даже интересно, можно проверить. :?:


 

Junior
Статус: Не в сети
Регистрация: 28.10.2009
Откуда: Омск, Омская об
Альцгеймер уже не популярен? :-) Спирт - популярная тема. Билл Гейтц много говорит, миллионы льёт. Ну и программа их по уменьшению импорта нефти.:-)
http://energy.gov/articles/electrofuels ... big-impact
http://arpa-e.energy.gov/ProgramsProjects/PETRO.aspx


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 08.09.2006
Откуда: Питер
Поделитесь как максимально спрятать розетту?
Как запускать портативный боинк без графического интерфейса? И можно ли скрыть его из таск менеджера?


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.07.2010
Откуда: Казань
demagogen писал(а):
Поделитесь как максимально спрятать розетту?

1. При установке ставить галку "protected..."/"защищенный...", чтобы boinc установился службой.
Перезапуск компа.
2. Убрать из реестра информацию о запускаемых модулях boinc (кроме службы).
3. Удалить boinc*.scr из папки System32
4. В настройках клиента прописать c:\windows\system32\taskmgr.exe на вкладке с исключенными приложениями.
5. Удалить ярлыки из меню "Пуск"
6. Удалить из реестра по адресу HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall ключ, содержащий внутри параметр со значением "Berkeley".

Ну вот примерно так. Большего сделать вряд-ли удастся.
С портабле ничего не подскажу - не знаю.

P.S. как-то экспериментировал с портабле, пытался редактировать иконку exe-файла (менял ее на прозрачную) - иконка сменилась успешно (использвал AXIconWorkshop), но в трее все равно отображалась. Сменил все найденные икнонки внутри запускаемых файлов - и все равно иконка отображается! В общем фокус не удался :)

_________________
RC64 (1997-1998); FaD (2005); F@H (2005-2006, 2011-...); S@H (2011-...); R@H (2011-...); WUProp (2012-...); Poem/Sat/Simap (2013-...)


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.03.2010
Откуда: Омск
ToEst писал(а):
иконка сменилась успешно (использвал AXIconWorkshop), но в трее все равно отображалась.

По ней правой кнопкой щелкаешь, нажимаешь "Выход", выскакивает окошко, проверь, чтобы там НЕ стояла галка "останавливать программы обработки при выходе из БОИНК менеджера" - и все, иконки больше нет, а счет ведется...


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.07.2010
Откуда: Казань
economist2000 писал(а):
По ней правой кнопкой щелкаешь, нажимаешь "Выход", выскакивает окошко, проверь, чтобы там НЕ стояла галка "останавливать программы обработки при выходе из БОИНК менеджера" - и все, иконки больше нет, а счет ведется...

Это справедливо только для случая, когда boinc установлен как служба (т.е. мы просто делаем выход из клиента, ядро остается пахать). А вот когда boinc установлен не как служба, то при закрытии клиента ядро также вырубается и счет прекращается.

_________________
RC64 (1997-1998); FaD (2005); F@H (2005-2006, 2011-...); S@H (2011-...); R@H (2011-...); WUProp (2012-...); Poem/Sat/Simap (2013-...)


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.03.2010
Откуда: Омск
ToEst писал(а):
Это справедливо только для случая, когда boinc установлен как служба

я вроде не ставил его как службу... да и на портейбл клиенте это тоже работает, только потом незья заново запустить оболочку без перезагрузки компа. я правильно понимаю, что если софт стоит как служба, то он и загружается скрытно, а не выпячивает себя всем на обозрение (то, как работает Боинк у меня)?


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.07.2010
Откуда: Казань
economist2000 писал(а):
что если софт стоит как служба, то он и загружается скрытно, а не выпячивает себя всем на обозрение (то, как работает Боинк у меня)?

Да. Если как служба - то достаточно выгрузить boincmgr.exe - служба продолжает работать.
Портабле так реагирует - потому-что "портеблизация" проводилась как эмуляция установки службы.

А т.к. раньше Catalyst x64 не дружил с Boinc, установленным как служба, поэтому задался вопросом - а как скрыть клиент из трея, если его нельзя выгрузить. Но с последними драйверами от AMD - все в норме, и boinc отлично работает как служба.

_________________
RC64 (1997-1998); FaD (2005); F@H (2005-2006, 2011-...); S@H (2011-...); R@H (2011-...); WUProp (2012-...); Poem/Sat/Simap (2013-...)


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 08.09.2006
Откуда: Питер
ToEst Спасибо, буду пробовать!
Еще вопрос - есть ли смысл считать на нортвудах и прескотах 2-3Гц? Есть машинок 5-10 работающих в офисных нагрузках примерно по 8 часов в день. Будут они успевать считать, или толку совсем мало?


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 07.10.2003
Откуда: Russia, Moscow
Mad'Max спасибо. Направление интересное, но возникает вопрос - потом эта зверюшка вырвется и сожрет все леса?

_________________
В поиске включайте "Искать все слова". Избегайте многоточий.
Зачем нужен разгон? http://tsc.overclockers.ru


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 6382 • Страница 240 из 320<  1 ... 237  238  239  240  241  242  243 ... 320  >
-

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 27


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  

Лаборатория














Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan