Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Mad'Max   



Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 6191 • Страница 2 из 310<  1  2  3  4  5 ... 310  >
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 23.11.2012)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
Неофициальная "portable" версия BOINC клиента

Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H


Последний раз редактировалось MegaCalcii 19.01.2019 17:59, всего редактировалось 22 раз(а).
Список научных достижений за последние 5 лет



Партнер
 

Advanced member
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.12.2002
Откуда: TSC! | Москва
Василий Не понял суть проблемы. У меня такого не было. Может, ты ненароком настроил в аккаунте работать только в определённое время суток?

_________________
TSC! Russia - присоединяйтесь!


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
Hil, вообще ничего не трогал, связанное с этим. Но на всякий случай поставил постоянную обработку и постоянное подклчение к инету. Вроде зашевелилось что-то... Просто клиент не такой простой, как в фаде, надо знать всякие его особенности и примочки, чтобы заставить его работать по-человечески, вот и мучаюсь. У меня всю жизнь проблемы были с переходом на новый софт :)

_________________
Каждый человек по-своему прав. А по-моему, нет.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
хммм..... про непростой клиент клевая шутка %)))) - там две галки выбирать можно для работы только %))
зато теперь понятно из-за кого скатились на одно место назад ;)


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.05.2005
Откуда: Барыбино Мск.об
РУ_ЛОСТ А про настройки на сервере забыл? Хотя бы чтобы увеличить кеш заданий.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
у меня какие-то страшные юниты скачивают по 5метров за штуку :(((((
Добавлено спустя 16 минут, 32 секунды
я один такой счастливый?

23.12.2005 0:30:37|rosetta@home|Note: not requesting new work or reporting results
23.12.2005 0:30:42|rosetta@home|Scheduler request to http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi succeeded
23.12.2005 0:31:02||Suspending network activity - user request
23.12.2005 2:03:22||request_reschedule_cpus: process exited
23.12.2005 2:03:22|rosetta@home|Computation for result 1dtj__abrelax_rand_len10_jit02_omega_sim_01651_1 finished
23.12.2005 2:03:22|rosetta@home|Starting result 1ogw__abrelax_rand_len10_jit02_omega_sim_01157_1 using rosetta version 481
23.12.2005 2:14:35||Resuming network activity
23.12.2005 2:14:35|rosetta@home|Sending scheduler request to http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi
23.12.2005 2:14:35|rosetta@home|Reason: To fetch work
23.12.2005 2:14:35|rosetta@home|Requesting 22780 seconds of new work
23.12.2005 2:14:36|rosetta@home|Started upload of 1dtj__abrelax_rand_len10_jit02_omega_sim_01651_1_0
23.12.2005 2:14:36||request_reschedule_cpus: project op
23.12.2005 2:14:40|rosetta@home|Scheduler request to http://boinc.bakerlab.org/rosetta_cgi/cgi succeeded
23.12.2005 2:14:41|rosetta@home|Finished upload of 1dtj__abrelax_rand_len10_jit02_omega_sim_01651_1_0
23.12.2005 2:14:41|rosetta@home|Throughput 10110 bytes/sec
23.12.2005 2:14:42|rosetta@home|Started download of aa1dtj_09_05.400_v1_3.gz
23.12.2005 2:14:42|rosetta@home|Started download of aa1dtj_03_05.400_v1_3.gz
23.12.2005 2:14:54|rosetta@home|Finished download of aa1dtj_03_05.400_v1_3.gz
23.12.2005 2:14:54|rosetta@home|Throughput 119869 bytes/sec
23.12.2005 2:15:10|rosetta@home|Started download of aa1mkyA09_05.400_v1_3.gz
23.12.2005 2:15:12||request_reschedule_cpus: files downloaded
23.12.2005 2:15:13|rosetta@home|Finished download of aa1mkyA03_05.400_v1_3.gz
23.12.2005 2:15:13|rosetta@home|Throughput 95737 bytes/sec
23.12.2005 2:15:44|rosetta@home|Finished download of aa1mkyA09_05.400_v1_3.gz
23.12.2005 2:15:44|rosetta@home|Throughput 119808 bytes/sec
23.12.2005 2:15:45||request_reschedule_cpus: files downloaded
23.12.2005 2:15:52||Suspending network activity - user request
Отредактировано куратором: ShiZ. Дата: 18.05.2006 12:13


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
80 место по скорости, 81 по результатам


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
РУ_ЛОСТ, ускоряемся потихоньку. А ещё я тебя обогнал :P :)

_________________
Каждый человек по-своему прав. А по-моему, нет.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 15.08.2003
Откуда: Msk,Гольяново
РУ_ЛОСТ обещают перемены с траффиком в январе.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.05.2005
Откуда: Барыбино Мск.об
РУ_ЛОСТ А сюда заглянуть недосуг:
http://www.boincsynergy.com/stats/teams ... roject=rah


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
blackbird

надеюсь, качать сбойные юниты по 5 метров накладно, а очков за них не дают

citerra

впервые вижу эту ссылку, и говорил я про то потому, что в этой ветке кроме меня с Василием никто не высказывается активно :)


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
blackbird, что-нибудь можешь написать по поводу вопросов, которые я обозначил в первом сообщении темы?
Добавлено спустя 53 минуты, 5 секунд
79е место по скорости, 81е по результатам

_________________
Каждый человек по-своему прав. А по-моему, нет.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.06.2004
Откуда: Мск.
РУ_ЛОСТ а чего говорить то? считаю потихоньку проблем особых нет.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
так про трафик вопрос был :)sukhanovsergey


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.06.2004
Откуда: Мск.
РУ_ЛОСТ чего то недосмотрел, а трафик не для модема (дома), на работе около 2,5Мгб за задание, в день около 3-5 заданий выходит.
5меговые задания тоже приходят, да и сбойные какие то попадаются. То есть сначала качает нормальное задание - на нем происходит сбой при начале расчета, после этого он начинает качать 5 меговое.

Дома поставлю ФиндАидс там трафик около 1Мгб и задание часов 20 считается (а может и ничего на домашнием считать не буду, пока не решил).


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 18.11.2003
Откуда: Латвия
Есть ли возможность запустить розетту скрытно на машине без прав администратора?

_________________
Присоединяйтесь к команде TSC! Russia!
www.overclockers.ru/TSC


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.06.2004
Откуда: Мск.
__eagle__ без прав можно, скрытно не знаю.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 18.11.2003
Откуда: Латвия
sukhanovsergey Имею ввиду автоматический запуск с загрузкой операционки...

_________________
Присоединяйтесь к команде TSC! Russia!
www.overclockers.ru/TSC


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.06.2004
Откуда: Мск.
__eagle__ не знаю


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 02.01.2003
Откуда: Уфа
__eagle__ В голову приходит только nncron, но его установка требует админовских прав

_________________
Hasta la vista, baby


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
содрано с другого

SwZ

Ура!!! Первый нормальный проект! posted Jan 01, 2006 20:09
Поздравляю всех с Новым Годом!
Удивлён отсутствием интереса к проекту Розетта!
Группа Девида Бейкера больше всех продвинулась в редсказании 3D структуры белков, как
это явствует из результатов CASPов.
С другими проектами (типа Folding@home) Rosetta не имеет практически ничего общего в методах.
Совпадает лишь то что они работают с белками.
Лично я скептически был настроен относительно других белковых проектов. И очень обрадовался,
когда увидел Розетту!
RM, предлагаю убрать из описания Розетты предложение о похожести на другие проекты.

Мы несколько лет занимались проблемой Protein Folding, я прочитал тогда довольно много статей и скрытые марковские цепи, которые используются в Розетте для предсказания шаблонов фрагментов и методы оценки энергии мне представляются наиболее перспективными.

hoarfrost
Senior Member

posted Jan 02, 2006 07:53

А вы не могли бы рассказать по подробнее обо всё этом? Интересно всё-таки...

Shrike
Senior Member

posted Jan 02, 2006 19:24
Меня запарили сообщения No work from project в результате которых комп простаивал 30-50% времени и я на F@H перешел.

SwZ
Senior Member

Originally Posted By: hoarfrost
А вы не могли бы рассказать по подробнее обо всё этом? Интересно всё-таки...

Нуу... пару слов если только, а то некогда много расписывать...

Был у нас довольно хороший проект - MD@home назывался, так там строились карты полей для четвёрок аминокислот. Несмотря на то, что Kleontiev утверждал, что это сильно поможет в продвижении понимания как строятся белки, вряд ли это действительно бы дало фактическое средство для конструирования белков. Слишком большой разрыв в размере между тетрадами и сотнями аминокислот. Возможно, отчасти поэтому проект и загнулся.

Rosetta же строилась на основе нескольких идей, развиваемых несколькими группами, которые потом объединили усилия.
Вот эти идеи
0. 3D структура белка полностью определяется 1D последовательностью.
1. Знание вторичной структуры сильно облегчает жизнь при предсказании 3D.
2. Нужен промежуточный набор блоков из которых можно строить белок для преодоления комбинаторного взрыва (эти блоки потом были названы мотивамиhttp://isites.bio.rpi.edu/bystrc/Isites/index.html)
3. Необходимо построить функцию пригодности смоделированной структуры достаточно хорошо описывающую свободную энергию белка в физиологическом растворе.
4. Поиск оптимальной конфигурации нужно вести, как минимум, в две стадии - на гладком потенциале для больших блоков, а затем на полноатомном потенциале.
5. Молекулярная динамика подходит только для заключительной полноатомной шлифовки, на начальных стадиях необходимо использовать методы Монте-Карло и генетические алгоритмы.
6. Самый компактный кластер решений в пространстве построенном по метрике RMSD обычно содержит правильное решение.

У меня сейчас нет сил подробно описывать все эти идеи, которые были воплощены в код программы Rpsetta, вы можете их подробно изучить в работах Baker Lab

Если интересны конретные вопросы - спрашивайте, по мере сил отвечу
Отредактировано куратором: ShiZ. Дата: 18.05.2006 12:18


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 6191 • Страница 2 из 310<  1  2  3  4  5 ... 310  >
-

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  



Лаборатория














Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan