Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Mad'Max   



Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 6191 • Страница 309 из 310<  1 ... 306  307  308  309  310  >
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 23.11.2012)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
Неофициальная "portable" версия BOINC клиента

Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H


Последний раз редактировалось MegaCalcii 19.01.2019 17:59, всего редактировалось 22 раз(а).
Список научных достижений за последние 5 лет



Партнер
 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.10.2014
Фото: 7
Lecc благодарю, смотрел там, но что-то не догадался так отсортировать. :-)

_________________
TSC! Russia - добровольные распределённые вычисления.
Не используемые мощности твоего ПК могут помочь науке и людям в борьбе с тяжелыми заболеваниями.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.10.2014
Фото: 7
Хм, некоторые задания обработанные больше 18 мегабайт стали весить, только что одно такое отправилось, при этом обрабатывалось всего 7 часов.

_________________
TSC! Russia - добровольные распределённые вычисления.
Не используемые мощности твоего ПК могут помочь науке и людям в борьбе с тяжелыми заболеваниями.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 26.10.2009
Откуда: Санкт-Петербург
Фото: 1
Господа, у вас с розеткой все норм? Чота у меня ни на одном компе заданий нет.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
Откуда: Ярославль
заданий нет

_________________
ASRock Fatal1ty X370 GAMING K4/Ryzen 7 1700/Fractal Design Celsius S36
Threadripper 2950X / MSI X399 SLI Plus / Enermax LiqTech TR4 II RGB 280


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 02.10.2003
Откуда: Ревель.Колывань
Фото: 3
У докторов традиционный Рождественский запой, мы уже почти привыкли.
:beer:


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.06.2008
Откуда: Петрозаводск
А пока временно нет заданий в Rosetta@Home можно временно простаивающие мощности центральных процессоров переключить на отечественный проект Acoustics@home

_________________
http://vk.com/boinc - всё о распределённых вычислениях.


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Yura12
Уже считали, проект не биомедицинский, поэтому интерес к нему минимальный, хоть и отечественный. Считать прохождение волны в воде это чистая прикладная математика, без нас справятся.

В свою очередь, предлагаю посчитать часть проекта World Community Grid: Mapping Cancer Markers или Microbiome Immunity Project, почитать про них подробнее можно тут: https://www.worldcommunitygrid.org/rese ... rojects.do

Кратко о Microbiome Immunity Project: Знаете ли вы, что триллионы бактерий живут внутри и на вашем теле? В этом всестороннем исследовании микробиома человека вы можете помочь ученым понять роль, которую играют эти бактерии в заболевании.

Кратко о Mapping Cancer Markers: Карта маркеров рака направлена на выявление химических маркеров, связанных с различными типами рака. Это поможет исследователям раньше выявлять рак и разрабатывать более персонализированное лечение рака, определяя восприимчивость человека к развитию того или иного типа

Дальше обсуждение предлагаю продолжать здесь: [TSC!] Различные проекты

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 08.08.2003
Откуда: Москва
У меня работает Розетта, правда, у меня в настройках суточные задания


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.10.2014
Фото: 7
MegaCalcii писал(а):
World Community Grid: Mapping Cancer Markers или Microbiome Immunity Project

Переключился с конца декабря пока в r@h нет работы, всё без разбора считаю, а не именно эти два направления.
Мы в WCG в третьей сотне плетёмся.
Yura12 писал(а):
А пока временно нет заданий в Rosetta@Home можно временно простаивающие мощности центральных процессоров переключить на отечественный проект Acoustics@home

Ноут переключил туда.

_________________
TSC! Russia - добровольные распределённые вычисления.
Не используемые мощности твоего ПК могут помочь науке и людям в борьбе с тяжелыми заболеваниями.


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
tguskill
Сегодня заработала розетта

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 28.08.2009
Откуда: Челябинск
Как это ?
[url][url=https://ibb.co/VY9W2TW]#77[/url]]

_________________
i7 4790k@4.8ghz@1.307 / Asus Z97-AR / Noctua NH-D15S / 32GB (4 x 8GB) 2400 MHz /R9 290x TRI-X (1040/5200)/ASUS MX27AQ


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 25.02.2015
Откуда: Москва
Думаю, не стоит обращать внимание -- у boincstats своя система ведения статистики, на реальное количество очков она не влияет.

Из FAQ:
Цитата:
Why do I lose credit in BOINC combined stats?

When you attach to a new project, or reattach to a projects that restarts after a 'break' your CPID for a project can change. It takes a while for all projects to line up again. During this time, you may loose some credit in the combined stats, and sometime all credit will go to a new account with a new CPID.


То есть такое бывает, когда подключаешь новый проект или заново подключаешь старый.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 25.02.2015
Откуда: Москва
Решил составить краткий список научных достижений за прошедшую пятилетку, которые стали возможными благодаря Розетте, чтобы иметь представление, в каких направлениях сейчас ведутся работы. Так как я не специалист по биологии и медицине, попробовал начать с научно-популярных статей, благо об успехах Дэвида Бэйкера и его коллег пишут довольно много и часто, чему в немалой степени способствует широта его взглядов и талант популяризатора. Первая попавшаяся мне на глаза статья в журнале Science [This protein designer aims to revolutionize medicines and materials] оказалась довольно удачной, ибо легко читается и вместе с тем описывает своего рода революцию, которая произошла за последние годы в области предсказания структуры белка и благодаря которой стало возможным проектирование и создание искусственных белков с нужными функциями. Суть этой революции иллюстрирует ролик из данной статьи, переведенный на русский язык:

(Как оказалось впоследствии, многие публикации переведены на русский язык, но они разбросаны по всему рунету без какой-либо системы и часто с произвольными заголовками. Поэтому там, где это возможно, я буду давать ссылки на руcскоязычный вариант, а на статьи, для которых перевода не нашел, -- в первоисточнике).

Вот, например, перевод хорошей обзорной статьи из Нью-Йорк Таймс всего годичной давности: Спроектируй своё тело

Более подробно о подходе, который иллюстрирует видео, можно также прочитать в другой статье на русском (под "коллективом ученых" там подразумевается Сергей Овчинников, работающий с Бэйкером, и его коллеги): Метагеномика помогла предсказать структуры для 614 семейств белков


В целом, основные результаты, которые мне, как неспециалисту, удалось наскрести из научных и околонаучных публикаций, датированных пятью последними годами, сводятся к следующему (пусть компетентные люди меня поправят или дополнят, если что):

----------------------------------------------------------------

- Универсальное средство против гриппа. Создан белок, блокирующий гемагглютинин -- неизменную часть вируса гриппа, которая позволяет ему проникать сквозь мембрану внутрь клетки (Пару-тройку лет назад у нас об этом писали многие центральные СМИ: [Американские ученые нашли уязвимое место вируса гриппа, Препарат HB36,6 — спасение от всех штаммов гриппа, Искусственный белок побеждает грипп] и т.д.). Препарат впрыскивали в нос мышам, зараженным смертельной дозой вируса, или вводили здоровым мышам, которых впоследствии инфицировали. Все грызуны выжили. Как пишут в статьях, по эффективности он в десять раз превосходит представленный на рынке препарат Тамифлю. К тому же действует против разных штаммов вируса гриппа, который год от года мутирует.
- В ходе этих работ были также созданы короткие белки ("mini-protein binders"), которые связывают и нейтрализуют смертельно опасный нейротоксин ботулизма. В экспериментах с мышами они предотвратили проникновение токсина ботулизма в клетки мозга [Разработан ускоренный метод создания тысяч стабильных белков].
#77

- Создан искусственный иммуностимулирующий белок для борьбы с раком -- функциональный аналог интерлейкина-2 (IL-2), но лишенный его побочных эффектов. В модели рака толстой кишки и меланомы у мышей соединение уменьшало побочные эффекты, связанные с α-рецепторами, сильно сдерживало рост опухоли и даже устраняло опухоли у части животных. Обычные IL-2, которые давали другим мышам, не выполняли последнюю функцию. По словам эксперта, новый препарат может позволить врачам предоставлять пациентам лечение в большем объеме и на более длительные периоды, чтобы помочь иммунной системе избавиться от рака. Он также может оказаться полезным в сочетании с одобренными иммунотерапевтическими препаратами, называемыми ингибиторами контрольных точек иммунитета, которые блокируют скрытие опухолей от иммунной системы. Пока белок был протестирован только на животных, но вскоре он может быть проверен и на людях [Создан белок против рака без побочных эффектов].

- Созданы искусственные белки-ферменты, разушающие глютен (клейковину) -- вещество из пшеницы, которое содержится во многих продуктах, но не переносится большим количеством людей, страдающих заболеваниями ЖКТ или обладающих повышенной чувствительностью к нему. Лекарство может приниматься перед едой и затем участвовать в процессе пищеварения. В отличие от натуральных ферментов, искусственные белки действуют только на глютен, избегая побочных эффектов, и могут достаточно долго находиться в агрессивной среде желудка, не разрушаясь сами. В ближайшее время планируется их клиническое испытание на людях [Scientists Developing Designer Enzymes to Treat Celiac Disease].
- Созданы белки-ферменты (катализаторы), способные превращать атмосферный углекислый газ в органические молекулы -- потенциальный источник для углеродно-нейтрального топлива [Computational protein design enables a novel one-carbon assimilation pathway, Unleashing the Power of Synthetic Proteins]
#77

- Ученые смоделировали и получили искусственный белок бочкообразной формы, внутренняя полость которого может связываться с молекулой DFHBI, светящейся в связанном состоянии. Когда белок ввели в клетки, содержащие мизерную долю DFHBI, те засветились [Watch these new ‘designer proteins’ light up when they hit their target]. Этот подход позволяет разрабатывать биосенсоры для диагностики и лечения опасных заболеваний, а также для мониторинга эффективности лечения.

- С применением данной методики разработаны белки-сенсоры, которые могут обнаруживать очень малое присутствие опиоидного вещества фентанил, что может использоваться в медицинских целях, в борьбе с наркоманией или для контроля окружающей среды [Computational design of environmental sensors for the potent opioid fentanyl]. По заказу военных ученые вывели генномодифицированную форму цветка-сорняка Резушка Таля, в которой присутствует этот белок. Его предлагается высаживать в местах предполагаемой химической атаки, и в случае появления фентанила в воздухе трава будет светиться) [Meet the Biochemist Engineering Proteins From Scratch, Sensors for the potent opioid fentanyl].
#77
Также ведется аналогичная работа над биосенсорами для афлатоксина -- смертельно опасного токсина, вырабатываемого грибами на зерновых культурах и вызывающего рак печени. Зерно должно само сигнализировать о наличии в нем опасного вещества.

- Разработаны самособирающиеся белковые контейнеры (очень точно, на атомарном уровне), способные заключать в себе нужный груз (лекарство и т.п.) для доставки в организм. Одновременно они могут нести на своей поверхности белки, способные связываться с похожими белками на определенных клетках -- принципиально новый способ доставки лекарств к клеткам без побочных эффектов для всего организма [Самособирающийся белковый икосаэдр, Designed Protein Containers Push Bioengineering Boundaries].
#77
- Новые белковые контейнеры как средство доставки генов через организм [Evolution of a designed protein assembly encapsulating its own RNA genome]. Эти гены могли бы исправлять наследственные болезни. Они также рассматриваются как способ перепрограммировать иммунные клетки на борьбу с раком.

- Разработаны искусственные трансмембранные белки, их удалось изготовить внутри бактерий и клеток млекопитающих -- методика, которая позволит исследователям создавать трансмембранные белки с совершенно новыми структурами и функциями [Ученые создали сложные трансмембранные белки с нуля].

- Обнаружена связь между болезнью Альцгемейра и тау-белком, который вызывает воспалительные процессы, приводящие к повреждениям мозга. Это многообещающее открытие может привести к появлению новых форм терапии этой болезни [Открыта важная роль тау-белка в болезни Альцгеймера].

- Кроме того, ученым удалось спроектировать и скомпилировать библиотеку многих новых стабильных пептидных структур, которые могут служить базовыми платформами для архитектуры новых препаратов. Эти методы можно использовать для собственной разработки пептидов с абсолютно произвольными формами и функциями, исходя из требований пользователя. "Мы выделили огромное количество уникальных форм, которые могут образовывать пептиды. Это буквально руководство для разработки следующего поколения лекарств", -- заявляют ученые. [Зелёный свет пептидным лекарствам].

- Получены белки, самоорганизующиеся в поверхностный слой толщиной в одну молекулу, что предполагает возможность создания новых органических антикорозийных покрытий, солнечных батарей и электронных устройств [This protein designer aims to revolutionize medicines and materials, Unleashing the Power of Synthetic Proteins].
- Получены белки, самоорганизующиеся в белковые нити. Они могут служить основой для различных областей применения: от новых диагностических тестов до производства сверхпрочных материалов и наноэлектроники [Впервые ученые создали с нуля самоорганизующиеся белковые нити].
- Подобные белки могут также быть использованы и для создания энергоэффективных белковых логических систем. Самоорганизующиеся искусственные белки могли бы быть проще и дешевле в производстве, чем кремниевая логика [Unleashing the Power of Synthetic Proteins, Programmable design of orthogonal protein heterodimers]. В конечном итоге, мы способны создать молекулярные машины [Спроектируй своё тело].

- Еще одна работа, вроде на русском, но я так и и не понял, о чем она :-): Самоорганизующиеся циклические белковые гомоолигомеры

------------------------------------------------------------------------

Конечно, эти и другие исследования, включая разработку новых методик и алгоритмов, ведутся параллельно и одновременно разными группами, но общее представление о том, что и зачем считают в Розетте, думаю, получить можно.


Последний раз редактировалось Lecc 19.01.2019 21:51, всего редактировалось 3 раз(а).

 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.10.2014
Фото: 7
Lecc :good:

_________________
TSC! Russia - добровольные распределённые вычисления.
Не используемые мощности твоего ПК могут помочь науке и людям в борьбе с тяжелыми заболеваниями.


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Lecc
Отличная работа, спасибо, добавил в шапку

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.03.2010
Откуда: Омск
MegaCalcii писал(а):
Сейчас AMD камни рулят в Rosetta по цене\производительность. Обогнала команда Gridcoin команда копателей монет.
По компу, если электричество бесплатное, то собирайте, а так не стоит, только электричество будет жрать

Заменил тогда я (осенью) Г550 на Пень Г870 - по графику не увидел прироста в скорости, хотя частоты процессоров отличаются. Зимой же вообще выключил все это.

Добавлено спустя 4 минуты 28 секунд:
Lecc :good:

Добавлено спустя 3 минуты 6 секунд:
Запустил Розетту на 1700Х 3,8 ГГц (умеренный разгон). По графику скорость в районе 11-12К, не плохо, почти в 2 раза быстрее стокового 2600К при сравнимом потреблении (на розетте не замерял, замерял на других нагрузках). единственно, часть заданий периодами крашится, или ошибка вычислений выдается в самом конце. Так и не понял, или битые задания попались, или памяти периодами не хватает (8 Гиг пока) для 16 потоков.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.06.2008
Откуда: Петрозаводск
Ну так это само собой разумеется, что 8 гигабайт памяти для 16 потоков не хватит.

Одно задание берёт где-то в среднем приблизительно от 900 мегабайт до 1,2 гигабайт (есть правда rosetta mini они берут около 500 мегабайт).

_________________
http://vk.com/boinc - всё о распределённых вычислениях.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.03.2010
Откуда: Омск
Yura12 писал(а):
Ну так это само собой разумеется, что 8 гигабайт памяти для 16 потоков не хватит.

Одно задание берёт где-то в среднем приблизительно от 900 мегабайт до 1,2 гигабайт (есть правда rosetta mini они берут около 500 мегабайт).

Раньше так и было но у меня розетта есть 250-350 мб почему-то. Я и начинал с 8 потоков, плавно доведя их до максимума. 16 потоков с системой жрут 5-7 Гб оперативки.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 13.04.2008
Откуда: Смоленск
Обычно розетта жрет 250-400 мб на поток, но сейчас глянул, а там жир подвезли: 300, 2х350, 400, 600, 750, 850, 1650.

_________________
«Ты можешь рассчитывать на человечество, они всегда сведут все к наименьшему знаменателю и насрут на все сверху!» Lemmy Kilmister


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Розетта масштабируется под твои ресурсы, сколько есть ОЗУ, столько и выжрет, вот и весь вывод

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 6191 • Страница 309 из 310<  1 ... 306  307  308  309  310  >
-

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  



Лаборатория














Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan