Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Mad'Max   



Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 6273 • Страница 312 из 314<  1 ... 309  310  311  312  313  314  >
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.02.2003
Откуда: Москва
Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 23.11.2012)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
Неофициальная "portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H


Последний раз редактировалось MegaCalcii 13.04.2020 6:09, всего редактировалось 25 раз(а).
Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020



Партнер
 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 25.02.2015
Откуда: Москва
Несколько постов официальных представителей Розетты из этой ветки за последние дни (отредактированный машинный перевод).
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Admin, 24 Марта

В настоящее время мы пытаемся наилучшим образом рассмотреть, что происходит вокруг в связи с COVID-19. Мы находимся в Сиэтле, который является одним из наиболее пострадавших регионов. Некоторые работают в лаборатории по COVID-19, даже с риском заражения для персонала, например, основная группа IPD была занята производством белков COVID-19, известных связывающих антител и рецепторной мишенью человеческого ACE2 для исследовательских групп по всему миру. Относительно этого проекта мы пытаемся обновить Rosetta до последней версии, чтобы мы могли приступить к выполнению заданий по проектированию белковых интерфейсов для разработки связывателей для COVID-19. Это уже было сделано в меньших масштабах на наших локальных вычислительных ресурсах, и у нас есть некоторые обнадеживающие кандидаты, над которыми уже работают в лаборатории. Мы надеемся иметь гораздо больше кандидатов, поскольку это увеличивает вероятность получения потенциального связывателя для разработки и оптимизации для терапевтического лечения.

ВСЕ относящиеся к COVID-19 задания, которые выходят из нашей лаборатории, имеют тег COVID-19. Задания от других групп, проходящие через наш сервис предсказания структуры белков (Robetta), могут быть помечены или не помечены на усмотрение отдельных исследователей, которых мы не можем контролировать.

Спасибо всем за ваш вклад!

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
bcov, 24 Марта

Привет, я один из тех людей на другом конце, которые используют Rosetta@Home для науки по COVID-19.

Первое, что я должен сказать, это то, что у нас только недавно появилась идея использовать Rosetta@Home для расчетов по проектированию белков. Ранее мы были сосредоточены на предсказании их структуры. Это гораздо сложнее -- рассылать задания, которые надо выполнить один раз (проектирование белка), чем задания, что должны выполняться тысячами (предсказание структуры). Это требует гораздо больше данных для отправки, а также больше времени, потраченного на обработку промежуточных результатов.

Имея это в виду, шаг 1 прямо сейчас заключается в обновлении версии Rosetta на Rosetta@Home, чтобы использовать последнюю и лучшую версию. Та часть ПО, что отвечает за предсказание структуры хорошо отработана и не нуждается в новых функциях, в то время как часть по проектированию белковых интерфейсов совершенно новая, неопубликованная и быстро развивается. Нам нужен новый код, который я с коллегами написали для этих расчетов.

Итак, первый вопрос: выигрывает ли наука от использования Rosetta@Home? Ответ -- определенно да. Проектирование интерфейсов требует сначала создания каркасных белков, а затем их конструирования для создания интерфейсов. Прямо сейчас я разрабатываю каркасы в беспрецедентных масштабах с помощью Rosetta@Home. Чтобы дать вам представление, как только я переключился, я получил в 10-100 раз больше вычислений, чем раньше.

Второй вопрос, поможет ли большее число пользователей? И снова, определенно да. Для всех этих работ, чем больше выборка, тем лучше результат. Чем больше каркасных белков я могу сделать, тем лучше будет наилучший каркас. И затем, как только мы начнем проектировать интерфейсы, чем больше интерфейсов я смогу спроектировать, тем лучше будет лучший из них и тем выше будет вероятность экспериментального успеха.

Кроме того, у нас есть длинный список целевых белков, которые нас интересуют по COVID-19 (некоторые из которых представляют собой сам COVID-19). Чем больше у нас вычислений, тем быстрее и эффективнее мы сможем справиться с этими задачами, и тем быстрее мы сможем создавать новые терапевтические средства. Прямо сейчас, я не могу гарантировать, что в конечном итоге мы сделаем лекарство, которое пройдет клинические испытания и дойдет до людей, но я могу гарантировать, что мы сделаем связывающие белки с интересующими белками-мишенями, которые потенциально могут быть терапевтическими.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
bcov, 27 Марта

Цитата:
у вас <закончились> задачи


Могу сказать, они не закончились. Я пополняю очередь R@H и, видимо, мои задачи требуют 2G оперативной памяти (извините, пользователи с 1G...) ...

Кроме того, что касается продолжительности заданий, вот сложный сценарий, по которому я работаю. Например, мне нужно спроектировать 1 миллион белков. Моя цель - сделать это как можно быстрее. Но как лучше всего это сделать? Чтобы не тратить впустую циклы вашего процессора, мне нужно убедиться, что все задания имеют достаточно белков для обработки в течение 8 часов.

Я пополняю очередь таким образом, прекрасно понимая, что не все белки будут спроектированы. Некоторые люди считают быстро, а у некоторых просто медленные компьютеры (те и те нужны, тем не менее). Есть еще такие случаи, когда 8-часовое задание постоянно прерывается и не завершается и за две недели.

Имея это в виду, я жду около 2 дней после старта всех заданий, после чего смотрю, которые завершились, и повторно отправляю все, что еще не вернулось. Этот процесс должен повторяться несколько раз, с каждым шагом все ближе к 100-процентному завершению, но я обычно сдаюсь на отметке 80% -90% и затем закругляюсь. (Мне не нужны все результаты, мне нужно просто большое количество). (Также, когда я повторно отправляю задание, я не отменяю то, что уже считается, я просто даю кому-то другому ту же задачу).

Итак, с учетом этого, да, 8 часов лучше, чем 4 часа, потому что наш сервер в данный момент сильно загружен. (Приток пользователей и эти новые задания по проектированию белков увеличили нагрузку на сервер примерно в 100 раз). Но более важное, чем выставленная продолжительность расчета задания, -- это реальное время выполнения, поэтому, если вам требуется неделя на завершение 8-часового задания (с перерывами), то нет ничего плохого, чтобы выставить 4 часа.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Mod.Sense, 28 Марта

[По поводу времени выполнения]

Время WU основано на предпочтении пользователя по времени выполнения. Каждая машина, независимо от того, насколько быстро она работает, пытается сделать как можно больше расчетов в рамках этого времени. Имейте в виду, что предпочтение относится к фактическому времени ЦП, а не к «настенным часам» (см. свойства конкретного WU, где показаны оба времени).

Все результаты используются. Независимо от того, как скоро они были возвращены.Я думаю, имелось в виду, что вам не нужно присматривать за машинами как няньке. Попробуйте настроить их так, чтобы результаты возвращались в течение 48 часов, если это возможно для вашей ситуации. Сделайте это, просматривая свои сетевые настройки и позволяя машине работать одинаковое количество часов в день, чтобы BOINC Manager мог откалибровать объем работы для запроса, и чтобы заполнить кэш на x.x дней, запрошенных в сетевых настройках.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Admin, 31 Марта

Коронавирус вызвал интерес не только у добровольцев в нашем проекте R@h, он также вызвал большой интерес к R@h в лаборатории, поэтому сообщение должно определенно улучшиться. Многое произошло за это короткое время.

1. Как уже упоминалось, мы получили более чем 4-кратный прирост вычислительной мощности за последнюю неделю. Пока что наша инфраструктура справляется с этим хорошо, но мы обязательно рассмотрим расширение и оптимизацию, поскольку ожидаем, что в ближайшем будущем к ней присоединятся еще многие добровольцы. Кроме того, несколько раз пропускная способность нашей сети загружалась до предела, но потом все нормализовалось.

2. Ряд сторонних групп предложили нам свою помощь:
а. Сообщество разработчиков ARM собралось вместе и помогло портировать Rosetta для aarch64. Приложение в настоящее время тестируется на Ralph@home и скоро будет выпущено вместе с анонсом.
b. Мы находимся в контакте с Microsoft, которая помогает нам интегрировать и поддерживать сборки Rosetta BOINC в инфраструктуру сборки и тестирования Rosetta Commons и, возможно, поможет в других разработках.
с. Мы поддерживаем связь с Charity Engine, чтобы, возможно, использовать их инфраструктуру для выполнения заданий на основе машинного обучения на GPU и помочь интегрировать такие возможности в R@h.

3. У нас много заданий по COVID-19, но время от времени может возникнуть пауза, чтобы дать нам возможность подготовить их на основе предыдущих результатов, новых целей / методов и т.д.

4. Мы надеемся в ближайшее время обновить приложения Rosetta, которые в настоящее время тестируются на Ralph, и планируем выпустить еще одно обновление в ближайшем будущем, поэтому в ближайшем будущем появятся 2 обновления приложений.

5. С помощью этих обновлений мы надеемся привлечь больше исследователей в лаборатории для использования этого ресурса, но в ближайшем будущем приоритет, конечно же, будет отдан COVID-19, особенно для разработки каркасных и связывающих белков для COVID-19 как возможной терапии.

Спасибо Всем!

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
bcov, 31 Марта

Да, в самом деле. Мы "сожгли" все задания

В настоящее время мы столкнулись с 3 проблемами, из-за которых немного "выдохлись":
1. Вычислительная мощность просто невероятна. Я поставил в очередь кое-что 2 дня назад, на что потребовало бы больше недели при локальной обработке, и все это было перелопачено за 18 часов.
2. Создание этих заданий отнимает у нас человеческие и процессорные ресурсы, и мы являемся узким местом. Я работаю изо всех сил, чтобы двигать материал по конвейеру, но для многих задач мне нужно разработать новое программное обеспечение, чтобы они считались корректно. Кроме того, некоторые вещи мы не можем запустить на R@H, они должны быть предобработаны локально.
3. Мы почти выпустили новое обновление, но пока еще оно не готово. Мы обновляем Rosetta примерно на 2 года. Как только это произойдет, мы будем способны проектировать белковые интерфейсы, и новым сотрудникам лаборатории, которые занимаются этим, будет гораздо проще обеспечивать работу. В настоящее время проектирование белков на R@H требует от меня использования довольно старой Rosetta без всех новейших функций.

Как только мы приступим к проектированию белковых интерфейсов, мы надеемся, что сможем дать вам гораздо больше работы. В конечном итоге, пойдут в дело все рассчитанные до этого каркасные белки.

Однако, чтобы вы имели представление, заполнить очередь на целый день задачами Rosetta по проектированию белков на Boinc пока для нас действительно тяжело. Скажем, каждому WU нужно 10 структур, а в R@H их проходит 1 млн. в день. Это 10 млн. структур, которые мне нужно создать, или около 700 ГБ данных. И это только очередь на 1 день работы.


Предсказания структуры намного проще поставить в очередь. Нужно только загрузить 1 структуру и затем сказать, что я хочу 10 млн. результатов. Таким образом, вы отправляете одно и то же WU 1 млн. раз.


 

Advanced member
Статус: Не в сети
Регистрация: 30.04.2013
Откуда: Москва
Фото: 0
еще приложение для винды и андройда обновили,на последний заданий так и нет

_________________
AM4 R7 1700X=4500Mhz,R7 2700X=4600Mhz,R5 2500X=4650Mhz,R7 3800X=4900Mhz
AM3 FX-8300=5700Mhz
FM2 A4-5300=5508Mhz,A10-7860k=5350Mhz


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 27.08.2015
Откуда: Снежинск
спасибо огромное за перевод!
задания прилетают реденькие, "запасным" проектом WCG стоИт - там болезни не менее страшные, чем ковид


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 01.04.2012
Откуда: St. Petersburg
Фото: 4
Remarc писал(а):
на последний заданий так и нет

Стали прилетать, только выхлоп там - ну такое себе…

_________________
R9000(R200) -> R9600(R300) -> X1950Pro(R520) -> HD3650(R600) -> HD4830(R700) -> HD 7950 -> HD 7950 + R9 280X -> RX 580


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.03.2010
Откуда: Омск
У меня вообще задания в Розетте почти перестали приходить. В начале недели шли с перебоями, в т.ч. по КОВИД-19 попадались, потом не стало никаких, или приходит штуки 4 в сутки


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 01.04.2012
Откуда: St. Petersburg
Фото: 4
economist2000 Там вычислительная мощность выросла до 1 ПФ (вчера), сегодня уже 1.3 ПФ.
Такими темпами, понятное дело, юзеры всё "вычерпывают" мгновенно.
Я когда возвращался в проект - было около 400 ТФ - задачки прилетали без сбоев.

Добавлено спустя 2 минуты 14 секунд:
TimopheySnz писал(а):
"запасным" проектом WCG стоИт - там болезни не менее страшные, чем ковид

+

_________________
R9000(R200) -> R9600(R300) -> X1950Pro(R520) -> HD3650(R600) -> HD4830(R700) -> HD 7950 -> HD 7950 + R9 280X -> RX 580


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.07.2004
Откуда: Yaroslavl
Фото: 110
TimopheySnz
ковид19 в фолдинге считается и процами и доктора просили считать процами. Но к сожалению очков за проц давали всегда мало и поэтому мало кто сейчас считает процами.
Так что если простой в боинге то процы могут повоевать с ковидом19 в фолдинге - заданий в разы больше чем желающих их считать.
К сожалению даже наш Кэп всех отговаривает считать фолдинг на процах, т.к. очков мало..

так что если кто вернулся временно ради ковидла19 или очки не важны - вэлком в фах

_________________
Бег – искусство оставаться на месте


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
sco01 писал(а):
К сожалению даже наш Кэп всех отговаривает считать фолдинг на процах

Не отговариваю, главное не прыгать от проекта к проекту, считаете розетту, считайте дальше, а задания по covid в F@H были сгенерированы относительно недавно, 30 марта
https://foldingathome.org/2020/03/30/co ... culations/
После этого события можно смело рекомендовать считать и процами в F@H

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 05.10.2010
Откуда: ЮБутово;Лип.Обл
Перебоев с получением за последние дни не наблюдал, помимо ковида, сейчас пошли и другие задания

#77


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 01.04.2012
Откуда: St. Petersburg
Фото: 4
perest у меня на разные тачки разные объемы заданий падают. 1 ведро в полном простое по розетке, еще одно наполовину загружено постоянно. На основную машинку прилетают почти регулярно и почти своевренно, запас заданий на 3 и более дней я не вижу от слова совсем.

_________________
R9000(R200) -> R9600(R300) -> X1950Pro(R520) -> HD3650(R600) -> HD4830(R700) -> HD 7950 -> HD 7950 + R9 280X -> RX 580


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.03.2010
Откуда: Омск
Пошла раздача Ковидовских жаб (90-100% от общего числа), срок выполнения 3 суток. Заметил на одной машинке случайно, тут же приостановил получение новых задач WCG везде (а вычисление само переключилось на более срочную розетту), увеличил буфер до 3 суток и закачал, сколько можно.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 01.04.2012
Откуда: St. Petersburg
Фото: 4
economist2000 писал(а):
и закачал, сколько можно.

главное чтобы успел к дедлайну посчитать, а то будут лежать в закромах зазря - и кому то потом задачек не хватит)

_________________
R9000(R200) -> R9600(R300) -> X1950Pro(R520) -> HD3650(R600) -> HD4830(R700) -> HD 7950 -> HD 7950 + R9 280X -> RX 580


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Rīga
Фото: 0
Розетта умеет выдавать задания с очень коротким дедлайном - в 2-3 дня. Были задания и на 1 день. Сервер сам их потом отменял автоматически. С какой целью они это делают, мне лично не понятно. В таком варианте лучше выставлять задания на несколько часов. Плюс ко всему, если розетта начинает считать с высоким приоритетом, она забирает все потоки CPU и ставит на паузу GPU проекты.
Кстати, стоит добавить, что кол-во битых заданий тоже выросло. Как они сами об этом уже упоминали, задания в спешке создаются, отсюда нестабильность. До этого я считал 6-12 часовые задания. Последние 2 недели снижал постепенно. Пока остановился на 2-ух часовых. Если ситуация стабилизируется, то можно будет обратно повышать время выполнения.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 01.04.2012
Откуда: St. Petersburg
Фото: 4
sashmxm писал(а):
кол-во битых заданий тоже выросло

имел счастье покранчить их на феномчике. сутки работы, 4 задания в день практически и все "кривые" (комп сам стабилен, до этого всё ок было с задачками).

_________________
R9000(R200) -> R9600(R300) -> X1950Pro(R520) -> HD3650(R600) -> HD4830(R700) -> HD 7950 -> HD 7950 + R9 280X -> RX 580


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Rīga
Фото: 0
переход на короткие задания помогает.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 01.04.2012
Откуда: St. Petersburg
Фото: 4
sashmxm Попробую слабые компы на профиль с короткими переключить, спасибо.

_________________
R9000(R200) -> R9600(R300) -> X1950Pro(R520) -> HD3650(R600) -> HD4830(R700) -> HD 7950 -> HD 7950 + R9 280X -> RX 580


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 25.02.2015
Откуда: Москва
Давеча, как и обещали, на линуксовых машинах (на винде, должно быть, также) второй раз за неделю обновилось приложение, считающее COVID-задания (теперь это rosetta_4.15). Хорошая новость в том, что потребление памяти упало почти в три раза. Заданий тоже достаточно, очередь заполнена.

Насколько я понимаю в космонавтике, проект перешел ко второй фазе -- проектированию оболочек на рассчитанных ранее каркасных белках, которые должны уже непосредственно связываться с шипами вируса.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
Откуда: Ярославль
удалил проект 90% ошибка вычислений перевел проц в FAH.

_________________
ASRock Fatal1ty X370 GAMING K4/Ryzen 7 1700/Fractal Design Celsius S36
Threadripper 2950X / MSI X399 SLI Plus / Enermax LiqTech TR4 II RGB 280


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 25.02.2015
Откуда: Москва
brother225 писал(а):
90% ошибка вычислений


На новом приложении? (Оно только этой ночью обновилось)


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.12.2005
Откуда: Ярославль
Lecc
у меня утром обновилось всего примерно 0.7гигов.
там было ассорти но 3 дня ошибки а в 16,00 не выдержал удалил.Сколько можно впустую считать.

_________________
ASRock Fatal1ty X370 GAMING K4/Ryzen 7 1700/Fractal Design Celsius S36
Threadripper 2950X / MSI X399 SLI Plus / Enermax LiqTech TR4 II RGB 280


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Ответить на тему Ответить  Сообщений: 6273 • Страница 312 из 314<  1 ... 309  310  311  312  313  314  >
-

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 8


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  



Лаборатория














Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan