Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Biker    MegaCalcii   



Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 266 • Страница 14 из 14<  1 ... 10  11  12  13  14
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Advanced member
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.12.2002
Откуда: TSC! | Москва
Тема предназначена для публикации новостей о проекте Folding@Home.

Комментарии к новостям - только в порядке дополнения или исправления ошибок. Все другие обсуждения - в соответствующих темах форума.

Наиболее значимые новости и события:
2017г.
Новый адрес сайта новостей http://folding.stanford.edu/news/
2016г.
Проблемы на 21 ядре (OpenMM GPU) с новыми драйверами NVIDIA 375.57 и 375.63 в Windows
2015г.
Достижения FAH в 2015 со взглядом на 2016 год
07.07.2015 Первая полная версия Folding@Home клиента для Android-устройств
24.02.2015 Появление ядра 18 новой 0.0.4 версии теперь и под Linux и для карт AMD
Поддержка Больших Жаб(bigadv) прекращена с 31.01.2015г.
2014 г.
Новый способ расчетов - Folding в браузере
9.07.2014 Появление нового ядра 18 версии под Windows/Nvidia и заданий под него, которое является улучшенной версией 17 ядра
2013 г.
Проект F@H преодолел 10 петафлоп
Новое универсальное AMD/nVidia GPU ядро (FahCore_17) в открытом тестировании!
2007 г.
Сеть Folding@home занесена в Книгу рекордов Гиннеса


Последний раз редактировалось MegaCalcii 28.01.2018 14:35, всего редактировалось 120 раз(а).
Марковские модели состояний: от искусства к науке



Партнер
 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Конформация и динамика жидкостно сопряженных изоиндиго-основанных донор-акцепторных полимерных одиночных цепей
Anton Thynell 26.10.2017 писал(а):
Конформация и динамика жидкостно сопряженных изоиндиго-основанных донор-акцепторных полимерных одиночных цепей.
J Phys Chem Lett. 2017 Oct 25;:
Авторы: Lee FL, Barati Farimani A, Gu KL, Yan H, Toney MF, Bao Z, Pande VS

Краткий обзор:
Сопряженные полимеры - ключевой материал в тонкопленочных органических оптикоэлектронных устройствах из-за универсальности этих молекул в сочетании с их полупроводниковыми свойствами. Понимание молекулярного масштабирования сопряженных полимеров имеет важное значение для оптимизации тонкопленочной морфологии. В данной работе рассмотрено поведение жидкостных сопряженных изоиндиго-основанных донор-акцепторных полимерных одиночных цепей различной длины с использованием атомистической молекулярной динамики (МД) моделирования. Наши расчеты объясняют переход от структуры прута до катушки исходя из анализа нормальных способов и постоянства длины. Кроме того, мы нашли еще один переход, основанный на среде растворителей, в противоположность такому, как в хорошем растворителе с красным кровяным шариком, аналогичным образом в слабом растворителе. В целом наши результаты дают ценную информацию о переходе между конформационными режимами сопряженных полимеров как функции длины цепи, так и растворяющей среды, что позволит точно параметризовать модели более высокого уровня.

PMID: 29065685 [PubMed – как будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Моделирование молекулярной динамики позволяет выявить лиганд-контролируемое позиционирование периферического белкового комплекса в мембранах
Anton Thynell 01.11.2017 писал(а):
Nat Commun. 2017 02 23;8(1):6
Авторы: Ryckbosch SM, Wender PA, Pande VS

Краткий обзор:

Бриостатин находится на стадии клинических испытаний на болезнях Альцгеймера, рака и искоренения ВИЧ/СПИДа.
Он привязывается к белку киназы C конкуретно с диацилглицеролом, внутренним регулятором белка киназы C и производя форбол эфиры, но каждый лиганд стимулирует различные показатели. Определение структурного происхождения этих различных показателей на основе рентгеновских анализов не увенчалось успехом из-за трудностей, связанных с кристаллизацией белка киназы C с соответствующими лигандами. Что более важно, статические комплексы со связанной кристаллической решеткой, не учитывают влияния мембраны на структуру и динамику мембранных белков. Чтобы решить эту общую проблему, мы расширили временные рамки (в совокупности от 400-500 мкс) всеатомных молекулярных моделирований динамики комплексов киназы белка C-лиганд-мембраны и заметили, что различные активаторы киназы белка C дифференцированно помещают комплекс в мембрану, частично благодаря их отличающимся взаимодействиям с водами во внутреннем листе мембраны. Эти новые выводы позволяют использовать новые стратегии для разработки более простых, более эффективных аналогов белка киназы C и могут также оказаться полезными для других периферийных белковых комплексов. Запасов соединений природного бриостатина недосточно для клинических испытаний при болезнях Альцгеймера, рака и ВИЧ. Итак, авторы выполняют молекулярную динамику, чтобы понять, как бриостатин взаимодействует с мембраной белка киназы C, предлагая идеи для проектирования аналогов бриостатина.

PMID: 28232750 [PubMed – опубликовано для MEDLINE]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Примечание: время задержки MSM не может использоваться для выборочной вариативной модели
Anton Thynell 09.11.2017 писал(а):

J Chem Phys. 2017 Nov 07;147(17):176101

Авторы: Husic BE, Pande VS

Краткий обзор:

Вариативный принцип в отношении динамики развития позволил обеспечить систематическую конструкцию Марковских Моделей Состояний путем оптимизации параметров, приближенных к оператору переноса. В этой заметке мы обсуждаем вопрос о том, почему время запаздывания оператора, которое является приблизительным, должно быть неизменным в вариативном подходе.

PMID: 29117698 [PubMed – в процессе]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Миллисекундная динамика БТК показывающая расширение пластичности кинома в пределах домена киназы
Anton Thynell 16.11.2017 писал(а):

Sci Rep. 2017 Nov 15;7(1):15604

Авторы: Sultan MM, Denny RA, Unwalla R, Lovering F, Pande VS

Краткий обзор:

Тирозинкиназа Брутона (БТК) — ключевой фермент в развитии B-клеток, ненадлежащее регулирование которого приводит к серьезным заболеваниям иммунодефицита. При проектировании избирательной БТК терапии было бы полезно усовершенствовать компьютерное структурное моделирование единого раствора киназы. Однако это остается сложной задачей ввиду огромных вычислительных затрат на проведение выборки в биологических масштабах. В этой работе мы объединяем имитации молекулярной динамики (MD) с марковской моделью состояний (МСМ), чтобы сообщить о термодинамике, кинетике и доступных состояниях домена киназы БТК. Наша конформационная среда связывает активное состояние с несколькими неактивными состояниями через структурно разнообразное промежуточное звено. В наших расчетах прогнозируется расширение пластичности кинома и указывается на наличие нескольких новых потенциально излечимых БТК состояний. Мы также считаем, что популяция этих состояний и кинетика их взаимных преобразований заменяются остатками протонирования аспартата, создаваемая силой молекулярной динамики и МСМ при прогнозировании последствий химических возмущений.
PMID: 29142210 [PubMed – в процессе]


Ссылка на nature.com

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Подход минимальных вариантов кластеризации создает надежные и простые в понимании укрупненные модели
Anton Thynell 18.12.2017 писал(а):
Подход минимальных вариантов кластериации создает надежные и простые в понимании укрупненные модели.

J Chem Theory Comput. 2017 Dec 18;:

Авторы: Husic BE, McKiernan KA, Wayment-Steele HK, Sultan MM, Pande VS

Краткий обзор:
Марковские модели состояний (ММС) представляют собой мощную основу для анализа наборов данных молекулярной динамики, таких как моделирование складывания белков, благодаря их прямолинейной конструкции и статистической строгости. Укрупненные ММС в интерпретируемых количествах макросостояний является важнейшим шагом на пути соединения теоретических результатов с экспериментальными наблюдениями. Здесь мы представляем подход минимальных вариантов кластеризации (ПМВК) для укрупненной ММС в модель макросостояния. Метод использует агломеративную кластеризацию с объективной функцией минимальной дисперсии Уорда, и сходство динамики микросостояний определяется с помощью расхождения Дженсена-Шеннона между соответствующими строками в матрице вероятности перехода ММС. Сначала мы показываем, что ПМВК дает интуитивно понятные результаты для простой трипептидной системы, и является надежным и долговременным статистическим артефактом. Затем ПМВК применяется к двум моделям складывания белка одного и того же белка в различных силовых полях, чтобы продемонстрировать, что различное количество макросостояний подходит для каждой модели, выявив неправильное состояние, присутствующее только в одном из моделирований. Наконец, показываем, что один и тот же метод может быть использован для анализа набора данных, содержащего много модулей MSM из моделирования в различных силовых полях, путем объединения их в группы и количественной оценки их динамического сходства в контексте выбора параметров силового поля. Подход минимальных вариантов кластериации с расхождением Дженсена-Шеннона обеспечивает мощный инструмент для группировки динамики по сходству как между моделями состояний, так и между динамическими моделями.

PMID: 29253336 [PubMed – как будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

»ASUS GTX 1060 по суперцене, бери, пока майнинг не обострился
»Скидка на GTX 1080 Gigabyte сделала ее дешевле разных GTX 1070
»Xiaomi Redmi со скидкой в Ситилинке. Смотри размер!
»-35% на ноутбук ACER, цена гораздо ниже, чем ты думаешь
»- 45% на планшет в Ситилинке, цена халява!
»GTX 1080Ti Zotac дешевле 60 т.р. !!!

 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Марковские модели состояний: от искусства к науке
Anton Thynell 12.01.2018 писал(а):
Марковские модели состояний: от искусства к науке.
J Am Chem Soc. 2018 Jan 11;:

Авторы: Husic BE, Pande VS

Краткий обзор:
Марковские модели состояний (МСМ) являются мощной основой для анализа динамических систем, таких как моделирование молекулярной динамики (МД), которые получили широкое распространение за последние несколько десятилетий. Этот обзор предлагает полную картину области МСМ на сегодняшний день, представленный для широкой аудитории в качестве графика ключевых событий в этой области. Мы последовательно рассматриваем ранние исследования, которые мотивировали метод, канонические документы, которые установили использование МСМ для анализа МД, и последующие достижения в программном обеспечении и протоколах анализа. Вывод вариационного принципа для МСМ в 2013 году ознаменовал поворотный момент от экспериментального подхода к созданию МСМ к систематическому, объективному протоколу. В сочетании с передовыми методами выбора моделей и программным обеспечением с открытым исходным кодом, этот подход открыл широкий спектр анализа МСМ для таких приложений, как сворачивание и аллостерия белков, связывание лиганд и белок-белковые взаимодействия. В заключение, выделены текущие границы разработки методов, а также интересные приложения в области экспериментального проектирования и обнаружения лекарств.

PMID: 29323881 [PubMed – как будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 266 • Страница 14 из 14<  1 ... 10  11  12  13  14

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 3


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  



Лаборатория














Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan


Яндекс.Метрика