Форум http://foldingforum.org/ отключен, ведутся работы. В частности, мы добавили поддержку https для безопасной авторизации на форуме. Какое-то время займет Обновление DNS. До тех пор вы можете использовать форум с https: https://foldingforum.org

Core16 заканчивает свой жизненный цикл - проекты, использующие его, завершены, а Core17 обладает несколькими важными функциями, необходимыми в наших новых проектах. Точная дата последнего задания для Core16 неизвестна, но произойдет это очень скоро - в течение недели или двух.

Однако, у Core17 есть одна неприятная проблема. В то время как большинство видеокарт AMD демонстрируют огромный прирост производительности на Core17, на платах 5ххх серии наблюдается падение ППД. Мы продолжаем попытки исправить эту ситуацию, но пока, к сожалению, не добились успеха.

Planned maintenance complete, server room back online
October 22, 2013 by Vijay Pande ·
Our planned maintenance is now complete and that server room is now back online.  The stats update has recommenced.

У нас есть правило периодически переоценивать программу bigadv, включая минимальные требования для получения bigadv заданий.
Задача bigadv - обеспечить самые большие и ресурсоемкие задания наиболее мощными машинами участников. Линейка этих машин, естественно, растет вместе с вычислительной мощностью. Сейчас программа bigadv ориентирована на cpu-вычисления, и в связи с ростом количества процессорных ядер и их производительности мы решили огласить наши планы по изменению минимальных требований на следующие несколько месяцев:

• 17 февраля 2014 (через 2 месяца) - 24 ядра
• 17 апреля 2014 (через 4 месяца) - 32 ядра

Мы понимаем, что эти изменения не всегда приятные и комфортные, и хотим заранее сообщить о них. Подчеркиваем, что научную ценность имеют все проекты Folding@home, и часть изменений в программе bigadv направлена на приток средней мощности машин в сегмент не-bigadv SMP проектов, где мы делаем большую часть научной работы.
Мы осознаем, что количество ядер - не самая лучшая характеристика производительности машины, но для нашей текущей инфраструктуры это наиболее простой и удобный показатель.

Еще раз благодарим за ваше щедрое участие в проекте Folding@Home!

Новая серьезная работа Pande Group только что вышла в журнале Nature Chemistry и - сюрприз! - попала на обложку!
#77

Вкратце, мы использовали методы, разработанные и отточенные в Folding@home для Google Exacycle (облачные вычисления Google — похоже на работу Folding@home за их файрволлом). Google предоставили Folding@home очень солидные ресурсы, которые позволят нам энергично работать с действительно значимой и важной проблемой в биологии и создании препаратов.

В частности, мы получили возможность изучать белковую динамику B2AR¹ - рецептора, сопряженного с G-белком² - важного во многих медицинский и биологических процессах (особенно астме или болезнях сердца). Еще один захватывающий момент в том, что это открывает двери для гораздо более широкого применения FAH и наших методов. На самом деле это лишь первая из нескольких публикаций в серии работ по применению FAH и FAH-подобных методов для решения ключевых биомедицинских вопросов.

Больше информации можно прочитать в соответствующей статье на нашем сайте

Упал ключевой FAH сервер, что означает задержку с обновлением статистики (очки будут храниться на рабочих серверах, но пока не попадут в статистику на сайте), и распределяющий сервер для gpu тоже в дауне. Мы сообщим, когда будет больше информации. К сожалению, Стэнфорд в отключке¹ на этой неделе, и сисадмины на сокращенном графике, поэтому время отклика будет больше, чем обычно.

Сервер VM подняли, так что основные сервисы снова работают (assign2, assign-GPU и статистика), кроме assign-GPU2 (резервного распределяющего gpu задания). Учитывая важность GPU заданий, мы поднимем его на следующей неделе. Некоторое время назад мы заложили такую возможность в архитектуру, поэтому все v7 клиенты должны работать и с одним распределяющим сервером, если второй выйдет из строя.

Несколько месяцев назад я запустил несколько проектов для изучения динамики белка ДГФР (дигидрофолат редуктаза), и сейчас у меня достаточно данных, чтобы начать анализ. Это очень интересный белок, его изучение важно и для противораковых, и для антибактериальных препаратов.
Есть также значимые экспериментальные данные, что конформационная динамика ДГФР важна для его функций, но полного понимания этого у нас пока нет. Более глубокое понимание сути из этих проектов может дать нам представление о том, как использовать динамику ДГФР в терапевтических целях.

Мы заметили нехватку заданий для Core17 и уже создаем новые. Это займет некоторое время, возможно, до завтрашнего утра. А затем будет много Core17 заданий.

Сервер виртуальных машин снова упал этой ночью. Он уже работает, но меня не радует, что это происходит так часто. Мы разбираемся с тем, что происходит. Позже на этой неделе у нас будет резервный распределительный сервер для gpu, который уменьшит влияние от падения сервера vm, хотя мы по-прежнему должны докопаться до его причины. Возможно, эта машина подошла к концу своей жизни, и у нее есть аппаратные проблемы.

Пока особо нечем похвастаться, но мы достигли некоторого прогресса: Apple привлекли нас для исправления ошибок, которые мы обнаружили некоторое время назад и которые не давали нам поддерживать наш код для GPU (OpenMM) в OSX. Никаких обещаний, но хотя бы какой-то прогресс.

Мы рады сообщить, что у нас заработал резервный GPU AS (распределительный) сервер.
Как и с другими нашими серверами, вы можете проверить подключение, введя в браузере адрес http://assign-gpu2.stanford.edu. Вы увидите ответ "ОК", если сервер доступен.

Использование резервного GPU AS сервера - это новая фича в инфраструктуре F@H и, чтобы она заработала, нам нужно добавить такую возможность в клиент. Этой задаче установлен высший приоритет.

Мы сделали некоторые настройки в статистике серверов, а именно добавили строку для этого сервера (так что участники смогут увидеть, работает ли он) и колонку для WS¹, с которыми он работает. Мы вскоре планируем запустить в бета-тестирование новую версию клиента с поддержкой нового GPU AS² (в том числе), надеемся сделать это 10 января.

Мы проводили работы на F@H серверах, и нам пришлось отключить статистику на несколько более долгий срок, чем хотелось бы. Сейчас уже всё работает. Приносим извинения за задержку в обновлении статистики.

В сотрудничестве с Apple мы хорошо продвинулись с OpenMM (на котором работает наше gpu-ядро) на OSX. Это обнадеживает, хотя пока мы и не можем ничего обещать. Интересующиеся могут следить за ходом нашей разработки на github'e: https://github.com/SimTk/openmm/commits/master

Мы выпустили новый клиент в бета-тестирование. Эта версия получила новый и улучшенный веб-интерфейс, который проще и, надеемся, интуитивно понятнее, а так же показывает персональные и командные очки. Кроме того, сюда включен ряд улучшений и исправлений относительно последней релиз-версии 7.3.6 и поддержка нового GPU AS сервера.

Подробности в ветке на folding forum'e

Мы вот-вот запустим наш первый крупный проект на новом сервере в Мемориальном онкологическом центре имени Слоуна-Кеттеринга.
Наша цель - белок, известный как рецептор эпидермального фактора роста (РЭФР)¹, который входит в семейство киназ человеческих белков. Киназы² являются ключевыми компонентами в клеточных сигнальных путях, которые контролируют и координируют всю клеточную активность. Когда киназы активируются, они передают сообщения другим белкам, присоединяя небольшие молекулы фосфата к определенным частям их структуры. Для правильной регуляции сигнальных путей, клетка также должна быть в состоянии временно деактивировать киназы. Однако, мутации в генах киназ могут привести к их постоянному активному состоянию и, в результате, избыточной активации соответствующих сигнальных путей. В некоторых случаях это приводит к тому, что клетки начинают неуправляемо делиться и расти, что в конечном итоге является причиной многих видов рака. РЭФР мутации связаны с определенными типами рака легких, молочной железы, толстой кишки, прямой кишки и мозга. Существует небольшое количество противо-РЭФР препаратов (gefitinib, erlotinib, and cetuximab), но развитие устойчивости мутации во время лечения становится огромным препятствием для их эффективного использования.

Лаборатория Чодера работает над изучением ряда факторов, которые исторически мешали созданию эффективных препаратов для лечения киназ. Во-первых, нас интересует, что делает молекулы лекарств избирательными для разных киназ (так как в клетке человека есть около 500 видов киназ с почти идентичными активными центрами). Во-вторых, мы хотим понять физический механизм, который развивает устойчивость мутации и уменьшает терапевтический эффект препарата. В итоге, мы надеемся, что сможем использовать генетические данные конкретного пациента для определения оптимальной для него фармакотерапии. Есть много теоретических и алгоритмические препятствий, которые мы должны будем преодолеть, но F@H моделирование РЭФР будет первым шагом на пути достижения этих целей.

Еще раз благодарим всех участников F@H за предоставленные мощности, которые делают возможным наши исследования!

Команда исследователей в Лаборатории Чодера в Мемориальном онкологическом центре имени Слоуна-Кеттеринга, занимающихся изучением РЭФР: Daniel L. Parton, Patrick M. Grinaway, Kyle A. Beauchamp и Sonya M. Hanson.
Особая благодарность Richard Knospler из MSKCC Open Systems group за помощь с софтом и железом в запуске и работе наших серверов!

Мы потратили много времени на чтение комментариев о bigadv эксперименте, и пришли к некоторым выводам о том, как нам следует действовать. Bigadv была изначально задуман как эксперимент - продвинуть близко насколько возможно Folding@home к работе на традиционных суперкомпьютерах, выполнять расчеты, которые большинство исследователей считали невозможными на платформе распределенных вычислений. Для этого требования для bigadv должны быть достаточно экстремальными и постоянно обновляющимися (так же как суперкомпьютеры постоянно обновляются на новейшее железе). В знак признания этого экстремального набора требований достигался очень высокий PPD.

Bigadv был приняты участниками с мощными машинами, а так же побуждали их покупать и строить дорогие мощные машины. Естественно, что они они были расстроены при изменении требований. Тем не менее, обновление bigadv необходимо, чтобы обеспечивать ими только топовые машины в F@H. Иначе огромная инфляция очков ждет не-bigadv участников, а мы будем ограничены в остальных (не bigadv) проектах.

Последнее объявление изменений в bigadv вызвало резко отрицательную реакцию, что было далеко от наших намерений. Мы здесь, чтобы двигать наши исследования вперед и объединить участников для этого важного дела, над которым мы все вместе работаем. Но изменения в bigadv сделали противоположное, они оттолкнули людей от Folding@home и превратились в препятствие для нашего продвижения вперед.

Мы выслушали комментарии участников (тех, кто считает bigadv, и тех, кто нет) и пришли к следующему плану, который учитывает их интересы и позволит избежать такого рода проблем в будущем.

1) Объявленные изменения требования в bigadv будут пересмотрены. Единственное намеченное изменение будет ограничение в 24 ядра (с соответствующими изменениями дедлайнов), которое вступит в силу 1 мая 2014 года. Зачем нужно ограничение на минимальное количество ядер? Вообще, F@H работает лучше на небольшом количестве длинных траекторий, чем на множестве медленных, поэтому нам нужно периодически менять требования bigadv. Учитывая объем работы, который мы хотели бы сделать в bigadv, планка должна быть поднята выше текущего уровня. Хотя 32 ядра были бы идеальны, мы всё еще можем работать с 24, поэтому учитывая интересы участников, будет установление такое ограничение.

2) Программа bigadv будет завершена 31 января 2015 года. В этот день сервера перестанут выдавать задания и будут работать только на прием. Это позволит участникам продолжить использовать их машины и окупить больше своих инвестиций, чем по предыдущему плану. Это решение так же поможет избежать будущих проблем и раздоров в F@H сообществе, связанных с bigadv. Мы понимаем, что многие участники будут разочарованы этим. Это мое решение, и по моему мнению это то, что нужно сделать для блага F@H в долгосрочной перспективе, хотя я знаю, что сейчас многие участники будут им растроены.

В руководстве F@H мой подход был выйти за пределы, пробовать новые эксперименты, но так же смотреть в будущее, чтобы F@H мог пережить и превзойти другие проекты распределенных вычислений. Мы начинали с создания F@H больше 13 лет назад, затем задействовали графические процессоры, Playstation 3, настоящий SMP и суперкомпьютеры с bigadv - мы постоянно пробовали новые направления, чтобы все дальше и дальше продвигать наши исследования. Все эксперименты однажды заканчиваются, рано или поздно. Думаю, моя команда и я много вынесли из недавних обсуждений, и сейчас пришло время сконцентрироваться на ключевых аспектах F@H и улучшать их, а не пытаться откусить слишком много.

Следующие шаги будут включать обсуждение изменения формулы QRB и, возможно, обновление бенчмарк-машины. Мы хотим получить больше участия кранчеров в обоих изменениях. Так как проект распределенных вычислений не может эффективно управляться голосованием, я вижу много места для улучшения взаимодействия с участниками и понимания их запросов. Я очень взволнован будущим F@H. Думаю, наша команда многому научилась с bigadv, и надеюсь, мы сможем использовать наш опыт для улучшения F@H.

Спасибо всем за их вклад и участие в Folding@Home. Работая вместе мы делали и будем делать великие дела!

Мы получили сообщения участников об ошибке в вычислении PPD последней версии клиента v7.4.0. После проверки кода, мы обнаружили, что в v7.3.11 при расчете бонуса использовался неправильный дедлайн. Ошибку пофиксили в исходниках, исправление выйдет в следующем обновлении.

Один из недавно возникших вопросов - это снижение количество процессоров, участвующих в F@H, в последние полгода. Это обусловлено несколькими факторам.

Мы часто договариваемся с корпорациями об использовании их вычислительных мощностей для F@H. В большинстве случаев, помощь, которую мы от них получаем, ограничена конкретными промежутками времени. Это может быть кампания или определенный срок действия. Мы постоянно ведем переговоры с компаниями для такого сотрудничества, поэтому колебание количества компьютеров могут быть достаточно большим, особенно быстро меняется количество одноядерных клиентов.

В последних таких сотрудничествах одноядерные процессоры значительно превысили по количеству GPU и многоядерные процессоров, поэтому ,хотя число машин несколько снизилось, вычислительные мощности остались на высоком уровне. Сегодня мы обладаем порядка 15 PFLOPs, что делает F@H очень и очень мощным суперкомпьютером, особенно учитывая что традиционные суперкомпьютеры не показали бы своей производительности, если бы использовали F@H методы подсчета мощности. В конечном счете высокая производительность F@H оказывает огромное влияние на нашу работу.

С учетом сказанного, очень важно подчеркнуть, что мы ценим вклад всех участников. Действительно, мы уже показали в прошлом (и будем показывать в будущем), что мощность множества даже одноядерных компьютеров, объединенных вместе, может делать удивительные вещи. Для этих целей, в частности, мы работаем на ПО для серверов, которые позволит более эффективно задействовать компьютеры с одноядерными процессорами.

Как мне кажется, в будущем F@H придется быть неоднородным и, возможно, даже использовать мобильные устройства. В ближайшие недели мы надеемся представить наши планы более публично, с некоторыми новыми инициативами для CPU, которые, я думаю, могут значительно увеличить мощность F@H.

Участники F@H часто спрашивают, как им увидеть больше из того, что происходит за кулисами. Один из способов - следить за ходом наших разработок на github. Здесь вы можете увидеть некоторые из наших ключевых инструментов, включая OpenMM (Core17) и MSMBuilder (ПО для создания и анализа МСМ¹)

Меня неоднократно спрашивали, где достать F@H футболки. И вот мы создали заказ на teespring.com для всех желающих. Прибыль пойдет на поддержку разработок F@H.

Мы внесли некоторые изменения в Assignment Server (распределяющий сервер), чтобы улучшить получение заданий на старых одноядерных машинах с 6 клиентом. 7 клиент объединил SMP и одноядерный клиент, и он представляется серверу немного по-другому, но этого достаточно для того, чтобы могли появиться проблемы с получением заданий у старых одноядерных машин с 6 клиентом.
Обновленная версия сейчас работает на главном AS и, похоже, работает хорошо. Скоро будут обновлены и остальные AS.

Я буду выступать на NVIDIA GTC с нашими последними достижениями, конкретно - "OpenMM молекулярная динамика киназ: ключевые цели создания противораковых препаратов достигнутые с помощью новых методов и GPU кластеров". 50-минутное выступление запланировано на 25 марта 2014 14:30