Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Biker    MegaCalcii   



Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 268 • Страница 14 из 14<  1 ... 10  11  12  13  14
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Advanced member
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.12.2002
Откуда: TSC! | Москва
Тема предназначена для публикации новостей о проекте Folding@Home.

Комментарии к новостям - только в порядке дополнения или исправления ошибок. Все другие обсуждения - в соответствующих темах форума.

Наиболее значимые новости и события:
2018г.
Новый домен сайта новостей https://foldingathome.org
Научные статьи\результаты по F@H https://foldingathome.org/papers-results/
2017г.
Новый адрес сайта новостей http://folding.stanford.edu/news/
2016г.
Проблемы на 21 ядре (OpenMM GPU) с новыми драйверами NVIDIA 375.57 и 375.63 в Windows
2015г.
Достижения FAH в 2015 со взглядом на 2016 год
07.07.2015 Первая полная версия Folding@Home клиента для Android-устройств
24.02.2015 Появление ядра 18 новой 0.0.4 версии теперь и под Linux и для карт AMD
Поддержка Больших Жаб(bigadv) прекращена с 31.01.2015г.
2014 г.
Новый способ расчетов - Folding в браузере
9.07.2014 Появление нового ядра 18 версии под Windows/Nvidia и заданий под него, которое является улучшенной версией 17 ядра
2013 г.
Проект F@H преодолел 10 петафлоп
Новое универсальное AMD/nVidia GPU ядро (FahCore_17) в открытом тестировании!
2007 г.
Сеть Folding@home занесена в Книгу рекордов Гиннеса


Последний раз редактировалось MegaCalcii 20.10.2018 9:27, всего редактировалось 125 раз(а).
Октябрь 2018



Партнер
 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Конформация и динамика жидкостно сопряженных изоиндиго-основанных донор-акцепторных полимерных одиночных цепей
Anton Thynell 26.10.2017 писал(а):
Конформация и динамика жидкостно сопряженных изоиндиго-основанных донор-акцепторных полимерных одиночных цепей.
J Phys Chem Lett. 2017 Oct 25;:
Авторы: Lee FL, Barati Farimani A, Gu KL, Yan H, Toney MF, Bao Z, Pande VS

Краткий обзор:
Сопряженные полимеры - ключевой материал в тонкопленочных органических оптикоэлектронных устройствах из-за универсальности этих молекул в сочетании с их полупроводниковыми свойствами. Понимание молекулярного масштабирования сопряженных полимеров имеет важное значение для оптимизации тонкопленочной морфологии. В данной работе рассмотрено поведение жидкостных сопряженных изоиндиго-основанных донор-акцепторных полимерных одиночных цепей различной длины с использованием атомистической молекулярной динамики (МД) моделирования. Наши расчеты объясняют переход от структуры прута до катушки исходя из анализа нормальных способов и постоянства длины. Кроме того, мы нашли еще один переход, основанный на среде растворителей, в противоположность такому, как в хорошем растворителе с красным кровяным шариком, аналогичным образом в слабом растворителе. В целом наши результаты дают ценную информацию о переходе между конформационными режимами сопряженных полимеров как функции длины цепи, так и растворяющей среды, что позволит точно параметризовать модели более высокого уровня.

PMID: 29065685 [PubMed – как будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Моделирование молекулярной динамики позволяет выявить лиганд-контролируемое позиционирование периферического белкового комплекса в мембранах
Anton Thynell 01.11.2017 писал(а):
Nat Commun. 2017 02 23;8(1):6
Авторы: Ryckbosch SM, Wender PA, Pande VS

Краткий обзор:

Бриостатин находится на стадии клинических испытаний на болезнях Альцгеймера, рака и искоренения ВИЧ/СПИДа.
Он привязывается к белку киназы C конкуретно с диацилглицеролом, внутренним регулятором белка киназы C и производя форбол эфиры, но каждый лиганд стимулирует различные показатели. Определение структурного происхождения этих различных показателей на основе рентгеновских анализов не увенчалось успехом из-за трудностей, связанных с кристаллизацией белка киназы C с соответствующими лигандами. Что более важно, статические комплексы со связанной кристаллической решеткой, не учитывают влияния мембраны на структуру и динамику мембранных белков. Чтобы решить эту общую проблему, мы расширили временные рамки (в совокупности от 400-500 мкс) всеатомных молекулярных моделирований динамики комплексов киназы белка C-лиганд-мембраны и заметили, что различные активаторы киназы белка C дифференцированно помещают комплекс в мембрану, частично благодаря их отличающимся взаимодействиям с водами во внутреннем листе мембраны. Эти новые выводы позволяют использовать новые стратегии для разработки более простых, более эффективных аналогов белка киназы C и могут также оказаться полезными для других периферийных белковых комплексов. Запасов соединений природного бриостатина недосточно для клинических испытаний при болезнях Альцгеймера, рака и ВИЧ. Итак, авторы выполняют молекулярную динамику, чтобы понять, как бриостатин взаимодействует с мембраной белка киназы C, предлагая идеи для проектирования аналогов бриостатина.

PMID: 28232750 [PubMed – опубликовано для MEDLINE]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Примечание: время задержки MSM не может использоваться для выборочной вариативной модели
Anton Thynell 09.11.2017 писал(а):

J Chem Phys. 2017 Nov 07;147(17):176101

Авторы: Husic BE, Pande VS

Краткий обзор:

Вариативный принцип в отношении динамики развития позволил обеспечить систематическую конструкцию Марковских Моделей Состояний путем оптимизации параметров, приближенных к оператору переноса. В этой заметке мы обсуждаем вопрос о том, почему время запаздывания оператора, которое является приблизительным, должно быть неизменным в вариативном подходе.

PMID: 29117698 [PubMed – в процессе]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Миллисекундная динамика БТК показывающая расширение пластичности кинома в пределах домена киназы
Anton Thynell 16.11.2017 писал(а):

Sci Rep. 2017 Nov 15;7(1):15604

Авторы: Sultan MM, Denny RA, Unwalla R, Lovering F, Pande VS

Краткий обзор:

Тирозинкиназа Брутона (БТК) — ключевой фермент в развитии B-клеток, ненадлежащее регулирование которого приводит к серьезным заболеваниям иммунодефицита. При проектировании избирательной БТК терапии было бы полезно усовершенствовать компьютерное структурное моделирование единого раствора киназы. Однако это остается сложной задачей ввиду огромных вычислительных затрат на проведение выборки в биологических масштабах. В этой работе мы объединяем имитации молекулярной динамики (MD) с марковской моделью состояний (МСМ), чтобы сообщить о термодинамике, кинетике и доступных состояниях домена киназы БТК. Наша конформационная среда связывает активное состояние с несколькими неактивными состояниями через структурно разнообразное промежуточное звено. В наших расчетах прогнозируется расширение пластичности кинома и указывается на наличие нескольких новых потенциально излечимых БТК состояний. Мы также считаем, что популяция этих состояний и кинетика их взаимных преобразований заменяются остатками протонирования аспартата, создаваемая силой молекулярной динамики и МСМ при прогнозировании последствий химических возмущений.
PMID: 29142210 [PubMed – в процессе]


Ссылка на nature.com

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Подход минимальных вариантов кластеризации создает надежные и простые в понимании укрупненные модели
Anton Thynell 18.12.2017 писал(а):
Подход минимальных вариантов кластериации создает надежные и простые в понимании укрупненные модели.

J Chem Theory Comput. 2017 Dec 18;:

Авторы: Husic BE, McKiernan KA, Wayment-Steele HK, Sultan MM, Pande VS

Краткий обзор:
Марковские модели состояний (ММС) представляют собой мощную основу для анализа наборов данных молекулярной динамики, таких как моделирование складывания белков, благодаря их прямолинейной конструкции и статистической строгости. Укрупненные ММС в интерпретируемых количествах макросостояний является важнейшим шагом на пути соединения теоретических результатов с экспериментальными наблюдениями. Здесь мы представляем подход минимальных вариантов кластеризации (ПМВК) для укрупненной ММС в модель макросостояния. Метод использует агломеративную кластеризацию с объективной функцией минимальной дисперсии Уорда, и сходство динамики микросостояний определяется с помощью расхождения Дженсена-Шеннона между соответствующими строками в матрице вероятности перехода ММС. Сначала мы показываем, что ПМВК дает интуитивно понятные результаты для простой трипептидной системы, и является надежным и долговременным статистическим артефактом. Затем ПМВК применяется к двум моделям складывания белка одного и того же белка в различных силовых полях, чтобы продемонстрировать, что различное количество макросостояний подходит для каждой модели, выявив неправильное состояние, присутствующее только в одном из моделирований. Наконец, показываем, что один и тот же метод может быть использован для анализа набора данных, содержащего много модулей MSM из моделирования в различных силовых полях, путем объединения их в группы и количественной оценки их динамического сходства в контексте выбора параметров силового поля. Подход минимальных вариантов кластериации с расхождением Дженсена-Шеннона обеспечивает мощный инструмент для группировки динамики по сходству как между моделями состояний, так и между динамическими моделями.

PMID: 29253336 [PubMed – как будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Марковские модели состояний: от искусства к науке
Anton Thynell 12.01.2018 писал(а):
Марковские модели состояний: от искусства к науке.
J Am Chem Soc. 2018 Jan 11;:

Авторы: Husic BE, Pande VS

Краткий обзор:
Марковские модели состояний (МСМ) являются мощной основой для анализа динамических систем, таких как моделирование молекулярной динамики (МД), которые получили широкое распространение за последние несколько десятилетий. Этот обзор предлагает полную картину области МСМ на сегодняшний день, представленный для широкой аудитории в качестве графика ключевых событий в этой области. Мы последовательно рассматриваем ранние исследования, которые мотивировали метод, канонические документы, которые установили использование МСМ для анализа МД, и последующие достижения в программном обеспечении и протоколах анализа. Вывод вариационного принципа для МСМ в 2013 году ознаменовал поворотный момент от экспериментального подхода к созданию МСМ к систематическому, объективному протоколу. В сочетании с передовыми методами выбора моделей и программным обеспечением с открытым исходным кодом, этот подход открыл широкий спектр анализа МСМ для таких приложений, как сворачивание и аллостерия белков, связывание лиганд и белок-белковые взаимодействия. В заключение, выделены текущие границы разработки методов, а также интересные приложения в области экспериментального проектирования и обнаружения лекарств.

PMID: 29323881 [PubMed – как будет представлено издателем]

Прогнозирование резистентности клинических мутаций Abl к целевым ингибиторам киназы с использованием алхимических расчетов свободной энергии
Commun Biol. 2018;1:
Авторы: Hauser K, Negron C, Albanese SK, Ray S, Steinbrecher T, Abel R, Chodera JD, Wang L
Anton Thynell 16.01.2018 писал(а):
Краткий обзор:
Терапевтический эффект целенаправленных ингибиторов киназы может быть значительно уменьшен внутренними или приобретенными мутациями сопротивления, которые модулируют близость лекарства для киназы. При раке большинство пропущенных мутаций редки, что затрудняет прогнозирование их влияния на сродство к ингибитору. Это усложняет практику точной медицины, связывающую пациентов с клиническими испытаниями и развитием ингибиторов следующего поколения. Здесь мы рассмотрим потенциал для алхимических расчетов свободной энергии, чтобы предсказать, как киназные мутации модулируют сродство ингибитора к Abl, основной мишени при хронической миелогенной лейкемии (ХМЛ). Мы предполагаем, что эти расчеты могут достичь полезной точности в прогнозировании резистентности для набора из восьми одобренных FDA ингибиторов киназы через 144 клинически идентифицированных точечных мутаций, достигая среднеквадратичной ошибки в изменениях свободной энергии обмена 1.1x1.3x0.9 ккал / моль (доверительный интервал 95%) и правильно классифицировать мутации как устойчивые или восприимчивые с точностью 88x93x82%. Поскольку эти вычисления быстры на современных GPU, эта оценка устанавливает потенциал для поддержки физического моделирования совместной быстрой оценки и прогнозирования возможности мутаций пациента и эффективность лекарственного средства в клинических применениях.
PMID: 30159405 [PubMed]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Последний раз редактировалось MegaCalcii 20.10.2018 8:49, всего редактировалось 1 раз.
Добавлена статья от 16.01


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Капитальная реконструкция Android клиента
Anton Thynell 02.02.2018 писал(а):
"В октябре 2017 года мы объявили о клиенте Folding@Home Android, с открытым исходным кодом, разработанным Sony. Мы хотим поблагодарить всех, кто внес свой вклад с помощью процессорного времени. С 16 февраля 2018 года больше нельзя будет использовать клиент Folding@Home Android от Sony."- Hakan Jonsson, Главный Инженер Sony Mobile Communications.

Мы хотим поблагодарить Sony Mobile за помощь в превращении Android-клиента из идеи в реальность.
Теперь мы работаем над капитальной реконструкцией серверной части, прежде чем перезапустить клиент Android. На данном этапе у нас нет даты для перезапуска.
Но мы будем держать вас в курсе.


ДВЭР ЯМР выявлены множественные конформеры белка "киназы с" с лигандом в среде мембраны

ACS Cent Sci. 2018 Jan 24;4(1):89-96
Авторы: Yang H, Staveness D, Ryckbosch SM, Axtman AD, Loy BA, Barnes AB, Pande VS, Schaefer J, Wender PA, Cegelski L

Anton Thynell 04.02.2018 писал(а):
Краткий обзор:

Бриостатин 1 (отныне бриостатин) находится в стадии клинических испытаний для лечения болезни Альцгеймера и для искоренения ВИЧ/СПИДа. Это также доклиническое руководство для иммунотерапии рака и других терапевтических показаний. Все же ничего не известно о структуре бриостатина, связанной с его целью белка киназы C (БКС) в мембранной микроокружающей среде. В результате, усилия по проектированию более эффективных, лучше переносимых, или более искусственно доступных лиганд были ограничены структурами, которые не включают БKC или мембранные эффекты, которые, как известно, влияют на закрепление лиганд-БКС. Эта проблема распространяется более широко на многие белки, связанные с мембраной в человеческом протеоме. Здесь мы используем твердотельный ЯМР с двойным вращательным эхо резонансом (ДВЭР) для определения конформаций модуляторов БКС, связанных с доменом БКСдельта-C1b в присутствии фосфолипидных везикул. Конформационным образом ограниченный модулятор диацетата форбола БКС (ДЦФ) используется в качестве начального испытательного исходного вещества. При непредвиденном разделении ДЦФ между не подвижным белковым состоянием и подвижным состоянием в сборке фосфолипидов, была обнаружена однократная конформация в связанном состоянии. В поразительном контрасте обнаружился аналог бриостатина (бриолог) существующий исключительно в связанном с белком состоянии, но принимает распределеные конформации, определяемые тремя независимыми измерениями расстояния. Обнаружение множественных конформеров бриолога с БКСдельта-C1b в функционально значимом фосфолипидном комплексе показывает присущую им динамическую природу клеточных систем, которые не захватываются одно-конформационными статическими структурами. Эти результаты показывают, что связность, выборочность и функционирование БКС-модуляторов, а также разработка новых модуляторов лучше всего решается с использованием динамической многоуровневой модели, которая потенциально применима к другим мембранно-связанным белкам.

PMID: 29392180 [PubMed]


Теоретические ограничения на длительность неявного временного масштаба в Марковских моделях состояния биомолекулярной динамики

J Chem Phys. 2018 Jan 28;148(4):044111
Авторы: Sinitskiy AV, Pande VS

Anton Thynell 04.02.2018 писал(а):
Краткий обзор:

Марковские модели состояния (МСМ) широко используются для анализа компьютерного моделирования различных биомолекулярных систем. Они могут захватывать конформационные переходы намного медленнее, чем средняя или максимальная длина единственной траектории молекулярной динамики (МД) из набора траекторий, используемых для построения МСМ. Эмпирическое правило, утверждающее, что самая медленная неявная шкала времени, захваченная МСМ, должна быть сопоставима по порядку величины с суммарной продолжительностью всех траекторий МД, используемых для сборки этих МСМ, было известно в этой области. Однако, формально это правило так и не было доказано. В этой работе мы представляем аналитические результаты для самого медленного временного масштаба в нескольких типах МСМ, поддерживающие приведенное выше правило. Мы заключаем, что самая медленная неявная временная шкала равна произведению совокупной выборки и четырех факторов, которые количественно оценивают: (1) Сколько статистики о конформационных переходах, соответствующих самой длинной неявной временной шкале, доступно, (2) Насколько хороша выборка целевого Марковского состояния, (3) выигрыш в статистике от использования скользящего окна для подсчета переходов между Марковскими состояниями, и (4) смещение оценки неявной временной шкалы, возникающее из конечной выборки конформационных переходов. Мы показываем, что во многих практически важных случаях все эти четыре фактора имеют порядок единицы, и анализируем возможные сценарии, которые могут привести к их значительному отклонению от единицы. В целом, мы впервые предоставляем аналитические результаты по самым медленным временным масштабам, полученным МСМ. Эти результаты могут служить руководством для дальнейшего практического применения МСМ в биомолекулярной динамике и обеспечить более высокую вычислительную эффективность моделирования.

PMID: 29390806 [PubMed – в процессе публикации]

Динамический механизм аллостерической активации Аврора киназы А путем фосфорилирования петли активации
Elife. 2018 Feb 21;7:
Авторы: Ruff EF, Muretta JM, Thompson AR, Lake EW, Cyphers S, Albanese SK, Hanson SM, Behr JM, Thomas DD, Chodera JD, Levinson NM
Anton Thynell 21.02.2018 писал(а):
Краткий обзор:
Многие эукариотические протеинкиназы активируются фосфорилированием на определенном сохраненном остатке в контуре регуляторной активации, пост-трансляционная модификация, по-видимому, стабилизирует активное состояние DFG-In каталитического домена. Здесь мы используем батарею спектроскопических методов, которые отслеживают различные каталитические элементы киназного домена, чтобы показать, что 100-кратная активация митотиковой киназы Аврора А (АврА) путем фосфорилирования происходит без изменения популяции от DFG-Out до DFG-In состояний и что цикл активации активированной киназы остается высокодинамичным. Вместо моделирования молекулярной динамики и электронного парамагнитного резонанса эксперименты показывают, что фосфорилирование запускает переключатель внутри субпопуляции DFG-In из автоингибированного субстрата DFG-In в активный субстрат DFG-In, что приводит к каталитической активации. Этот механизм вызывает новые вопросы о функциональной роли состояния DFG-Out в протеинкиназах.
PMID: 29465396 [PubMed – в процессе]

Передающие нейронные сети для расширенной выборки динамики белка

J Chem Theory Comput. 2018 Mar 12;:
Авторы: Sultan MM, Wayment-Steele HK, Pande VS

Anton Thynell 12.03.2018 писал(а):
Краткий обзор:

Вариационные структурные авто-шифровщики добились успеха в снижении сложной нелинейной динамики молекулярного моделирования для одного нелинейного вложения. В этой работе мы иллюстрируем, как это нелинейное скрытое вложение может использоваться в качестве коллективной переменной для расширенной выборки и представляет собой простую модификацию, которая позволяет быстро выполнять выборку в нескольких связанных системах. Сначала мы демонстрируем, что наш метод способен описывать эффекты изменения силового поля в покрытом дипептиде аланина после изучения модели с использованием AMBER99. Мы также предоставляем простое расширение для шифровщиков вариационной динамики, которое позволяет модели более эффективно обучаться на более крупных системах путем кодирования выходов линейного преобразования с использованием независимого компонентного анализа на основе временной структуры (tICA). Используя этот метод, мы покажем, как такая модель, обученная для одного белка, домена WW, может быть эффективно передана для выполнения расширенной выборки на связанном мутантном белке, мутации GTT. Этот метод показывает перспективность своей способности быстро пробовать связанные системы с использованием одной переносимой коллективной переменной, что позволяет нам исследовать эффекты вариации во все более крупных системах, представляющих биофизический интерес.

PMID: 29529369 [PubMed – как будет представлено издателем]

Количественное предсказание самосборки дает точечные нанолекарства
Nat Mater. 2018 Apr;17(4):361-368
Авторы: Shamay Y, Shah J, Is?k M, Mizrachi A, Leibold J, Tschaharganeh DF, Roxbury D, Budhathoki-Uprety J, Nawaly K, Sugarman JL, Baut E, Neiman MR, Dacek M, Ganesh KS, Johnson DC, Sridharan R, Chu KL, Rajasekhar VK, Lowe SW, Chodera JD, Heller DA
Anton Thynell 17.04.2018 писал(а):
Краткий обзор:
Разработка точечных лекарственных средств из наночастиц часто требует сложных синтетических схем, включающих как супрамолекулярную самосборку, так и химическую модификацию. Эти процессы, как правило, трудно предсказать, выполнить и контролировать. Мы описываем здесь целевую систему доставки лекарств, которая точно и количественно предсказана для самосборки в наночастицы на основе молекулярных структур молекул-предшественников, которые сами являются лекарствами. Препараты собираются с помощью сульфатированных индоцианинов в частицы со сверхвысокой загрузкой лекарств до 90%. Мы разработали модели количественного предсказания сборки структурных наночастиц (QSNAP) для определения и утверждения электротопологических молекулярных дескрипторов как высоко прогнозируемые индикаторы наносборок и нано-размеров. Полученные наночастицы избирательно выбирают ингибиторы киназы для кавеолин-1-экспрессий рака толстой кишки человека и аутохтонного рака печени, чтобы дать поразительные терапевтические эффекты, избегая pERK ингибирования в здоровой коже. Это открытие позволяет рассчитать дизайн нанолекарств на основе количественных моделей отбора точной дозы.
PMID: 29403054 [PubMed – в процессе]

Использование ИИ для исследования лекарств в двух историях

Anton Thynell 20.04.2018 писал(а):
Сегодня мы рады поделиться двумя статьями, в которых рассказывается о различных историях об обнаружении лекарств с помощью ИИ:

1. “Пространственные Скручивания Графа для Изобретения лекарства” описывают новую глубокую архитектуру нейронной сети для моделирования взаимодействий рецептора препарата. Мы утверждаем, что будущее прогнозирования взаимодействий между препаратом и его предполагаемой целью требует нечто большее для молекул, чем простое применение глубоких алгоритмов изучения из других областей, таких как зрение и речь https://arxiv.org/abs/1803.04465

2. «Механизм машинного обучения с использованием молекулярной динамики для открытия новых мю-опиоидных хемотипов» описывает алгоритм, который стимулирует движение белков, чтобы пополнить поиск активных молекул. Затем мы применили метод поиска нового химического каркаса, который мы экспериментально проверили, является ли он агонистом для мю-опиоидного рецептора. https://arxiv.org/abs/1803.04479

Примечание Calcii. Статья большая, поэтому приведу лишь заключительные замечания:

Первое использование термина "рациональное открытие лекарств", согласно записям Google Scholar, может быть от Richard D. Cramer'а, известного вычислительного химика, наиболее известного за его работу с Tripos, Inc. Программа определения перспективной макромолекулярной цели, имеющая атомарное разрешение связывающего кармана этой цели и, наконец, разработка молекул для связывания и модуляции этой цели для терапевтического эффекта и сейчас так же убедительна и вдохновляюща в 2018 году, как и в 1982 году. Если какой-либо вывод можно сделать из этих последних четырех десятилетий огромных усилий в "рациональном открытии лекарств", то это то, что вряд ли это будет панацея, которая будет общей техникой для создания новых лекарств.

В свете этой неимоверной сложности необходимо предостеречь от продолжающегося разрыва между учеными-экспериментаторами и учеными-вычислителями в общей борьбе с болезнями. Глубокое обучение может достигать сильной шумихи, но оно не имело бы никакой пользы в компьютерном открытии лекарств, если бы не неустанные усилия разработчиков силового поля и кристаллографов в повышении нашего понимания взаимодействий целевых-лекарств. Мы в лаборатории Pande считаем, что в ближайшие четыре десятилетия именно те, кто проявит храбрость или достаточную смелость перейдя дорогу и разработают методы на стыке между полями, они и позволят добиться наибольшего прогресса в реализации видения компьютерного открытия лекарств.


Nvidia завершает поддержку 32-битных версий

Anton Thynell 20.04.2018 писал(а):
Nvidia перестала поддерживать 32-битные платформы.
Вы можете прочитать больше здесь.
Если вы используете 32-разрядную версию Windows 7, Windows 8, Windows 10 или Linux, и вы используете графические карты Nvidia, это хороший повод побаловать себя обновлением системы.

Связывающие режимы лигандов с использованием расширенного отбора проб (BLUES): быстрое декорреляция режимов связывания лигандов с помощью неравновесного кандидата Монте Карло
J Phys Chem B. 2018 May 31;122(21):5579-5598
Авторы: Gill SC, Lim NM, Grinaway PB, Rustenburg AS, Fass J, Ross GA, Chodera JD, Mobley DL
Anton Thynell 31.05.2018 писал(а):
Краткий обзор:
Точное прогнозирование сродства связывания белков-лиганд является главной целью в химии вычислений, но даже прогнозирование режимов связывания лиганд в белках создает серьезные проблемы. Здесь мы сосредоточимся на решении проблемы предсказания режима привязки для твердых фрагментов. То есть мы фокусируемся на вычислении доминантного размещения, конформации и ориентации относительно твердых, фрагментированных лиганд в рецепторе и популяций многократных режимов связывания, которые могут быть релевантными. Эта проблема важна сама по себе, но еще более своевременна, учитывая недавний успех алхимических расчетов свободной энергии. Алхимические расчеты все чаще используются для предсказания свободных энергий лигандов с рецепторами. Однако точность этих вычислений зависит от правильной выборки соответствующих режимов связывания лиганда. К сожалению, режимы связывания лигандов часто могут быть неопределенными, трудно предсказать и/или замедлить взаимопревращения в масштабе времени моделирования, поэтому для правильной выборки с использованием современных методов может потребоваться чрезмерно длительное моделирование. Нам нужны новые методы, которые значительно улучшат выборку режимов связывания лигандов. Здесь мы разрабатываем и применяем неравновесный метод Монте Карло (НММК) для улучшения выборки режимов связывания лигандов. Технически лиганд вращается, а затем ему разрешается расслабляться в своем новом положении, посредством алхимического возмущения, прежде чем он примет или отклонит вращение и расслабление посредством неравновесного движения Монте Карло. При применении к системе связывания модели с лизоцимом T4 этот метод НММК показывает более чем на 2 порядка улучшенную эффективность выборки режима привязки по сравнению с симуляцией молекулярной динамики путем перебора. Это первый шаг к применению этой методологии к фармацевтически значимому связыванию фрагментов и, в конечном счете, к лекарственно-подобным молекулам. Мы делаем этот подход доступным через наши новые Связывающие режимы лигандов с использованием расширенного отбора проб (BLUES) пакет, который имеется в свободном доступе на GitHub.
PMID: 29486559 [PubMed – в процессе]

Биомолекулярное моделирование в условиях реалистичных макроскопических солей
J Phys Chem B. 2018 May 31;122(21):5466-5486
Авторы: Ross GA, Rustenburg AS, Grinaway PB, Fass J, Chodera JD
Anton Thynell 31.05.2018 писал(а):
Краткий обзор:
Биомолекулярное моделирование обычно проводят в водной среде, где количество ионов остается фиксированным на время моделирования, как правило, с минимально нейтрализующей ионной средой или рядом солевых пар, предназначенных для соответствия концентрации макроскопических солей. Напротив, настоящие биомолекулы испытывают локальные ионные среды, где концентрация соли динамична и может отличаться от массы. Степень изменчивости концентрации соли и среднее отклонение от макроскопической концентрации пока неизвестны. Здесь мы описываем теорию и реализацию осмостата Монте Карло, который может быть добавлен к явной молекулярной динамике растворителя или симуляциям Монте Карло с образцом из семигранного канонического множества, в котором число солевых пар динамически колеблется во время моделирования. Осмостат воспроизводит правильную статистику равновесия для объема моделирования, который может обменивать ионы с большим резервуаром при определенной макроскопической концентрации соли. Для достижения приемлемой скорости метод использует движение неравновесного кандидата Монте Карло (НКМК), в котором моновалентные ионы и молекулы воды алхимически трансмутируются с использованием коротких неравновесных траекторий, с модифицированным критерием Метрополиса-Гастингса, обеспечивающим правильную статистику равновесия множества (дельта Мю, N, p, T) для достижения повышения скорости в 1046 раз. Мы демонстрируем как типичные белки (DHFR и тирозинкиназа Src) и системы нуклеиновой кислоты (Drew-Dickerson B-DNA dodecamer) демонстрируют распределение концентрации соли, которые значительно отличаются от симуляций с фиксированной массой соли и показывают колебания, которые находятся на одном среднем уровне величины.
PMID: 29649876 [PubMed – в процессе]


Открытая библиотека доменных конструкций человеческих киназ для автоматизированной экспрессии бактерий
Biochemistry. 2018 Aug 07;57(31):4675-4689
Авторы: Albanese SK, Parton DL, Is?k M, Rodriguez-Laureano L, Hanson SM, Behr JM, Gradia S, Jeans C, Levinson NM, Seeliger MA, Chodera JD
Anton Thynell 07.08.2018 писал(а):
Краткий обзор:
Киназы играют критическую роль в клеточной передаче сигналов и нерегулируются в ряде заболеваний, таких как рак, диабет и нейродегенерация. Терапия, нацеленная на киназы, в настоящее время составляет примерно 50% усилий по поиску лекарств от рака. Способность исследовать биохимию и биофизику киназы человека в лаборатории имеет важное значение для разработки выборочных ингибиторов и изучения устойчивости к лекарствам. Бактериальные системы экспрессии превосходят клетки насекомых или млекопитающих с точки зрения простоты и экономической эффективности, но исторически боролись с экспрессией киназы человека. После открытия, что коэкспрессия фосфатазы приводит к высоким выходам доменов Src и Abl киназы в бактериях, мы создали библиотеку из 52 His-меток доменов человеческой киназы, которые экспрессируют более 2 мкг / мл культуры в автоматизированной бактериальной экспрессионной системе, использующей коэкспрессию фосфатазы (YopH для Tyr-киназ и лямбда для Ser/Thr-киназ). Здесь мы сообщаем о структурном подходе к биоинформатике для определения конструкций киназных доменов, ранее экспрессированных в бактериях, и, вероятно, хорошо отражены в нашем протоколе экспериментов, демонстрирующие нашу стратегию выбора конструкции, выбирая конструкции с хорошими результатами экспрессии при проверке 84 потенциальных границ киназной области для Abl ,и дает высокую производительность просеивания 96 конструкций человеческой киназы. Используя анализ термостабильности на основе флуоресценции и флуоресцентный АТФ-конкурентный ингибитор, мы показываем, что высоко-экспрессирующие киназы сворачиваются и имеют хорошо сформированные места связывания АТФ. Мы также демонстрируем, что эти конструкции могут давать характеристику клинических мутаций, экспрессируя группу мутаций 48 Src и 46 Abl. Библиотека конструкций киназы дикого типа доступна публично через Addgene.
PMID: 30004690 [PubMed – в процессе]

Новый со-директор Folding@home: профессор Greg Bowman

Vijay Pande 28.08.2018 писал(а):
С большой гордостью я представляю профессора Грегори Боумана, который присоединился ко мне в качестве со-директора Folding@home. Я знаю Грега более десяти лет, так как он был членом лаборатории Pande в Стэнфорде как аспирант и докторант. В Стэнфорде моделирования Folding@home Грега оказали большое влияние на наше понимание сворачивания белка. Кроме того, Грег сыграл ключевую роль в разработке методов марковской модели состояния, Грег стал одним из основателей программного пакета MSMBuilder, который в настоящее время используется во многих лабораториях по всему миру. После работы в Стэнфорде Грег занимал престижную должность стипендиата Миллера в Калифорнийском университете в Беркли, где он сочетал достижения теории и экспериментов в многочисленных биофизических приложениях. Затем он перешел в свою собственную лабораторию в качестве профессора Вашингтонского университета в Сент-Луисе. Грег имеет длинную, активную историю с Folding@home и будет идеальным выбором для помощи в Folding@home в свой третий десяток лет и дальше.


От нового со-директора Folding@home: профессора Greg Bowman

Greg Bowman 29.08.2018 писал(а):
Я хочу поблагодарить профессора Панде за его руководство и щедрую поддержку его учеников за последние 20 лет. В течение этого времени Folding @ home служил уникальным научным ресурсом, используя беспрецедентные вычислительные возможности для решения некоторых из самых сложных задач науки. Поскольку профессор Панде основал Folding @ home, ряд выпускников его лаборатории продолжали участвовать в проекте из широкого круга университетов и научно-исследовательских институтов, включая Мемориальный Слоун Кеттерингский Раковый Центр, Вашингтонский Университет в Сент-Луисе, Университет Темпл и Гонконгский университет науки и техники. В дополнение к текущим фундаментальным исследованиям процессов, таких как свертывание белка, Folding @ home теперь дает представление о широком спектре заболеваний, включая болезни Альцгеймера, рак, устойчивые к антибиотикам инфекции и Ebola.

Расширение возможностей Folding @ home означает, что многое делается, и я очень хочу присоединиться к профессору Панде, в качестве со-директора, чтобы помочь управлять проектом и гарантировать, что участие в Folding@home является отличным опытом для всех наших добровольцев. Я и мои коллеги очень благодарны всем за участие в этом проекте, и я с нетерпением жду возможности работать с вами над важными научными открытиями.

Байесовский анализ изотермической титровальной калориметрии для термодинамики связывания
PLoS One. 2018;13(9):e0203224

Авторы: Nguyen TH, Rustenburg AS, Krimmer SG, Zhang H, Clark JD, Novick PA, Branson K, Pande VS, Chodera JD, Minh DDL
Anton Thynell 13.09.2018 писал(а):
Краткий обзор:
Изотермическая калориметрия титрования (ИКТ) является единственным методом, позволяющим определить как энтальпию, так и энтропию нековалентной ассоциации в одном эксперименте. Однако стандартный метод анализа данных, основанный на нелинейной регрессии, дает нереалистично небольшие оценки неопределенности из-за его пренебрежения доминирующими источниками ошибок. Вот, мы представляем байесовскую структуру для отбора проб из следующего распределения всех термодинамических параметров и других интересующих количеств из одного или нескольких экспериментов ИТК, позволяя количественно оценивать неопределенности и корреляции. Для серии измерений ИТК на системах металл:хелатор и белок:лиганда, байесовский подход дает неопределенности, которые представляют собой изменения от эксперимента к эксперименту для более точных результатов, чем стандартный анализ данных. В некоторых наборах данных средняя энтальпия связывания сдвигается на 1,5 ккал / моль. Внедрение Python'а для анализа данных, сгенерированных инструментами MicroCal (и адаптируемых к другим калориметрам), в свободном доступе онлайн.
PMID: 30212471 [PubMed – в процессе публикации]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Последний раз редактировалось MegaCalcii 20.10.2018 8:47, всего редактировалось 6 раз(а).
Добавлены статьи от 21.02, 17.04, 31.05, 07.08, 13.09


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Моделирование регуляторного домена ACT человеческой фенилаланингидроксилазы представляет собой механизм связывания фенилаланина
J Biol Chem. 2018 Oct 04;:
Авторы: Ge Y, Borne E, Stewart S, Hansen MR, Arturo EC, Jaffe EK, Voelz VA
Anton Thynell 04.10.2018 писал(а):
Краткий обзор:
Фенилаланингидроксилаза (ФГ) регулирует уровни фенилаланина (ФЕ) у млекопитающих, чтобы предотвратить нейротоксичность в результате высоких концентраций ФЕ, наблюдаемых при генетических нарушениях, приводящих к гиперфенилаланинемии и фенилкетонурии. ФГ оценивает повышенные концентрации ФЕ с помощью переходного аллостерического ФЕ связанного с белок-белок интерфейсом между ACT доменами разных субъединиц в тетрамере ФГ.
Этот интерфейс присутствует в активированном тетрамере ФГ (А-ФГ) и отсутствует в тестераторе ФГ в состоянии покоя (СП-ФГ). Чтобы исследовать этот аллостерический чувствительный механизм, мы использовали набор моделирования молекулярной динамики GROMACS на вычислительной платформе Folding @ home для выполнения обширных молекулярных симуляций и анализа модели состояния Маркова (МСМ) связанной ФЕ с димерами ACT домена. Эти симуляции сильно повлияли на механизм конформационного отбора для ассоциации ФЕ с димерами ACT домена и выявили движения белков, которые действуют как механизм пропускания связки ФЕ. МСМ также освещают высокомобильную петлю шпильки, согласующуюся с экспериментальными выводами, что вариант ФГ L72W не сдвигает структурное равновесие ФГ в активированное состояние. Наконец, представленное моделирование мономеров ACT домена, в которых наблюдаются спонтанные переходы между состояниями покоя и активированными конформациями, также согласуются с механизмом конформационного отбора. Эти механистические детали дают подробное представление о правиле активации ФГ и дают проверяемые гипотезы для разработки новых аллостерических эффекторов для коррекции структурных и функциональных дефектов в ФГ.
PMID: 30287685 [PubMed – как будет представлено издателем]


Моделирование спонтанной активации G-белка показывает новый промежуточный разрыв GDP.

Elife. 2018 Oct 05;7:

Авторы: Sun X, Singh S, Blumer K, Bowman GR
Anton Thynell 05.10.2018 писал(а):
Краткий обзор:
Активация гетеротримерных G-белков является ключевым этапом во многих сигнальных каскадах. Однако полный механизм этого процесса, который требует аллостерической связи между связываемыми площадками, составляющими ~ 30 Ангстрем, остается неуловимым. Мы строим атомарно-детальную модель активации G-белка, объединяя три мощных вычислительных метода: метадинамику, модели марковских состояний (МСМ) и анализ CARDS(Соотношение всех диэдральных состояний ротамера) коррелированных движений. Мы раскрываем механизм, который согласуется с широким спектром структурных и биохимических данных. Удивительно, что этап ограничения уровня для выпуска гуанозиндифосфата(ГЗФ) коррелирует с наклоном, а не с переводом связанного семиспирального рецептора спирали 5. Бета-нити 1-3 и спираль 1 появляются в виде хабов в аллостерической сети, которые связывают конформационные изменения в месте привязки семиспирального рецептора с разупорядоченным дистальным нуклеотидсвязанным местом и последующим выделением гуанозиндифосфата(ГЗФ). Наш подход и идеи дают основания для понимания мутаций G-белка, связанных с болезнями, освещающих медленные события в аллостерических сетях и изучения разрывающих процессов с медленными темпами.

PMID: 30289386 [PubMed – как будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 268 • Страница 14 из 14<  1 ... 10  11  12  13  14
-

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  



Лаборатория














Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan