Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Biker    MegaCalcii   



Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 263 • Страница 10 из 14<  1 ... 7  8  9  10  11  12  13  14  >
  Пред. тема | След. тема 
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

TSC! Russia ex-Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.12.2002
Откуда: TSC! | Москва
Тема предназначена для публикации новостей о проекте Folding@Home.

Комментарии к новостям - только в порядке дополнения или исправления ошибок. Все другие обсуждения - в соответствующих темах форума.

Наиболее значимые новости и события:
2017г.
Новый адрес сайта новостей http://folding.stanford.edu/news/
2016г.
Проблемы на 21 ядре (OpenMM GPU) с новыми драйверами NVIDIA 375.57 и 375.63 в Windows
2015г.
Достижения FAH в 2015 со взглядом на 2016 год
07.07.2015 Первая полная версия Folding@Home клиента для Android-устройств
24.02.2015 Появление ядра 18 новой 0.0.4 версии теперь и под Linux и для карт AMD
Поддержка Больших Жаб(bigadv) прекращена с 31.01.2015г.
2014 г.
Новый способ расчетов - Folding в браузере
9.07.2014 Появление нового ядра 18 версии под Windows/Nvidia и заданий под него, которое является улучшенной версией 17 ядра
2013 г.
Проект F@H преодолел 10 петафлоп
Новое универсальное AMD/nVidia GPU ядро (FahCore_17) в открытом тестировании!
2007 г.
Сеть Folding@home занесена в Книгу рекордов Гиннеса


Последний раз редактировалось MegaCalcii 11.11.2017 14:44, всего редактировалось 117 раз(а).
Примечание: время задержки MSM не может использоваться для выборочной вариативной модели



Партнер
 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Публикация F@H в списке лучших публикаций 2012 года по версии Биофизического Журнала
Vijay Pande, 01.03.2012 20:58 писал(а):
#77
Биофизический Журнал¹ назвал лучшие публикации 2012 года. И мы очень рады тому, что одна из наших работ попала туда.

Эта работа "Сворачивание белков механически устойчиво" исследует, как ключевой подход F@H - МСМ² - может принести новые открытия в изучении сворачивания белков неожиданным образом. Поздравляем Джеффри Вэбера³ с его работой. Приведем также краткую выдержку.

Резюме.
Модели состояний Маркова оказались полезным инструментом для моделирования больших и медленно расслабляющихся биологических систем, таких как белки. В этой работе, мы используем подход МСМ для поиска ответа на вопрос, является ли сворачивание белков механически устойчивым? Сначала мы дали определение механизма в контексте моделей Маркова, и затем использовали теорию возмущений, чтобы показать что части собственного спектра МСМ устойчивы к возмущению.
Мы представили новую, насколько нам известно, Байесовскую метрику для оценки собственного спектра устойчивости, и обсудили значение механической устойчивости и возможных новых применений МСМ для изучения биофизических явлений.

¹ Biophysical Journal
² Markov state models - Модели состояний Маркова
³ На самом деле у этой работы везде указаны два автора: Jeffery K. Weber и Vijay S. Pande, так что поздравить можно и скромного проф. Панде тоже.

src
FAH paper listed amongst best of 2012 by Biophysical Journal
Vijay Pande, 01.03.2012 20:58 писал(а):
Biophysical Journal announced their "Best of 2012" paper collection. We were excited that one of our papers was included. That work, "Protein Folding is Mechanistically Robust" investigates how key aspects of FAH technology (MSMs) can yield new insights into protein folding in some unexpected ways. Congratulations to Jeffery Weber for his work. We've posted the technical abstract below as well.

ABSTRACT. Markov state models (MSMs) have proven to be useful tools in simulating large and slowly-relaxing biological systems like proteins. MSMs model proteins through dynamics on a discrete-state energy landscape, allowing molecules to effectively sample large regions of phase space. In this work, we use aspects of MSMs to ask: is protein folding mechanistically robust? We first provide a definition of mechanism in the context of Markovian models, and we later use perturbation theory and the concept of parametric sloppiness to show that parts of the MSM eigenspectrum are resistant to perturbation. We introduce a new, to our knowledge, Bayesian metric by which eigenspectrum robustness can be evaluated, and we discuss the implications of mechanistic robustness and possible new applications of MSMs to understanding biophysical phenomena.


 

TSC! Russia ex-Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 13.07.2007
Фото: 0
Новое универсальное AMD/nVidia GPU ядро (FahCore_17) в открытом тестировании!
Цитата:
Рады сообщить, что ядро 17-й версии вошло в стадию открытого бета-тестирования. На первый взгляд существенных отличий не видно, но на самом деле код был полностью переработан и это дало свои результаты. Проведённая работа позволила создать хорошую базу для будущего развития этого направления.
Также было добавлено новое задание (p7661). Чтобы сохранить "равновесие" с другими проектами, для 7661 была установлена надбавка за быстрый возврат с коэфициентом равным 0.75 (k-factor).

Применение:
Ядро совсем новое и поэтому ещё не все его особености полностью протестированы. Так как это тест, никакой официальной поддержки.
Для использования нужно указать в настройках клиента ключ "бета" (например, для клиента седьмой версии client-type=beta). Для версии клиента 7.2.x и ниже:
1. Нужно указывать производителя GPU (-gpu-vendor=XXX, где XXX - NVIDIA или ATI).
2. Если производитель не указан, то ядро будет пытаться автоматически его определить.
В клиенте версии 7.3.6 указывать производителя необязательно.

Поддерживаются:
видеокарты nVidia начиная с поколения Fermi и выше (Titan пока не поддерживается, т.к. нвидиа ещё не опубликовала новые OpenCL драйвера);
видеокарты AMD HD5000 и выше.
Как всегда рекомендуем использовать самые последнии версии драйверов (операционная система Windows XP НЕ поддерживается, из-за сильно устаревших драйверов для видеокарт АМД).

Ключевые особенности:
  • Чистый код
    Мы отказались от некоторых устаревших уровней GROMACS'a и других врапперов¹, т.к. старая архитектура строго ограничивала виды моделирований, которые мы могли проводить. И значительная часть работы над новым ядром была посвящена замене существующих функций. В итоге мы получили код более рациональный и комплексный. Мы также ожидаем, что эта глобальная переработка позволит нам вводить новые возможности в Folding@Home гораздо быстрее.
  • Сериализация
    Мы ввели новый механизм сериализации², который позволяет Pande Group проводить значительно более разнообразные моделирования. Теперь исследователи могут легко задавать работу и проекты с помощью Python (с более богатым и удобным в использовании набором библиотек), сохраняя высокую скорость работы за счет ядра, написанного на C++. Мы добились этого с помощью метода сериализации, в котором все детали моделирования инкапсулируются с использованием стандартизированного формата, который затем передается без языковых барьеров. Это также существенно снижает зависимость от рабочих серверов и других частей Folding@Home.
  • Универсальное ядро для видеокарт AMD/nVidia.
    Раньше у нас было два направления разработок - для NVIDIA and AMD видеокарт. Поддержка и отладка их были сложной и обременительной задачей. И мы не могли легко смешивать однотипные задания для разных графических процессоров. Теперь благодаря OpenCL единое ядро поддерживает не только AMD and NVIDIA, но и (в теории) любое поддерживающее OpenCL устройство.
  • Повышение стабильности.
    За счёт уменьшения количества шаблонного кода, мы увеличили надёжность и стабильность ядра. Лог-файлы стали информативнее. Большое количество полезных функций отладки было встроено прямо в ядро. Это должно помочь PG разработчикам исправить ошибки, которые раньше было довольно трудно выявить.

¹ wrapper - враппер, упаковщик
² serialization - сериализация

src
Folding@Home Core 17 – Live Beta!


We are happy to announce that Folding@Home Core 17 has entered Beta. Externally, you probably won’t notice too much of a difference. Internally, this is a complete overhaul that brings many new features, and sets a strong foundation for the future of GPU core development. In addition, the restructuring brings much tighter integration of the core with the rest of the development within Folding@Home.

We’re also introducing an explicit solvent project (p7661) as part of the Beta. To keep the credit assigned to these projects consistent with previous explicit solvent work units run on CPUs, we are also awarding a quick return bonus with a k-factor of 0.75. This reflects the additional scientific value of these units, and keeps the Folding@Home credit awards consistent across different architectures.

Usage:
This is a still a very new core, a lot of the features have yet to be fully tested. Thus, as is the beta policy, no official support is given. You must enable the -beta flag on FAHClient, ie. set client-type=beta. If you’re using client 7.2.x or earlier, there are two options:
1. Specify -gpu-vendor=XXX, where XXX is either nvidia or ati
2. If -gpu-vendor is not specified, the core will automatically guess the platformId.
Otherwise, 7.3.6 lets you specify the particular -gpu-vendor as an option
Supported NVIDIA cards: Fermi or better (Titan does not work atm, as NVIDIA needs to publish new OpenCL drivers)
Supported ATI cards: HD5000 or better
As always, please use the latest drivers (Win XP is NOT supported due to super-old AMD drivers).

Key Features:
Cleaner Code
We have deprecated several layers of GROMACs and other wrappers as the old architecture severely limited the types of simulations that can be run. Much of the work on the new core has been to replace existing features. The resulting code is now more streamlined and integrated. We also anticipate that this major re-design will allow us to introduce new features into the Folding@Home much faster.

Serialization
We have introduced a new serialization mechanism that allows Pande Group researchers to setup significantly more diverse simulations. Pande Group researchers can now easily setup jobs and projects using Python (with a much richer and easier to use set of libraries), while the core maintains its speed by virtue of being written in C++. We achieved this using a serialization technique, whereby all details of a simulation are encapsulated using a standardized format that is then be passed around between language barriers. This also drastically reduces the dependencies needed by the Work Server and other parts of Folding@Home.

A single unified core now runs both NVIDIA and AMD cards
Before we had two development branches for NVIDIA and AMD cards. It was a difficult and cumbersome task to debug and maintain. We couldn’t easily mix runs and gens produced by different GPU types. Now, using OpenCL, a single core supports not only AMD and NVIDIA, but theoretically any OpenCL-capable device.

Improved Stability
By reducing the amount of boilerplate code, we’ve also increased the robustness and stability of the core. The log files should also now be much more informative. There are also a lot of useful debugging features built right into the core to help PG developers nail down hard to find bugs.

Extra special thanks to our internal testers:
Jesse_V, k1wi, artoar_11, bollix, ChelseaOilman, bruce, Demonfang, Grandpa_01, EXT64, Flaschie, HayesK, jimerickson, mmonnin_, P5-133XL, Patriot, rhavern, sc0tty8, SodaAnt, SolidSteel144, EvilPenguin, art_l_j_PlanetAMD64, thews, cam51037, Pin, muziqaz, baz657, PantherX, QINSP, Schro, hootis
This entry was posted in News on March 4, 2013 by Yutong Zhao.

[kane]Enforce
:good:


Последний раз редактировалось Biker 06.03.2013 14:07, всего редактировалось 1 раз.
добавил две ключевых особенности


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Зависимость скорости сворачивания от длины белка
Vijay Pande, 11.03.2013 17:00 писал(а):
Гостевой пост доктора Грегори Боумэна, Университет Калифорнии, Беркли

Одна из целей проекта Folding@Home - обеспечить понимание общих механизмов сворачивания белков, которые происходят в различных системах. Например, насколько медленнее сворачиваются (в среднем) длинные белки, чем более короткие? Для решения подобных вопросов Томас Лейн и Виджей Панде недавно разработали теоретическую основу¹ для тестирования различных моделей зависимости времени сворачивания белка от длины цепи. Один из их основных выводов состоит в том, что недостаточно данных, чтобы различать многие из возможных моделей. Но еще не все потеряно. Разработанная ими теоретическая база также позволяет указать на виды измерений, которые должны быть сделаны, чтобы окончательно определить, какая из предложенных моделей лучше. В будущем будет интересно начать как расчетные, так и экспериментальные исследования этих систем.

¹ подробнее об исследовании зависимости скорости сворачивания от длины белка
перевод
Thomas J. Lane, Vijay S. Pande, 18.01.2013 писал(а):
Мы исследуем зависимость скорости сворачивания белка от его длины - ключевой закон в аналитической теории сворачивания белков. Мы показали, что длина цепи является основным фактором, определяющим время сворачивания, и однозначное вычисление этой зависимости может дать нам принципиальное понимание сути процесса сворачивания белка.

Мы протестировали четыре различных предложенных закона (степенной, экспоненциальный и два растянутых экспонент) и обнаружили, что степенной закон лучше всех описывает данные.
В то же время, подходящая степенная зависимость дает в результате очень высокую скорость, бессмысленную с точки зрения биологии.

Мы показали, что любой из предложенных методов жизнеспособен, и сделали вывод о том, что необходимо больше данных, чтобы точно определить зависимость скорости-длины, и эти данным могут быть получены в нескольких экспериментах со сворачиванием белков в больших доменах.

src
Vijay Pande, 11.03.2013 17:00 писал(а):
Inferring the Rate-Length Law of Protein Folding

Guest post from Dr. Gregory Bowman, University of California, Berkeley

One objective of the Folding@home project is to provide insight into general protein folding mechanisms that hold across a variety of systems. For example, how much slower, on average, do longer proteins take to fold than shorter ones? To address questions like this, Lane and Pande recently developed a theoretical framework for testing different models of the scaling of protein folding times with chain length against experimental observations (line here). One of their major conclusions is that there is insufficient data to distinguish between many of the possible models. All is not lost though. The framework they developed also allows them to point out the types of measurements that need to be made to conclusively determine which of the models that have been proposed is best. In the future, it will be exciting to begin both computational and experimental studies of these systems.


Последний раз редактировалось Biker 13.03.2013 13:04, всего редактировалось 2 раз(а).
добавил подробности и перевод


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 04.12.2011
Откуда: Санкт-Петербург
Biker писал(а):
Один из их основных выводов состоит в том, что недостаточных данных, чтобы различать многие из возможных моделей.

Что-то упущено. Либо должно быть "недостаточно".

_________________
Это Питер, детка =)


Последний раз редактировалось Biker 12.03.2013 22:46, всего редактировалось 1 раз.
именно! спасибо!


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Прогресс GPU ядра и общая философия разработок

Vijay Pande, 15.03.2013 01:09 писал(а):
Нам часто приходится принимать нелегкие решения, с каким железом работать в будущем, добавлять поддержку новых платформ или убирать старые. Прекращении поддержки существующих платформ всегда ведет к разрушительным изменениям для фолдеров, поэтому мы делаем это так редко, насколько возможно.
В частности, переход от GPU1 к GPU2 принес масштабные изменения в короткий сроки, что оказалось очень тяжело для фолдеров.

В расчетах на видеокартах, в частности, основная проблема заключается в том, что GPU технологии активно развиваются, и производители железа придумывают новые технологии, которые делают старые способы устаревшими.

Поэтому, можно c уверенностью сказать, что со временем старые видеокарты станут слишком устаревшими для фолдинга. Мы стараемся поддерживать как можно больше видеокарт, но в итоге это превращается в проигранную битву, потому что у нас ограниченное количество программистов. Больше типов GPU (даже от одного прозиводителя, просто с разными версиями CUDA, например) потребует больше программистов, и в конечном счете мы исчерпаем все наши ресурсы.

В данный момент разделение проходит по картам Fermi. Эти и более современные карты обладают мощными новыми возможностям, которых лишены более старые карты. Поэтому, я могу представить, однажды мы исчерпаем запас трюков, чтобы поддерживать старые карты. Сложно предсказать, когда это произойдет, потому что это зависит от множества факторов, но заявляю, что мы будем поддерживать все карты сколько сможем.

Другая большая проблема состоит в том, что научные потребности могут изменяться с развитием науки, и предугадать их чрезвычайно сложно. Конечно, если будут какие-либо изменения, мы сообщим о них как можно быстрее. Некоторые вопросы фолдеров натолкнули меня на написание этого поста, и теперь у вас есть хотя бы некоторое понимание того, как принимаются подобные внутренние решения.


src
GPU core progress & general design philosophy
Vijay Pande, 15.03.2013 01:09 писал(а):
We often have to make difficult decisions on what hardware to support in the future, including adding new platforms or removing existing ones. Removing existing platforms always leads to a lot of disruptive change for donors, so we try to do this as rarely as we can. In particular, in the GPU1 to GPU2 transition, there was a big change done quickly, which was extremely hard on donors.

For GPUs in particular, the central issue is that in general, GPU technology keeps on progressing and GPU manufacturers come up with new ways to do things which make the old ones obsolete. So, it's probably safe to say that until hardware design innovation changes, *eventually* older GPUs will become obsolete for FAH. We try to keep as many GPUs working as long as possible, but eventually it becomes a losing battle, as we have only a fixed number of programmers and more GPU types (even from a given vendor, say different CUDA capable levels) require more programmers to keep up, and eventually we run out of resources.

Right now, there's a division with the Fermi cards. Fermi and later cards have powerful new capabilities that the older cards do not have. So, I can imagine eventually we'll run out of tricks to support the older cards. I can't predict when that will be, as it depends on lots of things, but I can say we're trying hard to support everything as long as we can.

One of the biggest issues is that scientific needs can change based on where the science takes us and that's particularly hard for us to predict. We'll try to let donors know as soon as we can if there will be any changes, but some donors questions prompted this blog post so that at least donors have some sense of how our decisions are made internally.


Добавлено спустя 27 минут 44 секунды:
Новости Quick Return Bonus для GPU

Vijay Pande, 15.03.2013 01:10 писал(а):
Quick Return Bonus дает больше очков за быстрое выполнение заданий. Это помогает держать очки в соответствии с наукой. Сейчас, с созреванием нового GPU ядра, мы планируем расценивать все задания идентично, то есть протестировать на эталонной машине на SMP и использовать эти очки. Раньше возможности GPU и SMP ядер кардинально отличались, но сейчас, когда мы может выполнять любые вычисления на любом железе, было бы странно расценивать их по-разному.

С новым GPU ядром (17), у нас будет возможность привести очки в соответствие. Мы планируем представить QRB вместе с запуском заданий для ядра 17.


src
GPU QRB update
Vijay Pande, 15.03.2013 01:10 писал(а):
The Quick Return Bonus (QRB) gives more points when WUs are completed quickly. This helps keep the points in line with the science. Now with the GPU core maturing, our plan is to treat all WUs identically, i.e. benchmark on a single benchmark machine (SMP) and use those points. Now that we can do just about any calculation on any piece of hardware, it's strange to benchmark them separately. That wasn't the case before where the capabilities of the GPU and SMP cores were very different.

With the new GPU core (17), we'll have that matching capability. Our plan is to introduce QRB to GPUs with the rollout of production core 17 WUs.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
FAHBench 1.0
Vijay Pande, 19.03.2013 23:38 писал(а):
Мы выпустили FAHBench 1.0, с новым легким интерфейсом, который должен сделать его более понятным для новичков. Управление через командную строку также сохранено для совместимости. Нажмите на ссылку FAHBench или на картинку, чтобы опробовать бенчмарк!

Больше информации на сайте http://fahbench.com/

#77

src
FAHBench 1.0
Vijay Pande, 19.03.2013 23:38 писал(а):
We’ve released FAHBench 1.0, with a new slick GUI that should make it much more accessible to new comers. Click on the FAHBench link above or the image below to try it out! Don’t worry, it maintains backwards compatibility with the old command line interface.

More info at http://fahbench.com/

#77


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Предсказание структуры пептоидов
Vijay Pande, 25.03.2013 17:00 писал(а):
Гостевой пост доктора Грэга Боумэна, Универститет Беркли.

Лаборатория профессора Vince Voelz опубликовала интересный документ о своих успехах в предсказании структур, подобных белкам - пептоидов. Они похожи на белки, хотя и отличаются химически (см пример ниже), а их сходство позволяет им работать подобно белкам. Однако, их отличия от белков делает их фактически невидимыми для части иммунной системы, призванной распознавать чужеродные белки. Поэтому пептоиды - это отличный способ для создания лекарств. Чтобы полностью оценить этот потенциал, нам нужно уметь предсказывать структуры пептоидов и создавать их для выполнения различных функций. Лаборатория Voelz продемонстрировала, что компьютерное моделирование позволяет предоставить такую информацию с помощью представленных предсказанных структур пептоидов вместе с экспериментальными структурами, подтверждающими точность этих предсказаний (пример ниже).

#77
Пептид и пептоид

#77
Пример одного из предсказанных лабораторией Voelz структур (зеленый) в сравнении с экспериментальной структурой (белый)


src
Peptoid structure prediction

Vijay Pande, 25.03.2013 17:00 писал(а):
Guest post from Dr. Greg Bowman, UC Berkeley

Prof. Vince Voelz’s lab has published an exciting paper on their recent successes with predicting the structures of protein-like molecules called peptoids (here). Peptoids are similar to proteins but with a rearrangement in their chemistry (see example below). Their similarity to proteins allows peptoids to function like proteins. However, the alteration in peptoid chemistry relative to proteins effectively makes them invisible to parts of the immune system designed to recognize foreign proteins. Therefore, peptoids are an attractive option for drug design. To fully realize this potential, we need to be able to predict the structures of peptoids and design them to perform specific functions. The Voelz lab’s work demonstrates that computer simulations can provide this sort of information by presented predicted structures of a number of peptoids along with experimental structures confirming the accuracy of their predictions (see example below).
Peptide vs. peptoid chemistry. In peptoids, a group of atoms (called R) is moved from a carbon to an adjacent nitrogen (N).
An example of one of the Voelz lab's predicted structures (in green) overlaid with the experimental structure (in white).


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
OpenMM 5.1 даст двукратный рост ППД ядру 17
Vijay Pande, 31.03.2013 20:00 писал(а):
Мы активно работаем над OpenMM (ключевая технология для GPU ядер), создавая новые алгоритмы для увеличения производительности графических процессоров NVIDIA и AMD. И результаты выглядят захватывающе! В OpenMM 5.1 мы добились почти двукратного ускорения (относительно OpenMM 5.0, используемого в текущей версии 17 ядра) на типовых FAH вычислениях, что привет к двукратному росту ППД, когда этот код выйдет из бета-тестирования и будет внедрен в 17 ядро.

Еще много предстоит протестировать, и, возможно, эти цифры изменятся, но результаты были настолько потрясающими, что я захотел порадовать фолдеров. Вот несколько примеров:

OpenCL на GTX 680: первые две колонки - количество наносекунд в день, а третья - ускорение 5.1 относительно 5.0.
Вложение:
gtx680.jpg
gtx680.jpg [ 14.69 КБ | Просмотров: 6448 ]


OpenCL на Radeon HD 7970: первые две колонки - количество наносекунд в день, а третья - ускорение 5.1 относительно 5.0.
Вложение:
hd7970.jpg
hd7970.jpg [ 14.76 КБ | Просмотров: 6448 ]


Замечу, что "PME hbonds", вероятно, наиболее частый тип вычислений, которые мы планируем производить на 17 ядре в ближайшем будущем. Нам очень нравится его гибкость, и думаем, что донорам будет любопытно узнать, куда мы движемся.


src
Sneak peak at OpenMM 5.1: about 2x increase in PPD for GPU core 17
Vijay Pande, 31.03.2013 20:00 писал(а):
We have been aggressively working on OpenMM (the key code used in the FAH GPU cores), creating new algorithms to increase performance on NVIDIA and AMD GPUs. The results have been pretty exciting. With OpenMM 5.1 (vs OpenMM 5.0, used in the current core 17 release), we are getting about a 2x speed up on typical FAH WU calculations, which will lead to an automatic 2x increase in PPD once this software is out of beta testing and integrated into core 17.

There's a lot of testing to do and it's very possible that these numbers will change, but the results were so exciting that I wanted to give donors a heads up. Here's some numbers that we're seeing:

OpenCL running on the GTX 680: The first 2 columns are nanoseconds per day (i.e. how much science gets done in a GPU day) and the 3rd column is the speedup of 5.1 over 5.0.

Вложение:
gtx680.jpg
gtx680.jpg [ 14.69 КБ | Просмотров: 6448 ]


OpenCL running on a Radeon HD 7970: The first 2 columns are nanoseconds per day (i.e. how much science gets done in a GPU day) and the 3rd column is the speedup of 5.1 over 5.0.

Вложение:
hd7970.jpg
hd7970.jpg [ 14.76 КБ | Просмотров: 6448 ]


Note that "PME hbonds" is likely the most common calculation that we plan to run in the near term with core 17. We're very excited about the way this is shaping up and think that donors would be curious to know where this is going.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.07.2004
Откуда: Yaroslavl
Фото: 51
Biker
Новость от сегодня с анкетой постить будешь?
анкета несложная - с гуглем транслейдом легко осилить даже..

_________________
Бег – искусство оставаться на месте


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
sco01
конечно.

Добавлено спустя 1 час 44 минуты 38 секунд:
Хотите узнать больше о сообществе Folding@home и своем участии в нем?
Vijay Pande, 02.04.2013 19:00 писал(а):
Сегодня у нас гостевой пост от Vickie Curtis, студента из Центра Исследований в Образовании и Образовательных Технологиях Великобритании. Она работает с командой Folding@home, чтобы получить больше обратной связи с участниками.

Хотите узнать больше о сообществе Folding@home и своем участии в нем? Я докторант Института Образовательных Технологий в Открытом Университете Великобритании. Я изучаю, как цифровые технологии меняют способы взаимодействия ученых с широкой публикой, в частности меня интересует онлайн проекты "гражданской науки", такие как Folding@home.

Folding@home - один из самых долгоживущих и наиболее успешных гражданских сетевых научных проектов, будет здорово узнать побольше о причинах, которые привели людей в фолдинг, их взгляды на проект и такого типа проекты в целом.
Я подготовила онлайн опрос для участников, который займет 10-15 минут. Обратная связь, которую получит команда Folding@home, поможет им улучшить проект. И я конечно поделюсь результатами с вами на сайте и в блоге.

Вся полученная информация будет храниться на безопасном сервере и не попадет к третьим лицам. Если вы хотите поучаствовать, пройдите по следующей ссылке.
http://www.survey.bris.ac.uk/open/foldingathome


src
Vijay Pande, 02.04.2013 19:00 писал(а):
Would you like to learn more about the Folding@home community and your contribution to it?

Today, we have a guest blog post by Vickie Curtis, a research student in the UK's Centre for Research in Education and Educational Technology. She's working with the Folding@home team to glean more feedback from donors.

Would you like to learn more about the Folding@home community and your contribution to it? I am a doctoral student at the Institute for Educational Technology at the Open University in the UK. I am looking at how digital technologies are changing the way scientists interact with members of the wider public, and I am particularly interested in online 'citizen science' projects such as Folding@home.

Folding@home is one of the longest-running and most successful online citizen science projects, and it would be great to know a little more about why people contribute to the Folding@home community, their views about the project, and about these types of project in general. I have prepared an online survey for participants, which should take about 10-15 minutes to complete. The feedback will be shared with the Folding@home team and may help them to make improvements to the project. I will also share the findings with you via the website and blog.

All the information you supply will be kept on a secure server and not passed to any third parties. If you would like to take part, please follow the link below.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 21.09.2005
Откуда: Иркутск
Фото: 1
На страницах официального блога Folding@Home при помощи видеопрезентации Ютонг делится информацией о работе коллектива GPU Core программистов и тестеров за последние несколько месяцев.

Кратко основные вехи:

1. В октябре 2012 задумали создать новое ядро - Core 17 - более быстрое, стабильное и поддерживающее больше типов моделирования (в частности, explicit solvent). Но из-за того, каким образом старые ядра 15 и 16 были написаны, проще оказалось написать новое ядро с нуля.

2. В ноябре начали переписывать, в январе закончили. К тому времени рабочие и направляющие сервера и клиент были модифицированы для поддержки Core 17.

3. В феврале Core 17 вышло в открытое бета-тестирование и было запущено более чем на 1000 GPU. В результате получили много ценной информации. В частности, что ядро получилось не таким уж и быстрым на видеокартах NVIDIA. Хотя, на AMD дела обстояли
лучше. Иногда были "вылеты", и всё еще присутствовали ошибки. Поэтому вернулись к доработке кода.

4. В апреле мы добавили много новых оптимизаций и исправлений ошибок в OpenMM. Протестировали линуксовое ядро на GPU (на картах NVIDIA и 64-битных системах). Наша команда внутреннего тестирования возросла до 30 человек.

В результате, сейчас мы можем проводить многие другие типы моделирования, в том числе explicit solvent (задание растворителя в явном виде) для больших систем (до 100000 атомов). Впервые добавили поддержку линукса. Теперь у нас есть устойчивая основа кода. Ядро стало реально более быстрым, например, PPD увеличился для:

GTX Titan - с 50.000 до 120.000
GTX680 - c 30.000 до 80.000
HD 7970 - с 10.000 до 110.000
HD 7870 - с 5.000 до 50.000.

Мы никогда не хотим останавливаться на достигнутом слишком долго. Мы уже планируем поддержку большего количества устройств Intel в будущем, таких как i7s, интегрированных видеокарт, и Xeon Phis. Со временем мы планируем добавить больше проектов в Folding@Home, поэтому исследователи в нашей группе смогут изучать более подробно интересующие их системы. И как всегда, мы хотим, чтобы все было быстрее.

Ну и заканчивается выступление призывом: если вы программист - приглашаем вас внести свой вклад в открытый исходный код OpenMM проекта (доступно на GitHub в конце месяца github.com/simtk/openmm). Если вы энтузиаст и в состоянии построить современный компьютер, мы рекомендуем Вам запустить FAHBench и присоединиться к нашей команде внутреннего тестирования на freenode. Если вы являетесь донором, мы хотели бы чтобы вы помогли нам в распространении информации о Folding@Home и привлекли больше людей, и их машины, конечно.

Если появились какие вопросы конкретно к Ютонгу, их можно задать на этой неделе на reddit at reddit.com/r/folding , там же можно с ним пообщаться.

src
Some of the key highlights are:
-Up to 120,000 PPD on GTX Titan, and 110,000 PPD on HD 7970
-Support for more diverse simulations
-Linux support on NVIDIA cards and 64bit OSes
-FAHBench updated to use the latest OpenMM and display version information

Full Transcript of the Talk:

Hi I’m Yutong, I’m a GPU core developer here at Folding@home. Today I want to give you guys an update on what we’ve been working on over the past few months. Let’s take a look at the three major components of GPU core development. First off, we have OpenMM, our open source library for MD simulations. It’s used by both FAHBench and Core17. FAHBench is our official benchmarking tool for GPUs, and it supports all OpenCL compatible devices. We’re very happy to tell you guys that it’s been recently added to Anandtech’s GPU test suite. And Core17 is what your Folding@home clients use to do science. By the way, all those arrows just mean that the entire development process is interconnected.

So let’s take a step back in time.

Last year in October, we conceived Core 17. And we had three major goals in mind. We wanted a core that was going to be faster, more stable, and to be able to support more types of simulations than just implicit solvent. But because of how our old core 15 and 16 was written, it was in fact easier for us to write the core from scratch.

So in November, we started rewriting some of the key parts to replace some pre-existing functionality. Over two months, in January, things started to come together. Our work server, assignment server, and client was modified to support Core 17. We also started an internal test team, for the first time ever, using an IRC channel on freenode to provide real-time testing feedback.

In February, Core17 had a public Beta of over 1000 GPUs. And We learnt a lot of valuable things. One of them was that the core wasn’t all that much faster it seems on NVIDIA. Though on AMD things certainly looked brighter. Things still crashed occasionally, and bugs were certainly still present. So we went back to the drawing board to improve the core.

In April, we added a lot of new optimizations and bug fixes to OpenMM. We tested a linux core for the first time ever on GPUs. And our internal testing team had grown to over 30 people. And that brings us to today.

We now support many more types of simulations, ranging from explicit solvent to large systems of up to 100,000 atoms. We improved the stability of our cores. We now have a sustainable code base. We added support for linux for the first time. It’s also really fast – so I’m sure the burning question on your mind is, just how fast is it? Well let’s take a look. On the GTX Titan we saw it from 50,000 points per day to over 120,000 points per day. On the GTX 680, we saw it go from 30,000 points per day to over 80,000 points per day. On the AMD HD 7970, we saw it from 10,000 points per day to over 110,000 points per day. On the AMD HD 7870 we saw it jump from 5,000 points per day to over 50,000 points per day.

We never want to rest on our laurels for too long. We are already planning support for more Intel devices in the future, such as the i7s, integrated graphics cards, and Xeon Phis. We plan to add more projects to Folding@home as time goes on, so researchers within our group can investigate more systems of interest. And as always, we want things to be faster.

Now let’s go back to the beginning again, and here’s you guys can help us. If you’re a programmer, we invite you to contribute to the open source OpenMM project (available on github at the end of the month on github.com/simtk/openmm). If you’re an enthusiast and like to build state-of the-art computers, we encourage you to run FAHBench and join our internal testing team on freenode. If you’re a donor, we’d like you guys to help us spread the word about Folding@home and bring more people, and their machines of course. Now before I wrap things up, there are some people I’d like to thank. Our internal testers are on the right hand side, and they’ve been instrumental in providing me with real time feedback regarding our tests. We couldn’t have done it this fast without them. On the left hand side, are people within the Pande Group, Joseph and Peter are also programmers like me. Diwakar and TJ helped set up many of our projects. Christian and Robert have always been there for support and feedback.

But wait, one last thing. This week, I’ll be doing a Questions and Answers session on reddit at reddit.com/r/folding. So if you’ve got questions, come drop by and hang out with us. Thanks, and bye-bye.

_________________
aka Evgen!i in F@H, R@H, SIMAP


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Сервер статистики не работает и проходит обслуживание
Vijay Pande, 9.05.2013 2:19 писал(а):
Ключевой FAH сервер сейчас не работает, обновление статистики задерживается до его запуска. Как и всегда, статистика хранится на рабочих серверах, поэтому даже если обновление не происходит, очки накапливаются при поступлении заданий на сервер. В общем, проблема только в публикации статистики для участников.
Мы работаем на решением проблемы, но пока не можем назвать сроков.


src
Stats server is down and undergoing maintenance
Vijay Pande, 9.05.2013 2:19 писал(а):
A key FAH server is down right now and stats updates have been suspended until it is back up. As always, stats are kept on the Work Servers (WS's) so even if an update hasn't been run, the points are being accumulated as WUs come in, so it's only an issue of updating the database for donors to see.

We don't have an ETA on this right now, but our team is working on it.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Обновление системы статистики
Vijay Pande, 24.05.2013 19:10 писал(а):
Мы провели модернизацию системы обновления статистики, чтобы минимизировать время простоя для участников. И теперь мы можем обновлять статистику, не отключая ее на веб страницах. Статистика будет обновляться каждый час и будет при этом доступна на сайте.

src
Stats system speed update
Vijay Pande, 24.05.2013 19:10 писал(а):
We've been working to streamline the stats system update to minimize downtime for donors. We now are able to update stats without taking the web pages off line, so stats updates will continue every hour, but the stats web pages on our site will continue to be available.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Welcome to FahCore 17!
Vijay Pande, 29.06.2013 писал(а):
Мы рады сообщить, что наше последнее GPU ядро, FahCore 17, недавно сменило статус бета на advanced - последняя проверка перед релизом. Как мы писали ранее, это ядро - значительный шаг для нас.
FahCore 17 - это капитальная переработка наших предыдущих GPU ядер. Это чистый и более рациональный код, новые механизмы сериализации, которые дают нам возможность проводить разнообразные моделирования и улучшенная стабильность. Использование OpenCL объединяет процесс разработки, позволяя одному ядру работать и на Nvidia, и на AMD картах, и, в теории, на любом железе, поддерживающем OpenCL. Еще это наше первое GPU ядро, нативно работающее в Linux, хотя, пока драйвера AMD для Linux не созрели, поддерживается только Nvidia. В общем, это ядро - это хорошая основа для разработки будущих GPU ядер.

На картах AMD FahCore 17 примерно в 10 раз быстрее старых GPU ядер, на Nvidia - примерно в два, благодаря, в основном, OpenMM 5.1, который имеет множество оптимизаций, дающих заметное ускорение. В частности, одной из них будет CUDA JIT, динамический компилятор (just-in-time compiler), который Nvidia собирается представить в новых драйверах в обозримом будущем. Кроме того, мы продолжаем работу над дополнительными оптимизациями на нашей стороне. Также мы успешно опробовали FahCore 17 на экстремально больших белках (более 500000 атомов) - это уровень bigadv проектов.

FahCore 17 работает на картах Fermi и новее в Windows и Linux, и на AMD 5 серии и новее в Windows, на драйверах от производителя. Для получения заданий на FahCore 17 нужно добавить параметр "client-type = advanced" в "extra core options" в 7 клиенте (FAQ)

Мы благодарим всех альфа-тестеров с IRC канала #fah и бета тестеров с foldingforum.org, которые помогли нам довести ядро до текущего уровня!


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Новый FAH сайт
Vijay Pande, 08.07.2013 23:57 писал(а):
Мы тихо работали над реконструкцией нашего сайта, и сегодня он вышел в свет: http://folding.stanford.edu/home
Это часть наших больших планов сделать фолдинг более дружественным и простым в использовании, особенно для неспециалистов.
Следующим шагом будет сделать FAH более интересным и привлекательным для продвинутых пользователей, энтузиастов и геймеров.
Пока мы пытаемся определиться с тем, что могло бы быть полезным для них. Если у вас есть идеи, пишите на наш форум в эту тему:
http://foldingforum.org/viewtopic.php?f=16&t=24532


src
New FAH web site
Vijay Pande, 08.07.2013 23:57 писал(а):
We've been working behind the scenes on a revamp of our web site. It went live today (http://folding.stanford.edu/home). This is part of our larger plan to make FAH more friendly and easy to use, especially to non-experts.

With that said, we're now thinking about next steps to make FAH more fun and appealing to experts, such as computer enthusiasts and gamers. We're in the early stages of deciding what would be useful there. If you have ideas, please do give us some feedback on our forum at this thread:

http://foldingforum.org/viewtopic.php?f=16&t=24532


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Vijay Pande, 22.08.2013 00:32 писал(а):
Плановые работы в серверной: 26 августа
В понедельник 26 августа мы будем перемещать много ключевых серверов F@H. Хотя большая часть проекта продолжит работу, некоторые важные системы будут отключены несколько часов, начиная с утра (по тихоокеанскому времени) 26 августа. Ближе к понедельнику мы дадим больше информации.


src
Vijay Pande, 22.08.2013 00:32 писал(а):
Planned server room maintenance: Monday, August 26
We will be moving many key Folding@home servers on Monday August 26. While much of FAH will be up, certain key systems will be down for a few hours starting in the morning (pacific time) of Monday August 26. We'll give more updates as we move along on Monday.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Напоминание об устаревших ядрах (Core11, Core78)
Viaj Pande, 23.08.2013 21:58 писал(а):
Постоянный поиск новых научных подходов - один из основных аспектов F@H в течение 10 лет. И проявляется он в том числе в разработке новых расчетных ядер. К примеру, новое GPU ядро Core17, потребовавшее полностью переписать его код, принесло огромное увеличение скорости расчетов, особенно для видеокарт AMD.

Негативная сторона этого постоянного пути разработок и улучшений заключается в том, что новые ядра требуют возможностей современного железа. Чтобы использовать всю доступную проекту вычислительную мощность, мы продолжаем создавать задания для старых ядер, но в конце концов их научная польза станет слишком ограниченной и нам придется отправить их на пенсию.

Такова судьба всех ядер, но для некоторых (особенно, 11 и 78) это вопрос ближайщего будущего. У нас нет каких-то определенных дат, мы просто хотим напомнить, что эти ядра уже заканчивают свой жизненный цикл. Когда это случится, некоторое старое оборудование (такое как процессоры без SSE2 и старые видеокарты), перестанет поддерживаться фолдингом.

Мы стараемся отодвинуть этот момент насколько возможно, но не сможем делать это долго. Возможно, в течение года (или двух, если нам понадобятся дополнительные исследования) мы перестанем поддерживать эти карты.

Когда появится больше информации или более конкретные сроки, мы обязательно сообщим вам.

src
Reminder about aging cores (eg Core11, Core78)
Viaj Pande, 23.08.2013 21:58 писал(а):
One aspect which has dominated FAH for a decade is the continual push for new scientific approaches. This manifests itself in terms of new scientific cores. For example, the new GPU core (Core17) has brought huge speed improvements (especially to AMD GPUs) and involved a complete rewrite.

A negative consequence of this continuous push for improvement and progress is that newer cores often are restricted to more advanced hardware. To help utilize as much power as is available to FAH, we tend to continue projects with older cores, but eventually, the science they can do becomes too limiting, and we must retire them.

This is the eventual fate for all cores, but is most certainly an issue sooner for certain cores, especially cores11 and 78. While we don't have any specific end dates for either, we'd like to remind donors that those cores are reaching "end of life" status, and when they are retired, certain older hardware (eg CPUs that don't support SSE2 or older GPUs) won't be supported by FAH.

The bottom line is that we're working to delay that as long as possible, but this post is a heads up that our support of those cores won't last a lot longer. If I had to guess, I'd say probably within a year or so they would be retired, maybe 2 years if the existing projects need additional data.

As always, we'll give donors more information as we know it and try to give a more specific end date when we know it.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Новости из серверной
Vijay Pande, 26.08.2013 23:50 писал(а):
Работа продвигается, но некоторые ключевые машины выключены в связи с переездом. Это, в первую очередь, основной AS¹, GPU AS и несколько важных систем статистики. Предполагаем закончить в течение часа или двух.

¹ AS, Assignement Server - сервер, распределяющий задания

src
UPDATE: Planned server room maintenance: Monday, August 26
Vijay Pande, 26.08.2013 23:50 писал(а):
The maintenance is moving along, but certain key machines are down during the move, most notably the main AS, GPU AS, and some key stats systems. We expect the maintenance to be completed in an hour or two.


Добавлено спустя 11 часов 23 минуты 31 секунду:
Новости из серверной-2
Vijay Pande, 27.08.2013 04:44 писал(а):
Сервера запущены и работают, но мы ждем, когда будут решены проблемы с сетью.

Новости из серверной-3
Vijay Pande, 27.08.2013 05:32 писал(а):
Сеть заработала, но еще есть несколько проблем, которые будут решены позже.
А сейчас мы запускаем обновление статистики.

src
UPDATE 2: Planned server room maintenance: Monday, August 26
Vijay Pande, 27.08.2013 04:44 писал(а):
Looks like the servers are up and healthy, but there is an issue with the networking which central IT is working on. For now, we are in a holding pattern until the networking has been resolved.

UPDATE 3: Planned server room maintenance: Monday, August 26
Vijay Pande, 27.08.2013 05:32 писал(а):
The networking seems to be up, but there are a few issues. They've got something basic going now and will resolve the remaining issues in the morning. We are running a stats update right now.


Добавлено спустя 10 часов 34 минуты 54 секунды:
Новости из серверной-4
Vijay Pande, 27.08.2013 21:12 писал(а):
Похоже, теперь всё работает. Кроме одного сервера (VSP07) и виртуальных машин, которые на нем работают. Они обслуживают GPU-клиентов Сore11, но сейчас пребывают в оффлайне. Наши админы работают над этим.

src
UPDATE 4: Planned server room maintenance: Monday, August 26
Vijay Pande, 27.08.2013 21:12 писал(а):
Looks like everything is up, except for a single server (VSP07) and its VM's associated with it. This server is serving Core11 GPU clients, so those are off line at the moment. Our sysadmins are working on this now.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Vijay Pande, 05.09.2013 18:28 писал(а):
Блог переехал на http://folding.stanford.edu/home/blog
В нашем новом сайте мы хотели объединить все наши веб ресурсы на одном адресе и в одном стиле (насколько это возможно), поэтому перенесли наш блог сюда:
http://folding.stanford.edu/home/blog

Вложение:
blog.jpg
blog.jpg [ 84 КБ | Просмотров: 5148 ]

Старые записи уже скопированы на новый сайт, и хотя старый блог пока остается на месте, когда-нибудь он прекратит свое существование.

src
Vijay Pande, 05.09.2013 18:28 писал(а):
Blog moving to http://folding.stanford.edu/home/blog

With our new web site, we want to unify all of our web assets under the same url and same look (as much as possible). So, we've moved our blog to

http://folding.stanford.edu/home/blog

For now, we'll keep the old blog here, but we've moved the old posts, so eventually this site will go away as well.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
John Chodera, 14.09.2013 писал(а):
Представляем лабораторию Чодера в Мемориальном онкологическом центре им. Слоуна-Кеттеринга

Лаборатория Чодера в Мемориальном онкологическом центре им. Слоуна-Кеттеринга только что получила новые сервера F@H, которые позволят нам подключиться к 10+ PFLOPS мощности, щедро предоставленной фолдерами проекта. Мы очень рады присоединиться к такому энергичному сообществу и принести несколько F@H ресурсов для решении некоторых проблем рака, над которыми мы сейчас работаем.

Наша задача - полностью пересмотреть методы создания лекарств (особенно противоопухолевых препаратов), используя компьютеры, видеокарты, распределенные вычисления, роботов и вообще любые доступные нам технологии. Мы хотим сделать разработку новых лекарств более технической задачей, где новейшие компьютерные модели смогут количественно и точно предсказать поведение нового препарата еще до того, как он будет синтезирован. Конечно, это произойдет не сразу, нужно будет проделать большую работу, чтобы улучшить наши алгоритмы, силовые поля и теорию. С огромными вычислительными мощностями F@H мы сможем быстро делать предсказания и затем проверять их в нашей лаборатории (с роботами!), быстро улучшая результат с каждым циклом предсказания-проверки.

Мы устанавливаем несколько мощных серверов, которые будут заниматься заданиями (в основном) для GPU клиентов. Наш основном сервер, Dell R820 c 4 процессорами Intel Xeon E5-4620 2.2GHz и 256GB оперативной памяти, сможет также на лету анализировать поступающие данные, чтобы адаптивно и разумно использовать вычилительные мощности проекта. Наш резервный сервер, Dell R620 с двумя Intel Xeon E5-2690 2.9GHz, так же имеет 256GB памяти. Оба сервера подключены по SAS к дисковому массиву Dell MD3260 с 60 дисками по 4TB суммарным объемом в 240TB или эффективным (RAID6) - 192TB.

Скоро мы запускаем наши первые большие F@H проекты. Мы расскажем вам о науке, сложных задачах, технологиях и наших надеждах изменить методы лечения рака и создания препаратов. А пока мы осваиваем нашу новую лабораторию и проводим первые роботизированные эксперименты!


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 263 • Страница 10 из 14<  1 ... 7  8  9  10  11  12  13  14  >

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: yarilo и гости: 3


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  





Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan


Яндекс.Метрика