Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Biker    MegaCalcii   



Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 265 • Страница 14 из 14<  1 ... 10  11  12  13  14
  Пред. тема | След. тема 
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

TSC! Russia ex-Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.12.2002
Откуда: TSC! | Москва
Тема предназначена для публикации новостей о проекте Folding@Home.

Комментарии к новостям - только в порядке дополнения или исправления ошибок. Все другие обсуждения - в соответствующих темах форума.

Наиболее значимые новости и события:
2017г.
Новый адрес сайта новостей http://folding.stanford.edu/news/
2016г.
Проблемы на 21 ядре (OpenMM GPU) с новыми драйверами NVIDIA 375.57 и 375.63 в Windows
2015г.
Достижения FAH в 2015 со взглядом на 2016 год
07.07.2015 Первая полная версия Folding@Home клиента для Android-устройств
24.02.2015 Появление ядра 18 новой 0.0.4 версии теперь и под Linux и для карт AMD
Поддержка Больших Жаб(bigadv) прекращена с 31.01.2015г.
2014 г.
Новый способ расчетов - Folding в браузере
9.07.2014 Появление нового ядра 18 версии под Windows/Nvidia и заданий под него, которое является улучшенной версией 17 ядра
2013 г.
Проект F@H преодолел 10 петафлоп
Новое универсальное AMD/nVidia GPU ядро (FahCore_17) в открытом тестировании!
2007 г.
Сеть Folding@home занесена в Книгу рекордов Гиннеса


Последний раз редактировалось MegaCalcii 21.12.2017 18:20, всего редактировалось 119 раз(а).
Подход минимальных вариантов кластеризации создает надежные и простые в понимании укрупненные модели



Партнер
 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Конформация и динамика жидкостно сопряженных изоиндиго-основанных донор-акцепторных полимерных одиночных цепей
Anton Thynell 26.10.2017 писал(а):
Конформация и динамика жидкостно сопряженных изоиндиго-основанных донор-акцепторных полимерных одиночных цепей.
J Phys Chem Lett. 2017 Oct 25;:
Авторы: Lee FL, Barati Farimani A, Gu KL, Yan H, Toney MF, Bao Z, Pande VS

Краткий обзор:
Сопряженные полимеры - ключевой материал в тонкопленочных органических оптикоэлектронных устройствах из-за универсальности этих молекул в сочетании с их полупроводниковыми свойствами. Понимание молекулярного масштабирования сопряженных полимеров имеет важное значение для оптимизации тонкопленочной морфологии. В данной работе рассмотрено поведение жидкостных сопряженных изоиндиго-основанных донор-акцепторных полимерных одиночных цепей различной длины с использованием атомистической молекулярной динамики (МД) моделирования. Наши расчеты объясняют переход от структуры прута до катушки исходя из анализа нормальных способов и постоянства длины. Кроме того, мы нашли еще один переход, основанный на среде растворителей, в противоположность такому, как в хорошем растворителе с красным кровяным шариком, аналогичным образом в слабом растворителе. В целом наши результаты дают ценную информацию о переходе между конформационными режимами сопряженных полимеров как функции длины цепи, так и растворяющей среды, что позволит точно параметризовать модели более высокого уровня.

PMID: 29065685 [PubMed – как будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Моделирование молекулярной динамики позволяет выявить лиганд-контролируемое позиционирование периферического белкового комплекса в мембранах
Anton Thynell 01.11.2017 писал(а):
Nat Commun. 2017 02 23;8(1):6
Авторы: Ryckbosch SM, Wender PA, Pande VS

Краткий обзор:

Бриостатин находится на стадии клинических испытаний на болезнях Альцгеймера, рака и искоренения ВИЧ/СПИДа.
Он привязывается к белку киназы C конкуретно с диацилглицеролом, внутренним регулятором белка киназы C и производя форбол эфиры, но каждый лиганд стимулирует различные показатели. Определение структурного происхождения этих различных показателей на основе рентгеновских анализов не увенчалось успехом из-за трудностей, связанных с кристаллизацией белка киназы C с соответствующими лигандами. Что более важно, статические комплексы со связанной кристаллической решеткой, не учитывают влияния мембраны на структуру и динамику мембранных белков. Чтобы решить эту общую проблему, мы расширили временные рамки (в совокупности от 400-500 мкс) всеатомных молекулярных моделирований динамики комплексов киназы белка C-лиганд-мембраны и заметили, что различные активаторы киназы белка C дифференцированно помещают комплекс в мембрану, частично благодаря их отличающимся взаимодействиям с водами во внутреннем листе мембраны. Эти новые выводы позволяют использовать новые стратегии для разработки более простых, более эффективных аналогов белка киназы C и могут также оказаться полезными для других периферийных белковых комплексов. Запасов соединений природного бриостатина недосточно для клинических испытаний при болезнях Альцгеймера, рака и ВИЧ. Итак, авторы выполняют молекулярную динамику, чтобы понять, как бриостатин взаимодействует с мембраной белка киназы C, предлагая идеи для проектирования аналогов бриостатина.

PMID: 28232750 [PubMed – опубликовано для MEDLINE]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Примечание: время задержки MSM не может использоваться для выборочной вариативной модели
Anton Thynell 09.11.2017 писал(а):

J Chem Phys. 2017 Nov 07;147(17):176101

Авторы: Husic BE, Pande VS

Краткий обзор:

Вариативный принцип в отношении динамики развития позволил обеспечить систематическую конструкцию Марковских Моделей Состояний путем оптимизации параметров, приближенных к оператору переноса. В этой заметке мы обсуждаем вопрос о том, почему время запаздывания оператора, которое является приблизительным, должно быть неизменным в вариативном подходе.

PMID: 29117698 [PubMed – в процессе]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Миллисекундная динамика БТК показывающая расширение пластичности кинома в пределах домена киназы
Anton Thynell 16.11.2017 писал(а):

Sci Rep. 2017 Nov 15;7(1):15604

Авторы: Sultan MM, Denny RA, Unwalla R, Lovering F, Pande VS

Краткий обзор:

Тирозинкиназа Брутона (БТК) — ключевой фермент в развитии B-клеток, ненадлежащее регулирование которого приводит к серьезным заболеваниям иммунодефицита. При проектировании избирательной БТК терапии было бы полезно усовершенствовать компьютерное структурное моделирование единого раствора киназы. Однако это остается сложной задачей ввиду огромных вычислительных затрат на проведение выборки в биологических масштабах. В этой работе мы объединяем имитации молекулярной динамики (MD) с марковской моделью состояний (МСМ), чтобы сообщить о термодинамике, кинетике и доступных состояниях домена киназы БТК. Наша конформационная среда связывает активное состояние с несколькими неактивными состояниями через структурно разнообразное промежуточное звено. В наших расчетах прогнозируется расширение пластичности кинома и указывается на наличие нескольких новых потенциально излечимых БТК состояний. Мы также считаем, что популяция этих состояний и кинетика их взаимных преобразований заменяются остатками протонирования аспартата, создаваемая силой молекулярной динамики и МСМ при прогнозировании последствий химических возмущений.
PMID: 29142210 [PubMed – в процессе]


Ссылка на nature.com

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Подход минимальных вариантов кластеризации создает надежные и простые в понимании укрупненные модели
Anton Thynell 18.12.2017 писал(а):
Подход минимальных вариантов кластериации создает надежные и простые в понимании укрупненные модели.

J Chem Theory Comput. 2017 Dec 18;:

Авторы: Husic BE, McKiernan KA, Wayment-Steele HK, Sultan MM, Pande VS

Краткий обзор:
Марковские модели состояний (ММС) представляют собой мощную основу для анализа наборов данных молекулярной динамики, таких как моделирование складывания белков, благодаря их прямолинейной конструкции и статистической строгости. Укрупненные ММС в интерпретируемых количествах макросостояний является важнейшим шагом на пути соединения теоретических результатов с экспериментальными наблюдениями. Здесь мы представляем подход минимальных вариантов кластеризации (ПМВК) для укрупненной ММС в модель макросостояния. Метод использует агломеративную кластеризацию с объективной функцией минимальной дисперсии Уорда, и сходство динамики микросостояний определяется с помощью расхождения Дженсена-Шеннона между соответствующими строками в матрице вероятности перехода ММС. Сначала мы показываем, что ПМВК дает интуитивно понятные результаты для простой трипептидной системы, и является надежным и долговременным статистическим артефактом. Затем ПМВК применяется к двум моделям складывания белка одного и того же белка в различных силовых полях, чтобы продемонстрировать, что различное количество макросостояний подходит для каждой модели, выявив неправильное состояние, присутствующее только в одном из моделирований. Наконец, показываем, что один и тот же метод может быть использован для анализа набора данных, содержащего много модулей MSM из моделирования в различных силовых полях, путем объединения их в группы и количественной оценки их динамического сходства в контексте выбора параметров силового поля. Подход минимальных вариантов кластериации с расхождением Дженсена-Шеннона обеспечивает мощный инструмент для группировки динамики по сходству как между моделями состояний, так и между динамическими моделями.

PMID: 29253336 [PubMed – как будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 265 • Страница 14 из 14<  1 ... 10  11  12  13  14

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Aloha и гости: 2


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  





Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan


Яндекс.Метрика