Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   MegaCalcii   



Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 292 • Страница 8 из 15<  1 ... 5  6  7  8  9  10  11 ... 15  >
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Advanced member
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.12.2002
Откуда: TSC! | Москва
Тема предназначена для публикации новостей о проекте Folding@Home.

Комментарии к новостям - только в порядке дополнения или исправления ошибок. Все другие обсуждения - в соответствующих темах форума.

Наиболее значимые новости и события:
2021г.
Максимизация эффективности Folding@home путем привлечения к сотрудничеству представителей промышленности
2020г.
Итоги 2020 года
Краткий обзор 2020 года:
В 2020 году Folding@home был похож на флот граждан в фильме "Звездные войны: Восстание Скайуокера". Все объединились, чтобы противостоять общему врагу, в данном случае вирусу SARS-CoV-2, ответственному за пандемию COVID-19. Мы чрезвычайно благодарны всем, кто включился в борьбу, помогая нам открыть новые противовирусные кандидаты, которые сейчас проходят испытания на животных, и опубликовать четыре работы:
1) Моделирование SARS-CoV-2 на экзафлопной мощности для захвата открывающегося шипа и выявления криптических карманов в протеоме,
2) Механизм активации SARS-CoV-2 Nsp16 и криптический карман с антивирусным потенциалом для всех коронавирусов,
3) Нуклеокапсидный динамичный белок SARS-CoV-2 неупорядочен и фазово разделяется с РНК,
4) COVID Moonshot: Открытое научное исследование ингибиторов основной протеазы SARS-CoV-2 путем народного объединения, высокопроизводительных экспериментов, вычислительного моделирования и машинного обучения.
Новый клиент с поддержкой ARM
Поддержка CUDA приходит в Folding@Home, чтобы дать графическим процессорам NVIDIA большой прирост скорости, и вам не нужно ничего делать для ее активации!
Производительность Folding@Home достигла 2,58 экзафлопс!
Folding@Home вступает в борьбу с коронавирусом COVID-19/2019-nCoV
Ввод в использование 22 ядра
2019г.
Достижения проекта за 2019 год
2018г.
Новый домен сайта новостей https://foldingathome.org
Научные статьи\результаты по F@H https://foldingathome.org/papers-results/
2017г.
Новый адрес сайта новостей http://folding.stanford.edu/news/
2016г.
Проблемы на 21 ядре (OpenMM GPU) с новыми драйверами NVIDIA 375.57 и 375.63 в Windows
2015г.
Достижения FAH в 2015 со взглядом на 2016 год
07.07.2015 Первая полная версия Folding@Home клиента для Android-устройств
24.02.2015 Появление ядра 18 новой 0.0.4 версии теперь и под Linux и для карт AMD
Поддержка Больших Жаб(bigadv) прекращена с 31.01.2015г.
2014 г.
Новый способ расчетов - Folding в браузере
9.07.2014 Появление нового ядра 18 версии под Windows/Nvidia и заданий под него, которое является улучшенной версией 17 ядра
2013 г.
Проект F@H преодолел 10 петафлоп
Новое универсальное AMD/nVidia GPU ядро (FahCore_17) в открытом тестировании!
2007 г.
Сеть Folding@home занесена в Книгу рекордов Гиннеса


Последний раз редактировалось MegaCalcii 30.07.2021 14:10, всего редактировалось 162 раз(а).
Новости | COVID Moonshot Sprint 10. Новая ревизия 22 ядра 0.0.14



Партнер
 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 25.12.2007
Откуда: Красноярск
Свежие новости поясняют планы докторов относительно бигжаб.
источник писал(а):
Planned changes to "Big Advanced" (BA) projects, effective January 16, 2012

Big Advanced (BA) is an experimental type of Folding@home WUs intended for the most powerful machines in FAH. However, as time goes on, technology advances, and the characteristics associated with the most powerful machines changes. Due to these advances in hardware capabilities, we will need to periodically change the BA minimum requirements. Thus, we are shortening the deadlines of the BA projects. As a result, assignments will have a 16 core minimum. To give donors some advance warning, we are announcing this now, but the change will take place in 2 months: no earlier than on Monday January 16, 2012.

We understand that any changes to how FAH works is a disruption for donors, and we have been trying to minimize such changes. For that reason, we are not changing the points system at this time.

However, we want to emphasize that the BA program is experimental and that donors should expect changes in the future, potentially without a lot of notice (although we will try our best to give as much notice as we can). In particular, as hardware evolves, it is expected that we will need to change the nature of the BA WUs again in the future.
Коротко суть:
Через два месяца будут усилены требования к количеству вычислительных ядер, необходимых для получения бигжаб.
С 16 января БЖ будут выдаваться при наличии не менее 16 процессорных ядер!

_________________
Доктор едет-едет сквозь снежную равнину,
Порошок целебный людям он везет.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
by VijayPande » 15 Nov 2011, 19:57 писал(а):
Приношу извинения, что недостаточно ясно написал в исходном сообщении. Речь шла о 16 физических ядрах с точки зрения производительности (чтобы укладываться в дедлайн), но в связи с тем, что клиент не может отличить логические ядра от физических, ограничение будет 16 логических ядер. Я сделал ударение на необходимой производительности, хотя, как и раньше, ключевым критерием будет выполнение заданий в срок (потому что некоторые обманывают клиента в количестве ядер в системе)

Мы знаем, как напряженно многие фолдеры работали над оптимизацией своих машин, и очень хорошо понимаем, как расстраивают эти изменения. Поэтому мы постарались предупредить вас заблаговременно, учитывая возможные новогодние покупки. Пожалуйста, помните, что БЖ - это очень экспериментальный проект, и будущие изменения не просто возможны, а практически неизбежны. Мы вносим эти изменения, потому что время идет, и очень скоро все новые машины смогли бы считать БЖ, что противоречит назначению БЖ-программы.

Мы понимаем, что эти изменения расстроят фолдеров, поэтому мы постараемся быть более консервативными с нововведениями в других частях folding@home

"english source"
by VijayPande » 15 Nov 2011, 19:57 писал(а):
Sorry for not being more clear in the post. It's 16 physical cores in terms of speed (to make the deadlines), but since the client just looks for logical cores (and can't tell the difference between logical and physical cores), the client hard minimum will be 16 logical cores (if we made the client minimum 32 cores, then there would be cases of people with 16 physical cores not working). Since this is a bit confusing to say, I tried to stress the speed needed (16 physical cores), but as before, the key determining issue will be making the deadlines (especially since some people often spoof the number of cores the client detects anyway).

We very much understand how upsetting any change is, especially since donors work hard to optimize their setups. That is why we tried to give advance notice, especially since people might buy new equipment over the holidays. Please keep in mind that BA is very much experimental and that future changes not just could happen but most likely will. We are making this change since as time marches on, pretty soon all new machines will be BA-capable, which defeats the purpose of the whole BA project.

Moreover, we understand that change is upsetting for donors, so we are trying to be much more conservative with changes to other parts of FAH.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Статистика снова работает и ожидается ба-альшое обновление

Многие заметили нули в официальной и неофициальных (folding.extremeoverclocking.com, Kakao Stats) статистиках в последние несколько дней.
Предлагаю вашему вниманию несколько официальных комментариев о том, как и почему это происходит.

bruce писал(а):
Как мы с Joe_H уже говорили, большинство серверов снова в работе, так что вы можете нормально получать и отправлять задания.
База данных с информацией для статистики по прежнему оффлайн. Хотя эта БД и не важна для научной части проекта, зато она важна для многих участников.

Каждый Work Server (Work Server - Рабочий сервер - тот сервер, который непосредственно выдает нам задания и собирает результаты) собирает статистику для задания, которые возвращаются к нему. В нормальном режиме эта информация каждый час отправляется в главную БД. Поскольку эта БД не работает, этот процесс так же не функционирует и записи о выполненных заданиях продолжают хранится на каждом Work Server'e. Впоследствии, когда БД оживет, эти данные будут собраны и войдут в статистику в виде одного большого апдейта.

У меня нет информации когда это может произойти.
источник
Stanford Network Issue
bruce писал(а):
As Joe_H has said and as I've said in other posts, most of the work servers are back up so you should be sending and receiving work normally.

The database that accumulates data for the stats is still off-line. That DB is not essential to the science though it's important to many donors.

Each Work Server routinly accumulates stats records for WUs that have been returned to it. Under normal circumstances, those data are collected hourly and added to the master database. Since the DB is down, that updating process is not functioning and the records are collecting on each Work Server. Eventually, when the stats are functioning again, the data will be collected and there will be one or more massive update of everything that has happened during the outage.

I have no information about when that might change.

Vijay Pande писал(а):
Это, как я думаю, заключительное сообщение по недавним выключениям. Это было глобальное бедствие в Стэнфорде, затронувшее весь университет, и я признателен нашем команде, вышедшей в воскресенье, чтобы восстановить нормальную работу. Рабочие сервера были включены, статистика сохранена. Мы отложили обновление статистики до тех пор, пока не убедились, что все работает правильно. Теперь мы ее включили. Статистика за время, когда обновление было выключено, не потеряна, и вы скоро увидите большие пики на своих графиках.
Спасибо, что были с нами в этой ситуации.
источник
Update on outage – FAH has been up as of Sunday, stats back on line now
Vijay Pande писал(а):
Here's our (I think) last update on this recent outage. This was a major disaster at Stanford affecting the whole campus and I'm grateful for our team coming in on Sunday to get things back up. The workservers have been up since then and work and stats have been saved. The stats updating was put on hold until we can make sure everything looked ok. We've turned it back on. Please note that there is no stats loss while we turn off updates. People should see a big bump in their stats shortly. Thanks for bearing with us through this.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Идет обновление статистики
Vijay Pande писал(а):
Мы изучаем сообщения о том, что результаты участников не попали в статистику. Мы работаем над начислением очков в данный момент.

источник
Stats recredit in progress
Vijay Pande писал(а):
We're investigating reports that donors stats were not registered into the stats system. We're working on a recredit now.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Восстановление статистики завершено
Vijay Pande писал(а):
Мы закончили начисление очков. Оно выглядит завершенным, но мы просим участникам сообщить нам на форуме, если проблемы все еще остаются.

источник
Stats recredit update
Vijay Pande писал(а):
We&#39;ve finished our stats recredit. It should be comprehensive, but we encourage donors to let us know in our forum if there are still problems.


Добавлено спустя 8 часов 15 минут 43 секунды:
Vijay Pande писал(а):
Рад слышать, что, похоже, все (или, по крайней мере, большинство) получили вознаграждение за выполненные задания. Приносим свои извинения за задержку с этим. Одна из хороших особенностей нашей системы очков - это ее внутренняя избыточность. Информация хранится в нескольких местах и не будет потеряна даже в случае нескольких сбоев. Хотя нам и приходится постараться, чтобы достать их оттуда и поместить в статистику.
источник
Vijay Pande писал(а):
I'm glad to hear that this seems to be resolved for all (or at least most) people. Sorry for the delay in getting this done. Once nice aspect of FAH's points system is that it has a lot of internal redundancy, so points are always safe (stored in multiple locations with multiple possible failures handled), even if it takes some effort for us to get them back into the system.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 21.03.2009
Откуда: TSC! | SPb
Выступление Доктора Vijay Pande на консультативном совете

Ктоб помог с переводом?
Я честно говоря пока не очень доступен

_________________
Nobody is perfect!
But I'm realy fucking close!


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
С Новым годом, TSC! Russia! :)

Вышла новая версия универсального клиента 7 серии: v7.1.43

10.01.2012 jcoffland писал(а):
Основные моменты этой версии - фильтрация логов, улучшения, существенные улучшения в пакетах Linux и OSX и сети. Сейчас мы очень близко подошли к следующей фазе, когда мы сможем рекомендовать 7 клиент на главной старице. Остается решить еще несколько проблем перед тем, как мы сделаем этот следующей шаг. Одна из них - это правильное вычисление PPD, над чем я и работаю сейчас.

Наслаждайтесь

src
jcoffland » 10 Jan 2012, 05:12 писал(а):
Some of the highlights of this beta are log filtering, significant Linux and OSX package improvements and improved networking. This release brings us very close to the next phase where we will start to recommend the v7 client on the http://folding.stanford.edu/ front page. Only a few issues remain before we commit to this next step. The most important of which is improved ETA/PPD calculation, which I am working on right now.

I hope you enjoy it


jcoffland » 10 Jan 2012, 05:12 писал(а):
Change Logs:
FAHClient:
v7.1.43:
Only update active project descriptions.
Retry failed project description updates at most every 5 minutes.
Work around Windows socket blocking write problem. #762
Updated copyright dates.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Новые bigadv-16 проекты

Vijay Pande писал(а):
Как и планировалось, мы проводим изменения в bigadv системе - увеличение необходимого количества процессорных ядер (и сокращение дедлайнов) и запуск нескольких новых bigadv проектов. Мотивы увеличения числа ядер таковы:

Bigadv предназначены для самых мощных машин. Наша задача в bigadv - задействовать этот сегмент в F@H для работы над особенно большими (использование памяти, получение заданий и отправка результатов) проектами, которые требуют больших вычислительных мощностей. Процессоры становятся быстрее со временем, что не может не радовать, и верхушка наиболее производительных машин фолдеров тоже становится быстрее. Есть множество интересной научной работы, возможной благодаря участникам F@H, и это происходит на всех уровнях производительности. Поэтому переход половины машин на bigadv не принесет пользы проекту. Также не будет хорошей идеей использовать старые машины для требовательных к производительности проектов.

Как сообщалось ранее, наш план состоит в уменьшении дедлайнов для BigAdv проектов. В результате потребуется как минимум 16 ядер. Разработка новых проектов "bigadv-16" заняла больше времени, чем предполагалось, но мы уже завершаем внутреннее тестирование и начинаем beta проекты bigadv-16. Мы запускаем новый сервер, который начнет выдавать новый класс заданий bigadv-16. Затем мы добавим сюда ряд проектов, более похожих на привычные bigadv. Мы хотим сделать эти задания доступными для тестирования, но пока еще не определились с очками для этих проектов, поэтому мы можем изменить очки, бонусы и/или дедлайны в процессе тестирования.

Ждите анонс бета-тестирования новых bigadv-16 проектов в ближайшее время. Впоследствии, когда новые bigadv-16 проекты стабилизируются, мы приведем bigadv-12 проекты в соответствиее с bigadv-16 (очки, дедлайны) и преобразуем все проекты в bigadv-16. Мы пока не можем назвать конкретные сроки реализации этого, потому что хотим основательно протестировать новые проекты. Мы постараемся максимально прозрачно проводить грядущие изменения в bigadv программе. Bigadv-8 проекты будут, вероятно, сняты с производства (на самом деле, для большинства из них задания не выдаются уже сейчас).

Мы признаем, что количество ядер - это очень грубая мера производительности системы. В долгосрочной перспективе у нас есть несколько идей о том, как это исправить для более точного измерения вычислительной мощности. Но в ближайшее время мы будем использовать эту несовершенную по общему мнению оценку.

Спасибо за фолдинг и за вашу поддержку bigadv программы и Folding@Home в целом.


src
Update on "bigadv-16", the new bigadv rollout

As we've mentioned earlier, we have been preparing changes to the bigadv system –– both an increase in the number of cores required (and a shortening of deadlines to match) and the release of some new bigadv projects. The motivation for the core changes is as follows:

Bigadv is intentionally intended for the most powerful machines, which makes it naturally a moving target. Our goal with bigadv is to utilize the most powerful segment of (CPU-based) machines in the FAH project to work on projects that are particularly large (memory utilization, upload/download requirement) and require a large amount of computation. We are all fortunate in that processors get faster over time, so the highest-performing tier of donor machines also gets faster over time. We have a lot of exciting science being enabled by FAH donors, and it takes place at all levels of computational requirement and performance sensitivity. So it wouldn't help the project to have 50% of machines running bigadv. But it also wouldn't be a good match to have some of the older and/or bandwidth-limited machines running these most performance-sensitive projects.

As previously announced, our plan is to shorten the deadlines of the BA projects. As a result, assignments will have a 16 core minimum. We've been developing the new projects for the new "bigadv-16". This development has taken a bit longer than we expected, but we are now completing internal testing and reading beta projects for bigadv-16. We are bringing a new server online for bigadv-16. It will start by offering a new class of bigadv projects, but we will soon add in a number of projects on the same server that are more similar to bigadv projects donors have already seen. We want to make these work units available for testing, but at the same time we are still examining the points yield of these bigadv projects. So the points valuation remains a work in progress; we may alter points, bonuses, and/or deadlines in the process of testing.

Please expect a beta announcement soon for testing these new bigadv-16 work units. Then, after the new bigadv-16 projects stabilize, we will bring the bigadv-12 projects into line (points, deadlines) with the bigadv-16 projects and convert all projects to bigadv-16. We are not sure of the timescale for this yet, as we'd like to test the new projects in a thorough manner. We will endeavor to be as transparent as we can regarding upcoming changes in the bigadv program. Bigadv-8 projects will likely be phased out (and indeed are mostly not being assigned at this time).

As a side note, we recognize that the number of cores is a somewhat crude measure for system performance. Long-term, we have some ideas on how we'd like to improve this and use better metrics. But in the near term, we are using this admittedly imperfect metric.

Thank you for folding and for your support of the bigadv program and FAH more generally.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Статистика снова работает
Vijay Pande, 12.02.2012 писал(а):
Статистика легла прошлой ночью, но уже снова работает. Мы работаем над начислением очков за задания, которые получили прошлой ночью. Свежеотправленные задания должны учитываться штатным образом.

src
stats back up – we're looking into missing interval
Vijay Pande писал(а):
The stats system went down last night and is now back up. We are working on recrediting the WUs that came in last night. WUs coming in now should be getting credit as always.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 02.02.2010
Откуда: Пермь
Rss LTMD: A new key technology to speed up Folding@Home simulations
#77This news is coming from one of the key researches of the Folding@Home project which is studying proteins folding in collaboration with Prof. Jesus Izaguirre lab at the University of Notre Dame.

The Izagurre's lab at University of Notre Dame is working with Vijay Pande's one at Stanford to produce a new GPU core that leverages the amazing speed of OpenMM implicit-solvent force calculations (the heart of Folding@Home GPU core) and adds a new method called LTMD (Long Timestep Molecular Dynamics). This combination allows an about 10 times simulation speedup over what OpenMM is capable of for systems from the WW domain (35 residues, 544 atoms) to the Lambda repressor (80 residues, 2000 atoms). This speedup allows about 10 milliseconds of simulation per day of computation, which get Folding@Home platform closer to the ability to simulate a single trajectory in the millisecond scale.

In collaboration with Cauldron Development (lead by Joseph Coffland, main developer of Folding@Home v7 client and some cores), researchers are hoping to build a GPU core that might be the first CPU/GPU hybrid core. There are still some technical questions that need to be sorted out about how to best achieve this and a talk with beta testers should be engaged when the core will be closer to entering in production.

To go further, researchers will continue to improve LTMD GPU technology to achieve greatest performance improvements on larger systems that will have a better biomedical interest. A very interesting improvement would be to extend this technology to explicit solvent simulations.

As far as scientific simulations, we simulate folding of about 80 mutants of the Pin1 WW domain, a protein involved in some cancers and the Alzheimer's disease. Understanding the role of these mutations in protein misfolding might have great biomedical consequences since many diseases have at least some components linked to protein misfolding. Another project that is about to start will simulate the dimerization during folding of proinsulin and its mutants, which results in some Type IA diabetes.

Izaguirre lab thanks the Folding@Home donors, the beta testers and Vijay's lab for their generosity and their leadership that made such advanced simulations achievable.

СУТЬ писал(а):
Виджай Панде совместно с Университетом Нотр-Дам работают над новым счётным ядром. В сочетании с новым методом LTMD ("Long Timestep Molecular Dynamics") ядро позволит ускорить счёт OpenMM в десять раз.

Надеются создать гибридное, работающее как на CPU, так и на GPU, ядро.

Совсем скоро появится [новости три недели, возможно уже появился] блок заданий, имитирующих димеризацию проинсулина и его производных, что может являться признаками развития диабета 2 типа.

_________________
Распределенные вычисления - http://tscrussiateam.ru/
Форум нашей команды - http://forums.overclockers.ru/viewforum.php?f=21


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 02.02.2010
Откуда: Пермь
kasson писал(а):
It looks like we might have a problem on 130.237.232.237; we're taking it down in order to investigate.

СУТЬ писал(а):
Похоже, у нас проблемы с сервером 130.237.232.237 [прим.: GRO-A5 задания 6901/6903/6904]; до выяснения временно прикрываем лавочку этот IP.

_________________
Распределенные вычисления - http://tscrussiateam.ru/
Форум нашей команды - http://forums.overclockers.ru/viewforum.php?f=21


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Небольшой перерыв в работе статистики
Vijay Pande писал(а):
Ожидается небольшой перерыв в работе сети в одной из наших серверных сегодня в 7 вечера по тихоокеанскому времени. Это никак не затронет Folding@Home кроме ежечасного обновления статистики. Как только работа сети будет восстановлена, мы перезапустим обновление и статистика попадет в базу данных. И это не повлияет на статистику кроме небольшой задержки этим утром.

src
Brief network outage – stats update down for 2 hours
Vijay Pande писал(а):
We will have a brief network outage in one of our server rooms today at 7pm PDT. This will not affect Folding@home other than to delay the normal hourly stats update. Once the outage is over, we will restart the update and the stats will be inserted into the db. So, this won't affect donor stats, other than to briefly delay our hourly update this morning.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 21.09.2005
Откуда: Иркутск
Фото: 1
Прошу обратить особое внимание на новость из блога Folding@home (ссылка на мой пост с переводом), касающуюся увеличения начисляемого PPD за жабы на ядре А4

_________________
aka Evgen!i in F@H, R@H, SIMAP


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
БЖ переходят на 16+ ядер
kasson писал(а):
В начале года мы объявили о переводе bigadv программы на машины с 16 и более ядрами. Сейчас мы работаем только с БЖ заданиями на 16+ ядер. Мы продолжаем оценку программы и можем производить изменения (в любую сторону) в будущем. т.к. и научная работа, которой мы занимаемся, и возможностей машин кранчеров продолжают изменяться.
Спасибо за фолдинг!

src
bigadv move to 16+ cores as previously announced
kasson писал(а):
We announced at the beginning of the year that the bigadv program would be moving to clients with 16+ cores. At this point, we are only serving 16+ BA work units. We do continue to evaluate the program and may make changes (in either direction) in the future as both the scientific work we are doing and the capabilities of donor machines continue to change.

Thanks for folding!


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Новый Gromacs 4.6
V.Pande, 25.09.2012 писал(а):
Информация от профессоров Питера Кассона и Майкла Шёртса, UVA и мистера Коффлэнда. UvA = Universiteit van Amsterdam

Вышла новая версия Gromacs (4.6), и мы работаем над ее внедрением в Folding@home. Новый код содержит ряд улучшений (больше, чем можно ожидать от незначительного изменения номера версии [предыдущий релиз носил номер 4.5.5 и вышел в сентябре 2011]) и особенностей, о которых мы расскажем позже. Не все из них сразу появятся в фолдинге, потому что некоторые потребуют существенной работы от программистов в следующие несколько месяцев. Основные: новые методы вычисления свободных энергий нашего профессора Майкла Шёртса, новый и чуть более быстрый в циклах код и несколько важных улучшений в распараллеливании вычислений.
Вычисление свободных энергий позволяет нам просчитать, например, как сильно препараты связываются с белками и силу притяжения между компонентами белка при растаскивании. Вообще, оптимизация кода и распараллелиливания - это уже само по себе хорошо!

Как софт для моделирования Громакс интересен тем, что хорошо оптимизирован как для одиночного компьютера (и это одна из причин, по которой мы выбрали его для фолдинга), так и для параллельных вычислений. Большинство других программ заточено под что-то одно, но Громакс пытается преуспеть и там, и там. Это обещает некоторые интересные и полезные последствия для фолдинга, особенно учитывая рост у фолдеров количества процессорных ядер и вещи вроде интегрированных GPU.

На сегодня всё, будем держать вас в курсе. Спасибо!

The 4.6 Core Team (проф. Кассон, Шёртс и неутомимый мистер Коффлэнд)

src
New Gromacs, new you
Guest post from Profs Kasson and Shirts, UVA and Mr. Coffland

A new version of Gromacs (4.6) is coming, and we’re working to bring it to Folding@home. The new code contains a number of improvements (more than you’d expect for a minor version number!), and we’ll post about some of the individual features as we go. Not all of them will be available on F@h immediately, as some will require substantial development work over the next few months. But some of the basics are new free energy methods from our very own Prof. Michael Shirts, new and slightly faster inner-loop code, and some important tweaks to parallelization. Free energy calculations allow us to calculate things like how tightly drugs bind to proteins and the strength of attraction between protein components when pulled apart. And you, of course, know what faster inner-loop code and better parallelization mean!

Gromacs is an interesting piece of simulation software in that it’s heavily optimized both for single-computer performance (part of why we chose it for F@h in the first place) and for parallel scaling. A lot of codes choose to emphasize one or the other. But Gromacs tries to do both. That will have some interesting and useful implications for F@h particularly as we look at more and more cores on donor CPU’s (and things like GPU integration). That’s all for now; we’ll keep you posted on progress.

Thanks!
The 4.6 Core Team (Profs. Kasson, Shirts, and the indefatigable Mr. Coffland)


Последний раз редактировалось Biker 28.09.2012 11:34, всего редактировалось 1 раз.
исправил перевод free energy methods - спасибо Evgenii!


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 21.09.2005
Откуда: Иркутск
Фото: 1
Biker
Free energy calculations, free energy methods – здесь корректнее было бы перевести как методы вычисления свободных энергий. Это из химической физики и физической химии, вычисление свободных энергий Гиббса. Есть книжка на эту тему (очень платная, на английском). Вот абзац из абстракта к этой книжке, который позволяет немного разобраться что к чему.
Цитата:
Свободная энергия представляет собой наиболее важную термодинамическую величину для понимания того, как молекулы распознают друг друга, притягиваются или реагируют. Примеры задач, в которых требуется знание характера изменения свободной энергии, включают задачи установления конформационного равновесия и ассоциации молекул, распределения между несмешивающимися жидкостями, взаимодействия рецептор-лекарство, ассоциации белок-белок и белок-ДНК, и стабильности белка.

src
Free energy constitutes the most important thermodynamic quantity to understand how chemical species recognize each other, associate or react. Examples of problems in which knowledge of the underlying free energy behaviour is required, include conformational equilibria and molecular association, partitioning between immiscible liquids, receptor-drug interaction, protein-protein and protein-DNA association, and protein stability.

Также про свободную энергию Гиббса можно посмотреть в Википедии

_________________
aka Evgen!i in F@H, R@H, SIMAP


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 10.04.2008
Evgenii писал(а):
Это из химической физики и физической химии, вычисление свободных энергий Гиббса. Есть книжка на эту тему (очень платная, на английском).

Если очень нужна - в ослике (emule) бывает если не всё, то очень многое:
ed2k://|file|Chemistry%20-%20Free%20Energy%20Calculations%20-%20Theory%20And%20Applications%20In%20Chemistry%20And%20Biology%20(Sscp%2086)%20-%20(C%20Chipot,%20A%20Pohorille)%20Springer%202007.pdf|12785320|453351C4115C485D58DB553ECBDA4439|/


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Единая система оценки производительности GPU/SMP: равные очки за равную работу
V.Pande, 21.10.2012 писал(а):
Действующие бенчмарки для SMP и GPU заданий выполняются на разных машинах, т.к. изначально ядра SMP не могли производить вычисления, которые выполняют GPU ядра, и наоборот (GPU были только для implicit solvent вычислений, а SMP только для explicit solvent вычислений). Мы завершили тестирование недавних усовершенствований в обоих типа вычислительных ядер, и теперь мы уверены, что можем выполнять одинаковую работу на обоих ядрах. Мы думаем, что подошло время объединить бенчмарки GPU и SMP для простоты и справедливости.

Следуя идее "равные очки за равную работу", новые GPU проекты будут протестированы (и оценены) на существующей схеме бенчмарков SMP. Как показали наши внутренние тесты, введение унифицированной системы бенчмарков приведет к увеличению (boost!) очков для GPU проектов как в виде базовых очков, так и благодаря включению Quick Return Bonuses для GPU клиентов. Чтобы опробовать новую схему, мы начали GPU3 проект (8057) и выложили его для бета тестирования. Когда эта схема бенчмарков будет проверена, все текущие GPU проекты будут переоценены по новой методике.

src
Unified GPU/SMP benchmarking scheme: equal points for equal work
V.Pande, 21.10.2012 писал(а):
The current benchmarking calculations for SMP and GPU projects are performed on different machines since originally the SMP cores could not perform the calculations that the GPUs cores could and vice versa (GPUs were only for implicit solvent calculations and SMP only for explicit solvent calculations). With recent advances in both cores and completion of our testing of these capabilities to ensure agreement, we are now confident we can do the same work on both cores. Thus, we feel that it is time to unify GPU and SMP benchmarking, both for simplicity and fairness.

In order to complete the move towards this plan of "equal points for equal work," new GPU projects will be benchmarked using the existing SMP benchmarking scheme. Based on our internal tests, the end effect of this new, unified benchmarking scheme would boost the points for the GPU projects, both in terms of base points but also by bringing Quick Return Bonuses to GPU clients. In order to test the new scheme, we have started a GPU3 project (Project ID: 8057) and released it for beta testing. Once the benchmarking scheme has been tested, all the current GPU projects will be re-benchmarked to reflect the changes in the benchmarking scheme.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Folding@home клиент 7.2.9 - релиз
V.Pande, 30.10.2012 писал(а):
Мы с радостью сообщаем, что версия F@H клиента 7.2.9 доступна для загрузки на folding.stanford.edu. Конечной целью Folding@Home всегда была поддержка исследований болезней, но мы понимаем, что лучший способ достичь этого - это сделать фолдинг простым и интересным. Поэтому мы постоянно работаем над тем, чтобы упростить установку и работу программы, и вместе с тем добавить продвинутые функции для опытных кранчеров, оптимизирующих свои машины для максимального ППД. И этот релиз - это шаг вперед в обоих направлениях.

Одна из наиболее визуально интересных и забавных фич - значительно улучшенный 3d viewer. Теперь он показывает белки из большего количества проектов, работает на большем количестве видеокарт и потребляет меньше процессорного времени. Этот же код используется в основе скринсейвера, разработка которого сейчас находится в стадии тестирования.

Обладатели самого свежего железа будут рады узнать, что эта версия умеет автоматически обновлять белый список графических процессоров, на которых работает клиент. На практике это означает, что F@H будет получать поддержку новых видеокарт быстрее, потому что теперь это не требует новой версии программы. Мы периодически будем обновлять белый список GPU, а клиент будет самостоятельно загружать его при запуске.

С гордостью сообщаем, что недавно наняли OSX гуру - Kevin Bernhagen. Он здорово поработал над бета-версией, чтобы довести ее до нужного уровня, и версия 7.2.9 стала первым релизом 7 клиента для OSX. Тут еще есть над чем поработать, однако этот релиз - огромный шаг вперед относительно предыдущей (v6) рекомендованной версии для OSX, и, кроме того, обещает лучшую интеграцию в среду OSX, чем предыдущие бета-версии.

Подробнее об этих и многих других улучшениях можно прочитать в теме FAHClient V7.2.9 (8th Open-Beta) [уже FAHClient V7.2.9 (released)] на нашем форуме. Здесь (на форуме, не в теме!) можно обсудить проблемы, если вы с ними столкнулись, интересные идеи или просто рассказать о новой потрясающей машине, которую вы построили для фолдинга.

Folding@home еще далёк от совершенства. Много новых фич находится в разработке, таких как более простые инсталляторы, улучшенная поддержка OSX и интуитивно понятные пользовательские интерфейсы. Много сюрпризов существует пока только в черновиках, и мы еще не готовы рассказать о них. Поэтому следите за обновлениями, и спасибо за вашу поддержку исследований в Стэнфорде и других университетах по всему миру.


src
Version 7.2.9 of the Folding@home software is now available
V.Pande, 30.10.2012 писал(а):
We are happy to announce that version 7.2.9 of the Folding@home software is now available at folding.stanford.edu. The ultimate goal of Folding@home has always been to support disease research but we've also understood that one of the best ways to do this is to make folding fun and easy. This is why we continual push to make the Folding@home software easier to install and use while still adding advanced features for power users optimizing their machines for maximum points. This software release makes strides forward on all fronts.

One of the more visually interesting and fun features is our much improved 3D viewer. It is now able to display proteins from many more folding projects, works on more graphics cards and uses less CPU time. This code is also being used as the basis for the upcoming screensaver which is currently in testing.

Those with the latest and greatest hardware will be glad to know that this version supports automatic updating of the GPU white-list. In practical terms, this means Folding@home will be able to support new graphics hardware more quickly, as it becomes available and with out requiring new software. We will publish a new GPU white-list periodically and the client will automatically update its list of supported GPUs on startup.

We are also proud to announce that we recently hired OSX guru Kevin Bernhagen. He has been working hard to bring the OSX release up to our standards. With the v7.2.9 release we are taking the v7 software for OSX out of beta for the first time. There is still much work to do but this release should offer many improvements over the v6 beta that was previously the recommend release for OSX and should integrate better with the OSX environment better than the previous beta software.

Many other improvements have been made. The folding forum thread titled FAHClient V7.2.9 (8th Open-Beta) lists the changes in more detail. While you're at it, join in the forum discussions and let us know if you run into problems, have a great idea or just what to tell us about the awesome new folding rig you've setup.

We are far from done improving Folding@home. Many new features are in the works including simpler installers, even better OSX support and easier more intuitive user interfaces. There are also some surprises on the drawing board which we are very excited about but not yet ready to announce. So stay tuned and thank you for continuing to help support disease research at Stanford and universities all over the world.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Плановое ТО серверной: суббота, 10 ноября, с 5 до 8 утра PST (9 ноября с 18 до 21 Мск)
Vijay Pande, 09.10.2012 01:28 писал(а):
В субботу, 10 ноября с 5 до 8 утра по тихоокеанскому времени мы будем проводить техническое обслуживание локальной сети в одной из наших основных серверных. В течение этого времени сервера могут быть недоступны, хотя мы надеемся уложиться в 30 минут на каждый. Заметим, что это только одна из наших серверных, а в основном проект FAH будет функционировать в рабочем режиме, но некоторые участники могут столкнуться с проблемами при сдаче заданий в это время. Мы также подчеркиваем, что серверная часть FAH построена таким образом, что даже при отключении серверов очки, заработанные участниками, не теряются, а лишь задерживается их начисление до момента, когда заработают сервера.

src
Planned server room maintenance: Saturday, November 10th, from 5AM to 8AM
Vijay Pande, 09.10.2012 01:28 писал(а):
One of our key server rooms will undergo network maintenance on Saturday, November 10th, from 5AM to 8AM pacific time. During the maintenance window, we expect that the servers in that room will be unreachable, hopefully for only 30 minutes each, but potentially for the full time range. We note that this is only one of our server rooms, so the FAH backend should still be primarily operational, but some donors will see some issues with returning work during this time. We also stress that the FAH server backend is architected such that even when servers are down, the points for donors will not be lost, and just the accounting for those points will be delayed until the servers are back up.

hint: 10 ноября 05:00 PST - это 9 ноября 18:00 по московскому времени


Последний раз редактировалось Biker 09.11.2012 16:07, всего редактировалось 1 раз.
добавил московское время


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 292 • Страница 8 из 15<  1 ... 5  6  7  8  9  10  11 ... 15  >
-

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 22


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  

Лаборатория














Новости

Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan