Member
Статус: Не в сети Регистрация: 17.03.2004 Откуда: Высоковск
Горячие, но уже немного остывшие (за 3 дня то!) новости с полей:
Цитата:
September 25, 2009 Update on new FAH cores and clients
We have been pretty busy with new cores for FAH and I wanted to give donors an update.
1) SMP2: Gromacs and Desmond. Much effort has gone into our "SMP2" project, the codename for the second generation SMP client. The main goal here was to make it MUCH easier to use. In order to do that, it meant getting rid of our use of MPI. We have had two approaches to this. Both ditch MPI by using threads instead. One was to switch to a new piece of software for the core. This has led to the "Desmond" core, based on software from DE Shaw Research. The second approach was to communicate the MPI issues with the Gromacs developer team and work with them to push for a threads-based Gromacs implementation. Both of these are coming along well and we are testing cores in house. You should hopefully see these cores "in the wild" (i.e. running on FAH) in a month or two, assuming that tests go well.
2) Normal Mode Langevin (NML) Dynamics in the Protomol core. We have been working on another approach to speeding dynamics greatly, based on a new technique called Normal Mode Langevin (NML) dynamics. This method uses the same style models as normal MD (same force fields, etc) and thus should have the same accuracy, but with a pretty significant speedup due to algorithmic advances. NML is complementary to our other methods, so we're hoping to add it to everything else (in particular to the GPU core). To start, we will be testing it in a new core, based on the Protomol software. Protomol is designed to allow for rapid prototyping of molecular simulations, which is perfect for NML.
3) GPU3: Next generation GPU core, based on OpenMM. We have been making major advances in GPU simulation, with the key advances going into OpenMM, our open library for molecular simulation. OpenMM started with our GPU2 code as a base, but has really flourished since then. Thus, we have rewritten our GPU core to use OpenMM and we have been testing that recently as well. It is designed to be completely backward compatible, but should make simulations much more stable on the GPU as well as add new science features. A key next step for OpenMM is OpenCL support, which should allow much more efficient use of new ATI GPUs and beyond.
I'm very excited about these new advances. It really should fundamentally improve the key science software behind FAH as well as making the donor experience much more smooth on our more experimental clients (i.e. on GPU and SMP).
Вольный неточный перевод (знатоки английского - поправляйте )
Мы очень заняты разработкой новых ядер для ФАХ, и я хочу сообщить участникам:
1) SMP2: Громакс и Дезмонд (Gromacs и Desmond). Основные усилия направлены в наш проект "SMP2", кодовое название смп клиента 2-го поколения. Основная цель нового клиента - сделать его НАМНОГО более удобным в использовании. Для этого необходимо отказаться от MPI [MPICH и DeinoMPI]. Есть два способа. В обоих из них вместо MPI используются "нити" (threads). Первый - разработка новых ядер, это будут ядра проекта Дезмонд (Desmond), основынные на ПО DE Shaw Research. Второй - сообщить о проблемах с MPI разработчикам Громакса (Gromacs) и работать совместно с ними, для создания варианта Громакс с использованием "нитей". Обе работы идут полным ходом и мы уже тестируем ядра в лаборатории. Возможно вскоре они будут выпущены в "свободное плавание" (т.е. для запуска в клиенте FAH), если всё пойдет хорошо - то в течение месяца или двух.
2) Normal Mode Langevin (NML) Dynamics в ядре Protomol. Так же мы работем над другой целью - увеличение скорости моделирования, основанной на новом методе - Normal Mode Langevin (NML) dynamics. Этот метод использует тот же тип моделей, что и MD [молекулярная динамика] (те же силовые поля и т.д.) и имеет такую же точность, но отличаетяс очень высокой скоростью, благодаря улучшенным алгоритмам. NML будет дополнением к нашим методам и мы планируем его широкое внедрение (в частности в ядрах для GPU). Для начала мы протестируем его в новом ядре, основанном на ПО Protonol. Protomol разработан для быстрого прототипного моделирования молекулярных симуляций [масло масляное], что прекрасно подходит для NML.
3) GPU3: следующее поколение ядер для GPU, основанных на OpenMM. Мы вносим значительные улучшения в симуляйию на GPU, с помощью улучшений в OpenMM - нашей открытой библиотеки для молекулярной симуляции. OpenMM основывается на нашем коде клиента GPU2, но уже значительно переработанном. Так что мы переписали наши ядра GPU для работы с OpenMM и тестируем их. Они будут обладать обратной совместимостью, но сделают симуляцию на GPU намного более стабильной и так же добавят новые возможности. Следующий шаг после openMM - переход на OpenCL? который позволит боле эффективно использовать новые GPU от ATI и последующие [чипы с поддержкой OpenCL].
Я очень рад этим изменениям. Они значительно улучшат основное научное ПО не относящееся к лежащее в основе FAH, а так же облегчат жизнь участникам, использующим наши экспериментальные клиенты (GPU и SMP).
Последний раз редактировалось Right 28.09.2009 18:43, всего редактировалось 1 раз.
Advanced member
Статус: Не в сети Регистрация: 16.12.2002 Откуда: TSC! | Москва
Ядро FahCore_b4.exe основано на Protomol (http://protomol.sourceforge.net/), крохи информации есть здесь: http://fahwiki.net/index.php/Cores#ProtoMol_core 13 октября несколько заданий для этого ядра случайно вырвались "на свободу", в большинстве случаев это заканчивалось сбоем до начала расчётов, но есть и исключения: http://forums.legitreviews.com/about23452.html Проект был временно приостановлен до устранения проблемы. Пока этот проект в бета-стадии, обычным гражданам туда не достучаться. Может быть, тип 4 поможет?
TSC! Russia Vice-captain
Статус: Не в сети Регистрация: 21.03.2006 Откуда: Петербург
29.12.2009 Оптимизация официальной статистики В связи с тем, что некоторые сервисы статистики статистики и пользователи слишком часто обращаются к официальной статистике проекта Folding@Home, введено ограничение на 50 соединений в сутки с одного IP. Также до перехода на новый сервер статистики временно отключены некоторые функции вроде отображения числа активных процессоров.
Добавлено спустя 12 минут 57 секунд: 02.01.2010 Обновление ядра GPU клиента На 4-е января запланировано обновление ядра nVidia GPU клиента ядро FahCore_11до версиии v1.31. Среди улучшений заявлена лучшая поддержка новых заданий серии P10101. Перейти на новое ядро можно самостоятельно: остановить клиента, удалить существующее ядро FahCore_11 и запустить счет заново.
В районе 20-го января пустили в публичное тестирование ядро a3. Это тот самый SMP2. Версия клиента 6.29. Проекты 6012-6015.
Для любителей всего нового сразу пишу, на тачках слабее 2.4GHz Q6600 оно работает медленнее SMP1 и лучше ничего не менять. В принципе, даже на Core2Quad Q9400 под Linux не заметил прироста, а на Core2Duo вообще ужас-ужас.
Плюс, скорее всего потребуется обновление мониторилки клиентов, т.к. там ввели систему бонусов, которые старый софт не видит.
Member
Статус: Не в сети Регистрация: 03.04.2004 Откуда: Саратов
morten666 писал(а):
Плюс, скорее всего потребуется обновление мониторилки клиентов, т.к. там ввели систему бонусов, которые старый софт не видит.
На сколько я вижу, формула расчета бонусов такая же как и для заданий 2681-2683, так же базируется на величине KFactor. Это значит, что новую версию FahSpy для поддержки SMP2 выпускать не потребуется. Последняя на данный момент версия 2.0.1 уже поддерживает расчёт бонусов.
Что кстати не скажешь о другой популярной программе мониторинга FahMon. По сообщению на форуме, автор программы "куда-то тихонько свалил" и когда будет обновление с поддержкой вычисления бонусов никто сказать не может.
_________________ Мы, бояре, народ работящий! Такая уж наша боярская доля... http://fahspy.org/
The SMP2 Core A3 work units mark the debut of a new points system. We have been testing the key element of this system--early completion bonuses--in the bigadv work unit program. Please refer to this document with for a more detailed explanation of the points system. We are also changing our benchmark system over to a Core i5. Points have been calibrated against previous benchmarking setups, as described below.
Introduction Points are a key aspect of distributed computing, such as Folding@home (FAH), as it both works to indicate to donors how much they have contributed, as well as foster friendly competition between donors that has always been an essential part of distributed computing. Folding@home’s point system is based on the concept of a benchmark machine, i.e. a particular class of hardware which we use as a standard to define how many points a given calculation should get. The choice of this benchmark machine can have implications for points for donors. Moreover, how we use this benchmark is important.
Our benchmarking philosophy tries to balance two elements: keeping a system reasonably simple (both for donors and for the FAH team to calculate) as well as keeping points in alignment with scientific value of a given calculation. Indeed, donors will optimize their machines (eg choice of hardware, choice of clients, etc) based on points, so it is important that points awarded be reflective of the scientific gain.
While our basic benchmark idea is pretty simple, this document is fairly long in order to give donors full details about how we have chosen the benchmark machine as well as giving detailed information of this machine and how this could impact points for donors.
Benchmark philosophy Our philosophy is pretty simple: we would like to standardize benchmarks to a single machine and standardize and simplify the bonus schemes now employed. Bonuses have played a key role in aligning points with science and we will continue to use them. For example, returning work units (WUs) promptly can be very important for the science we’re doing, so we provide bonuses for this, especially with the high performance clients.
Machines used in comparison We chose a 2.2 GHz E6600 as the prototype dual-core machine and a Q6600 at either 2.4 GHz or 3.2 GHz as the prototype quad-core. The new benchmark machine is a Core i5-750 with Turbo Mode off. We compare single-core performance to the old benchmark machine, a 2.8 GHz Pentium 4.
FAH Projects used in the comparison We base comparisons to the single-core benchmark machine on projects 4442 and 6315, comparing single-core speed on the 2.8 Ghz Pentium 4 to ideal quad-core speed on the 2.6 Ghz Core i5 machine. We base comparisons to quad-core machines on project 2671. We base comparisons to dual-core machines on project 6012.
Results. Machine: Performance relative to Core i5: P4 2.8 0.098 (on project 4442) P4 2.8 0.12 (on project 6315) E6600 0.30 Q6600-3.2 1.1 Q6600-2.4 0.82
Based on these multiplicative speed factors, we can project ppd output based on either the A1 or the A2 benchmarking standards. Machine: A1 ppd: A2 ppd: E6600 521 1663 Q6600-3.2 1933 6172 Q6600-2.4 1450 4629
Bonus point formula Briefly summarizing our bonus formula, the bonus is applied for users who have a passkey, have successfully returned at least 10 bonus-eligible WU's, successfully return >=80% of assigned WU's, and return the WU before the preferred deadline. Bonus points do not apply to partial returns.
Our bonus formula calculates final points as follows: final_points = base_points * max(1,sqrt(k*deadline_length/elapsed_time)) Note that the max(1,...) ensures that final_points are never lower than base_points.
We can convert this formula to points per day as follows: ppd = base_ppd * speed_ratio * max(1,sqrt(x*speed_ratio)), where speed_ratio is the machine speed relative to the Core i5, and x = k * deadline_length.
Parameter determination If we set the new quad-core base ppd to 1024 and the parameter x to 30, we get the following results:
Machine: projected ppd: E6600 903 (greater than A1, less than A2) Q6600-3.2 6456 (greater than A2) Q6600-2.4 4628 (approximately equal to A2) P4 171 (on project 4442) P4 228 (on project 6315)
Explanation of x parameter We may vary the deadline length between projects (some projects require fast completion and thus have short deadlines). Each project has an associated k parameter that controls the bonus points yield. We standardize k as follows: x * speed_ratio = k * deadline_length / elapsed_time since we can express speed_ratio as Core_i5_time / elapsed_time: x * Core_i5_time / elapsed time = k * deadline_length / elapsed_time therefore: x *Core_i5_time = k * deadline_length solving for k, we obtain: k = x * Core_i5_time / deadline_length and since x is set to 30, k = 30 * Core_i5_time / deadline_length, where Core_i5_time is the time to complete a work unit on our Core i5 benchmark machine.
Summary According to our projections, this new benchmarking standard will result in points yield for a 2.8 GHz P4 that is slightly above the typical uniprocessor values, points yield for a 2.2 GHz E6600 that is greater than typical A1 core yields but less than typical A2 core yields, points yield for a 3.2 GHz Q6600 that is greater than typical A2 yields, and additional points yield rewards for faster systems. The crossover point between A3 and A2 ppd in speed falls approximately at a 2.4 GHz Q6600.
Переход на А3 начинает давать прирост с конфигураций:
2.8 GHz P4 (для однопроцессорных) 2.2 GHz E6600 (только по сравнению с А1 winsmp, я так понимаю) 3.2 GHz Q6600 дает больше очков по сравнению с А2, плюс добавляются бонусы за быструю систему.
А2 и А3 начинают показывать одинаковую производительность примерно на 2.4 GHz Q6600.
Кажется, что web-сервер Стэнфорда упал, мы оформили наряд. Сервер статистики находится на отдельном сервере (fah-web.stanford.edu) и работает нормально.
10 февраля 2010
Наш сервер статистики подвергся DoS-атаке (отказ в обслуживании, зафлудили в общем) с нескольких машин. Они обращаются к скриптам по нескольку раз в секунду, что тормозит работу сервера для всех. Мы их забанили по IP-адресу и забаним всех, кто так будет делать. Выключите скрипты.
9 февраля 2010
Один из модераторов с FoldingForum.org создал сайт о F@H. На нем будут публиковаться последние новости, обновления программ, инструкции и даже обзоры железа в контексте F@H. Языки: английский и французский. Т.к. мы тесно работаем с модераторами FoldingForum.org над разворачиванием F@H, там будет много информации на эту тему. Советую посетить: http://www.fah-addict.net/
(переводится это в духе фахоголик. дословно - подсевший на fah)
TSC! Russia member
Статус: Не в сети Регистрация: 24.07.2004 Откуда: Yaroslavl Фото: 32
Цитата:
February 19, 2010 Update on NV GPU servers We have been working to track down the nasty bug on the NVIDIA GPU WS's that is causing problems for donors sending back WUs. We have been trying different fixes over the last week, but this has been very tricky to figure out.
After another brainstorming session this afternoon, I think we have a good plan for the short term and long term. I hope that new WUs being assigned won't see this problem due to rerouting of assignments. Joe is also going to pound out the bugs on his new WS on vspg11a to get that going.
I'm very sorry for this major issue. This has been called the worst outage we've had and I think we agree. I've had a long chat with the development team about this and we've talked about how to fix issues in the WS code release cycle. I think the plan we have in place will stop this from happening in the future, but the main issue right now is to solve the problems at hand.
UPDATE 6pm 2/19/2010 -- after a week of working on this, trying lots of stuff, and nothing working, I think we've found something promising. I'm nervous typing this as everything looked promising before, but at least I think Joe's found the reason for the problem, which is the hard part.
UPDATE 11pm -- so far so good. It looks like this fix may be sticking.
UPDATE 7:30am 2/20/2010 -- looks like the fix is indeed working. We will continue to monitor the servers closely over the weekend.
Добавлено спустя 3 минуты 2 секунды: если я правильно перевожу последнюю фразу то "Мы будем продолжать следить за серверами в выходные дни.".... надо же, какая забота (То так по 3 дня пофиг было на все пока конфеты ели)
_________________ Бег – искусство оставаться на месте
Вообще-то речь идет о каком-то старом глюке Nvidia-клиента, связанный с отправкой результатов работы. Они фиксы всякие разные делали, делали долгое время, а 20-го числа пришли к выводу, что глюка одолели, но на всякий случай будут внимательно мониторить серваки на выходных. Именно в контексте этого фикса.
TSC! Russia member
Статус: Не в сети Регистрация: 24.07.2004 Откуда: Yaroslavl Фото: 32
Цитата:
February 20, 2010 Shortage on "small" WU's Here's a heads up for donors running with clients configured for small WUs (v6 clients) or normal WUs (in pre-6 clients); note that this does not affect "big WU" client configs for v6 or earlier. It looks like we're running low on those over the weekend. I hope to have this resolved by Monday, but likely not tomorrow (Sunday). One workaround is to configure your client for medium-sized WUs:
Acceptable size of work assignment and work result packets (bigger units may have large memory demands) -- 'small' is <5MB, 'normal' is <10MB, and 'big' is >10MB (small/normal/big) [normal]?
This option states a preference for the size of work units downloaded and uploaded to the project servers. Bigger units will also have bigger memory requirements. If you run on a slower broadband or dialup internet connection, small is the recommended setting to ease your bandwidth usage.
Please see our installation guides if you're not familiar with these settings. In general, the larger the setting here, the less likely we'll run out of WUs, since we'll assign small WUs to big WU clients if we run out of big WUs to give out, but of course won't send big WUs to small WU clients.
оказываеться галка с размером задания реально работает... а у нас везде в факах что не юзаеться в настоящий момент...
_________________ Бег – искусство оставаться на месте
TSC! Russia Vice-captain
Статус: Не в сети Регистрация: 21.03.2006 Откуда: Петербург
19.03.2010 Обновление счетного ядра A3 Обновилось счетное ядро A3 для клиента SMP2 (Windows, Linux, OS X) с версии 2.15 до версии 2.17. Изменения пока не известны. Не рекомендуется самостоятельно обновлять версию ядра посреди счета задания в связи со сменой формата сохранения промежуточных результатов (checkpoint): счет начнется заново.
_________________ Революционеров можно убить, идеи — никогда.
TSC! Russia member
Статус: Не в сети Регистрация: 24.07.2004 Откуда: Yaroslavl Фото: 32
Цитата:
В ходе недавнего обмена электронной почты, Виджей Панде, директор Folding @ Home проекта, отметил, что будет выпущена экспериментальные GPU3 OpenCL 1,0 основанные основных бета (FahCore_16) в течение недели.
Так GPU3 наконец-то доступна? К сожалению нет, истинная цель этого ядра собирать статистические данные о совместимости и производительности NVIDIA и ATI GPU карты на масштабе. Как сообщалось ранее, основной GPU3 будет где-то в районе 10% медленнее, чем текущие GPU2, но будет гораздо более стабильной и будет включать более широкий совместимости оборудования. В настоящее время в университете не с акцентом на качество результатов, она лишь проверка того, как ядро выполняется на графических картах. Окончательные результаты будут представлены Greg Боумен на SC10 октябре этого года.
С практической точки зрения, существует не так много для нас делать. Установить 195.xx или более поздней версии драйверов NVIDIA, или 10,2 или более поздней ATI, и запустить ваш очередной GPU2 клиента-advmethods флаг.
Эти проекты уже были названы - проекты 10401 до 10410. Они в настоящее время размещен на сервере нового сотрудника по адресу IP 67.63.58.75, и предпочитал срок 1 день, и окончательный срок от 2 дней. Стоимостью в 189 очков, это очень короткий единиц, и мы видели их завершения в течение получаса на 9800GTX. Для скоростей, ATI, мы рассчитываем на ваше мнение.
Добавлено спустя 1 минуту 3 секунды: за перевод пинать Гугль - мне линиво с утра было набивать - я хоть и встал, но еще не проснулся
_________________ Бег – искусство оставаться на месте
Member
Статус: Не в сети Регистрация: 24.10.2002 Откуда: Петербург
некто abdulwahidcанонсировал сегодня 9 новых заданий на ядре Protomol: 10009, 10012, 10013, 10014, 10015, 10016, 10017, 10019, 10020. Задания оцениваются в 126 очков (на самом деле 126.25) и имеют желательный срок выполнения 4.6 дней. Дедлайн равен 34.5 дням. abdulwahidc сразу предупреждает об "особенностях" 23 версии ядра: остановка и запуск клиента приводят к тому, что задание начинает считаться с нуля. говорят, они работают над этой проблемой. ну, а пока ошибка не исправлена, желающие избежать таких ситуаций могут временно отказаться от получения advmethods заданий.
Member
Статус: Не в сети Регистрация: 24.10.2002 Откуда: Петербург
sco01 писал(а):
и имя/фамилия вроде как всегда раздельно писались...
если ты про abdulwahidc, то так он зарегистрирован на фолдингфоруме а если про Badi' Abdul-Wahid, то это пусть toTOW разбирается, ему из Франции виднее
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 76
Вы не можете начинать темы Вы не можете отвечать на сообщения Вы не можете редактировать свои сообщения Вы не можете удалять свои сообщения Вы не можете добавлять вложения