Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Biker    MegaCalcii   



Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 268 • Страница 13 из 14<  1 ... 10  11  12  13  14  >
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Advanced member
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.12.2002
Откуда: TSC! | Москва
Тема предназначена для публикации новостей о проекте Folding@Home.

Комментарии к новостям - только в порядке дополнения или исправления ошибок. Все другие обсуждения - в соответствующих темах форума.

Наиболее значимые новости и события:
2018г.
Новый домен сайта новостей https://foldingathome.org
Научные статьи\результаты по F@H https://foldingathome.org/papers-results/
2017г.
Новый адрес сайта новостей http://folding.stanford.edu/news/
2016г.
Проблемы на 21 ядре (OpenMM GPU) с новыми драйверами NVIDIA 375.57 и 375.63 в Windows
2015г.
Достижения FAH в 2015 со взглядом на 2016 год
07.07.2015 Первая полная версия Folding@Home клиента для Android-устройств
24.02.2015 Появление ядра 18 новой 0.0.4 версии теперь и под Linux и для карт AMD
Поддержка Больших Жаб(bigadv) прекращена с 31.01.2015г.
2014 г.
Новый способ расчетов - Folding в браузере
9.07.2014 Появление нового ядра 18 версии под Windows/Nvidia и заданий под него, которое является улучшенной версией 17 ядра
2013 г.
Проект F@H преодолел 10 петафлоп
Новое универсальное AMD/nVidia GPU ядро (FahCore_17) в открытом тестировании!
2007 г.
Сеть Folding@home занесена в Книгу рекордов Гиннеса


Последний раз редактировалось MegaCalcii 20.10.2018 9:27, всего редактировалось 125 раз(а).
Октябрь 2018



Партнер
 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Новый клиент FAH: V7.4.15 в открытом бета-тестировании
Vijay Pande 23.08.2016 писал(а):
Я рад представить новый клиент, готовый к бета-тестированию. Этот клиент содержит некоторые важные улучшения по сравнению с выпуском 7.4.4. В дополнение к ряду исправлений, этот выпуск добавляет лучшую поддержку для сопоставления количества процессоров, доступных в системе, к числу проектов, с которыми фактически может справиться. Это позволит некоторым клиентам Folding@home получать и выполнять задания. Мы также добавили наш первый 64-битный релиз для Windows. Из-за числа клиентов Windows, мы сделали Windows версию приоритетной, но и выпуск OSX скоро будет доступен для тестирования. И, наконец , мы добились улучшений в обнаружении GPU, но работы остается много. Мы надеемся решить текущие проблемы с обнаружением мульти-GPU во время этого открытого бета-теста. Наша внутренняя команда активно работала над тестированием нового выпуска. Мы считаем, что этот выпуск находится в хорошей форме, но важно протестировать код на более широком разнообразии машин. Если вы имеете проблемы с этой бета-версией, пожалуйста, напишите сообщение на foldingforum.org с версией ОС, "битностью" клиента, который вы установили, что вы ожидали, чтобы произошло и что на самом деле произошло. Размещение логов также будет очень полезным. Как всегда, мы высоко ценим усилия тех, кто помогает нам протестировать наше программное обеспечение. Правильность функционирования и эффективность программного обеспечения является огромной частью успеха Folding@home и в конечном итоге поможет найти лекарства от болезней. Мы с нетерпением ждем ответа от Вас на форумах! Больше деталей на форуме: FAHClient V7.4.15 (Open-Beta)

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Механически различные рак-ассоциированные кластеры активации mTOR предсказывающие чувствительность к рапамицину
J Clin Invest. 2016 09 01;126(9):3526-40
Авторы: Xu J, Pham CG, Albanese SK, Dong Y, Oyama T, Lee CH, Rodrik-Outmezguine V, Yao Z, Han S, Chen D, Parton DL, Chodera JD, Rosen N, Cheng EH, Hsieh JJ
Anton Thynell 01.09.2016 писал(а):
Краткий обзор:
Геномные исследования связывали мутации mTORC1 с исключительным ответом на лечение аллостерическими ингибиторами mTORC1, называемыми рапалогами. Рапалоги одобрены для отдельных видов рака, включая рак почек и молочной железы. Здесь мы использовали данные последовательности из 22 случаев рака почек человека, чтобы идентифицировать активирующие механизмы, полученные мутациями mTOR, наблюдаемыми при раке человека и терапии повышенной точности. Мутации mTOR, которые сгруппированы в фокальной адгезионной киназе, нацеленной на домен (FAT) и киназные домены, повышали активность mTORC1 киназы, уменьшали зависимость от питательных веществ и увеличивали размер клеток. Мы идентифицировали 3 различных механизма гиперактивации, включая восстановленное связывание с DEP-содержащим MTOR-взаимодействующим белком (DEPTOR), подавление сопротивлению к регуляторному ассоциированному белку посреднику-mTOR (RAPTOR-посредник) и измененную киназную кинетику. Из 28 mTOR двойных мутантов активирующих мутации можно разделить на 6 комплиментарных групп , что приводит к синергическому гомологу Rag- и Ras, обогащенному независимой от мозга (RHEB-независимой) активацией mTORC1. Мутанты mTOR были устойчивы к ДНК-индуцибельному транскрипту 1-посреднику (REDD1-посредник) ингибированию, подтверждая, что активирующие мутации могут обходить путь отрицательной обратной связи, образованные между HIF1 и mTORC1 в отсутствие экспрессии супрессора опухоли фон Гиппель-Линдау (VHL). Кроме того, VHL-дефицитные клетки, которые экспрессировали активирующие мутаторы mTOR, увеличивали опухоли, которые были чувствительны к обработке рапамицином. Эти данные могут объяснить высокую частоту мутаций mTOR, наблюдаемых при ясном раке почки клетки, где потеря VHL и активация HIF являются патогномоничными. Наше исследование обеспечивает механистическую и терапевтическую информацию о мутациях mTOR при заболеваниях человека.
PMID: 27482884 [PubMed – проиндексировано для MEDLINE]

Веб-сервер упал, восстановление в процессе
Vijay Pande 06.09.2016 писал(а):
Наш главный веб-сервер статистики (http://fah-web.stanford.edu) дважды выходил из строя за выходные. Наши системные администраторы работают над этим и ожидают починить его этим вечером. Также из-за предыдущих проблем мы планируем модернизировать железо на этой машине.

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Последний раз редактировалось MegaCalcii 20.10.2018 8:57, всего редактировалось 1 раз.
Добавлена статья от 01.09.2016


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Выше головы: Плановое техобслуживание
Carlos Hernández 13.09.2016 писал(а):
Несколько серверов FAH, размещенных в Стэнфорде - включая сервер статистики - будут подвергнуты намеченному обслуживанию с сегодняшнего дня и до четверга. Принимающие сервера и сервера начисления очков не будут затронуты при этом; однако, очки могут некорректно отображаться на веб-сайте, до тех пор, пока не будет закончено обслуживание.

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Новая статья о MDM2: динамика области крышки и вычислительная стыковка
Vincent Voelz 21.09.2016 писал(а):
Так называемый “страж генома”, p53 - белок подавления опухоли, участвующий в регулировании клеточного восстановления и апоптоза. Многие раковые клетки способны размножаться из-за способности мутации в р53, что делает его центром интереса для исследователей рака.

В клетке уровни p53 обычно ниже, чем обычно, посредством действия другого белка, MDM2, который связывается с доменом трансактивации (TAD) p53 и использует его для разложения. После закрепления p53 (TAD) сворачивается в спираль и пакуется в привязанное углубление MDM2. За последние десять лет, было много усилий по разработке противораковых молекул, которые могут имитировать спираль P53 и конкурентно связываться с MDM2, в результате чего активируется р53.

MDM2 интересен по другой причине: ЯМР-эксперименты показывают, что при отсутствии р53, неупорядоченная N-терминальная область становится частично структурирована и ассоциируется с расщеплением. Это так называемая "крышка области", которую можно увидеть, приняв ключевые взаимодействия с MDM2 лигандами в со-кристаллических структурах, которые предполагают, что способность предсказывать подобную конформацию крышки может быть очень важным для рационального дизайна лекарств.
#77
В новой статье в "Scientific Reports", исследователи из лаборатории Voelz применили мощности распределенных вычислений Folding@Home для изучения конформационной динамики области крышки MDM2, чтобы узнать насколько важным может быть моделирование области крышки. Модели Состояний Маркова (MSMs), построенные из моделируемых траекторий области крышки, показывают, что крышка связывается с углублением с помощью двух состояний, согласовывающимися с экспериментом, и кроме того, это движение совмещено с открытием связанного углубления. Поскольку опубликованная ЯМР структура MDM2 имеет закрытое углубление, исследователи пошли дальше и увидели, что известные лиганды могут быть успешно прикреплены к моделируемым структурам рецептора MDM2. Примечательно, что эта процедура была очень успешна, и сопоставима с “золотым стандартом” поперечно-состыковывающихся лиганд через ряд co-кристаллических-структур с высокой точностью.

Эти результаты имеют важное значение. С одной стороны, они предполагают, что крупномасштабные моделирования могут помочь уточнить "плохие" рецепторные структуры для разработки лекарств. Это может быть особенно важно для гомологии моделей белковых структур, для которых вычислительная стыковка часто неудачна. Результаты также предполагают, что моделирование беспорядочных областей в белках могло бы быть более важным, чем думали раньше.

Ссылка:
Mukherjee, S., Pantelopulos, G. A., & Voelz, V. A. (2016). Markov models of the apo-MDM2 lid region reveal diffuse yet two-state binding dynamics and receptor poses for computational docking. Scientific Reports, 1–10. doi: 10.1038/srep31631

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Ядро Core15 отправляется на пенсию. OpenMM 7.0 в пути к FAH
Vijay Pande 09.10.2016 писал(а):
OpenMM наша основа для GPU, с полностью открытым исходным кодом, которая управляет FAH. OpenMM имеет свои корни в исходном коде FAH GPU, первый код GPU для молекулярной динамики. Core15 имеет очень длинную историю и настало время отправить его в отставку, чтобы двигаться дальше, т.к его код устарел. К сожалению, это означает, что некоторые более старые графические процессоры (которые не поддерживаются OpenMM) больше не будут поддерживаться FAH.

OpenMM 7.0 был только что выпущен и представляет несколько ключевых достижений в скорости и науке. Мы работаем, чтобы привнести, в скором времени, эти достижения в новое ядро FAH, чтобы попытаться выйти за границы возможного FAH. Это ядро вы скоро увидите в более обширном тестировании.

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Обновление системы статистики, включающее новую функцию: лидеры месяца
Vijay Pande 12.10.2016 писал(а):
В нашем регулярном обновлении систем FAH, недавно мы сделали обновление внутренней статистики сайта, чтобы помочь ускорить и внедрить ее в новую инфраструктуру, которая должна стать более надежной. Попутно, ведущий программист FAH Joseph Coffland добавил идею от ведущего Рыночных Отношений AntonThynell'а включить новый вид соревнования: ежемесячные лидеры.

Эта ежемесячная таблица лидеров будет показывать топ участников и топ команды за каждый месяц и мы будем собирать топ лидеров за каждый месяц и за весь год. Наше намерение состояло в том, чтобы дать новым участникам возможность немедленно увидеть их вклад и поощрить их к дружественным соревнованиям, которые помогут продвинуть вперед нашу науку еще быстрее.

Обновленная страница находится здесь: http://folding.stanford.edu/stats/

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Проблемы на 21 ядре (OpenMM GPU) с новыми драйверами NVIDIA 375.57 и 375.63 в Windows
John Chodera 27.10.2016 писал(а):
Мы получили ряд сообщений о том, что недавний выпуск драйверов NVIDIA 375.57 для Windows,(датирован 10/20) и 375,63 (датирован 10/23) является причиной многих ошибок проектов, основных на 21 ядре (OpenMM). Мы пока не знаем причину этой проблемы, но активно изучаем ее.

В то же время, мы настоятельно рекомендуем вам оставаться на прежних драйверах или понизить до последнего известного рабочего драйвера NVIDIA для Windows версии 372.70, если вы хотите продолжать работать с проектами на 21 ядре (OpenMM).
Если вы уже перешли на 375.57 или 375.63 и возникают проблемы, мы рекомендуем вам сообщить о них команде NVIDIA:
http://surveys.nvidia.com/index.jsp?pi= ... 94a40f8ac6

Спасибо за терпение, мы надеемся найти решение в ближайшее время.

~ Команда 21 ядра Folding@home.

Прибавлю от себя новость(пока анонса в новостях на сайте не было, только мигает скромный банер на главной) #77
Появилась новая версия сайта и новый мотивирующий видеоролик, глянуть можно здесь: https://foldingathome.stanford.edu/
Измерение экспериментальных коэффициентов распределения циклогексан-вода для задачи SAMPL5
J Comput Aided Mol Des. 2016 11;30(11):945-958
Авторы: Rustenburg AS, Dancer J, Lin B, Feng JA, Ortwine DF, Mobley DL, Chodera JD
Anton Thynell 30.11.2016 писал(а):
Краткий обзор:
Малые коэффициенты распределения молекул между несмешивающимися непроницаемыми и водными фазами, такими как циклогексан и вода, определяют степень, в которой малые молекулы предпочитают одну фазу над другой при заданном рН. Поскольку коэффициенты распределения захватывают как термодинамические эффекты (свободную энергию переноса между фазами), так и химические эффекты (состояние протонирования и таутомерные эффекты в водном растворе),они обеспечивают тщательное испытание термодинамической и химической точности физических моделей без длительного времени корреляции, присущего предсказанию более сложных свойств, имеющих отношение к открытию лекарственного средства, таким как сродство связывания с белком-лигандом. Для задачи SAMPL5 мы провели слепое предсказание, в ходе которого участникам было поручено предсказать коэффициенты распределения для оценки его потенциала как нового пути для оценки и систематического улучшения интеллектуальных физических моделей. Эти измерения обычно выполняются для октанол-вода, но мы решили использовать циклогексан для неполярной фазы. Было предложено использовать циклогексан, чтобы избежать проблем с высоким содержанием воды и стойкой гетерогенной структурой водно-насыщенных октанольных фаз, поскольку она значительно уменьшает содержание воды и однородность жидкой структуры. Используя модифицированный протокол LC-MS / MS во встряхиваемой колбе, мы собрали коэффициенты распределения циклогексана и воды для набора из 53 лекарство-подобных соединений при рН 7,4. Эти измерения были использованы в качестве основы для решения "SAMPL5 Задачи распределения коэффицентов", где 18 исследовательских групп предсказали эти измерения до того, как были опубликованы экспериментальные значения, указанные здесь. В этой работе мы описываем экспериментальный протокол, который мы использовали для измерения коэффициентов распределения циклогексана и воды, сообщающий данные измерений. Предлагаем новую процедуру анализа данных на основе начальной загрузки, чтобы включить многочисленные источники экспериментальной ошибки,и дать информацию, чтобы помочь направить будущие итерации этого ценного упражнения на интеллектуальное моделирование.
PMID: 27718028 [PubMed – проиндексировано для MEDLINE]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Последний раз редактировалось MegaCalcii 20.10.2018 9:01, всего редактировалось 1 раз.
Добавлена статья от 30.11


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Новая статья: прогнозирование мутаций, возмущающих сворачивание
Vincent Voelz 04.01.2017 писал(а):
В новой статье, опубликованной в Журнале теоретической химии и вычислений(Journal of Chemical Theory and Computation), исследователи из лаборатории Voelz нашли решение важной задачи для молекулярного моделирования: как эффективно прогнозировать последствия таких небольших изменений, как мутации, без необходимости выполнения отдельного крупномасштабного моделирования для каждой последовательности протеина.

В этой новой работе механический принцип Максимального Калибра применяется к Марковским Моделям Состояния сворачиваемости белка, результатом стал чрезвычайно эффективный алгоритм для оценки изменений сворачиваемости кинетики непосредственно от изменений в популяциях равновесных состояний.

Этот новый метод может также применяться к дизайну белка, определяя как мутации и другие возмущения влияют на свертывание для быстрой фильтрации перспективных конструкций без необходимости выполнения моделирования.

#77
Ссылка:
Подход максимального-калибра к предсказанию возмущений кинетики сворачивания из-за мутаций (A maximum-caliber approach to predicting perturbed folding kinetics due to mutations). Hongbin Wan, Guangfeng Zhou, и Vincent Voelz. Журнал теоретической химии и вычислений №12 (12): 5768–5776 (2016)
http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.6b00938

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Релиз нового ядра 21 v.0.0.18 с поддержкой драйверов Nvidia 375.57+
thynell 30.01.2017 писал(а):
Мы рады объявить о выпуске 21 ядра v0.0.18 к FAH. Обновленное ядро будет выставлено автоматически для Windows и Linux участников на следующей неделе, поскольку проекты будут обновлены для этой "минимальной версии ядра".

Этот релиз содержит изменения, сделанные в NVIDIA OpenCL драйверах, начиная с 375.57, а также имеющие улучшения для кодов обработки ошибок.

Может наблюдаться небольшое снижение производительности, но это сокращение производительности должно быть устранено в предстоящих обновлениях драйверов NVIDIA.

Существует известная проблема в этом релизе для некоторых проектов, выводящая единичные сообщения в журнал:
Код:
05:34:52:WARNING:FS01:Size of positions 64914 does not match topology 19

Эта проблема не затрагивает научную составляющую, и уже находится в тестировании ядро v0.0.19, которое мы надеемся выпустить в течении недели.

Спасибо всем за ваше терпение.
Просьба сообщать о проблемах здесь: https://foldingforum.org/viewtopic.php?f=24&t=29633
~ Команда FAH Core 21

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
По старому адресу перестали обновлять новости, а сегодня стал перемещать на новый сайт http://folding.stanford.edu/news/ и на этом сайте есть свежие новости за апрель, при чем на этом адресе(про который я писал чуть выше) другие новости, за 7 февраля, например, от Джона Чодера https://foldingathome.stanford.edu/news/
Но основным будет этот http://folding.stanford.edu/news/

Водосвязная аллостерическая сеть управляет активацией Аврора киназы А
Nat Chem Biol. 2017 04;13(4):402-408
Авторы: Cyphers S, Ruff EF, Behr JM, Chodera JD, Levinson NM
Anton Thynell 13.04.2017 писал(а):
Краткий обзор:
Каталитическая активность многих белковых киназ контролируется конформационными изменениями законсервированной среды Asp-Phe-Gly (DFG). Мы использовали инфракрасный зонд для отслеживания среды DFG митотической киназы Аврора А (АврА) и обнаружили, что аллостерическая активация связанным веретеном белка Tpx2 включает равновесный сдвиг в активном состоянии DFG-in. Эксперименты по переносу энергии Фёрстера показывают, что петля активации подвергается нанометровому движению, которое тесно связано с равновесием DFG. Tpx2 дополнительно активирует АврА путем стабилизации водной средой аллостерической сети, которая связывает С-спираль с активным местом с помощью необычного полярного остатка в регуляторном спине. Полярный остаток корня и водная сеть АврА необходимы для активации, вызванной фосфорилированием, но альтернативная форма водной сети, обнаруженной в родственных киназах, может поддерживать активацию, основанную на Tpx2, что указывает на то, что изменения в водосвязной сети водородных связей обеспечивают регуляторную диверсификацию в белках киназы.
PMID: 28166210 [PubMed – проиндексировано для MEDLINE]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Последний раз редактировалось MegaCalcii 20.10.2018 9:04, всего редактировалось 1 раз.
Добавлена статья от 13.04


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Новая статья: Компьютерное исследование белка мозга
Anton Thynell 26.04.2017 писал(а):
Только что была опубликована новая работа из нашей лаборатории! Мы смотрели как работает наш мозг на атомном уровне – хорошо, не целый мозг, к сожалению, а одна его крошечная, но важная часть. Мы изучили рецептор NMDA, который является ключевой частью того, как формируется наша память и как мы приходим к абстрактному мышлению. Рецепторы NMDA также вовлечены в многочисленные неврологические расстройства, включая шизофрению, эпилепсию, болезнь Альцгеймера, болезнь Паркинсона и много других болезней. Этот белок действительно большой, и было бы трудно моделировать все это. К счастью, это состоит из нескольких относительно автономных частей. Мы взяли две из них, промоделировали и проанализировали их.

Основной вывод работы в том, что сахара влияют на поведение рецептора. Минуточку, а что сахара делают здесь? Многие белки в нашем организме есть сахара (также называемые гликаны, чтобы звучало более научно), присоединенные к этим белкам. NMDA-рецепторы не исключение: каждый из них имеет по крайней мере 30 присоединенных хвостов гликан. Тем не менее, исследователи часто не думают о гликанах. Когда они хотят экспериментально изучить некоторые части рецепторов NMDA, они выражают их в бактериях, но бактерии обычно не помещают гликаны в белки. Когда люди запускают моделирование, они не добавляют гликаны к моделируемой системе. Чем плохо игнорирование гликанов? Это что-нибудь меняет? Наша работа показывает, что гликаны определенно важны.

Части рецептора, которые мы изучили, похожи на "pacmen" или на раковины моллюска: они могут открываться и закрываться. Эти открытия и закрытия важны для правильной работы рецепторов NMDA. Оказывается, что один из гликанов присоединен к одной стороне раковины моллюска (или челюсть pacman), и он также может взаимодействовать с другой стороной, когда раковина моллюска закрыта. Этот гликан служит замком, облегчающим закрытие раковины моллюска. Наши сотрудники доказали в эксперименте: что когда этот гликан удален, ионному каналу труднее открыться(закрытие раковины моллюска соответствует открытию ионного канала, и наоборот).

Это наблюдение в некоторых случаях предполагает новый механизм развития неврологических расстройств. Если этот гликан не помещать туда, то NMDA рецепторы будут недостаточно активны. Как известно, их недостаточная активность может привести к шизофрении. Мы не нашли пациентов с нарушенным гликозилированием NMDA рецепторов. Однако, как известно, сотни заболеваний вызваны нарушениями гликозилирования других белков, так что этот сценарий вполне вероятен.

Наконец, это действительно удивительно, как много деталей можно выявить в изучаемом белке с помощью компьютерного моделирования. Даже актуальные экспериментальные методы не дали бы нам такую высокую точность картины того, как атомы перемещаются в NMDA рецептор за такие короткие периоды времени как наносекунды или микросекунды(то есть, миллиардные или миллионные части секунды). И снова большое спасибо всем Вам, кто жертвует машинное время для Folding@home!

Здесь Вы найдете аннотацию: http://folding.stanford.edu/2017/04/05/computationally-discovered-potentiating-role-of-glycans-on-nmda-receptors/
А статью найдете здесь: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28378791

Подходы к вычислению свободных энергий сольватации и энтальпий представлены в обновленной базе данных FreeSolv
J Chem Eng Data. 2017 May 11;62(5):1559-1569
Авторы: Matos GDR, Kyu DY, Loeffler HH, Chodera JD, Shirts MR, Mobley DL
Anton Thynell 11.05.2017 писал(а):
Краткий обзор:
Свободные энергии сольватации теперь могут быть точно вычислены с помощью молекулярных симуляций, обеспечивая ценный тест энергетических функций, лежащих в основе этих симуляций. Здесь мы кратко рассмотрим «алхимические» подходы для вычисления свободных энергий сольватации малых нейтральных органических молекул с помощью молекулярных симуляций и проиллюстрируем их применением для расчета свободных водных сольватных энергий (свободных от гидратации энергий). Эти подходы используют нефизический путь для вычисления различий в свободной энергии от моделирования или набора имитаций и, по-видимому, являются особенно надежным и универсальным подходом для этой задачи. Мы также представляем обновленную версию (версия 0.5) нашей базы данных FreeSolv с экспериментальными и рассчитанными свободными от гидратации энергиями нейтральных соединений и предоставляем входные файлы в форматах для нескольких пакетов моделирования. Эта версия FreeSolv предоставляет рассчитанные значения, сгенерированные с использованием одного протокола и версии программного обеспечения, а не гетерогенные протоколы, используемые в предыдущей версии базы данных. Мы также дополнительно обновляем базу данных, чтобы обеспечить расчетные энтальпии и энтропии гидратации и некоторые экспериментальные энтальпии и энтропии, а также электростатические и неполярные компоненты свободной энергии сольватации.
Ссылка на базу: https://escholarship.org/uc/item/6sd403pz
PMID: 29056756 [PubMed]


Производство L-2-гидроксиглутарата происходит от неканонической ферментативной функции при кислотном рН
Nat Chem Biol. 2017 05;13(5):494-500
Авторы: Intlekofer AM, Wang B, Liu H, Shah H, Carmona-Fontaine C, Rustenburg AS, Salah S, Gunner MR, Chodera JD, Cross JR, Thompson CB
Anton Thynell 13.05.2017 писал(а):
Краткий обзор:
Метаболит 2-гидроксиглутарат (2ГГ) может быть получен как D-R- или L-S-энантиомер, каждый из которых ингибирует альфа-кетоглутарат (аКГ)-зависимые ферменты, участвующие в различных биологических процессах. Онкогенные мутации в изоцитратдегидрогеназе (ИЦГ) продуцируют D-2ГГ, что вызывает патологическую блокаду в клеточной дифференцировке. С другой стороны, ограничение кислорода приводит к накоплению L-2ГГ, что может способствовать физиологической адаптации к гипоксическому стрессу как в нормальных, так и в злокачественных клетках. Здесь мы демонстрируем, что очищенная лактатдегидрогеназа (ЛДГ) и малатдегидрогеназа (МДГ) катализируют стереоспецифическое продуцирование L-2ГГ посредством «неразборчивого» восстановления альтернативного субстрата аКГ. Кислотный рН усиливает продуцирование L-2ГГ путем промотирования протонированной формы аКГ, которая связывается с ключевым остатком в субстрат-связывающем кармане ЛДГа. Повышение кислотности L-2ГГ приводит к стабилизации гипоксически-индуцируемого фактора 1 альфа (ГИФ-1а) в нормоксии. Эти результаты дают представление о механизмах, при которых микрофакторы окружающей среды влияют на производство метаболитов, которые изменяют сущность и функцию клеток.
PMID: 28263965 [PubMed – проиндексировано для MEDLINE]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Последний раз редактировалось MegaCalcii 20.10.2018 9:11, всего редактировалось 2 раз(а).
Добавлена статья от 11. 05, 13.05


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Запланированное выключение серверов для обслуживания 6 и 7 июля 2017
Theresa Derner 24.05.2017 писал(а):
Всем привет,
В Исследовательском вычислительном центре Стэнфорда, в котором размещены некоторые из наших ключевых Folding@Home серверов, будет произведено обслуживание систем электроснабжения в четверг и пятницу, 6 и 7 июля. Мы ожидаем, что F@H не будет работать в эти дни. Поэтому, пожалуйста, будьте готовы к этому. Извините за возможные неудобства!
С наилучшими пожеланиями,
От команды Folding at Home!

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
MSMBuilder: Статистические модели для биомолекулярной динамики
Anton Thynell 28.06.2017 писал(а):
Biophys J. 2017 10 января; 112 (1):10-15

Авторы: Harrigan MP, Sultan MM, Hernandez CX, Husic BE, Eastman P, Schwantes CR, Beauchamp KA, McGibbon RT, Pande VS

Краткий обзор:
MSMBuilder - пакет программ для построения статистических моделей высоко-размерных данных временного ряда. Это разработано с особым вниманием к анализу атомистических моделирований биомолекулярной динамики, такого как сворачивание белка и конформационное изменение. MSMBuilder назван по имени своей способности строить Модели Состояний Маркова (МСМ), класс моделей, который снискал славу в вычислительной биофизике. И в дополнение к известным и более новым методам МСМ, пакет включает дополнительные алгоритмы для понимания данных временного ряда, такие как скрытые модели Маркова, и временная структура, основанная на анализе независимой составляющей. MSMBuilder имеет простой в использовании интерфейс командной строки, а также четкие и последовательные абстракции через интерфейс прикладного программирования Python. MSMBuilder был разработан с вниманием к совместимости с широчайшим сообществом машинного обучения следуя модели scikit-learn(набор научных инструментов для Python прим. Calcii). Пакет используется, прежде всего, практиками молекулярной динамики, но так же применим к другим вычислительным или экспериментальным измерениям временного ряда.
Ссылка на статью: http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2016.10.042
PMID: 28076801 [PubMed - индексированный для MEDLINE]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Применимо ли многозадачное глубокое обучение на практике для фармацевтики?
Anton Thynell 10.07.2017 писал(а):
Авторы: Ramsundar B, Liu B, Wu Z, Verras A, Tudor M, Sheridan RP, Pande VS

Краткий обзор:

Многозадачное глубокое обучение стало мощным вычислительным средством исследования лекарств. Однако, несмотря на ряд предварительных исследований, в фармацевтической и биотехнологической отраслях еще предстоит обеспечить широкое распространение многозадачных глубоких сетей.

Такое отсутствие признания обусловлено как трудностями с программным обеспечением, так и отсутствием понимания надежности многозадачных глубоких сетей. Наша работа направлена на преодоление обоих этих барьеров.

Мы представляем высококачественную реализацию многозадачных глубоких сетей в качестве части платформы DeepChem с открытым исходным кодом. Наша реализация предоставляет простые скрипты Python для построения, соответствия и оценки сложных глубоких моделей. Мы используем реализацию для анализа производительности многозадачных глубоких сетей и связанных с ними глубокими моделями на четырех сборниках фармацевтических данных (три из которых ранее не были проанализированы в литературе). Мы разделили эти наборы данных на тренировочные/действительные/тестовые с помощью времени и разделенный-соседом, чтобы протестировать производительность многозадачного глубокого обучения в сложных условиях.

Наши результаты демонстрируют удивительную надежность в многозадачных глубоких сетях и могут обеспечить сильное улучшение по сравнению со "случайными лесами". Наш анализ и открытая платформа DeepChem являются аргументом в пользу готовности многозадачных глубоких сетей для широкого использования в коммерческом исследовании лекарств.

PMID: 28692267 [PubMed - представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
OpenMM 7: Быстрая разработка высокопроизводительных алгоритмов для молекулярной динамики.
Anton Thynell 26.07.2017 писал(а):
Авторы: Eastman P, Swails J, Chodera JD, McGibbon RT, Zhao Y, Beauchamp KA, Wang LP, Simmonett AC, Harrigan MP, Stern CD, Wiewiora RP, Brooks BR, Pande VS

Краткий обзор:

OpenMM - молекулярный набор инструментов моделирования динамики с уникальным аспектом на расширяемость. Это позволяет пользователям легко добавлять новые опции, включая силы с новыми функциональными формами, новыми алгоритмами интеграции и новыми протоколами моделирования. Эти функции автоматически работают на всех поддерживаемых типах оборудования (CPU и GPU) и работают хорошо. Во многих случаях они требуют минимального кодирования, только математическое описание искомой функции. Они также не требуют модификаций самого OpenMM и могут быть распределены независимо от OpenMM. Это делает его идеальным инструментом для исследователей в разработке новых методов моделирования, а также позволяет быстро получать доступ к этим новым методам для бОльшего сообщества.

PMID: 28746339 [PubMed - представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Открытие новой проницаемости мозга и G связанного-белка, адренорецептора бета-1 для лечения нейрокогнитивных расстройств.
Anton Thynell 26.07.2017 писал(а):
Авторы: Yi B, Jahangir A, Evans AK, Briggs D, Ravina K, Ernest J, Farimani AB, Sun W, Rajadas J, Green M, Feinberg EN, Pande VS, Shamloo M

Краткий обзор:

Адренорецептор бета-1 (ADRB1) представляет собой многообещающую терапевтическую цель, которая неразрывно связана с дефицитом когнитивных и патологических характеристик, связанных с болезнью Альцгеймера (AD). Данные свидетельствуют о том, что ADRB1 играет важную роль в регулировании противовоспалительных процессов, а активация ADRB1 может приводить к воздействию на противовоспалительные заболевания. Новые небольшие молекулы модуляторов ADRB1, сконструированные таким образом, чтобы они были в высшей степени проницаемыми и функционально выборочными для G белка с частичной агонистической активностью, и могут иметь огромное значение как фармакологические инструменты, так и потенциально ведущие молекулы для дальнейших доклинических разработок. Данное исследование описывает наши продолжающиеся усилия к открытию функционально отборных частичных агонистов ADRB1, которые имеют потенциальное лечебное действие для AD и нейровоспалительных заболеваний, которое привело к идентификации молекулы STD-101-D1. Как функционально выборочный агонист ADRB1, STD-101-D1 производит частичную агонистическую активность в виде сигнала G белка с помощью EC50, величины в диапазоне наномолей, но занимает очень мало бета-аррестина по сравнению со случайным агонистом исопротеренола. STD-101-D1 также препятствует фактору некроза опухоли-альфа (TNF-альфа), вызванному липополисахаридом (LPS) как в пробирке, так и вне, и показывает высокую мозговую проницаемость. Помимо терапевтической роли, этот недавно идентифицированный, функционально выборочный, частичный агонист ADRB1 является бесценным исследовательским инструментом для изучения механизмов передачи сигналов между рецепторами парных G-белков.

PMID: 28746336 [PubMed - в процессе публикации]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Идентификация простых координат реакции сложной динамики
Anton Thynell 08.08.2017 писал(а):
J Chem Phys. 2017 01 28;146(4):044109

Авторы: McGibbon RT, Husic BE, Pande VS

Краткий обзор:
Координаты реакции широко используются в химической физике для моделирования и понимания сложных химических преобразований. Мы вводим определение координаты естественной реакции, пригодной для сжатого этапа и биомолекулярных систем, в качестве максимально прогнозируемой одномерной проекции. Затем мы покажем, что этот критерий однозначно удовлетворяет доминирующей собственной функции интегрального оператора, связанный с динамикой ансамбля. Мы представляем новую оценку разреженных данных для этих собственных функций, которая может осуществлять поиск по большому числу потенциальных параметров структурного порядка и создавать простые, интерпретируемые аппроксимации, в которых используется только небольшое число этих параметров порядка. Примеры приложений с вращательной динамикой небольшой молекулы и моделированием изменений, происходящих в белке, показывают, что этот подход может фильтроваться по статистическому шуму, чтобы определить простые координаты реакции сложной динамики.

PMID: 28147508 [PubMed – проиндексировано для MEDLINE]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Моделирование механизма формирования бета шпильки CLN025
Anton Thynell 16.09.2017 писал(а):
J Chem Phys. 2017 Sep 14;147(10):104107

Авторы: McKiernan KA, Husic BE, Pande VS

Краткий обзор:
Бета-шпильки — это подструктуры, найденные в белках, которые могут дать представление о более сложных системах. Кроме того, сворачивание бета-шпильки представляет собой ценный тестовый случай для оценки экспериментальных и теоретических методов. Здесь мы имитируем сворачивание CLN025, минибелка со структурой бета-шпильки, на ее экспериментальной температуре плавления используя диапазон современных силовых полей белка. Мы конструируем Марковские модели состояний для изучения термодинамики, кинетики, механизма и определяем уровень шага сворачивания. Механически, мы находим, что процесс сворачивания ограничен уровнем формирования перевернутой области водородных связей, которое происходит после наклонного гидрофобного разрушения расширенного денатурированного белка. Эти результаты представлены в контексте установленных и противоречащих теорий процесса сворачивания бета шпильки. Кроме того, наш анализ предполагает, что силовое поле AMBER-FB15, при этой температуре, лучше всего описывает особенности полного экспериментального конформационного множества CLN025, в то время как силовые поля AMBER ff99SB-ILDN и CHARMM22* показывают тенденцию к сверхстабилизации естественного состояния.

PMID: 28915754 [PubMed – в процессе]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Переход обучения от лидирующих Марковских Моделей к Эффективной Выборке Связанных Систем
Anton Thynell 22.09.2017 писал(а):
J Phys Chem B. 2017 Sep 22

Авторы: Sultan MM, Pande VS

Краткий обзор:
Недавно мы показали, что метод анализа независимых компонентов временной структуры из состояния модели Маркова, предоставил набор вариаций оптимальных замедленных коллективных переменных для метадинамики (tICA-Метадинамика).

В настоящем документе мы расширяем методологию для эффективного отбора связанных с ними мутантов путем заимствования идей из методов передачи знаний в области машинного обучения.

Наш метод явно предполагает, что подобный набор медленных режимов и метастабильных состояний находится как в диком типе (базовой линии), так и в его мутантах. В соответствии с этим предположением мы описываем несколько простых методов, использующих сопоставление последовательности для переноса медленных режимов и структурной информации, содержащейся в имитации дикого типа, в модель мутантов для выполнения расширенной выборки.

Затем полученные моделирования могут быть перевешены в полном фазовом пространстве с использованием Мульти-состояния коэффициента принятия Беннетта, чтобы провести сравнение термодинамики в отношении дикого типа. Мы сначала тестируем нашу методологию путем повторного захвата динамики дипептида аланина по ряду различных атомистических силовых полей, включая поляризуемое силовое поле Амебы, после изучения набора медленных режимов с использованием Amber ff99sb-ILDN. Далее мы расширяем этот метод, включая в него структурные данные из имитации дикого типа и применяя технику к улавливанию аффектов мутации GTT на домене FIP35 WW.

PMID: 28938073 [PubMed – будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Моделируемая динамика гликанов на лигандсвязывающей области NMDA рецепторов показывает сильное динамическое сцепление между ядром белка и гликанами
Anton Thynell 11.10.2017 писал(а):
J Chem Theory Comput. 2017 Oct 11;:

Авторы: Sinitskiy AV, Pande VS

Краткий обзор:
N-метил-D-аспартатные рецепторы (NMDA), ключевые нейронные рецепторы, играющие центральную роль в обучении и памяти, сильно гликозилированы в естественной среде. Удивительно мало известно о структуре, динамике и физиологической значимости гликанов, присоединенных к ним. Мы недавно продемонстрировали, что определенные гликаны в лигандсвязывающей области (LBD) nmda-рецепторов (NMDARs) могут служить внутримолекулярным усилителем, изменяющим EC50 NMDAR ко-агонисты. В данной работе мы используем молекулярно-динамические траектории, в совокупности длительностью 86.5 микросекунд гликозилированного LBD из GluN1 подгруппы NMDAR для исследования поведения гликанов на NMDARs. Хотя все гликаны в наших моделированиях были структурно одинаковыми (Man5), динамика гликанов в разных местах на NMDARs удивительно отличалась. Самые медленные движения во временных рамках, которые мы обнаружили в различных гликанах в некоторых случаях соответствовали перевернутым относительно друг друга частям гликан, в то время как в других случаях они были сведены к изгибу головой к хвосту гликан. Мы предсказываем, что временные рамки конформационных изменений в гликанах на GluN1 LBD NMDARs колеблются от наносекунд до сотен микросекунд. Некоторые конформационные изменения в гликанах коррелируют с физиологически важным подобием раковины моллюска открытия и закрытия области GluN1 LBD. Таким образом гликаны - неотъемлемая часть NMDARs, и вычислительные модели NMDARs должны включать гликаны, чтобы наиболее полно представить структуру и динамику этих рецепторов.

PMID: 29019687 [PubMed – будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 268 • Страница 13 из 14<  1 ... 10  11  12  13  14  >
-

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 2


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  



Лаборатория














Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan