Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Biker    MegaCalcii   



Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 286 • Страница 15 из 15<  1 ... 11  12  13  14  15
  Пред. тема | След. тема 
В случае проблем с отображением форума, отключите блокировщик рекламы
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Advanced member
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.12.2002
Откуда: TSC! | Москва
Тема предназначена для публикации новостей о проекте Folding@Home.

Комментарии к новостям - только в порядке дополнения или исправления ошибок. Все другие обсуждения - в соответствующих темах форума.

Наиболее значимые новости и события:
2020г.
Ввод в использование 22 ядра
2019г.
Достижения проекта за 2019 год
2018г.
Новый домен сайта новостей https://foldingathome.org
Научные статьи\результаты по F@H https://foldingathome.org/papers-results/
2017г.
Новый адрес сайта новостей http://folding.stanford.edu/news/
2016г.
Проблемы на 21 ядре (OpenMM GPU) с новыми драйверами NVIDIA 375.57 и 375.63 в Windows
2015г.
Достижения FAH в 2015 со взглядом на 2016 год
07.07.2015 Первая полная версия Folding@Home клиента для Android-устройств
24.02.2015 Появление ядра 18 новой 0.0.4 версии теперь и под Linux и для карт AMD
Поддержка Больших Жаб(bigadv) прекращена с 31.01.2015г.
2014 г.
Новый способ расчетов - Folding в браузере
9.07.2014 Появление нового ядра 18 версии под Windows/Nvidia и заданий под него, которое является улучшенной версией 17 ядра
2013 г.
Проект F@H преодолел 10 петафлоп
Новое универсальное AMD/nVidia GPU ядро (FahCore_17) в открытом тестировании!
2007 г.
Сеть Folding@home занесена в Книгу рекордов Гиннеса


Последний раз редактировалось MegaCalcii 21.01.2020 16:17, всего редактировалось 147 раз(а).
Новости | Адаптивная модель состояния Маркова с использованием коротких переотбираемых траекторий



Партнер
 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Антагонист панкреатина с малой молекулой сдерживает патологическую неоваскуляризацию глаза
Anton Thynell 24.10.2019 писал(а):
Cell Rep. 2019 Oct 01;29(1):62-75.e7
Авторы: Wojnarowicz PM, Lima E Silva R, Ohnaka M, Lee SB, Chin Y, Kulukian A, Chang SH, Desai B, Garcia Escolano M, Shah R, Garcia-Cao M, Xu S, Kadam R, Goldgur Y, Miller MA, Ouerfelli O, Yang G, Arakawa T, Albanese SK, Garland WA, Stoller G, Chaudhary J, Norton L, Soni RK, Philip J, Hendrickson RC, Iavarone A, Dannenberg AJ, Chodera JD, Pavletich N, Lasorella A, Campochiaro PA, Benezra R

Краткий обзор:

Id helix-loop-helix (HLH) белков (Id1-4) связывает транскрипционные факторы Е-белка bHLH , предотвращая образование активных транскрипционных комплексов, которые вызывают изменения в клеточных состояниях. Белки id выражены в первую очередь во время развития для сдерживания различий, но они становятся повторно выраженными в тканях взрослых при заболеваниях сосудов и рака. Мы показываем, что генетическая потеря Id1/Id3 снижает неоваскуляризацию глаз в мышиных моделях мокрой возрастной макулярной дегенерации (ВМД) и ретинопатии недоношенности (РН). В компьютерном моделировании скрининг идентифицирует AGX51, как антагониста Id с малой молекулой. AGX51 сдерживает Id1-E47 взаимодействие, приводя к убиквитин-опосредованной деградации Ids, остановке роста клеток и снижению жизнеспособности. AGX51 хорошо переносится у мышей и фенокопирует генетическую потерю выраженной Id в моделях ВМД и РН путем сдерживания неоваскуляризации сетчатки. Таким образом, AGX51 является первым в своем классе соединением, которое противодействует взаимодействию, ранее считавшемуся неразрушимым, и которое может быть использовано для лечения многих заболеваний.

PMID: 31577956 [PubMed – в процессе]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Пожертвования для FAH
Greg Bowman 21.11.2019 писал(а):
По мере приближения конца года, пожалуйста, рассмотрите возможность поддержки Folding @ home, сделав подарок, не облагаемый налогом, через Вашингтонский университет по этой ссылке (пожалуйста, убедитесь, что Folding @ home указан под «собственным обозначением»).

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Измерения коэффициента распределения октанол-вода для задачи слепого прогнозирования SAMPL6
Anton Thynell 20.12.2019 писал(а):
J Comput Aided Mol Des. 2019 Dec 19;:
Авторы: Isik M, Levorse D, Mobley DL, Rhodes T, Chodera JD

Краткий обзор:
Коэффициенты распределения описывают равновесное распределение одного определенного состояния заряда растворенного вещества между двумя котактирующми жидкими фазами, обычно нейтрального растворенного вещества. Коэффициенты распределения октанол-вода ([Формула: см. Текст]) или их логарифмы (log P) часто используются в качестве меры липофильности при открытии лекарств. Коэффициент распределения является физико-химическим свойством, которое отражает термодинамику относительной сольватации между водной и неполярной фазами, и, следовательно, обеспечивает превосходный тест для основанных на физике вычислительных моделей, которые предсказывают свойства фармацевтической значимости, такие как белок-лиганда при связанном сродстве или свободные энергии гидратации / сольватации. В задаче прогнозирования коэффициента распределения октанол-вода части II SAMPL6 использовалась подгруппа соединений, подобных фрагментам ингибитора киназы, из задачи прогнозирования SAMPL6 [Формула: см. Текст] в слепом экспериментальном тесте. После сбора экспериментальных данных, набор коэффициентов распределения оставался слепым, пока все участвующие группы вычислительной химии не собрали все прогнозы. В общей сложности 91 материал был получен от 27 участвующих исследовательских групп. В этой статье представлен набор данных log P для октанола и воды для этой задачи по коэффициенту распределения SAMPL6, часть II, которая состояла из 11 соединений (шесть 4-аминохиназолинов, два бензимидазола, один пиразоло [3,4-d] пиримидин, один пиридин, один 2-оксохинолиновой субструктуры, содержащей соединения) со значениями log P в диапазоне 1,95-4,09. Мы опишем протокол потенциометрического измерения log P, использованный для сбора этого набора данных с использованием Sirius T3, обсудим ограничения этого экспериментального подхода и поделимся предложениями о будущих усилиях по сбору данных log P для оценки вычислительных методов.
PMID: 31858363 [PubMed – как будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Спасибо за великий 2019 год
Greg Bowman 30.12.2019 писал(а):
Спасибо всем, кто внес вклад в Folding@Home за прошедший год! Мы высоко ценим компьютерное время, человеческое время и финансовые ресурсы, которые вы вносите для поддержки науки. С вашей помощью мы решаем целый ряд сложных проблем, включая трансляционные исследования, направленные непосредственно на повышение способности клиницистов диагностировать и лечить заболевания, а также фундаментальные исследования, которые обеспечивают основу для этих достижений. Некоторые основные моменты прошлого года и возможности, которые они создают в ближайшие годы:

1) Открытие новых лекарственных участков для борьбы с устойчивостью к антибиотикам. Рациональный дизайн лекарств часто основан на единственном снимке того, как обычно выглядит белок. Однако белки имеют много движущихся частей. Мы (то есть лаборатория Боумена) были заинтересованы в раскрытии этих движущихся частей и использовании этих идей для разработки новых способов воздействия на белки с помощью лекарств. В одном недавнем примере мы исследовали движение белка, называемого бета-лактамазой, которая играет ключевую роль в устойчивых к антибиотикам инфекциях. Как вы, возможно, слышали в новостях, устойчивость к антибиотикам представляет собой растущую угрозу для здоровья, которая в настоящее время ежегодно приносит многомиллиардные убытки и уносит десятки тысяч жизней. Одним из наиболее распространенных способов достижения устойчивости к антибиотикам бактериальных инфекций является производство бета-лактамазных белков, которые расщепляют антибиотики, предотвращая тем самым их уничтожение бактериями. Наше моделирование этого белка выявило часть структуры, которая открывается, создавая то, что мы называем «скрытым» карманом, потому что он отсутствует в известных структурах белка. В последующих экспериментах мы показали, что подобные лекарству молекулы могут связываться в этом кармане и снижать способность бета-лактамазы расщеплять антибиотики. Версия документа в открытом доступе доступна здесь (https://www.biorxiv.org/node/99004.full). В будущем мы планируем применить эти методы к белкам, которые в настоящее время считаются «не поддающимися уничтожению», чтобы найти способы сделать их жизнеспособными лекарственными мишенями.

2) Понимание механизмов белков, нарушение функционирования которых вызывает рак. Лаборатория Chodera добилась хороших успехов в понимании того, как работает белок под названием SETD8. Мутации этого белка, которые увеличивают (или уменьшают) его функцию, могут привести к раку или неврологическим заболеваниям. Понимание как обычно работает SETD8, является важным шагом к пониманию того, как он работает со сбоями, и как мы можем разрабатывать терапевтические средства. С этой целью лаборатория Chodera и их сотрудники обнаружили движения SETD8, которые важны для его естественной функции. Версия документа в открытом доступе доступна здесь (https://elifesciences.org/articles/45403). Будущая работа поможет раскрыть, как мутации приводят к раку и как мы можем смягчить эти эффекты с помощью лекарств.

3) Улучшены алгоритмы моделирования. Расчеты, которые мы выполняем в Folding@Home, чрезвычайно требовательны с вычислительной точки зрения. Поэтому мы всегда ищем способы максимально эффективно использовать вычислительные ресурсы, предоставляемые нашими добровольцами. Один общий подход, который по-прежнему представляет большой интерес, - это «адаптивная выборка», в котором мы выполняем итерацию между запуском симуляций и решением, какую из структур, которую мы обнаружили до сих пор, было бы наиболее полезно запустить для большего количества симуляций. Лаборатория Voelz недавно опубликовала статью о том, как сделать это эффективно. Версия документа в открытом доступе доступна здесь (https://arxiv.org/abs/1912.05724). Эти методы будут полезны для многих симуляций, которые мы проведем в ближайшие годы.

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Cap-Snatching SFTSV эндонуклеазный домен является противовирусной мишенью
Anton Thynell 08.01.2020 писал(а):
Cell Rep. 2020 Jan 07;30(1):153-163.e5

Авторы : Wang W, Shin WJ, Zhang B, Choi Y, Yoo JS, Zimmerman MI, Frederick TE, Bowman GR, Gross ML, Leung DW, Jung JU, Amarasinghe GK

Краткий обзор:
Тяжелая лихорадка с вирусом тромбоцитопенического синдрома (SFTSV) - это вирус, переносимый клещами, с частотой смертности от 12% до 30%, связанный с вирусом Heartland (HRTV), выявленным в США. Вместе SFTSV и HRTV представляют собой сегментированные патогены РНК-вируса с негативным геномом (sNSV) с потенциальным глобальным воздействием на здоровье. Здесь мы охарактеризовали аминоконцевый эндонуклеазный домен захвата колпачка полимеразы SFTSV (L) и решили 2,4-A рентгеновскую кристаллическую структуру. Хотя общая структура сходна с таковой у других эндонуклеаз sNSV, Cap-Snatching, различия вблизи С-конца эндонуклеазы SFTSV предполагают расхождение в регуляции. Ингибиторы эндонуклеазы вируса гриппа, в том числе Балоксавир (BXA), одобренный Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), ингибируют активность эндонуклеазы в ферментных анализах in vitro и в клеточных исследованиях. BXA проявляет сильную активность с половинной максимальной ингибирующей концентрацией (IC50) ~ 100 нМ в ингибировании фермента и значением EC50 ~ 250 нМ против SFTSV и HRTV в анализах бляшек. Вместе наши данные подтверждают наличие эндонуклеаз sNSV в качестве противовирусной мишени.
PMID: 31914382 [PubMed – в процессе]


Согласование смоделированных ансамблей апомиоглобина с экспериментальными данными HDX с использованием байесовского вывода и многоансамблевых моделей состояний Маркова
Anton Thynell 09.01.2020 писал(а):
J Chem Theory Comput. 2020 Jan 09;:

Авторы: Wan H, Ge Y, Razavi A, Voelz VA

Краткий обзор:
Обмен водородом / дейтерием (HDX) является мощным методом исследования конформационной динамики белка при разрешении аминокислот. Поскольку HDX обеспечивает измерение воздействия растворителя на основные атомы водорода, усредненные по ансамблю по потенциально медленным кинетическим процессам, было сложно использовать факторы защиты HDX для уточнения структурных ансамблей, полученных из моделирования молекулярной динамики. Это влечет за собой две двойные проблемы: (1) выявление структурных наблюдений, которые наилучшим образом коррелируют с защитой амида основной цепи от обмена, и (2) ограничение этих наблюдений в молекулярном моделировании для моделирования ансамблей в соответствии с экспериментальными измерениями. Здесь мы добились значительного прогресса в обоих направлениях. Сначала мы опишем улучшенный предиктор факторов защиты HDX из структурных наблюдений в моделируемых ансамблях, параметризованных от ультраданных траектории моделирования длинной молекулярной динамики с подходом байесовского вывода, используемым для сохранения полного апостериорного распределения параметров модели. Далее мы представляем новый метод получения моделируемых ансамблей в соответствии с экспериментальными факторами защиты HDX, в котором молекулярные симуляции выполняются при различных температурах и ограничениях и используются для построения много ансамблевых моделей состояний Маркова (МСМ). В заключение, алгоритм BICePs (байесовский вывод конформационных популяций) затем используется с нашим предиктором фактора защиты HDX, чтобы определить, какой термодинамический ансамбль лучше всего согласуется с экспериментом, и оценить популяции каждого конформационного состояния в МСМ. Чтобы проиллюстрировать подход, мы используем комбинацию ограничений фактора защиты HDX и ограничений химического сдвига, чтобы смоделировать конформационный ансамбль апомиоглобина при pH 6. Полученный ансамбль хорошо согласуется с экспериментом и дает представление о структуре всех атомов неупорядоченных спиралей F и H при отсутствии Гема.
PMID: 31917926 [PubMed – как будет представлено издателем]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Адаптивная модель состояния Маркова с использованием коротких переотбираемых траекторий
Anton Thynell 16.01.2020 писал(а):
J Chem Phys. 2020 Jan 14;152(2):024103

Авторы: Wan H, Voelz VA
Краткий обзор:
В последнее десятилетие прогресс в области молекулярной динамики (MD) и методов модели состояния Маркова (MSM) позволил точно и эффективно оценить кинетические скорости и реактивные пути для сложной биомолекулярной динамики, происходящей в медленных временных масштабах. Перспективным подходом к усовершенствованной выборке МСМ является использование "адаптивных" методов, в которых новые траектории МД отбираются предпочтительно из ранее идентифицированных состояний. Здесь мы исследуем производительность различных устройств оценки MSM, применяемых для повторной передачи данных траектории, как для простой 1D свободной энергетической среды, так и для мини-белковых складок MSM домена WW и NTL9 (1-39). Наши результаты раскрывают практические проблемы повторного моделирования и предлагают простой способ изменения веса данных траектории отбора для лучшей оценки как термодинамических, так и кинетических величин.
PMID: 31941308 [PubMed – в процессе ]

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 286 • Страница 15 из 15<  1 ... 11  12  13  14  15
-

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Majestic-12 [Bot] и гости: 2


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  



Лаборатория














Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan