Часовой пояс: UTC + 3 часа




Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 12 
  Пред. тема | След. тема 
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 11.03.2008
Откуда: Yoburg
Тема предназначена для публикации новостей о проекте Rosetta@Home.
Оф. сайт: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/
Комментарии к новостям - только в порядке дополнения или исправления ошибок. Все другие обсуждения - в соответствующих темах форума.


Последний раз редактировалось MegaCalcii 14.07.2017 14:10, всего редактировалось 9 раз(а).
Добро пожаловать на наш обновленный сайт!



Партнер
 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 11.03.2008
Откуда: Yoburg
На официальном форуме проекта есть новости и различная полезная информация. Я подумал, стоит делать выборку из полезных постов и переводить их тут, все равно на форум регулярно захожу.

Для начала выложу все интересное, что читал за последний месяц, потом уже буду оперативно новости переводить.

Rosetta Application Version Release Log (Информация о выпусках приложений Rosetta)


Цитата:
05 августа 2008г.

Была выпущена minirosetta версии 1.32. Эта версия включает различные дополнения к графическому приложения, теперь визуально minirosetta выглядит как rosetta++. Также, отображение графики теперь поддерживается и на линукс-системах.

БД minirosetta теперь распространяется в составе приложения, это сделано для улучшения обратной совместимости.

Пожалуйста, учитывайте, что скорость графики может понизиться из-за увеличения обмена информацией между расчетным модулем и графическим приложением. Чтобы увеличить скорость графики ценой большего потребления процессорного времени, вы можете изменить настройку "Percentage of CPU time used for graphics" (Доля процессорного времени, уделяемого графике) в настройках проекта R@h.

Также, возможны некоторые проблемы в работе графического приложения под линукс.

Добавлено спустя 17 минут, 20 секунд
new supercomputer(новый суперкомпьютер)

В статье речь шла о суперкомпьютерах, в конце заговорили о суперкомпьютере Bluewaters, который IBM строит для Национального Центра Приложений для Суперкомпьютеров (NCSA).10 петафлоп, 38900 восьмиядерных Power7 процессоров, работающих на частоте в 4ггц. 620тб памяти, 5 пб\с скорость обмена данными с памятью. Связь между системами на скорости 1.30пб\с, 26пб дискового пространства. Если этого не будет хватать, то IBM готова предоставить до экзабайта дискового пространства

Цитата:
06 августа 2008г. Keith E.Laigiq, администратор и разработчик проекта Rosetta

Мы планируем переезд нашего публичного сервера Розетты, Robetta, на Bluewaters. Наша нынешняя система Robetta позволяет ученым отправлять задания для Розетты, но эта система очень сильно перегружена. Многие ученые, вынужденные подолгу ожидать результаты, прекратили сотрудничество с нами. Это нас беспокоит, но нам не хватает ресурсов, чтобы помочь всем. Мы сотрудничаем с NCSA по вопросу аренды машинного времени некоторых из их кластеров, чтобы уменьшить длину очереди заданий, но это помогает только частично.

Так что мы собираемся, решить вопрос кардинально - и проверить, получится ли сделать Bluewaters\Robetta мгновенно действующим приложением для исследователей со всей планеты. Есть ОЧЕНЬ МНОГО вопросов, которые надо решить, но мы ими занимаемся и планируем потратить $$$, чтобы нанять разработчиков для помощи в этом вопросе.

Я подумал, что вам будет интересно узнать немного о Bluewaters...мы будем держать вас в курсе происходящего.

Добавлено спустя 10 минут, 12 секунд


David Baker'r R@h journal (журнал Дэвида Бейкера, руководителя проекта)

CASP8 - конкурс по оценке методов предсказания структуры белков, проводимый раз в 2 года (соответсвенно, в этом году 8й по счету). Берутся несколько белков, структура которых известна организаторам конкурса (это итог многомесячных исследований), но не была опубликована. Конкурсантам выдают цепочку аминокислот, которые составляют формулу этих белков. Конкурсанты рассчитывают своими методами возможную структуру с наименьшей энергией и отправляют ее организаторам. Выигрывают те, кто нашел настоящую структуру (или подобрался к ней ближе всего). Кстати, f@h в этом не участвует, так как занимается исследованием процесса свертывания белков, а не предсказанием структуры

Цитата:
27 июля 2008г., Дэвид Бейкер
Осталась последняя неделя расчетов для конкурса CASP8. Главный плюс конкурса в этом году - много новых идей, которые пришли к нам в процессе расчетов, и мы собираемся систематично исследовать эти идеи по завершении CASP8. Так что ожидайте серии исследований новых методов в августе - я думаю, это приведет к значительным улучшениям в предсказании структуры белков!

Добавлено спустя 8 минут, 4 секунды

Discussion of r@h journal (Обсуждение журнала Дэвида Бейкера)

это относится к последней новости (про CASP8). Ответ на вопрос "Would it be possible to know a bit more about these ideas? Anything truly radical, or most incremental improvements?" (Можно ли побольше узнать об этих идеях? Это что-то радикальное, или же это небольшие дополнения?)

Цитата:
28 июля 2008г, Дэвид Бейкер

Эти идеи касаются широкого спектра вопросов - от улучшения поиска возможных структур до базовой функции вычисления энергии. Помимо обсуждения проектов участников моей группы, я сам люблю работать над своими проектами, и последние несколько месяцев я занимаюсь улучшением функции вычисления энергии, обрабатывая и совмещая информацию о белках из разных источников. Я очень оптимистично настроен по отношению этих разработок, но убедиться в своей правоте смогу только в ходе тестов, которые мы будем проводить в следующие несколько месяцев.



Добавлено спустя 11 минут, 27 секунд
Boinc/Rosetta on the Xbox 360? (Боинк\Розетта на Xbox360)

На форуме постоянно спрашивают, планируется ли разработка расчетных ядер под гпу и консоли. Разработчики упорно молчат, но мне удалось найти пару комментариев насчет xbox360. Жаль, что про ГПУ так ничего и не слышно. Фонд Гейтса спонсирует Розетту, так что если и будут ядра под консоли, то в первую очередь под xbox360 :)) Также, я не уверен, что BOINC будут портировать на xbox, так что если и выпустят расчетные ядра - там будут свои очки, не учитываемые в статистике БОИНКа.

Цитата:
11 октября 2006, потом 27 апреля 2007г., Дэвид Бейкер
Мы обсуждали эту идею с Microsoft на протяжении последних нескольких недель. Я сообщу о результатах.
...
Вчера я встречался с Tony Hey, вице-президент по техническим вычислениям Microsoft, чтобы обсудить эту возможность.
Tony и Microsoft серьезно готовы поддержать наши начинания, поэтому он поможет нам сделать это реальностью в недалеком будущем.



Добавлено спустя 10 минут, 17 секунд

CASP8

О, вот что нашел в обсуждении CASP8

Цитата:
9 мая 2008г., Дэвид Бейкер
Спасибо за ваши комментарии. Мы очень бы хотели продвинуться на фронтах xbox/SSE/gpu, но мы ограничены большим количеством проблем, с которыми мы сейчас разбираемся и относительно небольшим числом разработчиков. Одна из основных проблем состоит в том, что даже новая (уменьшенная) версия розетты - это больше 500 тысяч строк кода, с большим числом различных фундаментальных алгоритмов, так что в отличие от f@h и seti@home, у которых основной алгоритм весьма компактен, для нас получить серьезное увеличение скорости через gpu/sse оптимизацию - очень большая задача. Я снова переговорил с Dan Fay из Microsoft, который нам сильно помогал на протяжении последних двух лет, по этому поводу, и скоро подготовлю более подробный ответ на эту тему.


з.ы. на сегодня всё) если у кого-то есть вопросы по проекту, я могу поискать ответы в форуме и перевести их здесь.
David Baker'r R@h journal (журнал Дэвида Бейкера, руководителя проекта)

Как видно из текста, группа Дэвида во время конкурса использовала не только возможности распределенных вычислений, но и дополняла их новыми методами, которые они рассчитывали у себя. Теперь эти методы войдут в алгоритм клиентов.

Цитата:
3 сентября 2008г., Дэвид Бейкер
CASP8 завершился. После "стандартного" задания на предсказывание структуры, нам выслали новый вид соревнования - доработать данный организаторами алгоритм предсказывания, чтобы увеличить точность и найти структуру с наименьшей энергией. Это задание заняло почти весь август.

Структуры большинства заданий CASP8 недавно были опубликованы, и мы сейчас сравниваем наши варианты с настоящими. Мы уже нашли несколько совпадений.

Те из вас, кто участвовал в CASP8 помнят, что до декабря нам нельзя сравнивать наши результаты с результатами других групп. Мы надеемся, что наши успехи будут не меньшими, чем в прошлом конкурсе.

Также, вы наверно заметили, что David Kim хорошо поработал над графикой мини-розетты - и она теперь так же прекрасна, как и графика обычной розетты. Я надеюсь, она вам понравилась.

Наша цель на ближайшие месяцы до подведения итогов CASP - автоматизировать все новые методы, которые мы разработали за время конкурса, чтобы создать автоматический конвейер, способный предсказывать структуру так же точно, как это было во время конкурса. Понятно, что это потребует большого объема тестирования и бенчмаркинга, и скоро вы увидите это на своих компьютерах.

Спасибо за вашу помощь во время CASP8, во время следующего периода расчетов мы попробуем серьезно улучшить нашу методику предсказывания.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 17.10.2006
Откуда: old school
Фото: 8
Попробую и я перевести.
Цитата:
14 сентября 2008
В настоящее время мы участвуем в первом конкурсе по моделированию структуры важного биологического рецептора. Этот белок намного больше, чем все, что мы обсчитывали раньше, и вычисления на обычной машине должны занимать около 3 часов. Эти задания начинаются с "AA2A". Если у вас в настройках стоит меньшее время, и вы заметили, что задания считаются сверх него, пожалуйста не сбрасывайте задания.

_________________
так говорил Заратустра


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 11.03.2008
Откуда: Yoburg
очень много новостей появилось за последние 2 недели, переведу их и буду скидывать помаленьку.

Discussion of r@h journal (Обсуждение журнала Дэвида Бейкера)

в начале сентября я задал вопрос, который у меня появился после чтения форума - в 2006м году в одном из постов утверждалось, что пока что вероятность того, что предсказанная структура совпадет с обнаруженной экспериментальными методами, почти равна нулю. Увеличивается ли эта вероятность за последнее время?

Цитата:
12 сентября 2008, Дэвид Бэйкер
...вероятность точного определения настоящей структуры растет, но она до сих пор невелика - вот почему мы до сих пор в основном концентрируемся на тестировании методов расчета, а не на самом расчете структуры.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 11.03.2008
Откуда: Yoburg
Забросил я что-то это дело..

Вот новости полосой из раздела новостей сайта

Цитата:
6 Января 2008
Проблема был исправлена. Извиняемся за задержки - я уже направлялся домой, когда случились проблемы. Подробная информация в технических новостях


Цитата:
6 Января 2008
Сегодня был плохой день для R@h. Внешний интерфейс для наших серверов загрузки\раздачи и для проекта Ralph@home не работает. Мы не сможем исправить эту проблему до завтрашнего утра. Приносим извинения за неудобства. Похоже, завтрашний день будет тяжелым для наших серверов.


Цитата:
6 Января 2008
В ходе технических работ наш сервер баз данных остался без питания. Мы восстановили его работу.


Цитата:
15 Декабря 2008
Минирозетта обновилась до версии 1.47. Счастливого рождества!


Цитата:
10 Декабря 2008
Размер памяти в рекоммендуемых конфигурациях был увеличен до 512мб. Большинство заданий пойдет и на системах с 256мб, но некоторые задания с большими белками потребуют больше памяти.


Цитата:
8 Декабря 2008
Из-за ограничений BOINC в длине командной строки, задания с *_ZN_ABRELAX_* в их названиях были обрезаны при отправке в Rosetta@Home. Из-за этого все задания были провалены. Мы отменили все эти задания и разбираемся, почему эта проблема не была обнаружена на нашем тестовом сервере.


Цитата:
4 Декабря 2008
Руководитель проекта, Дэвид Бэйкер, выиграл Международную награду Raymond & Beverly Sackler в биофизике, спасибо вам за помощь посредством Rosetta@home. Подробности в статье по адресу: http://uwnews.org/uweek/article.aspx?id=45635


Цитата:
1 Декабря 2008
Rosetta@home сегодня стала избранной статьей в Wikipedia. Мы бы хотели поблагодарить всех, кто сделал это возможным, и кто сделал нашу статью таким отличным ресурсом. Также мы приветствуем новых участников Rosetta@home, пришедших в проект после прочтения этой статьи.



Цитата:
30 ноября 2008
Проект не работал сегодня, пока мы мигрировали на новую SAN. Приносим извинения за неудобства.


Цитата:
14 Ноября 2008
Проект будет приостановлен на тех.обслуживание сегодня с 2:00 PST.

Также: МЫ ПЛАНИРУЕМ УВЕЛИЧИТЬ ВРЕМЯ РАСЧЕТА ПО УМОЛЧАНИЮ ДО 6 ЧАСОВ, А МИНИМАЛЬНОЕ ДО 3х, ЧТОБЫ УМЕНЬШИТЬ НАГРУЗКУ НА НАШИ СЕРВЕРА. Еще не решено, когда и как это произойдет.


Цитата:
14 Ноября 2008
Наш файлсервер крашнулся прошлой ночью. Мы заменим систему очень скоро. Приносим извинения за неудобства.


Цитата:
6 Ноября 2008
Минирозетта обновилась до версии 1.40. В ней был улучшен расчет энергии взаимодействия белок-белок, а также низкомолекулярные лиганды и возможность проектирования моделей, где поверхностные аминокислотные пылинки (?) могут изменяться во время расчета. Научная информация будет опубликована на форуме.


Цитата:
28 Октября 2008
Минирозетта обновилась до версии 1.39. В ней мы добавили два важных приложения, вычисление энергии взаимодействия и сворачивание белка с избыточным ионом цинка (извиняюсь за корявость, не химик я). Также новые возможности были внесены в графический модуль, чтобы показать цвета цепочек для много-цепочных белковых комплексов и изобразить ионы металлов в виде сфер.


Цитата:
18 Октября 2008
Увеличивается число проблем с нашим файлсервером, приводящих к простоям. В настоящее время мы собираем и настраиваем замену ему, но уйдет какое-то время на исправление ситуации.


Цитата:
14 Сентября 2008
Мы участвуем в первом соревновании на моделирование структуры важного биологического рецептора. Этот протеин намного больше, чем наши прежние цели, поэтому расчет одной модели займет около 3 часов на средней машине. Эти задания начинаются с 'AA2A.' Если у вас установлено меньшее время расчета, то не прерывайте обработку этих заданий, если замечаете, что они вышли за установленное время.

Добавлено спустя 16 минут, 22 секунды
немного информации с форума о расчетах GPU

Цитата:
11 октября 2008г.
Проекты типа Folding@home меняют свой код редко, они в основном меняют параметры и вводные данные. Это означает, что написание узкоспециализрованного кода, как например для GPU, имеет для них смысл.

Мы же постоянно меняем код (как и параметры, и вводные данные), так что написание узкоспециализированного кода для нас серьезная проблема, так как отслеживание изменений в различных версиях одного кода (не забывайте, розетта уже работает на разных платформах и ЦПУ разных архитектур) на данный момент для нас невозможно. Возможно, однажды, мы сможем заморозить часть кода и портируем код. Я знаю, что это печально и выглядит пустой тратой CPU, но как вы видите, есть много сложностей...

Добавлено спустя 22 минуты, 24 секунды
Результаты CASP8 (что это такое - читайте выше):
http://prodata.swmed.edu/CASP8/evaluati ... e.html#top

DBaker - это результаты команды Дэвида Бэйкера.

Было две составляющих - Automatic и Human team.. Automatic рассчитывал сервер Robetta, а human team - результат взаимодействия команды специалистов и расчетов Rosetta@home.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 11.03.2008
Откуда: Yoburg
Несколько лет назад вел такую же тему, решил продолжить :)
Перевод новостей проекта.

08 ноября 2012
With your help, we have made an exciting breakthrough in protein design that is reported in a research article titled "Principles for designing ideal protein structures" in the journal Nature today. You can read about it at http://www.nature.com/news/proteins-mad ... er-1.11767
In this paper, we describe general principles for creating new proteins from scratch. The new Institute for Protein Design is using these principles to design new proteins to treat disease.
Rosetta@home was absolutely critical to this work as described in the news article; Figure 3 in the paper shows how all of your contributions were used to test designed sequences to see if they folded up to the right structure. Most of the work units we are sending out on Rosetta@home these days are for exactly these kind of tests on the new proteins we are designing--this is absolutely critical to the research and to the development of new therapeutic and other functions. Thank you again for all of your contributions!


Цитата:

С Вашей помощью мы совершили прорыв в дизайне протеинов, о котором сообщили в статье "Принципы определения идеальных структур протеинов" в сегодняшнем выпуске журнала Nature. Вы можете прочитать статью по этому адресу: http://www.nature.com/news/proteins-mad ... er-1.11767

В статье мы описываем основные принципы создания новых протеинов. Новый Institute for Protein Design использует эти принципы для создания новых протеинов, разрабатываемых для лечения различных болезней.

Важнейшим средством для разработки этих принципов был проект Rosetta@home; в статье в Figure 3 Вы можете увидеть, как ваши расчеты использовались для проверки сворачиваемости последовательностей в правильные структуры. Большинство задач, котоыре мы отправляем в проект, это точно те же тесты для новых протеинов, которые мы разрабтываем, - это критически важно для исследований и разработки новых терапевтических и прочих возможностей. Еще раз спасибо Вам за Вашу помощь!!



Добавлено спустя 9 минут 37 секунд:
[url="http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=1177&nowrap=true#74738"]15 декабря 2012[/url]

The CASP10 meeting just finished and all the results are on line so you can see what all your contributions made possible! Ray has posted a great summary of the results in the CASP10 thread on the science message boards. Overall, Rosetta@home was top or near top in most categories. I hate to embarrass David Kim who created RosettaHome and has kept it going, but his contact guided predictions were the highlight of CASP10 as they were vastly better than those of any other group. You can see this at
http://predictioncenter.org/casp10/resu ... roups_id=4
David's predictions are the black lines, those of other groups are in orange, better models stay below the rest of the pack.

Thanks to all of you who contributed to CASP10!!


Цитата:
Анализ результатов эксперимента CASP10 завершен, все результаты в сети, так что вы можете увидеть результат ваших расчетов. Итоги можно посмотреть в этой теме: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5963&nowrap=true#74731.

В итоге, проект Rosetta@home занял первое или одно из первых мест во всех категориях. Я не хочу ставить в неловкое положение создателя RosettaHome - David Kim, но разработанные им алгоритмы выделялись среди всех участников CASP10. Вы можете убедиться в этом здесь: http://predictioncenter.org/casp10/results.cgi?view=targets&model=all&tr_type=others&groups_id=4
Расчеты Дэвида выделены черным, остальные желтым, самые лучшие варианты на графиках расположены ниже остальных.

Спасибо всем за помощь в CASP10!!


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
6.01.2015 г.
David E K писал(а):
Всех с новым годом! Мы только что опубликовали краткий обзор наших результатов CASP11 (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction Критическая оценка методов для прогнозирования структуры белка) в этой теме, и хотел бы сказать спасибо за Ваше участие! Всем спасибо!


CASP11
Вот краткий обзор того, что мы сделали в CASP11 с помощью вашего участия, которое было абсолютно необходимо для нашего успеха. Там также куча восхитительной информации от Сергея в этой теме. В начале декабря было проведено совещание и мы были приглашены, чтобы прочитать 4 доклада. Слайды для этих совещаний вскоре будут доступны на сайте CASP11. В CASP11 мы сосредоточились на наших автоматизированных методах, контактной помощи и уточненной категории, и интересных целях, для которых мы думаем, что ручное вмешательство значительно улучшило бы качество модели.

Особенно хорошо получилось при рассмотрении лучших моделей из 5 представленных для каждой задачи.

Для полностью автоматизированной категории наш сервер Robetta (BAKER-ROSETTASERVER), который использует Rosetta@home, занял первое место среди обоих TBM (шаблон на основе моделирования), и FM (свободное моделирование) категорий со значительным отрывом по сравнению со вторым местом.
Экспертный рейтинг лучших моделей только для сервера TBM(шаблон на основе моделирования)
Экспертный рейтинг лучших моделей только для сервера FM(свободное моделирование)

Для категории «все группы» наша группа людей заняла первое место в категории FM (эта категория состоит из очень сложных задач из-за отсутствия структур гомологов). Одной из главных изюминок CASP11 был наш прогноз T0806 из этой категории, исключительным примером существенного прогресса, достигнутого со времени последней CASP. Кроме того, следует отметить, что эта категория включает в себя предсказателей из людей, но наш сервер занял 3-е место.

Экспертный рейтинг лучших моделей для "всех групп" задач FM(свободное моделирование)

Как описывает Сергей в этой теме мы также сработали хорошо в категории контактной помощи, 1 место в Ts(данные смоделированные с помощью спектроскопии ЯМР(ядерного магнитного резонанса) и Tx(данные полученные с помощью экспериментальных перекрестных связей) категориях для первых и лучших моделей.

Экспертный рейтинг первых моделей Ts
Экспертный рейтинг первых моделей Tx

Hahnbeom скорее всего будет размещать здесь дополнительную информацию, описывающую его исключительные результаты для уточненной категории. Для этой категории мы заняли первое место при рассмотрении лучших моделей со значительным отрывом по сравнению со следующей группой.

Экспертный рейтинг лучших моделей для уточненной категории

На совещании совершенно ясно прослеживалось волнение на лицах экспертов, т.к. был достигнут значительный прогресс со времени последней CASP, и это объясняется главным образом использованием эволюционной последовательности информации, точно предсказывая контакты, используемые для моделирования. Сергей описывает это здесь и его впечатляющий прогноз T0806 в этом видео.

Мы, конечно же, не добились бы этого без R@H и вашего участия. Поздравляем и благодарим вас всех за участие в R@h и CASP!

9.03.2015 г.
David E K писал(а):
Приложение minirosetta было обновлено до версии 3.54. Для публикации ошибок, перейдите в эту тему.
Это обновление включает в себя исправления ошибок протокола симметричного моделирования, а также обновление графических приложений windows для размещения больших моделей.

24.03.2015 г.
David E K писал(а):
Вот видео Дэвида Бейкера, описывающего часть исследования, продолжающегося в лаборатории, про которое он недавно рассказывал на встрече Американской Ассоциации для Продвижения Науки (AAAS). Внимание: Вам, вероятно, придется прокрутить немного вниз, чтобы посмотреть видео.

15.06.2015г.
David E K писал(а):
Приложение minirosetta было обновлено до версии 3.59. Для публикации ошибок, перейдите в эту тему
Эта версия включает относительно недавнюю синхронизацию с исходником Розетты. Были сделаны усилия по переделыванию кода, по созданию новых протоколов, по их обновлению в этой версии, т.к. прошло некоторое время с момента последнего обновления. Это включает в себя протоколы для моделирования циклических пептидов, моделирования стартующего с расширенной цепи в протоколе скрещивания(RosettaCM), и т.д.

31.08.2015г.
David E K писал(а):
Мы испытывают технические трудности с нашими серверами и в настоящее время устраняем неполадки. Мы надеемся вернуться к норме в ближайшее время. Приносим извинения за причиненные неудобства.

3.09.2015г.
David E K писал(а):
Приложение minirosetta было обновлено до версии 3.62. Для публикации ошибок, перейдите в эту тему
Это обновление включает в себя новую оптимизированную функцию оценки, которая улучшает все научные критерии.

12.10.2015г.
David E K писал(а):
Приложение minirosetta было обновлено до версии 3.65. Для публикации ошибок, перейдите в эту тему
Это обновление включает в себя новую оптимизированную функцию оценки, которая улучшает все научные критерии.

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
18.01.2016 г.
David Baker писал(а):
Мы только что опубликовали статью в "Nature", которая в огромной степени зависела от вашего участия! Вы можете получить PDF этой статьи на нашем веб-сайте; Вы можете также получить pdfs многих других работ, которые мы опубликовали за последние годы, которые в значительной степени полагаются на Rosetta@Home. Вот ссылка на недавнюю статью в "Nature": https://www.bakerlab.org/wp-content/upl ... e_2015.pdf

20.01.2016 г.
David E K писал(а):
Приложение minirosetta было обновлено до версии 3.71. Эта версия включает в себя улучшенную функцию счета, новые протоколы и слегка обновленную графику. Для публикации ошибок, перейдите в эту тему

12.02.2016 г.
David Baker писал(а):
Результаты по белку, нейтрализирующего грипп, который Вы помогли нам проектировать, были опубликованы. Вы можете получить статью, как и все наши статьи, с нашего веб-сайта лаборатории, и прочитать что говорят журналисты об этом:
http://cen.acs.org/articles/94/i6/Desig ... Agent.html

31.03.2016 г.
David E K писал(а):
Приложение minirosetta было обновлено до версии 3.73. Эта версия включает в себя новые протоколы и улучшенную функцию счета. Для публикации ошибок, перейдите в эту тему

10.05.2016 г.
Цитата:
Мы выпустили впечатляющую статью в "Science", названной 'Новый дизайн белка гомо-олигомеров с модульной водородной связью, установленной специфической сетью'.
Это захватывающий и значительный прорыв для нового дизайна белка. Особая задача для текущих методов проектирования белка была точность дизайна полярной привязки узлов или полярной привязки интерфейсов, оба из которых требуют взаимодействия водородных связей. Водородная связь сети регулируется сложной физикой и энергетической сцепкой, которая до этого момента не могла быть вычислена с помощью обьемного дизайна. Вычислительный метод, описанный в этом документе, HBNet, теперь предоставляет общий метод для точного дизайна в сетях водородных связей. Эта новая способность должна быть полезной при разработке новых ферментов, белков, которые связывают малые молекулы и интерфейсы полярного белка. Спасибо сообществу Rosetta@home за ваше участие и помощь!
PDF статьи можно найти здесь https://www.bakerlab.org/wp-content/upl ... .full_.pdf. Статья также опубликована на ресурсе Geekwire http://www.geekwire.com/2016/uw-researc ... in-designs.

17.06.2016 г.
David Baker писал(а):
Я рекомендую послушать подкаст аспиранта Yang Hsia про проектирование белков футбольных мячей, которые Вы можете найти на веб-сайте "Nature" на этой неделе, чтобы познакомиться с его статьей. (см. пост Ратики для связи, если Вы не можете найти его). Благодарю всех снова за все Ваши вклады в наше исследование - мы не смогли бы сделать это без Вас! Хотя R@h непосредственно не использовался для этих проектов из-за размера и ограничений памяти, Ваши вклады способствуют развитию Розетты, позволяющему такую науку. Спасибо!

"Дизайн гиперстабильного икосаэдра белка с 60 подъединицами" описывает дизайн 20-сторонней наноразмерной частицы, которая могла использоваться, чтобы разрабатывать лекарства или разрабатывать новые мощные вакцины.
Статья
Подкаст 16 Июня 2016 "Protein football"
Статья в PDF
#77

29.07.2016 г.
David Baker писал(а):
Еще одна потрясающая статья из лаборатории Baker в журнале "Science"! Разработанные контейнеры белка раздвигают границы биоинженерии
"В этой статье бывший аспирант лаборатории Baker Jacob Bale, доктор философии и сотрудники описывают вычислительный дизайн и экспериментальную характеристику десяти двухкомпонентных комплексов белка, которые самособираются в наноклетки с точностью атомного уровня. Эти наноклетки - самые большие разработанные белки до настоящего времени с молекулярными массами 1.8-2.8 мегадальтон(единица молекулярной массы биополимеров прим. Calcii) и диаметров, сопоставимых с маленькими вирусными капсулами. Структуры были подтверждены с помощью рентгеновской кристаллографии. Преимуществом многокомпонентного белкового комплекса является возможность контролировать сборку путем смешивания индивидуально подготовленных субъединиц. Авторы показывают, что в пробирке смешивание проектируемых субъединиц происходит быстро и дает возможность контролировать упаковку отрицательно заряженных GFP(Зелёный флуоресцентный белок) путем введения положительных зарядов во внутренние поверхности двух компонент. Способность проектировать с точностью атомного уровня эти большие наноструктуры белка, которые могут заключить в капсулу биологически соответствующий груз и это может быть генетически модифицировано с различными функциональностями, что открывает захватывающие новые возможности для точечной доставки лекарственных средств и дизайна вакцин." - С сайта IPD.

01.08.2016 г.
David Baker писал(а):
Мы все в совокупности сделали обложку "Science" от 22 июля, проверьте это! В этом же номере также есть новости об особенностях нашей работы, а также статья о разработанных икосаэдрических клетках, сделанных из двух различных белков, разработанных из строительных блоков.

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
23.09.2016 г. Несколько хороших новостей!
Gaurav B. писал(а):
Мы недавно опубликовали статью, в "Nature" названную "Точный de novo дизайн гиперстабильных ограниченных пептидов". Мы хотели бы поблагодарить всех участников Rosetta@Home за их помощь с этой работой. В статье мы представляем вычислительные методики для проектирования маленьких сшитых пептидов с исключительной стабильностью. Эти методы и разработанные пептиды обеспечивают платформу для рационального дизайна новой, основанной на пептиде терапии. Ограниченные (сшитые) пептиды объединяют стабильность обычных мало-молекулярных лекарств с выборочностью и силой лечения антителами.
Способность точно проектировать эти пептиды в выборочных формах и размерах открывает возможности для дизайна лекарств "по требованию", основанным на пептидном лечении.
#77
Другие разработки, описанные в статье:

- Теперь мы можем точно конструировать пептиды из 18-47 аминокислот, которые включают несколько перекрестных ссылок.
#77 #77
- Теперь мы можем конструировать пептиды, которые включают неприродные аминокислоты. В частности, мы разработали пептиды со смесью натуральных L-аминокислот, обычных аминокислот и D-аминокислот (зеркальных отображений L-аминокислот). D-аминокислоты, как правило, обеспечивают лучшую устойчивость протеазы и низкую иммуногенность; оба являются желательными свойствами в качестве лечебного пептида. Искуственные аминокислоты также позволяют нам получать образецы с гораздо более разнообразными формами и функциями.
- Теперь мы можем проектировать пептиды, которые являются циклизованными через связь пептида между N и C окончаниями. Циклические пептиды обеспечивают увеличенное сопротивление против экзопептидаз, поскольку они не имеют никаких свободных концов, и таким образом являются идеальными кандидатами для создания лечебных пептидов.
Сейчас мы работаем, чтобы использовать эти вычислительные методы для проектирования пептидов, которые предназначены для терапевтически соответствующих целей, таких как, ферменты, которые передают устойчивость антибиотикам от патогенных бактерий.

Предсказания структуры, запущенные на Rosetta@Home для этих разработанных моделей пептида, играли ключевую роль в выборе хороших дизайнов, которые были экспериментально синтезированы и охарактеризованы. Спасибо всем за Вашу помощь и возможность создания этой работы! -- Gaurav B.

Для получения дополнительной информации:
- IPD News.
- Nature paper "Accurate de novo design of hyperstable constrained peptides".
- Nature review "The coming of age of de novo protein design".

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
19.01.2017 г. Еще больше хороших новостей!
David Baker писал(а):
Наша статья, названная "Определение структуры белка, используя данные о последовательности метагенома", была опубликована сегодня в журнале Science. Мы хотели бы поблагодарить всех участников Rosetta@Home, которые обеспечили требуемые вычисления для осуществления этой работы. В статье мы описываем использование, предсказанных совместно-эволюционирующих контактов из данных о последовательности метагеномики и Розетты, чтобы точно предсказать структуры для 622 семейств белков, которые не представлены в PDB. Среди этих структур более 100 были новыми свертываниями. Поскольку экспериментальное определение структуры белка является дорогостоящим и зачастую трудным, это исследование подчеркивает возможность использовать вычислительные методы c данными метагеномики для надежного определения структуры. С быстро растущим размером данных геномики, будущее в отображении структуры пространства белковых семейств выглядит ярким! Спасибо участникам Rosetta@Home!

Вот интересная перспектива, написанная Johannes Söding о статье и ее значении, "Большие данные, приближающие к предсказанию структуры белка".

и статьи по теме:
- Большие данные (и волонтеры) помогают ученым решить сотни загадок белка
- Поиск структуры с последовательностями метагенома
- Расшифровка оригами, которое управляет всей жизнью
- Биохимики Вашингтонского Университета нашли умные способы выбирать карманы белков с пользой

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
3.04.2017 г.
David E K писал(а):
Наше Android приложение было обновлено до версии 3.83. Это обновление включает в себя исправление ошибок и новые протоколы (в частности, для циклического пептидного сворачивания и дизайна), и должно быть значительно более стабильным для Android 4 - 7.x платформ. Пожалуйста, сообщайте об ошибках в этой теме

#77#77#77#77

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
23.06.2017 г.
Admin сайта писал(а):
Добро пожаловать на наш обновленный сайт!
   После многих лет службы, мы рады сообщить, что наш старый сайт и сервера были изъяты из обращения, и мы, наконец, выпустили наш новый веб-сайт на базе новейшего программного обеспечения BOINC и нового оборудования. Все новое и модернизировано.

Если Вы имеете какие-либо комментарии или хотели бы сообщить о каких-либо проблемах относительно нового веб-сайта, пожалуйста, напишите в эту тему


#77#77#77

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 12 

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: sco01 и гости: 1


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  





Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan


Яндекс.Метрика