Обсуждаем POEM@Home. Проект закрыт

• Официальный сайт проекта.
• FAQ (научная и техническая стороны проекта, примеры файлов конфигурации)
• Альтернативный файл настроек app_config.xml
• Быстрая настройка проекта POEM
  
  Объявления:
  
  • Статистика PPD GPU

На данный момент:
командное место в общем зачете: 5 (еще статистика)
командное место по скорости: 6 (еще статистика)

ТОП-10 команды по суточному вкладу (от stats.free-dc.org):
#77

ТОП-10 команды по общему вкладу (за все время участия):
#77

Взяли 30 млн. очков в ходе POEM забега! Участвующим -
Осталось полтора дня.

sashmxm
У меня 3 гипотезы было:
1. Забыл отключить в винде заставку и засыпание (только поставил систему, воткнул антивирус и боинк, и пошел спать). Заставка могла слегка просадить проц. Не подтвердилось, т.к. все это утром отключил, производительность не увеличилась.
2. Другая версия клиента. Более производительный результат был получен на 7.0.52, вчера же поставил 7.0.28, которая предположительно должна более корректно работать с апп_инфо в WCG. Завтра возобновлю счет WCG, сравню производительность в этом проекте, надеюсь, она не будет хуже, чем на Селероне, и тогда этот вариант тоже можно будет отмести.
3. Изменилась производительность железа.
Было: G550@2,74ГГц, память 1680 МГц, плата Asus P8Z68-V, карта воткнута во 2-й PCI-E x16, работающий в режиме х8, счет в 4 потока, по 2 потока карты на ядро процессора.
Стало: i7-870@ 3,8ГГц (HT on), память 1440 МГц, плата Asus P7P55D-E, карта воткнута во 2-й PCI-E x16, работающий в режиме х4, счет в 3 потока, по одному потоку карты на поток процессора.
Не думаю, что половинка ядра Селерона на 2,7 ГГц шустрее полного потока и7-870 на 3,8 ГГц, даже по увеличившейся загрузке карты это видно, по частоте памяти разница несущественная, а вот изменение режима работы карты с х8 на х4 вроде бы могло повлиять

Угу Красота, пассивное охлаждение и тишина
#77
+подключил Athlon X2 3800+ 2GHz и Phenom X4 975 3.6GHz 24/7

Сегодня в ПОЕМ паровозом буду я. К утру рассчитываю перевалить за миллион по сливу, по этим данным, уже 800К есть: http://stat.polarseti.ru/index.php?t=5&p=25 Жаль, сразу не было возможности на такие темпы.

Кстати, обнаружил одну вещь - если все задания приостановить, выйти из БОИНКа с остановкой расчетов, отредактировать апп_инфо, запустить БОИНК и запустить приостановленные задания, то ничего не удаляется, и продолжает считать.

Наверное фишка в том, что на этом этапе у тебя уже есть файл app_info.xml в папке проекта.
Инициализация происходит именно при создании файла, т.к. в этом случае режим работы Boinc для текущего проекта переключается в т.н "anonymous platform".

ToEst Файл апп_инфо конечно же присутствует, иначе как его редактировать? Просто я помню, что даже при редактировании файла задания удалялись. Точнее, они удалялись после перезапуска БОИНКа, ведь чтобы применить изменения апп_инфо, БОИНК нужно перезапустить?

Наконец-то будет дом у "писателей" (поэмы пишут...) Кто куратор и будет ли перенос из Боинк-темы?

Куратор нужен, ждем добровольцев. Очень нужен FAQ по установе настройке и основным вопросам, может кто возьмется?

вроде как перенесут со временем, наверно из-за большого количества сообщений -

завтра попробую набросать с перспективой кореккции

Добавлено спустя 1 час 12 минут 6 секунд:
Кстати, я смотрю по другим темам - куратор может быть не один! Так 2-ым куратором могу я быть, хотя опыта в этом деле нет, но буду стараться. Главным останется Макс. Единственное - отсутствие карт Nvidia - не смогу экспериментировать и тестить у себя аппы и всё такое.

Между "макаронниками" и "пшеками" нешуточное противостояние

Я тоже наблюдаю, что они душевно развлекаются, особенно в конце забега. Тем временем, менее 2-х часов остаётся и похоже Италия возвращает свое 2-е место.

Добавлено спустя 30 минут 34 секунды:
PS интересно, за час с небольшим возьмем 255 тыс. для ровного счета?))

Bailiff8 40 лямов наши! и 4-ое место с приличным отрывом в 10 лимонов. Совсем не дурно - если считать, что решили и собрались очень спонтанно - безо всякой политагитации. Мы - молодцы, вообще!

Всех поздравляю с 4-м местом и 40-ка лимонами!!!
перевожу мощные видяхи обратно в фолдинг

Отлично погоняли!

Всех поздравляю! Результат достойный для " не основного" проекта.

Да, очень приличный результат! Многие еще и сейчас не затормозили...

Поздравляю нас всех

Вообще потихоньку буду наверное в poem мощности перетягивать, т.к. R@H и так уже первые

Научная сторона проекта POEM@home:
Видеопрезентация проекта
Организаторы и администрация пректа: Технологический институт Карлсруэ - научная группа нанотехнологии и биомолекулярной симуляции
Научный руководитель проекта: Wolfgang Wenzel
BOINC менеджер проекта: Thomas Koch
Проект работает с 13.11.2007

Проект распределенных вычислений по исследованию структуры белков человеческого организма с помощью научного подхода, основанного на вычислительной реализации термодинамической гипотезы амер биохимика Кристиана Бёмера Анфинсена (Anfinsen Ch. B.), удостоенного Нобелевской премии по химии в 1972 году.
В проекте используется метод моделирования структуры белка. Комбинированный подход в изучении строения белка. Нечто среднее между Rosetta@home и Folding@home (со слов создателей проекта)
POEM@home использует модифицированный метод Молекулярной Динамики с помощью стохастической оптимизации.
Организаторы делят цели проекта на 2 группы: близкие и дальние.

К близким относят:
1. Поиск молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины). Что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов. Например, остановить воспалительный процесс.
2. Совместная работа с проектами, связанными с малярией, онкологией.
3. Участие в проектах, связанных с поиском лечения болезни Альцгеймера и других дегенеративных заболеваний нервной системы.

К дальним целям относятся:
1. Разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые в прикладных разработках.
2. Детально изучить структуру мембранных белков.

Если этот проект похож на другие, действительно ли POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?

Вот ответ организаторов:

При моделировании Белка используются два подхода.

1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает для больших белков, дает превосходные структуры для белков с высоким подобием аминокислотной последовательности. Недостатки: не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете процесс сворачивания так, как это происходит в природе (Folding@Home) с биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики, методом последовательных приближений с шагом по времени порядка 10E-15 s/step (фемтосекунда на шаг). На каждом шаге сначала рассчитываются силы взаимодействия между всеми атомами, скорости движения и на основе этого вычисляются новые координаты для каждого атома. После чего процесс повторяется заново на следующем шаге с учетом изменившихся положений атомов. Поскольку длительность процесса сворачивания белка занимает от микро до миллисекунд, нам необходимо просчитать очень большое количество таких шагов (от сотен миллионов до триллионов). Преимущества: полная информация о динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работает только для маленьких белков, т.к. вычислительная сложность молекулярной динамики растет пропорционально квадрату от числа атомов в белке.

POEM@home пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для свободной энергии белка , то есть - может работать для новых сверток и применений в нано-био технологиях, где отсутствуют опытные данные. В отличие от MD@home, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons (Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации, который является в тысячи раз более быстрым чем MD@home. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает полную реальную кинетическую картину сворачивания.

POEM@home пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в не физиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом непосредственного кинетического моделирования.
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков.

О приложении gpucrystal - что мы считаем на видеокартах

Техническая сторона проекта:

Поддерживаемые операционные системы:
Windows - 98/2000/XP/Vista/7/8 х32 / х64 - счёт на CPU / GPU (для счета на AMD GPU ОС не ниже Vista, из-за прекращения поддержки драйверов со стороны AMD)
Macintosh - Intel Mac OS X 10.5 и выше - счёт на CPU (на данный момент использование GPU не реализовано)
Linux (32-bit/64-bit) - счёт на CPU / GPU
Во многих ОС (например windows 7,8) для возможности счета на GPU BOINC клиент должен быть установлен как стандартное приложение. В случае установки службой (опции "Protected application execution" или "Service Install" в зависимости от версии BOINC) счет на GPU может оказаться недоступен из-за недостатка прав.
Для более стабильной работы CPU + GPU рекомендуется использовать официальные версии BOINC, начиная с 7.0.28

По ценности заданий проект разделяется на 2 категории:
№1 - CPU задание - 80 очков
№2 - GPU задание - 2925.23 очков

Количество получаемых очков за успешно сданные задания постоянно и не меняется от заданий. Исключениями на данный момент были некоторые CPU задания.

Поддерживаются ATI видеокарты начиная с Radeon 5ххх.
Nvidia видеокарты начиная с GeForce 8ххх.

Для счёта на GPU рекомендуется поддержка OpenCL , начиная с версии 1.1

Настройка проекта:

Для начала необходимо скачать и установить программу BOINC

Если вы не зарегистрированы в этом проекте, то можно создать новую учётную запись, перейдя по следующей ссылки

1. метод - подключение к проекту через менеджер в программе BOINC. При этом будет запущено свободных х-потоков ( не физических ядер) процессора (CPU) и х-потоков каждой видеокарты (зависит от количества установленных на компьютере).
("Свободные" подразумеваются не занятые расчётами в других проектах).
Для счёта только CPU или GPU заданий нужно отключить получение новых заданий того или иного типа заданий в настройках в своей учетной записи на сайте проекта. К тому же для GPU заданий можно отсортировать получение как только АТИ или Nvidia заданий, так и тех и других. Данная настройка будет работать и со 2-ым методом

2. метод - более эффективный в плане использования ресурса компьютера. Для этого необходимо создание файла app_info.xml, который будет являться вашими персональными настройками для этого проекта. Созданный файл нужно поместить в директорию BOINC (windows 7) - Нужно отметить следующее - все задания POEM@home, находящиеся в обработке, в момент добавления файла app_info.xml будут автоматически удалены. Поэтому перед началом использования app_info.xml рекомендуется выключить в BOINC получение новых заданий POEM, досчитать оставшиеся в очереди задания и отправить их на сервер проекта. При дальшейшем внесении изменений (редактировании app_info.xml) задания сохраняются, достаточно просто перезапустить BOINC после внесения изменений.
Так с заданиями может пропасть и само GPU приложение, то рекомендуется его скопировать отдельно и добавить в папку BOINC вместе с файлом app_info.xml. Если получилось так, что после добавления app_info у вас пропало приложение и нет копии, предлагаем скачать актуальное GPU приложение версии 1.05, в зависимости от типа видеокарт - ATI или Nvidia:
[*] ATI - poemcl_1.5_windows_intelx86__opencl_ati_100
[*] Nvidia - poemcl_1.5_windows_intelx86__opencl_nvidia_100
Для каждого типа видеокарт ( Nvidia , ATI ) настройки app_info.xml будут разными. Организаторы проекта периодически обновляют версии приложений как для CPU , так и для GPU, поэтому с выходом новых версий файл app_info.xml нужно будет редактировать, согласно последней версии - в тексте необходимо поменять лишь пару цифр:
Например вы используете версию приложения для GPU 1.04 и выходит новая 1.05. Коррекция происходит в следующем:





Сохраняем и считаем дальше. Остальные настройки - количество выделяемых потоков для CPU и GPU можно менять неограниченное количество раз.

Примеры файлов настойки app_info.xml для расчётов только GPU заданий:

app_info.xml для ATI - 4 потока видео + резервирование для их обслуживания 1 ядра(HT потока) CPU:


app_info.xml для Nvidia - 4 потока видео + 1 поток CPU:


Комбинированный app_info.xml для счёта ATI + Nvidia - каждая карта в 4 потока + 1 логическое ядро CPU


Примеры файлов настройки app_info.xml для совместных расчётов CPU и GPU заданий:

app_info.xml GPU задания для ATI в 4 потока + Nvidia в 4 потока + CPU задания свободных х-потоков CPU:


При редактировании файлов под свои нужды в первую очередь следует обратить внимание на теги
<count>хх</count> - задает долю видеокарты(ГПУ) выделямую для работы 1 потока. При значении 0.5 будет запущено 2 ГПУ-потока на одной карте параллельно, при 0.33 - 3 потока, 0.25 - 4 потока и т.д.
<avg_ncpus>хх</avg_ncpus> - управляет выделением CPU ядер(HT-потоков) для CPU части ГПУ-приложения. При 4х ГПУ потоках и значении 0.25 будет зарезервировано 4*0.25=1 CPU ядро, при значении 0.5 выделение 4*0.5=2 ядра и т.д. Значение должно быть не ниже чем <count>хх</count>(резервирование менее 1 полного ядра) - иначе можно получить очень сильное падение скорости счета.

Как альтернативный файл настроек для проекта можно использовать файл app_config.xml
Оформление и месторасположение на компьютере аналогично, как и app_info.xml.

Так как на данный момент проект испытывает трудности в генерации достаточного количества новых заданий, рекомендуется использовать следующий .bat файл:


Называете его name.bat и помещаете в директорию BOINC (windows 7) - , запускаете и оставляете работать до накопления желаемого количества заданий.
Помещать батник в данную директорию не обязательно, но рекомендуется(чтобы избежать возможной путаницы с путями). При постоянном счёте рекомендуется выставить кэш заданий на 3-4 дня. В таком случае BOINC должен успевать самостоятельно пополнять кэш без принудительного запроса к серверу с помощью .bat файла.
Кроме .bat файла аналогично можно использовать любые другие способы автомазиции: общий смысл в том, чтобы обеспечить регулярное частое повторение команды "boinccmd.exe --project boinc.fzk.de/poem update", которая принудительно заставляет BOINC немеделенно запросить у сервера задания еще раз (оптимальный интервал 2 минуты, при желании можно поставить как больше так и меньше, но не рекомендуется устанавливать менее 30 секунд иначе сервер может занести вас в "черный список" за слишком частые запросы)

Ещё,когда мало заданий , можно создать файл настроек cc_config.xml
Код:


Это надо кинуть в
<use_all_gpus>1</use_all_gpus> - параметр, который запускает все видеокарты, которые установлены на компьютере.

Для выбора запуска одной или всех карт на одном компьютере можно использовать следующий файл настроек cc_config.xml:

Установка и запуск счёта POEM GPU на Windows Home Server 2011
Примеры конфигурации app_info.xml для Linux

В составлении описания проекта были использованы материалы следующих людей:
AlexA, Mad'Max, bronevik, TSC!_Anti, Anfes, sashmxm, siu77

У меня отлично считает 8500ПЕ 256Мб