Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   sashmxm   



Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 17 
  Пред. тема | След. тема 
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
Тема предназначена для публикации новостей о проекте POEM@Home.

Комментарии к новостям - только в порядке дополнения или исправления ошибок. Все другие обсуждения - в соответствующих темах форума.

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


Последний раз редактировалось sashmxm 16.04.2016 14:21, всего редактировалось 3 раз(а).


Партнер
 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
Немного важных событий до этого момента.
1.4-ое место в Spring 2013 POEM Challenge
2. Обновления GPU приложения до версии 2.0
3. Обновления GPU приложения до версии 2.01
4. Выводы тестирования версии 2.01
5. 9-ое место в общем зачёте
6. 1-ое место по скорости
7. О приложении GPU - [poempp collective move set]
8. Внедрение нового кода GPU для SIMONA
9. Тестирование счёта GPU заданий на несколько картах одного компьютера
10. Запуск приложения версии 2.17
11. 2-ое место в B@P POTM - POEM@HOME - 10.- 17.05.2015


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
Сегодня состоялось знаменательное событие, проект POEM насчитал 100 млрд. очков = 100,000,000,000! И наша команда в десятке лидеров этого проекта.

#77


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
Команда догнала и обогнала L'Alliance Francophone. У нас 6-ое место!! :beer:
через 5 дней по прогнозам обойдём Overclock.net


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
Project updates
It has been a while, but finally there are news for the future of our project.
With the implementation of new analysis methods in our software, we are looking forward to start our new "peptide" project in a few weeks.
Further information will follow in the "projects" section of the homepage soon.

At the moment, the new application and some test jobs are available on our Test Server.

If you like to help us, use the “Add project” wizard of your BOINC client and paste the Project URL “http://int-boinctest.int.kit.edu/poem/” into the corresponding text field, as our test server is not listed as an official BOINC project. We appreciate every help for testing, but please keep the following in mind:
- Test server results will not be used for scientific publications.
- Credits will not be listed in the BOINC cross-project statistics.
- Test server applications may crash your system, so be sure to save any valuable data beforehand.
Best practice is to return a few tasks, and immediately detach from the POEM@TEST project.

This update does also include a new Mac OSX CPU version, as well as a first attempt for OSX GPU support (NVIDIA and AMD).
We'd appreciate every voluntary help, especially regarding the testing of Mac versions.
*edit: The new Mac version requires OSX 10.9 or newer

Best regards,
your POEM@HOME Team 24 Feb 2016, 13:27:31 UTC ·

Последние новости проекта:
Поступает информация о новом проекте "Пептидов" с новым методом анализа , который планируется запустить через пару недель. Более подробная информация будет доступна на домашней странице проекта в разделе "Проекты". На данный момент для проверки и анализа работоспособности и стабильности доступны задания на тест-сервере. По заверению организаторов проекта результаты тестирования не будут использованы в научных публикациях, кредиты не будут зачислятся в общюю копилку кранчера , как это и происходило до этого момента. Предупреждают о побочных возможных последствиях - типа всё, что запускаете на компе, на свой страх и риск. Ну это нас никогда не пугало.
Помимо этого, с мёртвой точки сдвинулся вопрос задействование GPU на Mac OSX, что тоже одна из хороших новостей. Главное требование, это соответствуюшяя версия ОС.
Ну что, пожелаем им и нам удачи в нашем нелегком труде на благо всех людей!
И , как всегда, добро пожаловать!


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
команда снова вернула 6-ое место! как надолго, никто не знает - потенциальных на обгон команд предостаточно позади нас, но небольшой отрыв есть. Может , успокоются со временем, как обычно.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
TEST project results
Thomas Koch:
I've just released a version with minor modifications on the Test Server. If it also looks ok after a short testing period, this version will go live.

На данном этапе Томас сообщает, что результаты тестирвания были успешные, планируется ещё запустить одну модификацию с небольшими изменениями. Если и эти задания пройдут тестирование положительно, то в скором будущем новый проект будет запущен в массы.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
Recent POEM Server blackout
Recent POEM Server blackout
Most crunchers may have noticed our BOINC project was unavailable last weekend.

The reason for the outage were issues with the network infrastructure last Friday. Although our IT department worked hard and could solve the problem in the evening, the POEM project server was still not accessible.
Unfortunately, I couldn't fix it over the weekend without physical access to the server rack.

Everything should work as usual since yesterday. I'm sorry for the inconvenience. 5 Apr 2016, 11:24:06 UTC

Томас сообщил причины отключения сервера - чисто технические. проблемы железа, которые не удалось устранить удалённо, поэтому и пролежал проект в коме на выходных.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
Первые результаты нашего 2-х недельного забега - мы обогнали команду Sicituradastra. и заняли 5 место! Поздравляю нас !!!


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
Запущено новое приложение GPU ver. 2.30
Version 2.30 released & new Project available
Finally the POEM++ Version 2.30 is live.
The test phase a few weeks ago ended successfully, but if you encounter any problems with the new release, please let me know.

Along with the update we have started a new
Peptide project. You can get some information on the linked project page, a visualization of the simulation process will follow.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
Немного информации о новом проекте POEM для GPU - Two Fold Peptides :
В этом проекте моделируется шаровидная поверхность пептидов в 1-ой фазе и мембрана во 2-ой. Пептиды – это маленькие белки (цепочка менее 40 аминокислот), которые часто участвуют в неизлечимых заболеваниях. Одним из таких примеров является протеин бета-Амилоид (ориг. Amyloid beta protein), который подозревается в активном участии в возникновении болезни Альцгеймера.
Белок синтезируется (т.е. склеивается из блоков аминокислот (ориг. Amino Acids)) в рибосоме . После того, как белок выходит из рибосомы, в виде длинной цепочки аминокислот, то цепочка часто складывается в специфическую, строго упорядоченную 3D-структуру, и только в таком виде он осуществляет свою работу. Для некоторых белков, к сожалению, что-то пойдет не так во время сворачивания, и они в конечном итоге формируются в неправильную конфигурацию, которая либо не работает вообще, либо работает совсем не так, как должна.
Они, как правило, разрушаются вашим организмом и ничего не происходит. Но иногда они попадают в другую конфигурацию, в которой они агрегируют – слипаются и образуют различные конструкции, которые могут стать причиной болезни.
В этом проекте мы хотим не только исследовать первичную конфигурацию белка, которую уже моделировали довольно часто на платформе BOINC, но и проверить, превращаются ли, и как часто, исследуемые пептиды в конечном итоге в другую конфигурацию – неправильную форму сворачивания, которая может быть причиной заболевания.
Метод
В 1-ой фазе проекта мы подготовили эталонный белок, чтобы начать его моделирование в трёх разных точках: плоская форма, спиралевидная конформация и развёрнутая конфигурация белка. Через каждые 500 шагов мы измеряем конфигурационные расстояния в плоской и спиральной конфигурации. Пользуясь этим, мы можем построить отображение всех возможных состояний пептидов, которые могут находиться в них. В зависимости от того, как часто белок способен переходить из одного состояния в другое, можно сделать вывод, какие конфигурации являются более стабильными, чем другие. Обычно одна конфигурация будет стабильнее других и для получения эталонного белка оба состояния должны быть приблизительно равномерно стабильными. Процессоры в этом проекте будут работать над одним симулированием, в то время, как графические процессоры будут работать на 100-ми симулированиями одновременно.
Во 2-ой фазе проекта мы проведём это моделирование в как внутри клетки, так и при проходе через клеточную стенку. Это важно, потому что некоторые белки неправильно сворачиваются и деградируют только когда они проходят через клеточную стенку. 2-ой фаза будет также включать в себя первую стадию нарушения предполагаемых пептидных последовательностей, где фактические схожие и неправильно свёрнутые конформации белков не известны.

#77


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
Наш собственный 2-х недельный забег в проекте 09.04-23.04.2016 завершён.
За данный период итоги и результаты следующие:
  • Команда насчитала 241 млн. очков
  • Мы обогнали команду Sicituradastra и заняли 5 место
  • Во время забега мы сумели разогнаться и некоторое время были быстрее самого главного локомотива проекта - команды Gridcoin и занимали 1-ое место место по скорости , в остальное время уверенно шли на 2-ом месте, как самая быстрая.
  • Попали в период обновления приложения как для CPU, так и для GPU версии 2.30 - и с простоём, и с глючными заданиями. Но в общем плане выдача заданий происходила стабильно.
  • К проекту подключились новые камрады - Nismund, alex-g21rus, spider66, brother, oldship - добро пожаловать!
  • Рекорды по скорости проекта среди команды обновил камрад tguskill - 13,896,900 - 15.04.2016 и добрался до 2 места.
  • Обновился и рекорд команды по скорости - 27,056,208 - 2016-04-15
  • За это время мы несли и потери - у камрада Chugumoto произошёл коллапс с компом - плавились провода от блока . Надеемся, что всё починится и возвратится в строй в скором времени.

Мы за это время утвердились на 5-ом месте. Далее продвижение требует смены интересов лидеров по скорости проекта (постоянной) Gridcoin и Overclock.net.
Данные профилактики с забегами ,надеюсь, популяризируют проект среди наших камрадов. Всем спасибо за участие и поддержку! :beer:


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 23.12.2006
Откуда: Рига
Фото: 2
Грустные новости приходят и от администрации проекта,
походу, проект последует участи SIMAP... :-(


 

Junior
Статус: Не в сети
Регистрация: 08.11.2013
Будущее POEM@HOME

Дорогое сообщество POEM@HOME,

в первую очередь мы хотим выразить нашу глубокую признательность каждому вкладчику нашего проекта. В прошлом году мы разработали GPU-оптимизированную версию SIMONA, которая используется как часть POEM@HOME, ускоряющую расчеты различных величин. Благодаря этому ускорению, для нас было очень трудно обеспечить достаточно работы, чтобы насытить наш проект BOINC.
Поэтому, после восьми лет гонки, мы имеем столько вычислительной мощности, что не нуждаемся в ваших больших и щедрых взносах, чтобы осуществлять нашу науку. В то же время другие, более мелкие и более крупные проекты требуют больше вычислительной мощности, чем когда-либо.

Алгоритм GPU-ускорения будет открытым исходным кодом, так что другие группы смогут использовать эффективное силовое поле свободно, чтобы проводить исследования кластеров GPU самостоятельно (сроки для этого до Рождества. Код готов к отправке и статья написана , но она должна быть рецензируема ранее).

Мы приносим извинения за небольшие технические заминки в прошлом месяце; нам хотелось бы, быть готовыми к более чистому и лучшему пробегу финальных рабочих юнитов.

Еще раз спасибо за потрясающую поддержку, и мы надеемся, что ваши вклады будут помогать другим проектам BOINC с этого момента. Мы хотим особо поблагодарить Владимира Танковича за его вклад в код GPU.

С наилучшими пожеланиями,
администратор команды POEM@HOME

P.S .: Мы будем держать форумы и веб-сайт открытым в течение некоторого времени и постепенно опорожнять очереди и остановим даемоны сервера примерно через 2 месяца.


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 14.09.2015
Откуда: Москва
Фото: 1
Блин только собрался ускориться ещё пару карт прикупить, а тут такое. Чуть не хватило до 100 млн. Ну что скажут наши командиры куда теперь?

_________________
amd fx 8150, asus r9 290x, БП 700w, MSI gtx 970,


 

TSC! Russia Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.08.2007
Откуда: Красноярск
alex-g21rus
Однозначно, в Folding@Home!

_________________
У тебя мощнейший комп, ты уверен? И для чего он тебе? В TSC! Russia ты узнаешь что такое мощь тысячи компов! TSCRussiaTeam.ru


 

TSC! Russia member
Статус: Не в сети
Регистрация: 20.10.2014
Фото: 0
siu77 писал(а):
нам хотелось бы, быть готовыми к более чистому и лучшему пробегу финальных рабочих юнитов.

Продолжение следует я так понял, просто они видимо доделали какую то свою внутреннюю работу и обдумывают следующий этап и поэтому пока заданий не будет?
Как раз под poem недавно вк обновил, и тут нате вам. :-)
А какие ещё есть проекты (желательно биомедицинские) в среде BOINC активно использующие ГП? GPUGrid вроде бы только для nvidia.

_________________
TSC! Russia - добровольные распределённые вычисления.


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 17 

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 3


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  





Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan


Яндекс.Метрика