Важное дополнение - помимо всего этот контроллер работая вместе с традиционным (не EFI) BIOS матплаты до загрузки ОС не проводит LBA трансляцию секторов для 16-bit BIOS. Вообще невозможно задать тип трансляции и ее просто нет (по умолчанию).

Это приводит к проблемам с работой таких ОС как Windows XP и все тех ОС, которые обращают внимание на CHS поля записей primary разделов MBR, а фактически все правильные ОС должны использовать CHS поля для primary разделов менее 8G (при LBA трансляции).

Собственно проблема в том, что при перестановке на другой контроллер, который поддерживает LBA трансляцию, логические сектора раздела перестают совпадать с физическими. Положение усугбляется еще и тем, что XP или Win7 загружают драйвер диска, в котором LBA трансляция включена и ее нельзя отключить, таким образом на этом контроллере до загрузки ОС и сразу после загрузки ОС диск имеет разную геометрию CHS.

Поскольку уже очень давно, начиная наверное с АТ386 все BIOS имеют LBA трансляцию, я не сразу смог понять в чем же причина сбоев в работе нового контроллера, пока случайно не обратил внимание на LBA трансляцию.