Имеется Linux Mint 16 Petra, X64.
Eclipse Luna + Android SDK ( обновлял ), ранние версии пробовал.
Вылетает без каких-либо ошибок. Чаще всего при открытии кода java или андройд layout'ов.

Подскажите, из-за чего это может быть?

С железом 100% всё гуд? обычно из за касяков по памяти вылеты беспричинные в линукс, также, попробуйте в биосе скинуть настройки в сейф-моде, для проверки.
Как только начинает кошмарить компы с линукс, всё шаманство за частую сводится к памяти....
Ну это как вариант. У меня в винде всё гуд, как под линукс-ом запускал блендер - вылеты (хаотичные), заменил память, взлетело.
Зато сейчас в разгоне (см. профиль) без косяков. Так же минт 16

Что в консоли пишет?

Если не память, то попробуй сменить java-vm.