Есть некое ISA устройство на простой логике 74 серии . Кроме шины данных и шины адреса используются выводы ISA: B2 - Reset, B14 - данные читаются из I/O-порта, В13 - данные записываются в I/O-порт, А11 - AEN Address Enabled, контроль за шиной при CPU и DMA-контроллере. Адрес устройства выставляется с помощью микропереключателей. Можно ли как то подключить его к PCI ? (Без специального адаптера, а используя соответствующие сигналы с PCI). Буду признателен за помощь.

Напрямую - никак. Только через адаптер.
Также можно подключить к микроконтроллеру, а уже его - к компу через USB или RS232.
Все зависит от скорости передачи данных и документированности вашего девайса.
Тут пример - http://www.atrox.at/projects/877eth/

Либо найти современную материнку с ISA на борту. Они выпускаются

Не всегда вариант. Если софт сильно кривой, то может быть очень грустно.
Например ошибка с таймером в старых прогах, писаных на борландовском Паскале.
Конфигуратор под ИСА сетевуху с BNC, какую-то 3ком ( нужно было очень ) наотрез вываливался с ошибкой на чем-то быстрее 450МГц.

Этот девайс представляет собой релейную плату. Применяется на ЖД в приборах, связанных с безопасностью движения. Есть импортные PCI аналоги но это стоит бабок.