Имеется такая система водяного охлаждения (Cooler Master):

https://yadi.sk/i/vqiVlSxOwyyzZ
https://yadi.sk/i/V1e_tU0CwyyzM

Проблема заключается в том, что через 4-5 секунд после запуска что-то начинает шуметь, предположительно шум идёт от вентилятора на камне.

Как можно диагностировать подобную проблему?

Предположительно что в коробке нет камней и соответственно нет вентиляторов на них. А если подозрение на какой-то вентилятор, то просто останавливай их пальцем по очереди и найдёшь какой шумит. Можно разобрать и смазать, а можно на новый поменять. Заодно надо бы проверить температуры, может где не работает охлад и от перегрева в разнос уходит?

Это помпа.