У меня такой простой вопрос, поиском что то не нашёл. Карта HD 3850, У неё дополнительное питание есть и оттуда торчит два молекса, их оба подключать или один, сейчас на одном всё работает.

Желательно оба (У Вас молексов нехватает?), но если у Вас на одном работает (проходит без проблем все тесты) то менять нет смысла...
PS. молексы желательно подключчать с разных шлейфов, висящих из БП.

да хватает молексов, просто не втыкал один )

Потянет на одном (блок питания, как понял, FSP 400)