При запуске установки приложения, оно(приложение) начинает автоматом устанавливаться на диск С.
Можно ли каким нибудь образом заставить его установиться в нужную папку
Спасибо

Надо изменить в ветке реестра:

параметр ProgramFilesDir на свой. Уже установленные приложения могут перестать работать!

Если установленные ранее приложения перестанут работать и я верну все обратно,приложения заработают вновь?

Не знаю, не проверял. На всякий случай сделайте точку восстановления.

По идее должно,если обратно вернешь. А так,при установке,выбираешь-"установка вручную"(ежели в инсталяторе есть варианты установки). Там и выбор каталога и какие компоненты ставить.
Еще раз повторюсь,если такой вариант установки имеется в инсталяторе.