Часовой пояс: UTC + 3 часа




Куратор(ы):   Biker    MegaCalcii   



Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 263 • Страница 9 из 14<  1 ... 6  7  8  9  10  11  12 ... 14  >
  Пред. тема | След. тема 
Автор Сообщение
 
Прилепленное (важное) сообщение

TSC! Russia ex-Captain
Статус: Не в сети
Регистрация: 16.12.2002
Откуда: TSC! | Москва
Тема предназначена для публикации новостей о проекте Folding@Home.

Комментарии к новостям - только в порядке дополнения или исправления ошибок. Все другие обсуждения - в соответствующих темах форума.

Наиболее значимые новости и события:
2017г.
Новый адрес сайта новостей http://folding.stanford.edu/news/
2016г.
Проблемы на 21 ядре (OpenMM GPU) с новыми драйверами NVIDIA 375.57 и 375.63 в Windows
2015г.
Достижения FAH в 2015 со взглядом на 2016 год
07.07.2015 Первая полная версия Folding@Home клиента для Android-устройств
24.02.2015 Появление ядра 18 новой 0.0.4 версии теперь и под Linux и для карт AMD
Поддержка Больших Жаб(bigadv) прекращена с 31.01.2015г.
2014 г.
Новый способ расчетов - Folding в браузере
9.07.2014 Появление нового ядра 18 версии под Windows/Nvidia и заданий под него, которое является улучшенной версией 17 ядра
2013 г.
Проект F@H преодолел 10 петафлоп
Новое универсальное AMD/nVidia GPU ядро (FahCore_17) в открытом тестировании!
2007 г.
Сеть Folding@home занесена в Книгу рекордов Гиннеса


Последний раз редактировалось MegaCalcii 11.11.2017 14:44, всего редактировалось 117 раз(а).
Примечание: время задержки MSM не может использоваться для выборочной вариативной модели



Партнер
 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Новости текущих разработок в FAH
V.Pande, 06.11.2012 18:02 писал(а):
Мы достигли некоторых успехов в разработке нового ПО, и я хочу поделитиься с вами новостями.

v7 клиент. Джо Коффлэнд со своей командой много работают на новыми версиями клиента. Только что был выпущен релиз 7.2.9, а новая версия уже готовится к бета-тестированию. Мы также продолжаем совершенствовать 7 клиент и устранять обнаруженные баги. Дополнительные усилия Кевина Бернхагена направлены на версию для OSX, и, кроме того, на более гладкую установку клиента на OSX и Linux.

Gromacs ядро. Команда The Gromacs Core (профессор Майкл Шёртс, профессор Питер Кассон и их лаборатории, в Университете Виргинии) работает над новыми ядрами на основе новой версии Gromacs 4.6.

Новое OpenMM ядро. Команда OpenMM в Стэнфорде (Доктор Питер Истмэн и Йутонг Чжао) работает над увеличением производительности нового ядра OpenMM для GPU, в частности над оптимизацией для архитектуры Kepler и графических процессоров AMD (в сотрудничестве с инженерами nVidia и AMD соответсвенно). У Йутонг есть новое работающее ядро для GPU, которое проходит внутреннее тестирование в лаборатории. Поскольку openMM имеет открытый исходный код, вы можете получить больше информации, включая историю изменений [а так же сами исходники] на сайте openMM (https://simtk.org/home/openmm).

Новая рекламная кампания Folding@Home. Еще мы работаем над новой домашней страницей проекта и новым видео, рекламирующим F@H. Эта медиа/сетевая кампания, так же как и изменения в клиенте и инсталляторе, направлена на то, чтобы сделать FAH проще и удобнее в установке и работе, особенно для новых участников folding@home.

Понимая, что участники проекта не видят всего, что происходит у нас за сценой, мы постараемся публиковать подобные новости как можно чаще.

src
Update on on-going software development in FAH
V.Pande, 06.11.2012 18:02 писал(а):
We have several on-going software development efforts and I'd like to give donors an update.

v7 client. Joe Coffland and his team have been working hard on new client releases. 7.2.9 has just been released and a new version will be undergoing beta testing soon. Moreover, we are continuing work on improving the v7 client for windows and squashing the remaining bugs. Moreover, there's additional effort in OSX due to the hiring of a programmer (Kevin Bernhagen) just for the OSX client, as well as additional work for smoother OSX and linux installs.

Gromacs core. The Gromacs core team (Prof. Michael Shirts and Prof. Peter Kasson and their labs, at the University of Virginia) are working on the new cores based on the new version of gromacs (4.6).

New OpenMM core. The OpenMM team at Stanford (Dr. Peter Eastman and Yutong Zhao) are working on speed improvements for OpenMM (the basis of the FAH GPU core) in general, but in particular optimizations for Kepler and AMD (in coordination with engineers at NVIDIA and AMD, respectively). Yutong has a new FAH GPU core working in the lab and we are doing internal testing on it. Since openMM is full open source, you can see more details, including a commit and change log, at the openMM web site (https://simtk.org/home/openmm).

New FAH viral ad campaign. We're also working on a new landing page for FAH and a new video to advertise FAH. This new web/video campaign is coordinated with new client/installer changes to make FAH easier to install and run, especially for those new to Folding@home.

We understand that donors don't get to see all of what's going behind the scenes, so we'll try to post these sorts of updates more frequently.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Отключение группы серверов VSP12[a-g] 21 ноября
Vijay Pande, 21.11.2012 01:59 писал(а):
Один из наших серверов (VSP12), на котором работают несколько виртуальных машин (сервера VSP12a-g), будет выключен для обслуживания 20 ноября с примерно 1:00 дня PST и до вечера. Это затронет все сервера Vsp12a,b,c,d,e,f,g с адресами 171.67.108.58, 59, 60, 141, 142, 143, 144, на которых живут GPU3 и SMP A4 проекты с номерами 8001-8067. На этом сервере базируется множество текущих FAH проектов, но участники смогут получить однотипные задания на других серверах.

src
Folding servers VSP12[a-g] will be down for maintenance
Vijay Pande, 21.11.2012 01:59 писал(а):
One of our servers (VSP12) which runs multiple virtual servers (VSP12a through g) will be take down for maintenance in the afternoon (Nov 20, around 1:00 pm) and is planned to be back up later in the evening.

All the interfaces on this machine (Vsp12a,b,c,d,e,f,g with server addresses 171.67.108.58, 59, 60, 141, 142, 143, 144) hosting projects with ID in the range 8001-8067 will be affected. This includes several GPU3 and SMP A4 (multi+uniprocessor) projects. This server hosts a large number of current FAH projects but donors would be able to get work units from other servers with similar work units.


PS в переводе на московское время работы должны были начаться 21 ноября в 0 часов


 

TSC! Russia member
Статус: В сети
Регистрация: 24.07.2004
Откуда: Yaroslavl
Фото: 51
Biker
нет желания перевести:?
http://en.fah-addict.net/news/news-0-387+fah-simulations-lead-to-a-new-treatment-strategy-for-alzheimer-s-disease.php
http://en.fah-addict.net/news/news-0-388+receptor-binding-by-the-influenza-virus.php

_________________
Бег – искусство оставаться на месте


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
В продолжение темы Отключения серверов VSP12[a-g]

Судя по логам серверов, запланированного на вчера отключения не произошло. На фолдингфоруме пишут, что сроки работ расширены до "вечера завтра". И самая свежая запись гласит, что работы уже завершены, хотя страница сервер-статусов показывает, что vsp12* все еще в дауне:

#77
src
diwakar писал(а):
The maintenance period has now been extended till tomorrow afternoon. The server is working right now but will be down sometime later. We are trying to minimize the downtime. Thanks.

diwakar » 22.11.2012, 06:15 писал(а):
We are done with the maintenance of the server. Thanks.


sco01
этим новостям уже полгода, но почему бы и да? :)


 

TSC! Russia member
Статус: В сети
Регистрация: 24.07.2004
Откуда: Yaroslavl
Фото: 51
Biker
там пиндосский формат даты - МЕСЯЦ/число/год

_________________
Бег – искусство оставаться на месте


 

TSC! Russia BOINC-manager
Статус: Не в сети
Регистрация: 19.01.2010
Откуда: Санкт-Петербург
И несмотря на это этим новостям все-равно ~полгода. Это просто новая перепечатка старых новостей(за март и апрель 2012) из блога др. Панде:
http://folding.typepad.com/news/2012/03 ... sease.html
http://folding.typepad.com/news/2012/04 ... virus.html
Но поскольку тут их еще не переводили, то не помешает. Только не сами новости (в них ничего интересного), а вот соответствующие статьи бы перевести которые они кратко описывают... Т.к. там должны быть интересные вещи - про реальную работу с вирусом гриппа и болезнью Альцгреймера и как именно расчеты F@H используются/помогают в этом.
Прежде всего про Альцгеймера т.к. это одна из главных заявленных целей проекта с его основания и у F@H лучшие шансы на этом направлении преуспеть благодаря их особенностям отличающим их от большинства других проектов(моделирование всего процесса сворачивания белков, а не только его конечного результата). Ну а по вирусу гриппа аналогичные работы уже другими проектами раньше публиковались, в т.ч. весьма успешное исследование в розетте(на основе которого уже можно начинать разрабатывать готовое универсальное лекарство), которое я уже переводил и выкладывал.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Проблемы с серверами в Нотр Даме
Как сообщил вчера вечером Badi' Abdul-Wahid на фолдингфоруме, два рабочих сервера в Нотр Даме* не принимают коннекты от раcпределяющего сервера.
Сервера имеют ip-адреса 129.74.85.15 и 129.74.85.16 и занимаются SMP проектами.
Судя по их текущему статусу, работы по восстановлению работоспособного состояния еще не завершены:
#77

* имеются в виду сервера в Университете города Нотр Дам (США, штат Индиана, ~150 км от Чикаго)

src
Notre Dame servers experiencing problems
Badi' Abdul-Wahid 28.11.2012 20:08 писал(а):
The Notre Dame work servers are having problems accepting connections from the assignment server.
We are trying to resolve the issue.

Servers affected:
fahnd03.crc.nd.edu 129.74.85.15
fahnd04.crc.nd.edu 129.74.85.16


Добавлено спустя 1 час 5 минут 51 секунду:
Новая страница статистики
Vijay Pande, 28.11.2012 21:58 писал(а):
Мы обновили наш внутренный подсчет производительности проекта. Основное изменение заключается в лучшем определении различий между ядром и процессором. Современные процессоры имеют несколько ядер. До 7 клиента, запускать несколько однопоточных клиентов по количеству ядер процессора было обычным делом. Теперь, с 7 клиентом, SMP стал гораздно более распространен, и нам нужно точнее отслеживать ядра и процессоры. Наша новая страница статистики это учитывает, а так же собирает информацию о производительности по всем направлениям, особенно от gpu.

В целом, нашей задачей было максимально оградить эту статистику от изменений, но предыдущий вариант был уже слишком стар. А новая статистика дает более точное представление о мощности проекта сегодня. Новая страница находится по адресу http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/mai ... e=osstats2


Я всё понимаю: реклама сайта и 7 клиента и т.д., но Виджей так говорит, как будто 5 лет smp в различных вариантах и небыло, а сразу после однопоточного клиента пришел 7 и принес всем счастье. imho, конечно.

Как бы то ни было, давайте посмотрим на старую и новую статистики, пока они еще работают вместе:
#77
#77


src
New server stats reporting page

We have been updating our internal accounting of stats for FLOPs for FAH. The major revamp has come from a better handling of the difference between a CPU and a core. Modern CPUs have multiple cores. Before the v7 client, it was common for donors to fold with multiple uni-processor clients, one for each core. Now, with v7 making SMP more easy to run, SMP is much more common. This means we need to keep track of CPUs and cores more explicitly. Our new serverstats page takes care of this and also updates for estimates for FLOPs across the board, but especially from GPUs.

Our goal in general is to be conservative with this reporting, but the old page was likely too conservative. The end result of the update is more accurate representation of the power of FAH today. The new page is located at: http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/mai ... e=osstats2


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Проблеме сворачивания белка 50 лет
Vijay Pande, 03.12.2012 17:00 писал(а):
Гостевой пост доктора Грэгори Боумэна, Университет Беркли

Кен Дилл, давний лидер в изучении сворачивания белков, недавно опубликовал прекрасную обзорную статью о достижениях в этой области [приготовьте 20$, если у вас нет подписки на журнал Science // Biker]. Основная идея заключается в том, что все начиналось как конкретный исследовательский вопрос, а теперь превратилось в целую научную область с множеством направлений исследований. Трудно дать более красноречивое объяснение, чем Кен, поэтому я приведу несколько цитат из его статьи.

"Проблема сворачивания белка была впервые сформулирована около полувека назад, и включала три основных вопроса:
1. Что это за физический код, по которому последовательность аминокислот определяет структуру белка?
2. Как белки сворачиваются так быстро?
3. Можно ли создать компьютерный алгоритм чтобы предсказать структуру белка по его последовательности?
Компьютерное моделирование физических сил в химически детальных моделях к настоящему моменту достигло возможности точно просчитать сворачивание небольших белков. То, что начиналось как три вопроса фундаментальной науки 50 лет назад, теперь выросло в полноценную исследовательскую область науки."

Открытия и достижения Folding@home неоднократно выделены в статье. Итак, поздравляю всех за помощь в создании этой постоянно развивающейся области.

А вот еще хорошее видео по теме для интересующихся.


src
Vijay Pande 03.12.2012 17:00 писал(а):
The Protein-Folding Problem, 50 Years On

Guest post from Dr. Gregory Bowman, UC Berkeley

Ken Dill, a long-standing leader in protein folding, just published a beautiful review article about progress in the field. The main point is that what began as a specific research question has now evolved into an entire field with numerous research directions. It’s would be difficult to provide a more eloquent explanation than Ken’s, so here are a few excerpts from the article

“The protein-folding problem was first posed about one half-century ago. The term refers to three broad questions: (i) What is the physical code by which an amino acid sequence dictates a protein’s native structure? (ii) How can proteins fold so fast? (iii) Can we devise a computer algorithm to predict protein structures from their sequences?... computer simulations of the physical forces in chemically detailed models have now achieved the accurate folding of small proteins… What began as three questions of basic science one half-century ago has now grown into the full-fledged research field of protein physical science.”

Insights and achievements from Folding@home are highlighted on a number of occasions throughout the article. So, congrats to all for helping to establish this ever-growing field.

Also, there's a nice video about this online for those who are interested


Последний раз редактировалось Biker 09.12.2012 12:08, всего редактировалось 1 раз.

 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Новые GPU проекты 8070 71 72 73 74 для бета-тестирования

5 декабря diwakar еще раз анонсировал новую серию GPU проектов для видеокарт nVidia Fermi, включающую задания 8070, 8071, 8072, 8073, 8074 (впервые они были упомянуты 27 ноября). Остается непонятным, почему разработчики делают упор на Fermi, хотя установили минимальное требуемое ядро равным 2.25, которое поддерживает и Fermi, и Kepler. Выполненные задания оцениваются в 3874 очка, рассчитанных по новой схеме оценки производительности. Желаемый срок выполнения составляет 10.43 дня при дедлайне 13.41 день.

Эти проекты просчитывают фолдинг белка "Protein G", который представляет собой большой мультидоменный белок стрептококка группы G. Это один из белков, которые могут выборочно связывать антитела, поэтому он широко используется в очистке иммуноглобулинов. Также это один из типовых белков, которые мы используем для изучения общих механизмов, лежащих в основе сворачивания белка. Например, белки Protein L (проекты 8001 и 8004) и Protein G имеют одинаковую структуру, но их механизмы сворачивания кардинально отличаются, как мы полагаем. В этих проектах мы изучаем разнообразные мутации белка G, чтобы понять его механизм сворачивания и выяснить роль, которую играет структура белка и последовательность в сворачивании.

src
New GPU projects 8070 71 72 73 74 released for beta testing
diwakar 05.12.2012, 05:15 писал(а):
These projects fold on NVIDIA Fermi GPUs. STATS: Point: 3874 ; timeout: 10.43 days; deadline:13.41 days;

These points for these projects use the new GPU benchmarking scheme. The minimum core version required for these projects is 2.25.

These project perform folding of "Protein G", which is a large multi-domain surface protein of group G Streptococcus. It is one of proteins which can selectively bind antibodies. Therefore, it is widely used in purification of antibodies. It is also a model protein used for understanding the general mechanisms underlying protein folding. For example, Protein L ( projects 8001 and 8004) and Protein G have the same structure but their folding mechanism are suspected to be very different. In these projects, we study various mutants of protein G to understand its folding mechanism and elucidate the role played by protein structure and sequence in folding.

Please let me know if there are any issues with these projects.


Последний раз редактировалось [kane]Enforce 06.12.2012 8:51, всего редактировалось 1 раз.
подправил


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Единая схема оценки производительности GPU/SMP запущена
Vijay Pande, 06.12.2012 19:09 писал(а):
Единая схема оценки производительности GPU/SMP будет развернута сегодня. Все будущие GPU проекты будут оцениваться по этой системе. Большинство существующих GPU проектов были вновь протестированы с учетом изменений в системе оценки, и мы еще переоцениваем некоторые старые проекты для чипов ATI и G80.

Унифицированный бенчмарк значительно увеличивает базовые очки всех GPU проектов. Однако, мы еще не включили Quick Return Bonus для GPU-клиентов, он будет представлен позднее, когда мы решим некоторые проблемы со своей стороны. Благодарим всех бета-тестеров за участие в тестировании унифицированной бенчмарк-схемы.


src
Vijay Pande, 06.12.2012 19:09 писал(а):
The unified GPU/SMP benchmarking scheme will be rolled out today on FAH. All the future GPU projects would now be benchmarked using the new scheme. Most of the existing GPU projects have been re-benchmarked to reflect the changes in the benchmarking scheme. We are still in the process of re-benchmarking some old projects assigned to ATI and G80 GPUs. The uniform benchmarking scheme significantly boosts the base points for all GPU projects. However, Quick Return Bonus for the GPU clients has not been introduced at this stage, but will be] introduced once we work out an issue on our side. We would like to thank all the beta testers who participated in testing the unified benchmarking scheme.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Исправлена ошибка на сервере распределения GPU заданий
Vijay Pande, 08.12.2012 18:21 писал(а):
Мы обратили внимание на сообщения фолдеров об ошибке при выдаче заданий для GPU (предназначенные только для G80 задания выдавались Fermi и Kepler). Вчера мы подготовили патч для распределяющего сервера, потестировали его один день и накатили сегодня утром, чтобы исправить эту ошибку. Обычно мы не любим такие быстрые переходы на новый код на серверах, но в этот раз было важно быстро решить проблему.
Надеемся, у нас это получилось, но еще в течение дня будем приглядывать за сервером.

src
AS patch for GPU assignments
Vijay Pande 08.12.2012 18:21 писал(а):
We've been seeing donor reports of WU assignment issues for GPUs (WU's intended only for G80 GPUs going to Fermi and Kepler). We finished an AS patch yesterday, gave it a day of testing, then rolled it out this morning to address this issue. We generally don't like to roll out new AS code this quickly, but this time it seemed important to address this issue quickly. We hope that as of 7:30am pacific time, this issue is now addressed, but we'll be keeping an eye out during the day to see.


Последний раз редактировалось Biker 09.12.2012 12:08, всего редактировалось 1 раз.

 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Новости о проблемах GPU-клиента
Vijay Pande, 09.12.2012 01:05 писал(а):
Мы работали над решением двух проблемы с GPU-клиентам FAH. Вот новости:

Первая проблема касалась работы FAH на видеокартах G80. Клиент застревал в бесконечном цикле, скачивая новое "устаревшее" ядро. Мы исправили эту ошибку, которая возникла, когда мы остановили старые проекты, использующие 11 ядро (которые G80 в основном и считали). Теперь на G80 выдаются более новые задания. Однако, завершение старых проектов и старт новых означают переход G80 на 15 ядро, которое имеет гораздо более жесткий тест памяти GPU на ошибки. И некоторые фолдеры уже сообщили, что их карты не проходят эти тесты. Мы пока разбираемся, кроется ли проблема в нашем тесте или, возможно, эти видеокарты не могут работать с последним ядром. Итак, проблема с циклом из-за устаревшего ядра, похоже, решена, но появилась другая, с которой мы еще разбираемся.

Вторая проблема была с GPU-клиентом на видеокартах ATI, который направлялся на сервера с заданиями для nVidia. Эта ошибка также еще не исправлена в настоящий момент, но мы видим, как это происходит на нашей стороне, и наша команда работает на этим. Пока могу сказать только, что мы нашли в логах причину ошибки, а это первый шаг к решению проблемы.

src
Updates on GPU issues
Vijay Pande, 09.12.2012 01:05 писал(а):
We've been working to fix two issues with GPU clients in FAH. Here's an update:

1) There was an issue with NVIDIA clients with G80 GPUs getting stuck in a core_outdated download infinite loop. This has now been resolved. This was caused when we stopped older projects which used core_11 (which the G80's were primarily running) and now the G80's are directed to more recent projects. However, with the ending of the old projects and the start of the new ones, that means G80 GPUs go to core_15, which has much more strict testing for GPU memory errors. Several donors have reported that these tests are failing with their boards. We are looking into whether this is an issue with our test or potentially that the boards are not capable of running the latest core. So, while the core_outdated loop issue appears now to be fixed, there is another unresolved issue which we are continuing to look into.

2) There was a second issue with ATI clients getting directed to servers running NV WU's. This error is also unresolved at the moment, but we have a handle on what's happening on our end and have a team working on it. I don't have any news here to report other than we can see the issue cause in our logs, which is the first step to fixing it.


Добавлено спустя 6 минут 36 секунд:
Еще новости о проблемах GPU-клиента
Vijay Pande, 09.12.2012 07:27 писал(а):
Мы запустили новую исправленную версию распределяющего сервера и думаем, что это должно решить все последние проблемы. И, конечно, будем продолжать следить за ситуацией.

src
GPU update
Vijay Pande, 09.12.2012 07:27 писал(а):
We've put a new revised AS up and we think this should fix the recent issues. We will of course continue to monitor the situation.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Встречайте нового FAH GPU программиста - Йутонг Чжао
Vijay Pande, 10.12.2012 22:00 писал(а):
В течение нескольких месяцев в нашей группе GPU разработчиков было вакантное место, и сейчас я рад объявить, что мы недавно приняли в команду отличного специалиста - Йутонг Чжао¹.

Йутонг получил степень бакалавра в математике, химии и биохимии в Универститете Торонто и степень магистра вычислительной химии в HKUST², занимаясь алгоритмами кластеризации на GPU. Ранее он работал в таких проектах как FoldIt! Сейчас он ведущий разработчик вычислительного ядра для GPU и нацелен на расширение функциональности при одновременном увеличении удобства использования. Кроме того, он играет ключевую роль и в OpenMM, где занимается разработкой параллельных алгоритмов для ускорения моделирования процессов молекулярной динамики. О некоторых его разработках можно почитать в его блоге³ http://www.proteneer.com

¹ Yutong Zhao
² Hong Kong University of Science and Technology (Университет Науки и Технологии Гонконга)
³ Блог ведет Йутонг совместно со своим коллегой Devin Trudeau (Дэвин Трудо)

src
Meet new FAH GPU programmer Yutong Zhao
Vijay Pande, 10.12.2012 22:00 писал(а):
We have had an unfilled spot in our GPU programming team for a few months and I'm happy to announce that we recently made a great new hire: Yutong Zhao.

Yutong completed his undergraduate degree in Math, Chemistry, and Biochemistry from the University of Toronto, and a Masters degree in Computational Chemistry from HKUST, focusing on GPU-powered clustering algorithms. Previously, he has also worked on projects such as FoldIt! Currently, he is the lead developer of the Folding@Home GPU core and aims to extend functionality while increasing maintainability. He also plays a key role on the OpenMM side, he works on devising parallel algorithms to speed up MD simulations. He also maintains a blog detailing some of his algorithms and problems on http://www.proteneer.com


Добавлено спустя 8 часов 55 минут 50 секунд:
В продолжение новости о Проблемах с серверами в Нотр Даме
Badi' Abdul-Wahid, 11.12.2012 03:50 писал(а):
Связь серверов со Стэнфордом сейчас восстановлена, однако, похоже, есть другая проблема.
Пока я разбираюсь с ней, сервера периодически могут быть недоступны.
Badi' Abdul-Wahid, 11.12.2012 04:04 писал(а):
Я выключил WS¹ на fahnd03, чтобы прогнать несколько тестов, но CS² на fahnd04 работает.
Badi' Abdul-Wahid, 11.12.2012 22:05 писал(а):
Проблема была в отказе жесткого диска. Я работаю над его заменой.

¹ WS - Work Server - рабочий сервер
² CS - Collection Server - сервер сбора данных


src
Badi' Abdul-Wahid, 11.12.2012 03:50 писал(а):
The servers seem to be reachable by stanford now, but there seems to be another problem.
I'm looking into it, but the servers may be down intermittently as I try to fix.
Badi' Abdul-Wahid, 11.12.2012 04:04 писал(а):
I've taken the WS down on fahnd03 to run some tests, but the CS on fahnd04 is running.
Badi' Abdul-Wahid, 11.12.2012 22:05 писал(а):
The problem was a disk failure. I'm working on getting it replaced.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Vijay Pande, 22.01.2013 03:06 писал(а):
Обновилась ссылка для загрузки 6.41 GPU-клиента
Для тех, кто все еще пользуется старым 6.41 клиентом, мы обновили ссылки для загрузки gpu-клиента 6.41 версии. Ищите их в обычном месте:

http://folding.stanford.edu/English/DownloadWinOther

Это, скорее всего, будет интересно только очень небольшому количеству фолдеров, т.к. мы настоятельно рекомендуем большинству людей использовать новый 7 клиент.

#77

src
Vijay Pande, 22.01.2013 03:06 писал(а):
Updated download for 6.41 GPU client

For those of you interested in the older 6.41 client, we've updated the download links for the 6.41 GPU client. Please find it in the normal place:

http://folding.stanford.edu/English/DownloadWinOther

This is likely only of interest to a very small community as we highly recommend most people to use the latest v7 client.

Windows XP/2003/Vista/7 GPU3 (required for Fermi) System tray client with special viewer for NVIDIA GPU's (installer msi). 6.41
Windows XP/2003/Vista/7 GPU3 (required for Fermi) no-nonsense console client. 6.41


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Vijay Pande, 01.02.2013 08:51 писал(а):
FAH VM сервер упал, но уже работает
У нас упал сервер с виртуальными машинами, что привело к неработоспосбности некоторых сервисов (таких как веб сайт и резервный AS). В течение некоторого времени был недоступен просмотр статистики, но эти проблемы не затронули работу базы данных статистики.
Наши админы уже подняли сервер, и сейчас нормальная работа восстановлена.

src
Vijay Pande, 01.02.2013 08:51 писал(а):
FAH vm server went down, now back up
We have a VM server go down which brought down a few FAH services (notably web site and backup AS), but it's back up. The stats viewing was unavailable during the outage, but the stats input to the db was unaffected.

Our sysadmins got the machine back up and all looks to be back in order.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Проблема статистики известна и расследуется
Vijay Pande, 02.02.2013 01:04 писал(а):
Мы столкнулись с проблемой взаимодействия между нашим основным веб сервером и базой данных статистики, и занимаемся ее решением. Похоже, очевидные исправления не помогли, и мы уже начинаем беспокоиться.

Сама статистика учитывается нормально, проблема лишь с ее отображением на главной странице. Возможно, нам придется ее отключить, если это затянется, но сторонние сервисы статистики при этом должны нормально работать и регулярно обновляться.

Как всегда, мы будем держать вас в курсе изменений.

src

Known stats issue under investigation

Vijay Pande, 02.02.2013 01:04 писал(а):

We're having an issue with the interaction between our web main server and stats db. We are looking into this. It looks like the obvious fixes haven't worked, so we are escalating.

The stats are being input fine, it's just with the reporting on the main web page. If this continues, we may take the main web page stats pages down, but 3rd party stats should still work and be regularly updated.

As always, we'll update you on our progress with this issue.


 

Member
Статус: Не в сети
Регистрация: 15.11.2006
Откуда: заМКАДыш
NEWS FahCore_17 in testing (NVIDIA Fermi or higher, ATI 5000 or higher)

Цитата:
Hi,
Looking for some peeps to test FahCore_17. It's currently set to internal, so I'll need to give you a config.xml and a special project-key. Hit me up on #fah on freenode IRC for all the deets.

Link: you'll need a account and sign in to see this.

скопипастил для AMDшников :oops:

_________________
i7 920/EVGA X58 SLI Classified 760/EVGA GTX 660Ti SC/EVGA GTX470(TWIN TURBO II)/EVGA 8800GTS SSC/CORSAIR DOMINATOR 3X2Gb/OCZ Fatal1ty 750w/HAF922


Последний раз редактировалось [kane]Enforce 09.02.2013 3:22, всего редактировалось 1 раз.
подправил


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Разработка новых методов
Гостевой пост доктора Грэга Боумэна, Университет Калифорнии, Беркли
Vijay Pande, 11.02.2013 18:00 писал(а):
Модели состояния Маркова¹ - это мощный метод для исследования динамики белков и других биомолекул. Команда Folding@home помогала прокладывать путь в разработке этих методов и продолжает вносить значительный вклад в их дальнейшее развитие. Например, лаборатория профессора Xuhui Huang в Университете Науки и Технологии Гонконга создала потрясающий новый метод огрубления моделей Маркова (документация доступна здесь)
Одна из основных проблем в этой области - это то, что модели Маркова высокого разрешения, способные дать количественные предсказания экспериментов, часто состоят из десятков тысяч частей. Как вы можете представить, достаточно сложно рассматривать каждую из этих частей и взаимодействия между ними, чтобы понять модель. Таким образом, будет полезно создать новую модель с десятком состояний, которые все еще захватывают большую часть поведения более сложной модели.

Новый метод из лаборатории профессора Huang'a использует математический принцип, называемый расширением Нистрема, для создания более точных огрубленных моделей. Главное преимущество этого метода - в том, что он позволяет быстро определить наиболее важные части модели и доказать, что остальные части можно безопасно проигнорировать (или объединить в более важных частях). В качестве доказательства принципа лаборатория Huang'a показала, что они могут построить гораздо более лучшие модели для нескольких небольших белков, чем было возможно с предыдущими методами.

¹ Markov state models - Модели состояний Маркова

src
New methods development
Vijay Pande, 11.02.2013 18:00 писал(а):
Guest post from Dr. Greg Bowman, University of California, Berkeley

Markov state models (MSMs) are a powerful approach for investigating the dynamics of proteins and other biomolecules. The Folding@home team has helped to pioneer the development of these methods and continues to make important contributions to their further development. For example, the Huang lab at the Hong Kong University of Science and Technology has created an exciting new method for coarse-graining Markov models (the paper is available here).
One of the major challenges in this area is that the high-resolution Markov models capable of making quantitative predictions of experiments often have tens of thousands of parts. As you can imagine, it is hard to look at each of these parts and the interactions between them to understand the model. Therefore, it is valuable to create a new model with, say, a dozen states that still captures much of the behavior of the more complex model.

The new method from the Huang lab makes use of a mathematical principle called a Nystrom expansion to build more accurate coarse-grained models. The key advantage of this approach is that one can quickly identify the most important pieces of a model and prove that the remaining pieces can safely be ignored (or merged into the more important parts). As a proof of principle, the Huang lab has shown they can build much better models for a few small proteins than is possible with previous methods.


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Новый FAH клиент, веб сайт и видео
Vijay Pande, 19.02.2013 03:36 писал(а):
Новейшая версия фолдинг-клиента 7.3 (7.3.6, если быть точнее) выложена на главной странице сайта. Новый клиент гораздо проще в установке и имеет веб интерфейс, который прост и удобен в использовании.

Кроме того, мы попытались донести наши цели и задачи более ясно. Для начала мы запустили новый сайт и сделали новый видео ролик, который поможет объяснить широкой аудитории что такое FAH.

#77

src
Vijay Pande, 19.02.2013 03:36 писал(а):
New FAH client, web site, and video

We've rolled out the latest version 7.3 client to the main web site. This new client should be much easier to install and comes with a new web interface which is simpler and easier to use.

But in addition, we've been trying to communicate our goals and mission more clearly. Our first steps there are a new web site and a new video. The video in particular is something that we're all very excited about, since it explains to a broad audience what FAH is all about.

http://www.youtube.com/watch?feature=pl ... sJx9z1uB9k


 

Куратор темы
Статус: Не в сети
Регистрация: 24.10.2002
Откуда: Петербург
Проект F@H преодолел 10 петафлоп
Vijay Pande, 27.02.2013 22:26 писал(а):
Folding@home исторически был чрезвычайно мощным вычислительным проектом и установил немало рекордов в этой сфере. Например, мы попали в Книгу рекордов Гиннеса, когда первыми достигли мощности в 1 петафлоп (10 ^ 15 операций с плавающей точкой в секунду).

Мы отслеживаем вычислительную мощность проекта на нашей странице статистики и недавно обнаружили расхождения в ее учете. В частности, мы исследовали главную проблему - статистика по OSX показывала полное отсутствие машин с OSX. Несколько месяцев назад Christian Schwantes, член команды Folding@Home, переписал скрипты нашей главной стат-страницы и исправил очень старую ошибку в учете статистики. Эту ошибку обошли в странице osstats2, теперь этот обходной путь перестал работать, и osstats2 наконец заработала правильно.

После проверки базы данных с сырыми данными от рабочих серверов (эта проверка важна, чтобы узнать правильный ответ, хотя и требует трудоемкий ручной процесс разбора логов с рабочих серверов) результат теперь правильный. Еще мы улучшили отслеживание для Fermi и более свежих видеокарт nVidia. Их производительность была занижена, и уже одно это давало большую разницу в итоговом отчете.

В результате всего этого мы больше не занижаем нашу статистику, и подсчитанная мощность значительно выросла, примерно до 12 петафлопов. Таким образом, проект Folding@home преодолел порог в 10 петафлоп вычислительной мощности, цифра сама по себе тоже очень впечатляющая.

Больше информации можно получить из нашего FLOPS FAQ, который будет полезен для обсуждения этой темы, оказавшейся на удивление непростой.


src
Vijay Pande, 27.02.2013 22:26 писал(а):
Past the 10 Petaflop scale
Folding@home has historically been an extremely powerful computing resource, hitting many major computing milestones. For example, we were awarded a Guinness World Record for being the first to reach a petaflop (10^15 floating point operations per second).

We keep track of the power of Folding@home on our osstats page. Recently, we found an issue with our reporting. In particular, we were investigating a major under-reporting (OSX stats reported that there were no OSX machines at all). A few months ago, Christian Schwantes (FAH Team member) rewrote our main stats scripts and he fixed a very old bug in the stats reporting. That bug had a workaround in the osstats2 page, so now the workaround was failing and that led to finally getting osstats2 working.

After checking the db with the raw files from the work servers (it's an important check that we can know what the right answer is from this more laborious manual process of going through the WS logs), this result is now correct, fixing the previous under-reporting. We also now are keeping better track of the Fermi (and later) class of NV GPUs. We were under-reporting their FLOP count and that alone was what make a huge difference in the FLOPs reported.

The upshot of all of this is that we now are no longer under-reporting our stats and the reported FLOPs has gone up significantly, to about 12 PFLOPs. This puts Folding@home past the 10 PetaFLOP scale, which is itself a very significant amount of computer power.

For more information, please see our FLOPS FAQ, whichis useful in discussing this topic, which is surprisingly complicated.


Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Новая тема / Эта тема закрыта, вы не можете редактировать и оставлять сообщения в ней. Закрыто  Сообщений: 263 • Страница 9 из 14<  1 ... 6  7  8  9  10  11  12 ... 14  >

Часовой пояс: UTC + 3 часа


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: sco01 и гости: 4


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Перейти:  





Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB | Kolobok smiles © Aiwan


Яндекс.Метрика