Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

killer2636
Скорее всего из-за того, что оба приложения(GPU клиент и чисто CPU клиент Розетты) работают на одном ядре и оба с самым маленьким(фоновым) приоритетом - они начинают друг с другом конкурировать за ресурсы CPU и в результате та часть GPU клиента, что работает на CPU не всегда успевает во время подготовить данные необходимые для GPU и эффективность его работы снижается.
В E@H совсем недавно с таким же столкнулись - решилось увеличением приоритета для процесса в котором идет подготовка данных для GPU. Поскольку для него нужно только 1 ядро и грузит он его слабо (а остальные "CPU only" процессы остаются с наименьшим возможным приоритетом) на работе пользовательского софта это не сказывается.
Так что нужно разработчикам этого клиента эту мыслю подкинуть (если еще этого кто-нибудь уже не сделал), чтобы в следующей версии они начальный(стартовый) приоритет подняли. Можно конечно и самому в диспетчере задач высокий приоритет выставить - но он будет сбрасываться после каждого перезапуска приложения.

Добавлено спустя 38 минут 26 секунд:
Обновления по проекту.
Девид Бейкер новую заметку в своем журнале("блоге") опубликовал. Не особо интересно, но перескажу все-таки
1. Техническая часть
Извинился перед всеми участниками за последний крупный сбой и последовавший за ним бардак.
Пообещал в ближайшем времени обновить парк серверного железа (что вообще-то и так планировалось, но немного не дотянули), чтобы вероятность таких крупных падений снизить.
Поблагодарил за то, что несмотря на крупный сбой, практически все участники остаются с проектом (и действительно скорость счета уже практически полностью восстановилась до декабрьского уровня ~ 110 TFLOPS)
2. Научная часть
Еще из области последних достижений Розетты - в продолжение того большого материала (по исследованию ста с чем-то белков) где выяснилось, что расчеты Розетты уже зачастую дают модели по точности сравнимые с полученными на основе экспериментальных данных (кристаллографией) и сравнение с ними как с идеальным эталоном уже не всегда правильно. И вот за последние полгода благодаря рассчетам на Розетте удалось определить структуру 15 белков, на которых "застряли" (не смогли определить) практические исседования кристалографией.
Тут надо примечание вписать, выше я писал о кристаллографии очень упрощенно как "снимках" белков застывших в кристаллах. На самом деле не все так просто (я собственно и сам не до конца понимаю как она реально проводится):
- обычный свет использовать нельзя, т.к. его длина волны слишком большая(намного больше исследуемых элементов) для работы с атомными структурами, в результате используют жесткое(коротковолновое) рентген-излучение, а его физика существенно отличается - например оптику применять нельзя и т.д.
- вместо "обычного" снимка (как например медицинский рентген-снимок) получают не непосредственное изображение, а дифракционную картину сформированную из-за дифракции лучей взаимодейстсвующих с атомами белка через которые они проходят
- изображение получается плоское (2D), а нужна 3D структура белка - для этого делается куча снимков в разных проекциях
Т.е. на выходе из чисто экспериментальных данных - это набор плоских дифракционных картинок, по которым нужно восстановить(уже расчетно-математическими методами) структура белка. И это не всегда получается.
Ну из новостей собственно что с использованием данных полученных в R@H по 15 таким белкам структуру определить все-таки удалось, где имеющиеся данные кристалографии использовались как "критерий" правильности (по имеющейся "предполагаемой" модели сказать какую дифракционную картинку она должна давать и проверить ее на соотвествие эксперименальным данным, намного проще чем наоборот). Такой метод, где теоретические расчеты и экспериментальные измерения как бы идут навстречу друг-другу (и получаемый результат получается точнее и быстрее) показался перспективным мнигом ученым, сейчас готовится к публикации статья (предплоложительно в "Nature") где этот метод будет подробно описываться.

Ну, примерно, так:
http://bio.1september.ru/articles/2009/04/01


И очень не дёшево.
Я так особо и не понял в чём "соль". РСА и ЯМР и раньше применялись, компутеры тоже. Видимо истина где-то в алгоритмах расчёта той самой "правильной" структуры белка, повышении точности. Но всё-равно пока фолдинг - это больше искусство и везение, чем научное конструирование (с). Вот "протеом человека" посчитаем, базы данных белковых структур разрастутся, вот тогда видно будет. Лет через писят.

Подскажите пожалуйста как отредактировать вкладку - Your personal background
Она показывается только при просмотре своего профиля, но в настройках я не нашёл как можно отредактировать этот раздел

Salmonella
Спасибо. Букав конечно много, но довольно доходчиво расписано.

"Соль" нового подхода в совмещении компьютерного моделирования("с нуля") и ренгеноструктурного анализа белков. Не по отдельности с последующим сравнением получившихся результатов(3D моделей белков) между собой, а именно совместная работа "навстречу" друг другу.
Так же разницу можно выразить как решение прямой и обратной задачи.
В РСА решается обратная задача - по дифракционной картине определяются карты электронной плотности(как должна быть распределена электронная плотность атомных оболочек, чтобы на выходе получалась такая картина дифракции рентген-лучей), по этой плотности пытаются определить структуру белка (координаты атомов его составляющих). И обратную задачу решать достаточно сложно т.к. эксперимент дает только часть необходимой информации.
С использованием же R@H решается прямая задача - берется структура белка расчитанная благодаря РВ (не одна а допустим десяток-другой моделей с минимальной энергией, но несколько отличающих по структуре), по известной(смоделированной) структуре, строится карта электронной плотности(элементарная и полностью автоматизированная задача), по ней моделуются результаты дифракции лучей (как бы виртуальная ренгенография проводится) и ее результаты сравниваются с теми что были получены в реальном эксперименте на реальном белке. Та виртуальная структура из смоделированных розетой которая дала дифракционную картинку ближе всего к экспериментальной и принимается как правильная. Либо структура отдается команде проводящей РСА как базовый (черновой) вариант для дальнейшей шлифовки, значительно экономя им время или вообще выводя из тупика.

Кому ближе математика - аналогия с уравнениями. В РСА получается НЕ искомый результат (структура), а только некий набор ограничивающих ее условий. Математически аналог - система уравнений, которые можно попытаться решить и найти искомые неизвестные. Например:
x+y+z=15
x*y*z=125
Это то что мы получили из эксперимента.
А задача стоит: найти чему равны x,y,z?
Проблема в том, что систему уравнений можно решить, только если достаточно условий. Если условий недостаточно, то аналитически ее решить невозможно - как в приведенном примере (и в обычном РСА получаемых условий тоже как раз недостаточно - он не дает данных по фазе). В данном простом примере значения неизвестных можно конечно угадать ("подогнать"), но в реальных условиях неизвестных порядка от тысяч до сотен тысяч (координаты всех атомов белка) и подгон крайне затруднителен - во 2й части приведенной статьи и описано как ученые и занимаются: либо получением дополнительной информации другими методами или вообще фактически "подгоном".
А тут приходит ученый из R@H и говорит - у меня есть 2 хороших варианта решения этого уравнения, попробуй их! допустим 1-й (x=4, y=5, z=6), 2й (x=5, y=5, z=5)
Все что в этом случае требуется - подставить значения в уравнения и посмотреть что получится:
1й
4+5+6=15 (верно)
4*5*6=120 (не верно, или с учетом того, что в экперименте тоже погрешность может быть, то по крайней мере очень неточно)
2й
5+5+5=15 (верно)
5*5*5=125 (верно)
Значит стуктура где x=y=z=5 правильная.
Это и есть прямая задача и решаться она может просто - полностью автоматизированно и не особо ресурсоемко. (к примеру кто в FoldIt "играл" знает - карту электронных плотностей по заданной атомной струкруре среднего белка построить - вопрос всего нескольких секунд расчета для обычного компа).
Это в отличии от обратной задачи которую нужно решать в РСА - там для ее решения нужны либо дополнительные эксперименты другого вида (чтобы получить недостающую информацию) и/или больше количество "ручного"(интелектуального) труда ученых и множества машинных расчетов для "подгона" - судя по статье это может занимать месяцы, иногда до года, а в некоторых особо сложных случаях нормального результата вообще не получается (вот 15 таких "запущенных" белков как раз и спасла "подсказка" из R@H).

Mad'Max Большое спасибо за свежие и интересные новости. С удовольствием читаю и получаю дополнительную мотивацию.

Самое главное чтобы у Мейо и Бейкера ЧСВ не превысило разумные значения от этого.
А страница с публикациями только у меня не работает? Там пишет что-то про середину октября прошлого года. Кстати, по поводу публикаций. Хотел у MeilerLab, проект Biochemical Library (который либо загнулся, либо к розетте перебежал? А так хотелось поработать на DARPA. Видимо они до них добрались. ) посмотреть последний файлик что-то типа "Чем розетта может помочь человекам", но он был выпилен с сервера. А сейчас и сам MeilerLab - 404. Не шутите с военными.

Да, тоже не работает. Правда это не сайт розетты, там все публикации на каком-то стороннем сайте были размещены, а у розетты только ссылки. Вот этот сайт и не пашет уже давно.
Более свежие публикации только на форуме (в частности в журнале Бейкера) попадаются...

шо за хрень блин:
CPU time (sec): 15,612.26
Validate state: Valid
Claimed credit: 106.20
Granted credit: 0.36
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/worku ... =366484695
обокрали!

блин, розетта опять рухнула чтоли...

perest да работает вроде все

а у меня вчера ночью не работало, только утром всё отправилось

ну задержки с автоматической отправкой бывают иногда......вручную вроде все сразу отправляется......поставь кэш заданий чуть побольше, что бы не простаивала машина если задания кончились......у меня на i7 стоит на три дня......задания "стухнуть" не успевают.....

да не, вручную тоже не отправлялись, полез на страницу статистики, мне там написали - ошибка дадабазы
заданий тоже накачано на 2 дня, уже научен с прошлых разОв

Здравствуйте.
Установил на Debian сервер (Debian Lenny) boinc-client, вроде бы все настроил для работы с Rosetta, но согласно htop'у процессор загружается на 100% очень редко, хотя задания скачиваются и вроде бы даже выполняются, но с какой-то периодичностью - процессор практически все время не загружен.
Подскажите, это нормально, или как-то лечится?

nagim
Установка для боинка "использовать и во время работы" стоит?

Блин долбанный феникх6, стоял и считал. Неделю его не трогал и сегодня он скотобаза поубивал все задания, но ПОЭМ без проблем получил и начал считать... Начинаю тихо ненавидеть АМД!

Overclockers.com вторые сутки подряд набивает больше нас. Как бы они не сместили нас на второе место по скорости в проекте.

наверняка проводят в очередной раз аналогичные "обезьяньи бега"

...на следующий день прихожу, а эта зараза спокойно щелкает розетку, даже без перезагрузки ХЗ, что за аномалия... Даже перезагрузки не было...
Ну в общем БОИНК зачете у нас ресурсов вообще нету... Поэтому они то тут то там, посчитывают, а мы каждый раз на измене...

Чо то я так почитал тут на форуме...для розеты гпу чо некатит? или пользы от него мало?