Речь только о 4-Pin вентиляторе CPU. Плата может остановить его обесточив. Тогда на второй ноге вместо 12V будет 0V. Это так сказать надежный способ остановки. Либо подаст нулевой PWM сигнал на четвертую ногу, что соответствует минимальным оборотам вентилятора. При этом он может даже остановиться, но это зависит от модели вентилятора, т.е. будет происходить далеко не со всеми моделями. Напряжение со второй ноги не будет снято.

Это я так пытаюсь выяснить, действительно ли в плате что-то поменялось. Моя обесточивать вентилятор CPU не умела.

Фазы на этой плате динамически включаются (выключаются) по мере необходимость. Из-за этого и температура у них разная.