На материнке распаяны разные слоты и разъёмы (то есть "гнёзда", в которые можно вставить соответствующее устройство либо провод, он же шлейф, он же кабель, которым устройство подключается). Эти слоты и разъёмы находятся как на самой плате так и на задней панели. Среди них есть, например, SATA, USB, LAN, PCI-E, PCI (есть не у всех), видеовыходы, на некоторых есть ещё разъём(ы) e-SATA, разъёмы для антенн Wi-Fi, встречаются даже COM, LPT и т. п.

Среди всего перечисленного на плате есть слоты с интерфейсом PCI-E 3.0. Вставляемые в них устройства обмениваются данными непосредственно с процессором минуя чипсет. Процессоры поколения LGA1150 могут обмениваться данными с этими слотами по 16 линиям. Чипсеты H и B вносят ограничение: по 16 линиям процессор может обмениваться данными только с одним слотом PCI-E 3.0. Чипсеты Z позволяют расширить количество слотов PCI-E 3.0 до трёх. Но поскольку линий у процессора только 16, то в случае установки двух устройств в слоты PCI-E 3.0 (обычно это видеокарты) каждое из них будет обмениваться данными с процессором уже по восьми линиям. А если устройств будет три, то на первое процессор выделит 8 линий, а на второе и третье только по 4 линии.

Обычно верхний слот PCI-E 3.0 физически подключен к процессору по 16 линиям, второй сверху (именно второй сверху PCI-E 3.0 а не второй сверху по счёту на материнке) физически подключен по 8 линиям, а третий (он же первый снизу, есть не на всех материнках) только по четырём. Как правило, второй и третий слоты имеют длину такую же как и первый, хотя они могли бы быть в 2 и 4 раза короче соответственно. Но их длина как у первого сохранена из соображений физической поддержки видеокарт в этих слотах, то есть часть 2-го и 3-го слота PCI-E 3.0 это только подставка-держатель не имеющая электронных контактов с материнкой. Если устройство поддерживающее передачу данных по 16 линиям (например видеокарту) вставить во второй или третий слот PCI-E, то обмениваться с процессором оно будет не по 16 линиям а по 8 или 4 соответственно, остальные линии не будут задействованы. Возможно что существуют материнки платформы LGA1150, у которых все слоты PCI-E 3.0 физически подключены к процессору по 16 линиям, и также напаяна микросхема-коммутатор, которой можно указать из биоса, какой слот PCI-E 3.0 по скольким линиям (числом кратным 4) из 16-ти подключить к процессору; но мне такие неизвестны.

Если же в слот PCI-E 3.0 (любой) вставить устройство, которому для обмена данными нужно меньшее количество линий (например звуковую карту, ТВ-тюнер, плату Wi-Fi, плату захвата видео, плату с дополнительными SATA или USB, SSD PCI-E и т. п.) то остальные линии в этом слоте тоже не будут задействованы. Если в первом слоте PCI-E будет видеокарта, а во втором или в третьем будет одно из перечисленных устройств, то видеокарта будет обмениваться данными с процессором всё равно только по восьми линиям, не больше, даже несмотря на то, что многим из этих устройств достаточно только одной линии, иногда двух или четырёх (среди таких есть SSD PCI-E); то есть при комбинации видеокарты в слоте PCI-E 3.0 x16 и звуковой карты в слоте PCI-E 3.0 x8 - в слоте x8 семь линий просто не будут задействованы, а в слоте x16 будут работать только 8 линий, но не 15 как можно было бы предполагать.

Существуют материнки (как правило топового класса), у которых распаяна микросхема PLX PEX8747. Она может разветвить 16 процессорных линий в большее количество (может быть 24, 32 или 48 в зависимости от количества установленных видеокарт, на разных материнках по-разному), то есть, по сути, выполняет роль хаба (по аналогии с устройством из области электрики с названием "тройник", который позволяет в одну розетку включить три вилки). Распределение линий PCI-E 3.0 по слотам нужно смотреть в спецификации конкретной материнки. Но поскольку хаб в любом случае является "бутылочным горлышком" (принцип его работы: данные с большого количества линий от видеокарт, большего чем 16, "впихнуть" в 16 линий процессора), то обычно он задействуется только при подключении трёх или четырёх видеокарт, а при двух видеокартах он линии не разветвляет и оставляет их по 8 на каждую. Хотя я знал модели материнок платформы 1155, у которых PLX PEX8747 активировалась также и для выделения 16 линий на каждую из двух видеокарт (т. е. в этом случае предоставляла 32 линии), но есть ли такие на LGA1150, я не интересовался; повторюсь, распределение линий по слотам в зависимости от количества подключенных видеокарт нужно смотреть в спецификации конкретной материнки.

Чипсет. Его можно использовать в качестве "посредника" для передачи данных между слотами PCI-E и процессором (для связи чипсета с процессором у них есть собственный интерфейс DMI). Особенно полезен он будет для устройств PCI-E, которым нет нужды в более чем одной линии (реже двух, максимум четырёх) и в большой скорости передачи данных как у третьей версии этого интерфейса, а достаточно второй. Речь о таких устройствах как звуковая карта, SSD PCI-E и т. п., я их перечислял чуть выше. Слоты PCI-E 2.0 на материнке обычно рассчитаны на передачу данных только по одной линии и имеют соответствующую длину, т. е. они короткие. Исключением может быть слот, который может предоставить вставляемому в него устройству до четырёх линий, обычно он самый нижний на материнке. Его длина может быть как соответствующая только четырём линиям так и всем шестнадцати, но в последнем случае физически подключены только 4 линии. И вот тут важный момент: смотрите в спецификации материнки, к чему подключен такой слот: к процессору или к чипсету. Проще это определить по версии PCI-E, которую этот слот поддерживает: если 3.0, то это тот слот, при задействовании которого 16 процессорных линий будут разделены по слотам по схеме 8 + 4 + 4; если 2.0, то это слот взаимодействующий с чипсетом.

Линии PCI-E 2.0 это лишь часть портов ввода-вывода чипсета. Кроме них чипсет также поддерживает линии SATA и USB. Принято считать, что чипсеты девятой серии (Z97 и H97) поддерживают 6 линий SATA, 14 линий USB (B85 - 12 линий USB) и 8 линий PCI-E 2.0. Но если интересуют подробности: Слоты и разъёмы также называют портами, что в принципе верно.

Возможность переключения портов используется для интерфейсов M.2 и SATA-E (что в принципе одно и то же, только первый это слот для непосредственно вставляемого устройства, второй это разъём для подключения в него устройства такого же типа кабелем, оно же проводом, оно же шлейфом). Сам по себе интерфейс M.2 | SATA-E ничего нового не представляет, он лишь предоставляет возможность подключения в один и тот же слот | разъём устройств, которые для обмена данными с чипсетом могут использовать либо интерфейс SATA либо интерфейс PCI-E 2.0, т. е. сделали одинаковый слот и разъём для разных интерфейсов. Это следует иметь ввиду при выборе накопителя SSD с интерфейсом M.2, прочитайте хотя бы вступление и заключение статьи о "Недо-M.2".

Линии PCI-E 2.0 используются не только для слотов. Например, если на материнке есть 10 разъёмов SATA, то 6 из них поддерживает чипсет, а для поддержки ещё четырёх должны быть напаяны две микросхемы-контроллера этих разъёмов (по одному контроллеру на два разъёма), которые предоставляют возможность обмена данными между чипсетом и этими дополнительными разъёмами. И эти данные передаются также по интерфейсу PCI-E 2.0. Для двух разъёмов SATA выделяется одна линия PCI-E 2.0, т. е. дополнительный контролер двух разъёмов SATA для связи с чипсетом использует одну линию PCI-E 2.0. Аналогично с дополнительными контроллерами USB: 1 контроллер = 1 линия PCI-E 2.0 на 2 доп. разъёма. Также сетевой разъём на задней панели: для обмена данными он тоже использует одну линию PCI-E 2.0 (т. е. если материнка с двумя сетевыми разъёмами, то линий будет использовано две). Также если на материнке имеется слот (или слоты) PCI, то для него (них) тоже нужен дополнительный контроллер, т. к. интерфейс PCI не поддерживается чипсетами платформы LGA1150; один доп. контроллер поддерживает передачу данных по одной линии PCI-E 2.0 между чипсетом и максимум тремя слотами PCI. Также на материнках возможно наличие других устройств, которые не поддерживаются чипсетом. Например наличие Wi-Fi - контроллер этого беспроводного соединения для обмена данными с чипсетом также использует одну линию PCI-E 2.0.

К слову, пропускная способность интерфейса SATA 3 через дополнительные разъёмы SATA 3, которые подключены к чипсету через доп. контроллер и далее по интерфейсу PCI-E 2.0, заметно ниже чем у разъёмов SATA, которые подключены к чипсету напрямую; она едва выше чем пропускная способность интерфейса SATA 2. То есть при подключении в эти разъёмы накопителя SSD максимальная скорость его передачи данных может быть ограничена этой пропускной способностью. Она снижается по причине высоких задержек интерфейса PCI-E (по аналогии с оперативной памятью: чем выше частота тем сложнее минимизировать задержки, они же тайминги) и также возможно (я не уверен) что преобразование данных контроллером с интерфейса SATA 3 на интерфейс PCI-E 2.0 и наоборот также занимает время, т. е. работа этого доп. контроллера также снижает его пропускную способность.

Здесь предположительно, т. к. я давно не интересовался этим вопросом, и в достоверности этой информации не уверен, поэтому просьба к более компетентным специалистам поправить меня, если я ошибаюсь:
разъёмы аудио, COM и LPT (последние два - при наличии их на материнке) для обмена данными с чипсетом линии PCI-E не используют, у них свой собственный интерфейс.

Наличие на материнке слишком большого количества слотов, разъёмов и дополнительных контроллеров может привести к тому, что на поддержку такого количества просто не хватит возможностей чипсета. Как поступают в этом случае разработчики материнок:

Вариант первый, встречается на большинстве материнок: устанавливается коммутатор, который позволяет отключить некоторые слоты, разъёмы и доп. контроллеры, оставить включенными лишь то количество из них, которое поддерживается чипсетом. Это касается непосредственно слота M.2 и разъёма SATA-E: внимательно читайте описание конкретных материнок на оф. сайтах, какие линии PCI-E (точнее, какие слоты и доп. контроллеры подключенные по этим линиям) отключаются при переключении SATA-E и|или M.2 с интерфейса SATA на интерфейс PCI-E 2.0 и также какие разъёмы SATA отключаются при переключении SATA-E и|или M.2 с интерфейса PCI-E 2.0 на интерфейс SATA. Также, например, если на материнке есть подключенный по четырём линиям слот PCI-E 2.0 (обычно располагается в самом низу и имеет длину как слот рассчитанный на подключение по всем 16-ти линиям, реже длиной только в 4 линии; в обоих случаях с материнкой он контактирует только четырьмя линиями), то для выделения на него 4-х линий чипсета придётся отключить от чипсета какие-то другие линии, иначе этот слот предоставит вставленному в него устройству только одну линию PCI-E 2.0 (возможно две, зависит от возможностей управления коммутатором, т. е. переключения линий, из биоса) для обмена данными с чипсетом. Возможности материнки по переключению линий смотрите в спецификации конкретных моделей на оф. сайтах, там обычно указывается, что с чем разделяет линии, т. е. из чего придётся выбирать что-то одно для подключения его к чипсетной линии PCI-E 2.0.

Вариант второй, встречается обычно на материнках топового класса, а именно установка хаба, позволяющего "протолкнуть" по одной линии PCI-E 2.0 данные из нескольких таких линий общим количеством до семи. Например: Точно так же, смотрите в описании конкретных материнок на оф. сайтах (а вообще лучше ищите в обзорах, т. к. именно эту информацию производители указывают не всегда), какие слоты | разъёмы | доп. контроллеры подсоединены к чипсету через хаб (т. е. как три вилки в одну розетку через тройник). Поскольку хаб является по сути "бутылочным горлышком", то если через него подлючены доп. контроллеры SATA 3 и|или USB 3 (да и вообще любые другие, в т. ч и однолинейние слоты PCI-E 2.0), то скорость передачи данных по ним может заметно упасть если данные передаются через хаб по нескольким линиям одновременно.