Представленные материнские платы:

ASUS


ASROCK


MSI


GIGABYTE


EVGA

Вроде как математически все сходится 16+16+4+4=40 линий, нет?
Я бы поставил так: красный - видео, синий-ssd pci-e, зеленый - ssd M.2, вроде логично...

Joker2010 да так и стоит)) но только по схеме если во второй Х16 вставлена карта и М.2, то слот М.2 забирает линии со второго PCI-E Х16, ночью посмотрел схему и расстроился (( придется продавать походу M.2 на 960GB (((

Добавлено спустя 2 минуты:
Conel_Hitman я пробовал Sata отключать, не помогло((

Вот по этой схеме, да и по описаниям, M.2 забирает с последнего разъема https://www.overclockers.ru/lab/63571/O ... X99.html#7
Просто я ставил 2 карты и М.2, а в разъеме, который у меня отмечен синей стрелкой, стоял PCIe TV Tuner
Все работало как и положено - обе карты в х16 и диск в х4. Ну нету у меня второго М.2 проверить )))

А по Strix не подскажете, у меня две видяхи, звучка Pce-E, SSD M.2 и Sata ssd один. Куда цеплять, чтобы 2x16 было на видяхах? Спасибо!

Reveal809 так у меня тоже подобная ситуация, только вместо звучки PCI-E SSD, там весь прикол в том, что при подключении M.2, он берет линии с полноценного х16 слота, поэтому 2 карты и m.2 дают х8 на второй карте, я думаю можно решить попробоват вот как проблему, 1 слот карта, затем слот x4 туда переходник PCI-E под M.2, затем карта, и в самый низ звучка, думаю тогда все будет как нужно)

Вот эта звучка вторую карту и приделает в x8, у меня на Black Ediшн такая же проблема, из-за Ек терминала между картами звучка в PCI-E 2.0 не влазит. И я временно пока Strix компануется, запихнул звук в 4 слот Pci-e 3.0. Итого карта одна х16 вторая х8. Хотя в производительности разницы я не увидел совсем
Схема Strix x99


Добавлено спустя 8 минут 17 секунд:
Судя по схеме, первый и третий - ставим видяхи
M.2 при подключении не должен выжирать линии у видях.
А в разьём PCI-E 2.0 ставим либо звучку, либо SSD через переходник. Должно получиться, вроде как
ps Но, если слот PCI Express 2.0 x4 используется в режиме x4, то порты USB 3.1 и слот PCI Express 2.0 x1 будут недоступны.
Если устанавливается процессор Haswell-E (Core i7-5960X, Core i7-5930K) или Broadwell-E (Core i7-6850K, Core i7-6900K, Core i7-6950X) с 40 линиями PCIe 3.0, то режимы работы слотов следующие: при использовании только первого слота он работает в режиме x16, при использовании первого и третьего слотов они работают в режиме x16/x16, а при использовании первого, третьего и четвертого слотов, они работают в режиме x8/x16/x8.


Так что получается в четвертый слот вообще лучше ни чего не пихать, т.к он третий слот в х8 приберёт
АРАБИДЖО

Reveal809, я на asus x99-a II столкнулся с такой вещью, что 3х1070 работали в 8/16/8. Обидно немного, на схему внимания как-то не обратил, две-то как 16/16 работают) А по факту вышло, что 8 линий PCI-e болтаются, когда они так нужны(

Reveal809 ну у меня особо нет вариантов, у меня куда не подключи, если М.2 ставить, все рано одна карта в х8

Тоже пока не готов утверждать, что так же у меня не будет.
Разживусь вот ssd m.2 скоро, скажу че да как

Reveal809 вот кстати на днях проверю, поставлю в нижний слот звучку, посмотрю что с линиями будет, может прокатит и я туда поставлю м.2 через переходник )))

Похожая проблема на Asus X99-S.
Иногда при запуске не видит клавиатуру, иногда сеть - помогает рестарт. Иногда отваливается внешний HDD, регулярно отваливается внешний оптический привод и автомобильный видеорегистратор. Стал периодически зависать комп, при этом все уже по дефолту и недавно переустанавливал биос, систему, поставил все последние драйвера и обновления...Печаль в общем.

добавлю; у меня ничего не стоит кроме видюхи(1-й слот) и звуковухи(последний), все "набортные" девайсы кроме одной сетевухи вырублены - но если переставить звуковуху в слот выше последнего - видюха работает в х8 и никак иначе. вот и сиди и чеши репу после этого, млин..(( на новом биосе для мамки не пробовал(вышел 1401 недавно), но вообще вызывает недоумение - сие явно недосмотр от а*усов.
--------
каюсь, был не совсем прав:

но всё равно нечестно - звуковуха х1 отнимает целый слот/15 линий? чушь какая-то...

Потому что при схеме в sli у них первый слот - 8х, второй - 16х, третий - 8х
Звуковушка у вас зато в 16х

О, а клавиатура случайно не от SteelSeries?

Logitech G710+

и откуда подобная "осведомлённость"? во первых при схеме sli первый слот всегда х16, и к этому всему я написал что у меня нет ничего кроме видюхи и звуковухи, о какой sli идёт речь? во вторых, даже при 28-линейном камне, предпоследний слот(№4, как впрочем и последний 5-й) при данном раскладе(схеме) вообще не должен иметь/не имеет разделения с какими либо портами на данной материнке(см.мануал оной).

Такое ощущение что то выбивает USB порты, я бы попробовал все отключить и каждые сутки добавлять по одному устройству, пока не найдется виновник.