возможно связано со скоростью конро (ну уж точно не алгоритмом...)

Ну ты нашел способ производительность дисковой подсистемы протестировать... Возьми Эверест Ultimate - он тебе покажет минимальную разницу. А загрузка тяжелых приложений во многом зависит и от скорости проца, они же не только тупо в оперативку сливаются. Проц тоже участвует в этом, посмотри на его загрузку в момент запуска приложения.