Вирусов новых пишется 400 штук в день. В антивирус новый вирус попадет ТОЛЬКО после того, как его обнаружат ЛЮДИ. Сами, своими руками, ногами, глазами, мозгом и сопутствующими частями тела. Мало того, что его надо обнаружить, так еще и антивирусописателям сообщить. Подозреваю, самая большая часть штата антивирусописателя занимается как раз этим самым, поиском свежачка. В процессе этом автоматизировать можно много чего, но не все. Сколько реально функционирует на данный момент вирусов - тебе не скажет никто. Никто из людей этого просто не знает и не узнает. Знают масштабы, но не более.
Единственная 100% гарантия получить "чистый" софт - написать его самому на листе бумаге. Все, начиная с операционной системы. Или просмотреть исходный код...