Ещё до начала запуска проект московского электробуса подвергался критике экспертов и пассажиров. С пуском движения претензии к электробусам никуда не исчезли. Основные из них следующие:

Высокая стоимость (цена одного электробуса составляет от 30 до 56 млн рублей, что в 3-4 раза дороже троллейбуса)[87][20].
Потери времени на зарядках. Электробус должен проводить от 8 до 20 минут на конечной станции[88] для восстановления батареи — время, в которое он мог бы перевозить пассажиров. В итоге для обеспечения аналогичного выпуска требуется больше машин и водителей, чем у троллейбуса и автобуса[89].
Вспомогательный дизельный подогреватель системы отопления. Специалисты ГУП «Мосгортранс» заявляют, что подогреватель используется только при температурах ниже 5 °С[90].
Привязка к зарядным станциям и невозможность изменить конечные точки маршрута. Представители Департамента транспорта Москвы отмечали, что переход на электробус удобен тем, что он не привязан к контактной сети, что даёт возможность менять маршруты и пускать их по тем улицам, где нет проводов. Однако привязанность к зарядным станциям лишает возможности оперативного продления маршрута на несколько остановок (требуется перенос зарядной инфраструктуры) или сокращения маршрута в случае каких-либо дорожных работ[91][92].
Недолговечность батарей, а также отсутствие действующей технологии их утилизации[93][94].
Восприимчивость к низким температурам. В случае сильных холодов наблюдаются массовые невыходы электробусов на линию[95].
Определённые серьёзные нарекания вызывают также соответствие такого вида транспорта действующим требованиям пожарной безопасности, так как электробус использует в качестве тяги электрохимические элементы, которые размещаются вдоль основной части крыши и занимают до половины свободного пространства. До настоящего времени в мире не зафикисировано ни одного случая ДТП со смертельным исходом у пассажиров такого вида транспорта, но случались аналогичные им с их легковыми аналогами (см. также Tesla). Одна из первых аварий с участием электробуса в Москве произошла в июле 2019 года на проспекте Будённого, в результате которой от столкновения с легковым авто и маршрутным трамваем пострадало 12 человек[96]. Отмечается, что всякое ударное воздействие на аккумуляторы, как правило, в дальнейшем негативно отражается на их остаточном сроке службы, а потенциальное использование предельно изношенных или повреждённых аккумуляторных ячеек может нести в себе фатальные риски их разгерметизации с последующей детонацией всех элементов на крыше.

Сторонники сохранения московского троллейбуса считают, что внедрение электробусов имеет одну цель — прикрыть ликвидацию троллейбуса[97]. В пользу этой версии говорит тот факт, что большинство действующих маршрутов электробуса (12 из 21) в прошлом было именно троллейбусными[98], а также и то, что всерьёз про проект заговорили только после возмущений общественности по поводу замены троллейбусных маршрутов автобусными[99].

Эксперты также полагают, что перевод на электробусы именно троллейбусов нецелесообразен как с технической, так и с экономической точки зрения, а выбор типа зарядки не оптимален для Москвы[100]. Расчёты специалистов неоднократно показывали, что использование электробусов на маршрутах с имеющейся контактной сетью невыгодно и неэффективно[101]. Последующая предполагаемая массовая замена электробусами автобусов с двигателем внутреннего сгорания, по мере исчерпания срока эксплуатации последних, в дальнейшем может повлиять на существование маршрутной сети в устоявшемся виде и привести к сокращению ряда важных направлений, компенсировать которые будет возможно только в результате объединения одних маршрутов с другими либо путём кардинальной перемены всей маршрутной сети в пределах округа с привязкой к терминальным транспортно-пересадочным узлам возле станций метро[89].

В то же время департамент транспорта так и не смог предоставить каких-либо экономических обоснований эффективности электробусов с ультрабыстрой зарядкой по сравнению с троллейбусами с увеличенным автономным ходом. Единственная презентация проекта от 2017 года содержит цифры, в которых итоговое обслуживание электробусов обходится дешевле на 10 %[102]. Однако детальные расчёты, подтверждающие достоверность данных показателей, в презентации не представлены. Более того, в декабре 2019 года изданием «База» было опубликовано письмо Максима Ликсутова в Министерство транспорта, в котором Департамент транспорта признаёт, что эксплуатация электробуса с ультрабыстрой зарядкой выходит дороже автобуса или троллейбуса примерно на миллион рублей в год[103].

С момента запуска проекта Департамент транспорта неоднократно отчитывался о его успешности[104][105].

26 декабря 2019 года в Мосгордуме депутатом от партии «Яблоко» Дарьей Бесединой был проведён круглый стол по теме «Перспективы развития электробусов и опасность ликвидации троллейбусов»[106], на котором участники, в число которых входили производители электротранспорта, представители эксплуатирующих предприятий, транспортные эксперты, признали неэффективность выбранной технологии зарядки электробусов для Москвы. Представители Департамента транспорта на мероприятие не явились[107].