Суть в следующем: есть мультизагрузочный диск (естественно работает нормально, загружается Волков командер ну и всё такое прочее). Копирую всё содержимое на винт, меняю кое-какие программы (поскольку на данный момент есть более свежие версии), просто удаляю старые, мне не обязательно чтобы запускались из меню, просто чтобы были на диске. Папки с загрузочными файлами, ну и те что не очень мешают (Boot, DIAGSDOS, DSKTOOLS, Shells, win98) оставляю без изменения. Системные файлы, те что в корне естественно оставляю на месте, имя диска то же. Пишу всё на болванку. Из Windows автозапуск работает, а вот при включении компьютера загружаться не желает. Что делаю не так? Как сделать так чтобы всё работало?

Почемучка

загрузчик-то не видно на диске, поэтому твой способ не подойдет.
Надо создавать в неро bootCD и добавлять загрузчик, выдрав его с этого диска.
Ну и добавлять те программы, которые ты хочешь записать.

Так, а теперь если можно поподробнее, как в Неро создать загрузочный CD?

Почемучка
Cделай проще - создай образ этого диска, например прогой UltraISO и этим же UltraISO отредактируй получившийся образ так, как тебе надо. Результат запишешь Nero-й.

Всё получилось, спасибо Nova_il.