если твоя прога пишет что-то в системные папки и в реестр,то просто так у тебя ничего неполучится.
это какой-нибуть БФ2 можно перекинуть с винта на винт и он будет пахать как родной,а вот с МС ОФИС и ему подобными это непрокатит.

что за прога?..можно подробнее?...вижу 2 варианта...1) найти где прописаны пути на те файлы, что на диске С и изменить их(пути)....2)создать батник кот автоматом закинет нужные файлы в нужное место для запуска проги....также и с реестром, если туда что то прописывается нужное для запуска....

При установке программа устанавливает и настраивает себя.
Часть файлов (dll) может перемещаться в системный каталог Windows.
Чтоб сделать независимой такую программу надо сделать 2 вещи:
1. переписать все ее DLL из системного каталога (обычно x:\windows\system32\) в корневой каталог программы и запускать программу только из этого каталога.
2. Если программа будет упрямиться на реестр - придется выцеплять нужные строки из реестра и записать их в файл **.reg
Тогда надо будет при запуске на новом компе вначале запустить файл reg, он зарегестрирует программу. После чего можно запускать саму программу.

Это не пройдет если в программе есть специальные действия по защите от копирования. Бывает, но редко.