Не могу разобраться без советов гуру.
Какой теоретический предел pci-e
Допустим у меня установлены в каждый слот по контроллеру raid sata3 с установленными ssd
Какая будет максимальная общая пропускная способность?

Как она считается? По каждому слоту отдельно или на всех.
Т.е. если есть x16 - 64 гигабита и с него идет полная загрузка, на остальных слотах будет дефицит пропускной способности?

Такие устройства как втроенные usb и сетевухи они тоже подключаются к шине pci-e? Т.е. аналогичны если вставить в слот карту с таким же чипом?
Как грузит общую шину usb и другие подобные порты.

не так. все линии пци-е независимые, если у вас в слоте х16 видеокарта, это абсолютно не помешает другим устройствам в х1, х4, х8, но
обычно если заняты два "длинных" слота то они могут работать как х8 + х8 либо х16 + х4 либо еще как нибудь (зависит от модели материнской платы), если же это слот х1, то он никогда не будет работать быстрее этой скорости потому что у него физически отсутствует часть контактов. в общем можно не заморачиваться по этому поводу, там все уже до нас продумано