До середины курса. О курсе кандоминимума для ПиэйчДи стьюдентов.

Таки разве есть не-попперовский второй позитивизм?

Нет, не выросло.

И?..

Пока что выходитъ: вы постулировали одно, я привёл контраргумент и доказательную базу in vivo. Таки хотелось бы увидеть что-то более конкретное/фактическое/экспериментальное, а не "знаете какая разница в геноме кукурузы и человека? - колоссальная!".

Дело ясное, что дело тёмное. Я там свечку не держал. Говорить за это не можу. Определённо имеет место дилемма аля курица-яйцо (впрочем, она уже решённая), нефть-микроорганизмы и т.д. и т.п.

Это обязательно?.. Какбэ, тем самым, количество школоло увеличицца. Плюс к тому - мировое количество имбицилов растёт экспоненциально => надо сначала отэммигрировать на альфа-Центавра 4а, после чего уже думать...

Nodeюсь, что нет - но откудаж знаю, что Вы там имели ввести? В фаллософии всяческих "обновленцев" никогда особого недостатка не наблюдалось. Содержательных из них, правда, хорошо если полпромилле.
Ну кагбе меньше этих 14.
Далеко ходить не будем - между гоминидами разница в пределах единиц процентов. У Вас 14% - "лишь". Ну Мы и пейшу, что в эти "лишь" вполне можно уложить различия чимпов, горилл и всяких там бледнотиков. Для ВАс они несущественны? Ну тогда девствительно ОК - гойворить более не о чемъ.

Ну расскажите тогда, был ли рибозим-репликатор ичсходно самоспецифичным или просто изолированным пространственно и был ли он вообще без системы трансляции? И был ли он одной молекулой? Да и LUCA - был ли одной клеткой? Ну и до кучи расскажите как эволюцинируют бактериальные системы инициации репликации (репликаза-ориджин)?
Да. Иначе место займут менее генетически полноценные особи. Будьте же верны заветам Дарвина!
Школоло - не порок, а временное состояние, ментальной ущербности не оправдывающее. Убежден - человекоособь вполне можно делать совращеннолетней после сдачи ею правильно сделанного аттестата зрелости в 12 лет.
Это именно потому что Вы (и Мы) все еще манкируем своей почетной обязанностью пред ГенофондомЪ.
С континента на котинент стракторить - ищо куда не шло, но вот The Млю всю им оставить?777 ЕДОЖДУТСЯ!!1111

И?.. Поясняю: генетический материал среднестатистического человека и человека с наследуемым синдромом Дауна идентичен на 99,9%. Однако разница между такими людьми весьма существенна. Другой пример - aphanic species, которые между собой даже не могут скрещиваться, а геном практически одинаков. Поэтому призываю ктулху ограничить использование популистских "геном человека и шымпанзэ на 96% идентичен - инфа 146%!!!".

Объясняю: хотелось бы увидеть нотариально заверенный скриншот ссылко на статью, в которой бы вырезали овер_90% генетического материала из эукариотической клетки или организьма без детектируемых последствий для оного. В противном случае - мирдверьмячь.

Мда... Не ожидал от вас, истинного продолжателя дел Дарвина, такого вопроса... Мутация жеж. И закрепление полезного признака. Поэтому исходно он не был специфичен. И таки весь прочий обвес был заюзан от его "предыдущей" функции. Индуцированный спонтанный мутагенез вам о чём-нить грит?..

antiximik воу воу пошли интересные дискуссии. Надеюсь никто возражать не будет, если я фоном тут посижу

Кстате, в главной палате для буйнопомешанных уже энное время функциклирует открытый лекторий. Конечно, это исключительно феерическое имхо экспердное мнение особо буйных лекторов на буржуйской мове научно-популярном языке. Однако толика полезной информации там безусловно наличествует.

И тут мимо: 21 хромосома составляет 1,5% генома.
Почему даже-то? Вы так пишете, будто репродуктивная изоляция - обязательно что-то фенотипически-глобальное, в то время как http://elementy.ru/news/430638.
С одной стороны процент идентичности у Вас ортогонален фенотипической разнице, с другой чуть менее, чем весь геном такой из себя нужный - Вы или трусы наденьте или крестик снимите - одним словом как-нибудь оперделитесь штолле во взаимоисключающих параграфах этих?
А с этим - к Псилону. Во второй раз напоминаю: это он активно проповедовал две страницы тому за то, что из венды, а в другой теме - что и из x86 можно непринужденно выкинуть кучу никому не нужного мусора. Такшта - только после того как он спервадобьется.
А в наших угодьяхъ оптимизация и так идет очень даже оптимистично - сами вон про 14% хромосомы у дрожжей (у которых средь эукариот кстате, и так геномы из самых неизбыточных!) пейшете выше. У людев же, например, после 4 лет работы ENCODE удалось наскрести только 80% хоть сколь-нибудь активных мест. Причём о5 же не факт, что все они риальне нужны, а те, которые нужны, нельзя изрядно соптимизировать. Такшта пятую часть (это мало?777) вырезать, думаю, возможно вполне. Если и не сейчас, то уже в обозримомъ.
И тратил все ресурсы на копирование кроме редчайших своих гомологов и всего рядомплавающего мусора, пока не деградировал или не кончились свободные НТФ. Так Земля осталась безжизненной. Cool story.
И? Каким боком это поможет в данном случае? О том, что Вы либо даже запятую внутре поленились поставить, либо опять решили засунуть крестик в трусы, поскольку мутагенез может быть ЛИБО индуцированный, ЛИБО спонтанный. Определения кагбе таковы, ага.

Тащемта, имелась ввиду не трисомия, а транслокация.

Генетически не могут скрещиваться, несмотря на одинаковый фенотип. Фенотипические отличия пришлись "к слову"...

Эээээ... Майа твайа нипанимай.

См. пример с транслокацией. Очевидно, что не все факторы экспрессии одинаково полезны регуляция является сайт-зависимой. Такшта тут исчо копать и копать...

Бла-бла-бла... У вас хорошо получаецца изобрАзить дерево!

Отож!
А теперь индуцированный/спонтанный мутагенез вам о чём-нить грит?..

Ну так и фенотипически они могут по целому ряду параметров вплотную приближаться к "95%".

Ну не могут ишто из того? Несовместимость от плазмид и до метазой вообще е2 ли не самая простая баг фича, реализуемая в пределах одного гена. К чему её вообще было приводить?

То Вы говорите, что процент генетического сходства ниразу не основание для уровня фенотипических различий, то пишете что в геномах в этих чуть менее, чем всё для фенотипа важно. Ну так и куды тут думать надо в рамках эволюционной биологии?

О том, что если Вы столь же небрежны к деталям в работе как и в тексте, то Нам страшно за её результаты. А так безусловно. Только к чему эти понятия к проблеме абиогенеза и РНК-мира?

А, ну тоись по проблеме самоспецифичности первичного репликатора, кроме разбрасывания непонятно каким сюда боком относящихся видов мутагенеза по происхождению Вам сказать более нечего - так и запишемъ.

Т.е. вы согласны, что, несмотря на генетическую идентичность (разница в пределах долей и/или единиц процентов), разница в фенотипе обнаруживается невооружённым глазом, а если "вооружиться" соответствующим образом, то становятся видны одна звёздочка, две звёздочки, но лучше три звёздочки более существенные отличия. Ок. Теперь хотелось бы вернуться к исходному вашему постулату, что в генетическом матерьяле человека - сотни нефти куча мусора, который может быть безболезненно удалён. Этот постулат - ложный.

Рекурсия к вашему первоначальному тезису.

Ниасилил Не понял вашу мысль...
Откуда взялись "плазмиды" в эукариотах (не дрожжах)?... http://www.nature.com/hdy/journal/v112/ ... 3113a.html
Шо это за "метазой"?.. Если имеется ввиду мета-анализ + Z-тест, то это не труъ. Только сравнение в_лоб, только хардкор!!!111
http://dx.plos.org/10.1371/journal.pntd.0002495.g007

Отнюдь. С точностью до наоборот. Что-то не увидел такого в моих сообщениях... Может я где-то неудачно выразился? Не напомните, из чего вы сделали такой вывод?

Направление копания задано не мной... Оно не может быть мной задано.

Это хорошо, что майа работа вызывает страх. Это правильно. Страх модулирует работу организьма. Работа даже из обезьяны сделала человеков есть смысл существования человеков.

Разве исходный генетический материал не оказывает влияние на биосинтез РНК энд vice versa?.. Плюс к тому - проблема абиогенеза мной не рассматривалась. Вообще, мне думается, это весьма щекотливый вопрос благодатная тема для профанаций и философствования. Поэтому я стараюсь её избегать. You need moar vespen gas! Нужны дополнительные исследования.

Таки имеется недопонимание... Я говорил про конкретный результат исследований http://www.plosgenetics.org/article/inf ... en.1000010
Видимо, моя мысль была сформулирована не достаточно чётко, а потому была не понятна. Вас потянуло на философствования, включая абиогенез и прочий шлак проблему возникновения репликационного/транскрипционного/трансляционного аппарата. Я это проигнорил (так как заумствования по-пустому не представляет для меня интереса ленива крапать многа букав + см.выше) и отметил, что существуют действенные способы получения чего-то нового (напр., белка) на основе имеющегося функционального аппарата. Если сея простая мысль вам сложна для осознания - ок, нивапрос, запишите её в обязательном порядке.

Готовите на костре и живёте в пещерах? ))

Это какие??

Это типа зависть сейчас была или что? Кроме оскорблений нечего ответить больше? Поумерьте эмоции что ли Старые системы не соответсвуют требованиям безопасности, ну а несуществующих систем защиты вы так и не назвали...

разница в единицы процентов = генетическая идентичность? С этим не к зоологам, полагаю.

А этот Ваш тезис - категорический. Потому бремя доказательства будет лежать на ВАс.
Дано:
1. Из мышиного генома вырезались даже высококонсервативные участки без сколь-нибудь явных фенотипических последствий.
2. Из дрожжевой хромосомы вырезано до 14% также без негативного фенотипического эффекта (это с учетом гораздо более высокой плотности кодирующей информации чем в среднем по эукариотам).
3. В ходе программы ENCODE выявлено, что в человеке транскрибируется до 80% генома.
Ожидаемое следствие:
Человечий геном принципиально можно оптимизировать на одну пятую без кардинальных перестроек регуляторных сетей.
Ваш постулат:
Это следствие не верно.

Вперёд! :flag-to-hands:

Плазмиды взялись сами по себе - у них тоже есть явление несовместимости, что играет роль в их классификации такую же как и критерии вида у клеточных организмов (только наоборот). С учетом того, что есть немалое число плазмид со всего одним геном (криптоплазмиды), для несовместимости вполне достаточно только его одного.
https://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Metazoa
Охотно:
Ваше начальство или клиентура думает также? Интересно где такие работодатели водятся?
Какой исходный? Побочно полимеризовавшийся мусор? А должен? Нулевая гипотеза согласно оккамовому холодному инструменту говорит что нет. Обратное - требует доказательств.
А к чему тогда такие всеобщепобедные реляции: ?
В нем есть вопросы, которые вполне конкретизируемы уже сейчас - речь именно о них. Ну не хотите абиогенез - так там же был Нами приведен и вполне современный вариант курицояйцевой проблемы: параллельное мутационное изменение прокариотических хромосомных/плазмидных ориджинов и доменов их узнавания в репликазах. Вот Вы говорите - что всё уже решено. Может и так, но Нам конкретное решение этого вопроса неизвестно - вот Мы и прошу хотя бы ссылку на это решение.
Чота Мы этой ссылки выше не видел. Ну да ладно, оставим это.
Если Вы имели ввиду курицояйцовую проблему только в этом узком смысле - так и надо бы было уточнить, да.
Ибо по умолчанию фраза имела вид всеобщего утверждения в силу особенностей естественного языка.

И это бесспорно! Ибо зоологи имеют представление о генетическом матерьяле на уровне законов Менделя и т.п. Молекулярная биология, биоинформатика и т.д. для них страшный чорнiй лес...

Во-первых, это "высококонсервативные" некодирующие участки: "we removed four noncoding ultraconserved elements (ranging in length from 222 to 731 base pairs) from the mouse genome." Во-вторых, из более чем 2,7 млрд.п.о. вырезали "222, 307, 731, and 295 bp, respectively". Здесь нужно отметить, что вырезали не одновременно, а по-отдельности (!). Т.о. максимальный процент составлял примерно 0,000027%. В-третьих, про отсутствие фенотипических отличий:

Если найдёте, откуда вырезана данная цитата из статьи, то с меня вам пирожок. Особенно меня умиляет статистика на 2 (двух) особях: какбэ результаты и не должны были отличаться с т.з. статистики... Какой отсюда напрашивается вывод?.. Не читайте советских газет Всегда следует обращаться к первоисточникам.

Да-да-да! А ещё у дрожжи нету ручек, нету ножек и шести мильярдов нейронов отбитых почек впридачу... Мне-то как раз и не удивительно, что не удалось обнаружить отличий: ибо большое видется на расстоянии, а малое - при микроанализе (которого, к слову, не было проведено, т.к. пока что нереально)...

Ага, а в мозге "задействовано" менее 20% нейронов... Лоботомия нам всем поможет - инфа 1000000%!!!!111... "Кто тут, допустим, в цари на лоботомию крайний?.. Никого?!! Так я первый буду!!"

Инверсия кормой в вашем исполнении вызывает бурные овации зала!

Ок, перефразирую: где бы почитать про плазмиды, выделенные из эукариот (не дрожжей)?

Ну? Я же и говорю упорно продвигаю мысль, что генетика предопределяет. Но и передёргивать не стОит. It's a little bit comprehensive...

Не могу знать за начальство и прочих...

"Есть ещё женщины в русских селеньях"...

Который уже присутствует в живой, функционирующей клетке.

Это откуда?.. Какбэ законы мироздания химии и физики ещё никто не отменял... Не всякая реакция пойдёт, и не всякая пойдёт в нужном направлении...

Это вполне конкретный, частный пример возникновения новых видов на основе уже существовавших. По-моему, более чем очевидно, что никаким боком к абиогенезу это отнести низзя.

Не-не-не! Решено в том конкретном случае. Про остальное я уже озвучил мысль, что там исчо копать и копать...

Сорри, да, у меня противоестейственный язык. Мирдружбажвачка.

Точно такие же "некодирующие" как и over95% человечьего генома. Или в молбиологическом тезаурусе "некодирующие" теперь по умолчанию уже != "небелоккодирующие"? Когда-ж произошли такие терминологические новости?
А ещё у дрожжей вообще не бывает во всем геноме более 15% (!) "мусора". А размер - у некоторых даже пересекается с верхнебактериальным (~12MB). Их геномы среди прочих эукариот - одни из самых, если не самые приличные. И теме не менее и у них уже сейчас нашлось чего почекрыжечъ изрядно. То ли ещё будед?
Ага. В отдельном узконаправленном эксперименте по вырезанию только отдельных высококонсервативных кусков. А сколько кусков вариабельных? А что нам мешает вырезать все высоковариабельные среди труЪ-некодирующих (нетранскрибирующихся), ы?
Вы сомневаетесь в полноте результатов ENCODE? Аргументируйте, пожалуйста, внятно и конкретно, а то передергивание на аналогии с псевдонаучными мифами говорит скорее о том, что аргументов у ВАс не имеется.
Пожалуйста, укажите точно, где Вы увидели у Нас именно подмену тезисов, а не их конкретизацию.
В NCBI зобанилле? Тогда "поищу в Генбанке за Вас". Митохондриальные пойдут? У растений и по крайней мере одной амебы. А вообще говорю же - плазмиды были приведены как простейший общебиологический пример реализации явления генетической несовместимости.
В контексте абиогенеза кагбе про клетку речи не идет.
Тащемта аналлогично местами. Соблюсть оптимальный для аудитории неизвестного диапазона болвансъ ригористичности и ритористичности - не всегда простая ZOG дача.

Сугубое уточнение. Чтобы не было аллюзий.

Я акцентировал ваше внимание именно на процент. И таки да, вам определённо полюбились эти "консервативные" участки...

ВотЪ. Тут-то мы и подобрались к Сути™ проблемы. Какбэ всякие SNP и CNV могут быть и в областях с "действительно" мусором, не говоря уже про всякие делеции, инверсии и прочую хрень. Опять же "консерватизм", имхо, ничего не говорит о действительной необходимости данного куска кода (в статье ничего не увидел в пользу этого: говорится только о смежных генах и болячках, вырастающих при повреждении этих генов).

Вперде! Родина вас ни забудит!!

ВотЪ. Мене тоже не нравяцца сферические цифры в вакууме. Надеюсь, теперь пример понятен?

Ок.
Я не согласен с цифрой, но, допустим, она верна, и, действительно, "транскрибируется до 80% генома". Вспоминаем, какую функцию выполняют оставшиеся 20%: правiй сплайсинг, регуляторная функция, ... OH, WAIT!.. Это же категорически противоречит тому, что эти 20% можно удалить "без кардинальных перестроек регуляторных сетей". ЧТД.

С каких пор эта помойка стала мерилом?.. К слову: куча статей там не индексируется (в т.ч. из приличных журналов), а те, что индексируются, публикуюцца на сайте тааааак небыстро...

Неа. Митохондрии/хлоропласты/пластиды в клетке, это мир внутри мира...

Щито? Мне всегда думалось, что под правильным вектором экспрессироваться и синтезироваться буит даже токсичный для клетки метаболит... Сиречь, есмь сие показатель широчайшей (в т.ч. межвидовой) генетической совместимости (даже весь остальной обвес не_нужен™...).

теши - от тесать

Зачем, если работа была узконаправленной на удаление этих конкретных мелких кусков?
Вот только даже их размещение и направление их там будет несколько отличаться от. Не говоря, совершенно верно, о всяких делециях, инверсиях и пр., которые для функций кодирующих кусков почти всегда фатальны.
Вы тут решили Дарвина ниспровергнуть или Де Фриза?
Т.е. свой тезис о невозможности экстраполяции процедур проведенных над дрожжами на млекопитающих Вы доказывать таки не будете? ОК.
Ага, т.е. это - цыфры тороидальные, а 14% из 3 хромосомы дрожжей и 80% по итогам пятилетней работы ENCODE - сферические? Так и будем крестик в трусы засовывать? И в чем же сферичность их, если на то пошло?
Ссылкиндъ что именно они, а не те 80?
Ачо, в известной вселенной зародился ещё какой-то столь же широкий аггреатор БД биомедицинской информации? Ну, если в NCBI окромя PubMed Вы ни с чем не знакомы...
Ну так-то да, но не хотите ли Вы ещё сказать, что эти вот плазмиды все - исключительно альфапротеобактериальное наследие свободной жизни митохондрий?
Кагбе вектор - это сейчас чаще всего плазмида и есть. А "неправильность" их в данном случае и есть несовместимость, о которой Мы битый час толкую. И для правильности/неправильности этой вполне достаточно одного гена.

Дык, вы же используете эту спорную статью в качестве столпа для доказательной базы. Т.е., грубо говоря, проводите прямую через одну точку и пытаетесь убедить, какой результат будет в другой точке....

Отож! Особенно с учётом того, что ни тот, ни другой и понятия не имели о ДНК/РНК/прочее, а передача "признаков", согласно их теориям, осуществлялась за счёт частиц "gemmule"/"pangen" (НЕ химической природы, т.е. этакие субмикрозародыши - витализмЪ жеж...), ниспровергнуть их сможет даже школоло, у которого есть интернет и жевательный ганглиё... Вывод: не нужно делать скоропалительных выводов, всему своё время.

Нет, я добровольно оставляю вам эту сомнительную честь экспериментального доказательства обратного.

Чего уж крестик.. сразу пудовую гирю! Шоб удовольствие продлить...

Патамушта: а) либо требуются дополнительные пояснения, к чему конкретно они относятся и как их получили (см. мой пример про мозг); б) либо происходит целенаправленное наглое передёргивание à la журнализд-стайл (см. пример про обезьяну и шимпанзе).

См. мое первое сообщение в треде Китайцы проигнорировали завершение поддержки Windows XP #11867152

Google?

Многие базы были (и есть) задолго до НЦБИ. Что-то у них реализовано на отъ..ись - шоб було. За тот фин.поток, что там протекает/протекал, там должны быть молочные реки и кисельные берега должны предоставлять любому визитёру доступ к блэкджэку и шлюхам for free. Однако ж.. откаты, роспилы.. в-общем, всё как у всех.

Почему бы и нет?.. Кстате, это не я утверждаю, это следствие современной "консенсусной" теории их возникновения (за неимением лучшего). М.б., со временем что-нить получше придумаютъ.

Какбэ, смертоносность вирусов решаетЪ чем мощнее остальной обвес (не относящийся к транспортируемому гену), тем эффективность лучше. А какой там ген зашит - дело десятое.
Плюс ко всему, вспоминая мобильные элементы и всякие транспозоны, эти плазмиды даже без обвеса передаются между родами и видами... Если передаваемый ген даёт определённое приемущество трансформанту/трансдъюванту/конъюганту, то (по Дарвину) такой организмЪ выживет и начнёт доминировать. Ни о какой "несовместимости" речи не идёт, ибо понятно, что если организм не получает преимущества, то нет никаких предпосылок к тому, что он сохранит данный генетический матерьяльчик.

Какую же одну?
-эксперимент по оптимизации эукариотической хромосомы
-результаты ENCODE
Сколько точек?
Чтобы Вы не съезжали с темы - давайте конкретно: как Вы объясните консерватизм одних участков последовательностей и вариабельность других без привлечения различного давления отбора на них?
Што интересно - те 80% "немусора" просто включают ВСЁ, что транскрибируется, т.е. ретротранспозоны и _любые_ интроны: http://macroevolution.livejournal.com/98151.html
Очень полезные "регуляторные элементы", дааа.
Но и это всё не так и важно: из того факта, что мы не можем из той же венды удалить какую-нито библиотеку без риска падения системы как-то ниразу не значит, что она написана совершенно оптимально.

Исчо раз обращаю ваше внимание на процент (хотя уже без какой-либо надежды...). Если же вы живёте в логарифмическом просранстве, тады усё панятна...

Я просто ответил на ваш догмат о передёргивании.

Всеми конечностями ЗА!

Имхо, мутации в консервативных участках зачастую не совместимы с жизнью (ввиду координального изменения/нарушения биохимических "путей")?.. При том, что системы репарации, насколько я пральна помню, являются одними из самых генетически стабильных, что какбэ намекает...

Сперва добейся НапИшете лучше?.. Ок. С удовольствием полистаю вашу статью с этими изысканиями.
Ссылко на живой журнал порадовала. Вестимо, в научных-то журналах-то данные вопросы-то не рассматриваюцца, аднака... Пичалька.
З.Ы. Штойта я уже устал оффтопить. Как выйдет ваша вышеозначенная статья, свистните мне: два зелёных свистка вверх и один красный в воду. За сим откланиваюсь.