События Empire at War начинаются где-то между третьим и четвертым эпизодами фильма; дальнейшее их развитие зависит от вас. Играть можно как за Империю, так и за повстанцев, и каждая из сторон имеет шанс на победу; как скоро эта победа наступит и наступит ли вообще, зависит от вашего умения. Таким образом, хотя в игре имеются миссии, она совершенно не линейна, и события могут существенно разойтись с сюжетом фильма. Информацию о новых доступных миссиях вы получаете в режиме галактической карты (которая также служит вам для управления планетами и космическими базами, строительством кораблей, перемещением флотов и т.п., а также общего наблюдения за ходом дел в галактике). Миссии бывают двух типов — критические, которые дает вам ваше начальство (император Палпатин или командир мятежников Mon Mothma), и сторонние, дающие возможность подзаработать денег или других полезных вещей (иногда такие миссии становятся доступны благодаря действиям вашей разведки, иногда к вам обращаются нейтральные персонажи — скажем, торговцы, которым нужна защита от пиратов). Цели миссий могут быть различными — не только штурм или оборона наземных и космических баз, но также освобождение заложников, организация блокады, диверсии, уничтожение определенных объектов и т.д.