1. У минитменов казалось бы самая правильная цель - просто защищать поселенцев
Но на примере NCR понятно, куда это заведет. Технологически отсталая фракция, которая по сути "крышует" людей, мягко вынуждая их входить в некий альянс. По сути они мало отличаются от рейдеров, только маски другие. По ходу устраняют не только Институт, но и БС.
Перспектива в случае их победы - отсутствие значительного прогресса и восстановления. Поэтому, скорее всего, это и будет канонической концовкой, от которой будет плясать сюжет Fallout 5 (сохранение статус-кво всегда удобно)
2. Подземка. Очередная аналогия с историей США, благородный порыв - спасают беглых рабов. Проблема в том, что им вообще пофиг на нормальных людей, они даже готовы жертвовать их интересами ради своих синтов.
Долгосрочный результат будет такой же, как с минитменами. Эти фракции не враждуют.
3. БС. Самые натуральные расисты и техно-маньяки. Лидер спокойно приказывает убить своего самого верного паладина, узнав, что он на самом деле синт. В прямом конфликте с минитменами, один из их побочных квестов планомерно выводит фермы из под контроля минитменов в подчинение БС. При этом поощряются любые способы "убеждения" поселенцев (они не против, если ты просто всех поубиваешь).
В результате получим фашистскую военную диктатуру.
4. Институт. Кучка ученых, пытающихся возродить страну с помощью технологий. Единственная фракция, с которой возможен относительно быстрый прогресс без копания в грязи еще пару сотен лет. Проблема в том, что у них не все хорошо с моральными ограничениями.
Результат - большая вероятность второго апокалипсиса по сценарию терминатора или матрицы. Институт наделает слишком много синтов. Синтам надоест быть рабами (многим уже надоело, но их пока слишком мало), а люди им перестанут быть нужны.