С самого начала по квестам минитменов и захватываем замок со всеми поселениями. Для лучшего эффекта можно поселения развить (5 человек с счастьем 80% вполне хватит), тогда по содружеству начнут ходить минитмены и помогать вам в боях. Важно понимать что институт не нападет на замок до того как вы скажите Престону: "Я принял решение. Институт - наш враг", эта фраза является триггером который отменяет квесты всех остальных фракций.
После "прокачки" минитменов отправляйтесь по главному заданию (ВНИМАНИЕ!!!) до убийства Келлога. В этот момент прилетает Братство Стали и тогда вы можете отправляться выполнять их квесты. Выполняйте все без разбора, причем лучше раньше их прилета с ними не сталкиваться (Меняется награда за квест на поиск паладина Брендиса, если выполнить квест после прихода братства получите уникальный легендарный армор). Выполняйте все дополнительные задачи в том числе (Кроме повторяющихся).
Двигаемся по сюжетке до момента встречи с Подземкой, и тут внимание. как только вам расшифруют чип охотника - ненужно нести его Верджилу, выполните все до единого квесты подземки. Во первых пока вы не отдали чип и не получили данные, доступна цепочка квестов "Джекпот" после которой Механик Том начнет продавать вам бронированные костюмы. Во вторых квесты Ночной бостон (1-2), Список убитых (1-2), и станция Рэнольф (1-6), 11 квестов Мила от Тома, и квест по захвату станции Мерсер от ПАМ.
Вот теперь когда Подземка полностью наша можно действовать.
После сдачи кодов Верджилу мы несем их прям Братству и идем в Институт. Выполняем там первый квест (Учреждение закрытого типа) и уговариваем доктора Ли вернуться в братство.
После того как мы поговорили в доктором Ли, мы можем телепортироваться между институтом и любой локацией не боясь испортить отношения с кем либо.
ВНИМАНИЕ(!!!) Вирус с записью не отдавать Инграмм! Вообще с ней не разговаривать до квеста "Масс Фьюжн".
Идем в подземку и берем квест у Дездемоны "Под землей и под прикрытием". Выполняем его до того момента как появится пункт "Продолжать работать с отцом". Обязательно выполните пункт снабдить синтов оружием.
После чего выполняем квесты института до момента "Битва за Банкер-Хилл".
Тут из моих личных советов: сам Банкер-Хилл а так же здание "Масс Фьюжн" должны быть зачищены на максимум. В Банкер-Хилл выполнить все квесты, а Масс Фьюжн просто очистить от рейдеров и забрать все голозаписи которые там есть, в том числе пароль на верхних этажах. Так же там находятся уникальные ботинки которые предотвращают урон от падения. Но это отдельная тема.
О Банкер-Хилл мы предупреждаем "Подземку" и отправляемся туда, как только встречаем охотника, говорим с ним а затем стреляем ему в спину, убиваем и уходим оттуда к "Отцу". Говорим что была засада и отправляемся с ним на совет. После совета открывается доступ к заданию "Масс Фьюжн" и "Раздор". Берем в напарники x6-88, выполняем задание "Раздор", и бродим с напарником по Содружеству пока не будет максимальных отношений и его перка соответственно. Не забудьте забрать из Института Журнал и купить легендарные вещи в их магазине, потом будет поздно.
После чего Предупреждаем о "Масс Фьюжн" Братство. В этот момент Инграмм не будет запрашивать у вас вирус, а просто пойдет в Масс Фьюжн.
Как только мы садимся в винтокрыл лететь к зданию "Институт" становится нашим врагом(и задание под землей и под прикрытием проваливается), по этому как только выходим из здания Масс Фьюжн мы идем в подземку и говорим с Дездемной, они говорит что бы вы пошли к минитменам и попросили их о помощи. Так и делаем, идем в замок и говорим Престону что мы с Институтом теперь враги.
Он скажет что бы мы шли к Струджерсу и отдали ему вирус, но что бы скрипт сработал нужно сдать задание Инграм. Так и делаем, сдаем задание Масс Фьюжн и летим к Струджерсу отдаем Вирус и тут же с ним разговариваем еще раз. Он делает нам копию вируса, и уже с этой копией мы направляется к Братству.
В этот момент на замок нападут, но мы НЕ(!!!) идем его защищать! Как только мы защитим замок, начнется последний квест минитменов и тогда квесты Братства пропадут!
Проходим все квесты Братства до момента "Стратегическое мышление", как только старейшина нам его даст, больше мы ни с кем из братства не разговариваем.
Теперь имея статус Паладина и выполнив квест Данса, получив одобрение х6-88 и его перк и благополучно оставив его в Институте, завершив всех квесты Подземки мы идем, защищаем замок. После защиты замка срабатывает триггер и все квесты братства по сюжетке отменяются, и о войне между Подземкой и Братством мы можем забыть. Идем в Институт, Бахаем его, включаем эвакуацию и все. Получаем нашу концовку.