Crysis 3 продолжает историю Пророка (Prophet) и переносит игроков в 2047-й год – в покрывшийся джунглями, испещренный реками и непроходимыми болотами Нью-Йорк, разбитый ровно на семь уникальных районов, зовущихся «Семью Чудесами» (Seven Wonders). Подобные ландшафтные метаморфозы напрямую связаны с деятельностью алчной корпорации CELL, которая накрыла город специальным «нанокуполом» (Nanodome), превратив «Большое яблоко» в огромную зону карантина, по которой бродят остатки сил цефов (Ceph) и, собственно, военные подразделения и сотрудники CELL, которым уж больно хочется поближе познакомиться с инопланетными