http://aumi.ru - для скачивания нужно будет зарегистрироваться (без регистрации действуют ограничения по скачке!). В настоящее время почти умер за невостребованностью данной технологии и особенно высоким риском напороться на судебные претензии.
Как правило, лицензированные для России аниме на этих сайтах не выкладываются, их проще достать у друзей или через файлообменники. К тому же сайты эти частенько просто закрываются, меняют адреса, простаивают месяц - два или более... Проще всего качать отдельно русские субтитры, отдельно аниме без субтитров или субтитрованное на английский язык.

http://www.isohunt.com/torrents/ - наверное, лучший поисковик для торрентов. Введите нужные фрагменты названия в строку, и почти наверняка получите желаемое.
Например, рекомендую вводить названия сабберских групп, у которых нет своего нормального сайта. BSS, Lunar, Eclipse, a4e, Conclave, Menclave, Ayu, AonE и т. д. вбиваем в поиск - и сортируем по дате добавления...
УБИЛИ правообладатели.

http://BakaBT.me - один из лучших торрент-сайтов аниме, манги и проч. Найти можно очень многое (в том числе лицензированное в той или иной стране), и уж точно больше, чем в ed2k/Kad (eMule).
Славтегос, пока ещё работает. Но если у вас там нет аккаунта, то зайти не выйдет. Обещают со временем прикрутить систему инвайтов или что-то ещё, а пока только для тех, кто там уже зарегистрирован.

http://www.tokyotosho.info/search.php, http://www.nyaatorrents.org/ и http://btjunkie.org/torrent/ - ещё несколько поисковиков для торрентов. Но работает вроде только первый...

http://nnm-club.ru/ - хороший русский трекер, много аниме, следят за порядком. УМЕР, вероятно по тем же причинам, что и другие...

http://rutracker.org/forum/index.php (ex-torrents.ru) - ещё один вариант для поиска аниме и не только, на русском языке и с хорошим выбором, но имеет тот недостаток, что напрямую его найти не выйдет - сайт заблокирован Роскомнадзором (плагины для браузеров по обходу блокировки ищите сами).

http://animespirit.ru/ - сайт для онлайн-просмотра аниме. Многое выложено с разными вариантами озвучки. Как правило, есть вариант и с русскими сабами, на двух разных видео-хостингах (sibnet, myvi).
http://animeonline.su/ - Няшный, добротный сайт для онлайн-просмотра аниме. Есть новости и публикации, музыка и АМВ. Есть и реклама...
http://anime.an70n.com/ - ещё один из онлайн-аниме сайтов. Количество материала не самое большое, но есть группировка аниме по студиям.

RadioNami http://animeradio.ru/

Commie subs - наверное, самая активная команда сегодня,
Doki - тоже весьма активные ребята, примерно поровну делают релизы онгоингов и блюрейные версии старых вещей по мере их выхода;
UTW (Unlimited Translation Works) fansubs - сайт работает в мемориально-архивном режиме. Создавались, чтобы перевести FATE/Stay Night: Unlimited Blade Works, отсюда и название;
Chihiro Fansubs - весьма активная группа, но больше по части блюрей-версий сериалов, вышедших несколько ранее;

http://www.mangastream.com/ - хороший сайт с онлайн-просмотром манги на английском, манга неплохого качества и выкладывается достаточно оперативно. Кладут такие "фанатики" как JS, SleepyFans, stubbornone и другие.
http://www.mangafox.me - еще один архив манги на английском языке. Можно читать онлайн.
http://www.mangareader.net - онлайн-архив манги.
http://gantz.ru - перевод манги Гантц, одной из лучших, на русский язык. Сильно отстаёт от английского, доступного на сайте выше.

http://www.fansubs.ru - помимо, наверное, самого лучшего русского архива субтитров имеется форум, где ведутся работы по их подготовке, многие сабы можно взять ТОЛЬКО там.
http://subs.com.ru - ещё один запасник субтитров, в том числе к японским фильмам.

http://tenshi.spb.ru/anime-ost/ - качать не более, чем три файла одновременно, по 1 потоку на файл.

Dakara Boku wa, H ga Dekinai.
Onii-chan Dakedo Ai Sae Areba Kankeinai yo ne!
Sakurasou no Pet na Kanojo
Kami-sama Hajimemashita
Tari Tari
Sukitte Ii na yo.
Chuunibyou demo Koi ga Shitai!
Kyoukaisen-jou no Horizon II
Koi to Senkyo to Chocolate
Kore wa Zombie Desuka? Of the Dead
Hagure Yuusha no Aesthetica
Upotte!!
Bakuretsu Tenshi
Rocket Girls
Yuru Yuri 2
Boku wa Tomodachi ga Sukunai
Maji de Watashi ni Koi Shinasai!!
Btooom!
Kokoro Connect
K
R-15
Elfen Lied
Asu no Yoichi!
Mondaiji
Campione!
Magi
Haiyore! Nyaruko-san W
Usagi Drop
Gakuen Mokushiroku: High School of the Dead
To Love-Ru: Trouble - Darkness
Tonari no Kaibutsu-kun
HenNeko.
OreGairu
Acchi Kocchi
Aoi Sekai no Chuushin de
Blassreiter
Hyakka Ryouran: Samurai Bride
Canaan
Vividred Operation
Nisemonogatari
Blood Lad
The Sky Crawlers
Tekken: Blood Vengeance
Gekijouban Sora no Otoshimono: Tokei Jikake no Angeloid
Hagane no Renkinjutsushi: Milos no Seinaru Hoshi
Gin-iro no kami no Agito
eX-Driver the Movie
Eiga K-On!
Coquelicot Saka kara
Starship Troopers: Invasion
.hack//Sekai no Mukou ni
Nagagutsu wo Haita Neko 80 Nichikan Sekai Isshuu
Momo e no Tegami
Houkago Midnighters
Cowboy Bebop: Tengoku no Tobira
Dead Leaves
Mass Effect: Ushinawareta Paragon
Genius Party
Little Witch Academia
Jin-Roh
Ookami Kodomo no Ame to Yuki
Naruto the Movie: Road to Ninja
Honoo no Chuunin Shiken! Naruto vs Konohamaru!!
Kotonoha no Niwa
Kumo no Mukou, Yakusoku no Basho
Evangelion Shin Gekijouban: Q
Gekijouban Toaru Majutsu no Index: Endymion no Kiseki
Accel World OVA
Mahou Tsukai Nara Miso o Kue!
Bakuretsu Tenshi: Infinity
Nazo no Kanojo X: Nazo no Natsu Matsuri
Boku wa Tomodachi ga Sukunai OVA
R-15 OVA
Nozoki Ana
High School DxD OVA
Dakara Boku wa, H ga Dekinai. (2013)
Black Rock Shooter
Cyclops Shoujo Saipuu
Gakuen Mokushiroku: High School of the Dead - Drifters of the Dead
Touhou Niji Sousaku Doujin Anime - Musou Kakyou
Gokicha!! Cockroach Girls
Rescue Me!
Kagaku na Yatsura
Yumekuri
Buttobi!! CPU
Nana to Kaoru
Sono Hanabira ni Kuchizuke o
Nekomonogatari (Kuro)
Hyouka: Motsubeki Mono wa