1. Людям, которые спрашивают про российский проект вот, пожалуйста: http://distributed.ru/forum/?a=forum&forum=29

DrugDiscovery@Home - распределенный вычисляя проект который использует силу персональных компьютеров распределил всемирно. Время вычисления добросердечно обеспечено волонтерами всемирно которые хотят сделать их удар в открытие новых снадобиь в полях биологии рака и стволовых клеток. Наш основной интерес исследования развитие новых терапий для рака и gerontology. Наш проект приведен в действие он-лайн общиной волонтеров которые дарят их производительность компьютера помочь модельным взаимодействиям снадобья. Когда наш проект готов, любое может участвовать путем регистрировать и загружать програмное обеспечение автоматически для того чтобы выполнить анализ. Наш проект использует инфраструктуру Berkely открытую для Networked вычислять (BOINC), одно из доминантных разрешений для проектов волонтера вычисляя. По мере того как применения мы используют теперь фактически програмное обеспечение скрининга Autodock4.2, соединенное к програмному обеспечению динамики GROMACs молекулярному. Эти применения использованы для уточнения структур 3D для автономных моделированных biotargets и в конструкции снадобья silico основанной структурой. Главное рационализаторство проекта польза высокопроизводительной молекулярной динамики для основанной структурой конструкции снадобья.

Пока опишу вкратце, потом сделаем подробнее тут и на сайте на английском. Собственно у нас сейчас тестируется корреляция между компьютерными вычислениями и экспериментом по следующим трем направлениям:
1) Докинг программой Autodock. Это грубо говоря тыкание малыми молекулами в белок, который представляет интерес как терапевтическая мишень. Мы используем сейчас активный сайт т.н. рецепторов Frizzled, которые важны для регуляции активности стволовых клеток, а также гиперактивированы в ряде онкологических заболеваний). Собственно мишень я взял из своего диссера, но мы сейчас еще ряд мишеней подбираем, которые хотелось бы изучить и для которых есть много экспериментальной информации по биологически активным соединениям, т.е. есть с чем сравнивать.
2) Докинг программой Autodock методом Relaxed Complex Scheme. Суть в том, что в клетке белки находятся в постоянном движении и даже когда они связаны с молекулой лекарства, они тоже движутся и лекарство взаимодействует с белком, который постоянно немного меняется. В отсутствии лекарства он меняется сильнее. Когда белок связан с лекарством он меняется меньше и более специфически (т.е. белок можно описать набором равновесных структур). В методе RCS берется набор структур белка с известным лекарством например и эти структуры используются для докинга с неким усреднением результата. Когнда известного лекарства нет задача усложняется и сейчас в группе напрмиер Andrew MacCammon (http://mccammon.ucsd.edu/ ) идет доработка метода когда лекарства не нужны (этот же метод используется в проекте FightAids@home в котором группа МакКаммона тоже участвует).
3) Изучение подвижности органических соединений в комплексе с белком методом молекулярной динамики (GROMACS). Хотелоось бы реализовать т.н. высокопроизводительную молекулярную динамику, но нужны расчетные мощности.
Желательно в несколько раз большие, чем сейчас есть у проекта. Этот метод вроде бы хотели использовать в GPUGRID, но пока в основном используют его для изучения белков, а не моделирования лекарств. Частично молдинамику использует проект Docking@home, но без растворителя и в органиченном варианте. Так что наш проект по сути единственный, который использует такой подход для разработки лекарств. Собственно пришлось решать вопрос с параметризацией органических соединений для GROMACS (изначально рассчитан на белки только).

Дя всех трех методов интересует изучение корреляции с экспериментом.
Пункт 3 осушествляется на 2м этапе после пунктов 1 и 2.

Используется открытая база органических соединений ChemBionet (названия соединений типа ChemDiv) и т.п. Вы можете видеть в названии воркюнитов.

По результатам работы пока одно на наш взгляд перспективное
вещество показало активность и дальше будет тестироваться собственно на ту ли мишень оно показало активность. Это на самом деле намного меньше, чем мы ожидали, но это результаты только п.1. метода, докинг.
Пункты 2 и пункты 3 предполагаются как более точные методы.
Сообщения об ошибках и проблемах по прежнему актуальны.
Но есть ряд платформ на которых ошибок много, типа FreeBSD(просьба писать в Альфа тестирование). Под Windows и остальные наиболее распространенные Linux OS должно работать нормально.
Для ускорения работы нужны большие расчетные мощности.
Собственно для этого мы планируем активно порекламировать открытый бета-тест.
А пока для затравки даю пргласительный код (тсс никому не говоритьIMAGE, очень простой:
Wellcome

Сергей Вильянов

http://www.3dnews.ru/offsyanka/Foldinghome/

По мнению профессора, если сравнить проект с попыткой понять принцип работы автомобиля, сейчас можно было бы говорить о постижении причин, из-за которых колеса сделали круглыми, а не квадратными. Но есть еще некоторые сомнение по поводу восьмиугольников. Все же остальное, от устройства двигателя внутреннего сгорания и климат-контроля до формулы краски кузова, не изучено вообще никак.

Справедливости ради, следует заметить, что вопросы о конкретных результатах "здесь и сейчас" обычно задают новички, плохо представляющие, как работает современная наука. Между тем, участники со стажем ощущают себя кем-то вроде старателей, помогающих ученым отгребать пустую породу. Привлекать к этой неблагодарной работе высокооплачиваемых профи (читай - суперкомпьютеры) бессмысленно, они вступят в бой, когда найдут первые золотые слитки. Но случится это (если, конечно, случится) нескоро, хотя с появлением новых мощных GPU и действительно многоядерных CPU дело может пойти поживее: уже сегодня руководители проекта обещают вскорости достичь производительности порядка 100 петафлопс. То есть число пальцев, устремленных в небо, существенно увеличится…

оптимизма ближе к концу становится как то немного:)

В конце концов, нигде нет столько параноиков, как в тусовке альтруистов.