Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

Собираюсь винду ХР SP3 x86 сносить... Для розеты, что лучше из окошек ХР или 7? х86 или 64? (что бы флейма не было, вопрос поставлен узко только про винду, виртуальные линухи и не виртуальные не предлагать)
Периодически запускаю фолд-клиент для ГПУ.

А как удается каждый день получать проекту "Предиктор оф дэй" ежедневно? Ведь логично что однажды их будет за день десяток, а иногда ни одного с неделю.

По поводу выбора битности было:

ответ для LeonMer
Никак не отразится. Розетта сама по себе 32-битная.
А поддержка 64-бит в BOINC уже очень давно вообще-то.
Есть даже список проектов, реально поддерживающих x64:
http://distributed.org.ua/forum/index.p ... topic=2710.

Насчёт XP или 7. По моему опыту ни "+" ни "-" не обнаружил.

Это наилучший результат за день. В другой день для того же задания может найтись ещё более лучший результат.
Вообще Розетта считает методом "пальцем в небо"

у меня в 7 x64 c2d6420 2.13@2.66 = E8500 3.16 в XP x86

Т.е. 7-ка х64 предпочтительней обычной хрюши... Принято, добавленно в задание.

Тут больше разрядность системы,чем ее версия.

bi6a
integer MIPS в 64-х разрядной винде в 2 раза выше...

...и, соответственно, Claimed Credit тоже несколько выше...

Даже больше чем "несколько". Если MIPS в 2 раза больше, то Claimed Credit порядка 50% увеличиваются. Правда соотношение Claimed Credit / Granted Credit хуже станет, т.к. реальное ускорение в отличии от бенчмарка намного ниже, т.е. к примеру +50% Claimed и +10%Granted

Так а теперь апдейт информации по проекту. Наверно не многие читают оригинальный форум Розетты, да и с английским не у всех хорошо. Поэтому небольшая заметка от меня, о том что присходит сейчас в научной части Розетты.
Собственно главная новость - недавно (в январе) наконец-то началась настоящая реальная работа нацеленная на практические результаты.
Если кто не знает, то практически все, что мы счититали до этого времени это было моделирование уже известных (изученных лабораторным способом) протеинов. Цель этого была не найти какое-то "лекарство" или изучить новые виды протеинов (нет наоборот брались хорошо изученные), цель была в совершенствовании методологии и копьютерных алгоритмов. Чтобы сделать их точнее (результат моделирования был ближе к происходящему в реальности) и эффективнее (достигать нужного результата используя меньше компьютерных ресурсов).
Именно с этим связан частый выход новых версий, большое количество разнообразных ошибок и отсутствие даже намеков на GPU клиента - просто алогоритмы постоянно и часто меняются, причем речь не о технических изменениях типа оптимизаций под какой-то процессор или систему команд, а о переделках самой научной логики лежащей в основе моделирования.

А в яваре стартовал новый тип исследований. Моделирование взаимодействия белков между собой (и не только белок-белок, а и других веществ с белком), дабы попробовать найти белки/вещества блокирующие определенный целевой белок, характерный для какой-либо болезни или вируса.
Точнее первая попытка таких исследований была еще в конце 2008-го года, но тогда никаких хороших результатов получить не удалось. Как оказалось, достигнутого тогда уровня моделирования оказалось недостаточно. Алгоритмы давали слишком много ложных сигналов, которые потом не подтверждались при лабораторных тестах.
Сейчас (через год с лишним) начинается вторая стадия таких исследований, и использованием усовершенствованных алгоритмов.

Добавлено спустя 38 минут 50 секунд:
Среди первых "целей" (целевых белков) на которых будут проводиться испытая были отобраны несколько. Я не очень хорошо понял все описания, более менее-понятны 2:
1. Гемагглютинин (hemagglutinin) - белок играющий ключевую роль в функционировании различных штаммов вируса гриппа
Ссылка на Вики: http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0% ... 0%B8%D0%BD

2. Белок 2CGQ. Это цель связана с бактерией Mycobacterium tuberculosis (в просторечьи "Палочка Коха"), вызывающей туберкулез.
Этот протен обесечивает этой бактерии отличную защиту от имунной системы человека и лекарств, т.к. участвует в выработке жирных кислот, постоянно покрывающих бактерию снаружи сплошным слоем.
Ссылка на Вики: http://ru.wikipedia.org/wiki/Mycobacterium_tuberculosis

Собственно цель начавшейся стадии исследований путем моделирования, найти подходящие вещества которые могли бы разрушать или блокировать работу означенных белков, не причиняя вреда остальным. При нахождении таких, они будут испытываться в лаборатории на реальных вирусах/бактериях.
По первому (Гемагглютинин) из полученных результатов уже была отобрана первая партия из 15 "кандидатов" и в начале февраля отправилась в лабораторию для испытаний. После чего была добавлены еще задания этого типа(чтобы собрать еще кандидатов), плюс запущены в моделирование несколько других белков (2CGQ из палочки Коха и несколько других). Может некоторые заметили как тогда очередь заданий от ~300-500 тыс., сразу выше 4 млн. жаб подпрыгнула.

Добавлено спустя 27 минут 25 секунд:
Эти задания имеют особенности. На заставке отсутствует окно "Native" и RMSD (т.к. нет известной природной структуры, с которой можно было бы сравнивать получающуюся модель) и имеются особенность в расчетах - в одном задании попадаются "маленькие" и "большие" модели.
"маленькие" это когда алгоритм на ранней стадии определяет что вообще никаких взаимодействий не предвидится и отбрасывает ее быстро переходя к следующей (1-3 минуты).
"большие" - когда признаки взаимодействия есть и запускается полноценное моделирование (до нескольких часов на 1 модель).
Поскольку в розетте кредиты начисляются пропорционально количеству посчитанных в задании моделей, то в случае если ваш копьютер нашел удачную модель ("большую" - для которой запустилось подробное моделирование), то за эту жабу вы полчите очень мало очков.
А если таких не попадалось - то наоборот несколько больше среднего. В целом получаются стандартные суммы, т.к. одно другое компенсирует, просто начисления идут неравномерно.

Обычно в названии заданий таких типов стоит пометка Protein_interface_design, к примеру так: tyrsim_3gbn_2w47_Protein_interface_design_01Feb2010_17670_24_0
Но не обязательно - во первых как я понял там 2 команды ученых занимаются сейчас этим, и вроде только одна отмечает свои задания таким образом. Плюс в очереди еще осталось много январских заданий, а отметку "Protein_interface_design" начали ставить только с начала февраля.

Ну хоть что-то конкретное вырисовывается. Тоже немного почитал. Там ещё речь идёт об инсулиноподобном факторе роста 1 который может иметь отношение к росту некоторых опухолей.
Мы тоже стараемся - http://www.pharmvestnik.ru/text/18004.html
Хотя грипп не доставляет. Ещё один ингибитор и будет ещё один тамифлю или реленза. Вариант с натуральной оспой я думаю нам не светит.
Про tbc интересно, что получится, если нам доложат о рез-тах. Или узнаем только от Вает-Ледерле, Пфайзер, Рош и прочих. Вспоминается случай про нашего парня с tbc приехавшего в США. Сколько кипиша было. У них он считается практически побеждённым ещё с 60-х годов. Так что новые "колёса" будут (если будут) в основном для нас и прочего третьего мира.

1) Поставить локальный кеширующий прокси и трафик от R@H через него пускать;
2) Установить максимальное время счета в настройках R@H.

Поподробнее можно?

Кстати я несколько Rossmanов получил. По тому и заметил некоторые изменения.

Behc
место работы не позволяет никаких сторонних программ поставить, и потом и так интет через 2 прокси ходит (ФСО + ФСБ и незнамо что ФАПСИ еще делает с трафиком).
PS боинк прозрачно работает потому и проходит трафик, фах рубиться на корню ISA.

ФАПСИ же расформировали? И передали ее функции фсб.

scalp
По-моему, то что-то путаешь. Есть некий процент инфицированных людей без симптомов, но даже для нас он не такой большой.

Он наверно с герпесом перепутал.
Вот он говорят действительно есть у 90-95% взрослого населения. Но в здоровом организме себя никак не проявляет, активируясь только при сильном ослаблении иммунитета.

sgrinns
хз, кусочки то остались, вот и у нас сидят, а к какому ведомству их относить что то не тянет спрашивать =).