Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

Здравствуйте.
Поставил клиент, настроил под себя, считаю потихоньку.
Вопрос (может показаться тупым): что значат красные точки на правом нижнем графике?
#77

targitaj, у меня тоже проц на домашнем компе слабоват для SMP, поэтому решил запустить на нем Розетту. Разбираться с установкой и регистрацией - не дольше чем с SMP-клиентом. Я думаю стоит всё-таки зарегистрироваться, тем более что проект уже приносит конкретные результаты, в отличие от Фолдинга.

Aguti
Насколько я знаю, красные точки это результаты по предыдущим(законченым) моделям в этом задании(жабе). А серые - промежуточные результаты текущей (расчитываемой в данный момент) модели.
Сам же график это соотношение энергии (в поиске минимума которой и заключается расчет) и RMSD (показатель оценивающий насколько модель близка по трехмерной структуре к реальному белку, если его точное строение уже было определено ранее эксперементальным путем)

ice--9
Именно. Причем при имеющихся ресурсах (вычислительной мощности) в десятки раз меньше (~ 100 ТФЛОП, против петафлопов фолдинга)

Mad'Max, да, похоже КПД у Розетты гораздо выше. К сожалению не имею возможности перебросить остальные машины на Розетту из-за её потребности в приличном объёме траффика.

Вопрос: планирует ли проект в ближайшее время начать использовать GPU?

ice--9
А если к примеру 12 часовые задания поставить считать (вместо дефолтных 3 часовых)? Трафик примерно в 4 раза снизится. Или все-равно много?
Нет, GPU клиентов не планируется. Алгоритмы часто меняются (в среднем где-то раз в месяц примерно) и ресурсов на постоянную переделку новых версий под GPU нет и пока не предвидится.
Вообще еще раз напомню - в Розетте главная цель это и есть как раз разработка эффективных алгоритмов (в отличии от фолдинга, где алогритмы стандартные и давно известные). Цели нахождения каких-то конретных лекарств или изучения конкретных болезней в Розетте вообще не ставится. Все что получается найти (в том числе первая удачная находка с ингибитором гриппа) это всего лишь "побочный продукт" - результат проверки/демонстрации текущего достигнутого уровня в разработке алгоритмов. Первое "глобальное тестрирование" было предпринято в 2008 году. Тогда результаты признали неудовлетворительными и розетта еще на ~1.5 года ушла в стророну совершенствования алгоритмов. Новое маштабное тестирование началось в начале 2010. В этот раз удачнее.
Глобальная же цель - разработать такие алгоритмы, которые позволяли бы быстро(с минимумом вычислительных ресурсов) и точно опеределять трехмерную структуру неизвестных белков только по их аминокислотной формуле и моделировать результаты взаимодействий белков друг с другом. А уж по ее достижении, можно будет запускать глобальный чисто "расчетный" проект (типа фолдинга), который будет штамповать новые белковые структуры и модели для разработки лекарств как на конвеере.
Хотя если "побочные" результаты будут представлять какую-то практическую ценность, то их конечно никто "выбрасывать" не будет, а постараются использовать по максимуму.

Mad'Max, да там не только в трафике дело а ещё и в организации самого доступа в "паутину". Вот если бы можно было таскать задания с машины на машину, как в фолдинге.



Правильно я понимаю, что Розетта - более творческий проект?

ice--9
По-моему, подход в Розетте более оригинальный и эффективный. Фолдинг - это как мозговой штурм: много ресурсов, результаты планомерные и умеренные. Но считать в Фолдинге интереснее, и настроек больше, и клиентов море, и задания сильно различаются, и поддержка железа куда шире...

Ну да, можно и так сказать. Если образную аналогию привести, эти команды можно описать так:
допустим в давние времена есть 2 "деревни" которым по какой-то причине очень нужно полностью разрушить (или прорубить проход) в очень большой и очень прочной скале.
Ни взрывчатки ни тяжелой техники еще не изобретено и не существует.
Лидеры 1-й(ученые фолдинга), раздают всем свободным жителям (кранчерам) кирки и кувалды(привычные и стандартные инструменты, т.е. в нашем случае алгоритмы) и они начинают долго и упорно по капельке долбить эту скалу. И когда-нибудь они ее обязательно раздолбят, если не помрут со старости к тому времени. Ну если что дети/внуки закончат и результат рано или поздно будет достигнут...

Лидеры 2-й вместо этого садится и начинают разрабатывать взрывчатку, а имеющиеся в их распоряжении людей частично отправляют собирать/добывать ингредиенты, другую испытывать взрывчатые составы, которые у них получаются.
Если у него получится создать что-нибудь действительно стоящее (как когда-то Нобель изобрел динамит быстро изменивший весь горнопромышленный комплекс), они начнут разносить эту скалу большими частями вдребезги, только успевай отгребать дробленую породу. И быстро догонят и намного перегонят 1-ю команду, а потом еще и поделятся со всеми желающими формулой и самой эффективной методикой закладки зарядов.
Все вроде замечательно и только так и нужно действовать, но есть вероятность, что ничего действительно стоящего придумать вообще не получится, пройдут годы, а ничего луче чем подобие "пороха" (который вроде и взрывается, но для скальных работ практически не пригоден) не получится.

Хотя еще одно принципиальное отличии фолдинга и розетты есть. За счет того, что фолдинг моделирует все "в лоб"(на самом низком квантово-физическом уровне отдельных атомов), он в результате получает не только точную структуру белка, но и пошагово весь процесс его сворачивания из аминокислотных цепочек в готовый белок. Т.е. отвечает не только на то, ЧТО получится и с какими свойствами, но еще и КАК это происходит. В Розетте же ищется только конечный результат - какова структура белка с заданной аминокислотной формулой или что получится при взаимодействии двух белков друг с другом или другими(не белковыми) веществами. Процесс сворачивания в ней тоже имеется, но он идет совсем не так как в природе. А есть некоторые относительно редкие болезни (типа болезни Альцгеймера), для которых важно именно КАК белок сворачивается (на данный момент считается, что они вызваны нарушениями именно в процессе сворачивания), на которые розетта ответа дать не может.
Впрочем для подавляющего большинства биологических задач знать КАК(весь молекулярный процесс в динамике) не обязательно, достаточно знать только структуру и конечный результат тех или иных взаимодействий. И цель Розетты состоит в том, чтобы научиться находить ответ на этот вопрос очень быстро и с использованием минимума вычислительных ресурсов.

Hil, а по-моему на мозговой штурм это не похоже, скорее на брутфорс)

Mad'Max, спасибо за разъяснения) Про "деревни" примеры весёлые
Если не секрет, откуда такие глубокие познания о том, чем мы тут занимаемся? Читая официальные гайды и факи всё равно трудно с ходу понять суть, у тебя же - как будто хороший конспект читаешь, хоть сейчас на экзамен можно отправляться

ice--9
Ага, фолдинг чистый брутфорс и есть. Он "разнообразный" только всмысле оптимизаций под разное железо. (кстати это тоже одна из отличительных черт всех брутфорсеров - выжать из железа все) GPU клиенты и SMP вроде они сами делали/портировали, на базе стандартных алгоритмов. Причем SMP насколько я понимаю, там не тупо расчет 2/4 (по числу ядер) жаб паралельно, а именно обработка одной модели распаралеленная на имеющиеся ядра(что гораздо эффективнее, но не так просто сделать, в отличии от N паралельных независимых заданий). Т.е. команда кодеров там хорошая. И с точки зрения чисто кранчига, там интересней (куча клиентов разных, разного железа поддерживается, разных типов заданий с бонусами и без и т.д.). Но научная часть алогритмов (как именно проводить моделирование, а не то как написать это на конкретном языке программирования под конкретную железку) там самая стандартная, часть алогритмов еще с середины 90-х годов.
В Розетте же фокусируются на научную часть алогритма - КАК проводить моделирование. С программерами и кодерами же у них похуже и они еле успевают за учеными хоть как-то написать очередную идею в стандартном однопроцессорном коде и отловить основные ошибки, как от ученых очередной вариант/модификация алгоритма приходит(а "давайте вот эту часть попробуем вот таким образом считать"), и начинай программировать заново.

Знания - в основном с форума Розетты, в начале (когда проекты себе выбирал) большую часть там перечитал по интересующим меня темам. Кое что там же и уточнял в процессе, там кроме администрации и програмиста еще несколько ученых переодически появляется, которым можно вопросы задать. И сам Девид Бейкер (глава лаборатории) иногда заглядывает, если есть что-то важное(он там что-то вроде мини-блога ведет, в котором рассказывает о самых важных по его мнению вещах происходящих в проекте).
Сейчас уже только за новостями слежу. И тут соотвественно выкладываю краткий вариант по русски, т.к. большинству влом на английском читать, несмотря на то, что сама по себе тема им интересна.

Mad'Max, спасибо за информацию!!

Повторю своё IMHO:
Mad'Max будет лучшим куратором обсуждения Розетты всех времён и народов (если, конечно, сам захочет. ). Во всяком случае, гораздо лучшим, нежели нынешний "свадебный генерал".

поддерживаю.....за последнее время подчерпнул массу полезной информации из уст этого камрада по этому проекту

Mad'Max
Я разбираюсь в квантовой физике(хоть и не на профессиональном уровне но всё же...)
Так вот, брутфорса у розетты больше, т.к. она просто берёт "форму" молекулы и считает для неё E, там где она минимальна-она правильная(конечно я тут упрощённо рассказал, но в общем так). Но не факт что будет правильная(только если перебрать все варианты). Хотя этот метод по скорости очень даже эффективен. Да и в основном всё таки правильные результаты.
А в F@H считают именно взаимодействие между аминокислотами(на атомном уровне). Это намного сложнее, зато структура ТОЧНО БУДЕТ ВЕРНОЙ. Да и к тому же картина свёртки будет
P.S.Я лично считаю розетту.

Mad'Max
Если ты согласен, сделаем тебя куратором темы.

Msdos4
Ну да. Самая идея Розетты выглядит очень простой и можно сказать примитивной и базируется всего на нескольких принципах:
1. Трехмерная структура, которую образует белок полностью определяется только последовательностью аминокислот из которых он состоит, т.е. "одномерная" цепочка однозначным образом опередяет трехмерную стуктуру в которую белок свернется в конечном итоге.
2. Из всех возможных конфигураций - правильная имеет минимально возможную энергию для этой цепочки.
Отсюда и простой вывод - не важно как именно вести моделирование, если найти конфигурацию с минимальной энергией, то она и будет соотвествовать реальной 3д структуре белка "в природе".

Вроде дальше все просто - перебери все возможные физически допустимые варианты выбери из них с минимальной энергией он и будет правильной структоруй. Вот это был бы чистый брут-форс. Проблем в том, что таких вариантов чрезвычайно много(т.к. даже самые простые белки состоят из нескольких тысяч атомов, которые можно сложить практически в бесконечное количество возможных комбинаций) и для их полного перебора потребовалось бы еще намного больше ресурсов чем в подходе FAH (вести полноатомное моделирование с очень мелкими шагами), так что смысла никакого не имеет. (лучше уж как FAH делать - получим еще и динамику свертывания)
Вся интеллектуальность Розетты состоит в разработке алгоритмов (даже правильнее сказать не алгоритмов, а "стратегий", чтобы не путать с програмной реализацией) поиска этой конфигурации с минимальной энергией с минимальными затратами вычислительных ресурсов. Простые алгоритмы неизбежно попадают в ловушки "локальных энергетических ям", т.е. находят один из множества локальных минимумов и на нем застревают, т.к. чтобы найти следующий минимум нужно двигаться в сторону возрастания энергии и главный путеводный критерий (уменьшение энергии) отсутствует.
И дальше идут в ход можножество разных алгоритмов и их комбинаций. Среди них есть:
1. Шаблоны - в базе данных по белкам с известной (из экспериментов) структурой ищутся белки частично похожие на анализируемый, обычно находятся частичные совпадение, когда небольшая последовательность из аминокислот анализируемого белка совпадает с таковой в одном из уже известных, тогда этому участку белка придается 3х мерная структура взятая из белка с уже известной структурой.
2. Есть и элементы брутфорса, когда перебираются десятки, а иногда и сотни тысяч возможных вариантов и просто выбирается минимальный.
3. Есть частичное моделирование, когда идет частичный приближенный расчет взаимодействий, но не не на уровне отдельных атомов, а для больших сегментов/групп атомов.
4. Есть и нормальный полноатомный расчет (такой же как в FAH) - это обязательный элемент. Обычно идущий в самом конце, дабы "отполировать" модель полученную на предыдущих этапах. Но иногда он используется и как промежуточный.
это еще не все импользуемые методики. И построить на них полностью автоматизированный алгоритм очень непросто. Итересующиеся могут поиграть в "игру" FoldIT (так сказать "приложение" к Розетте) - там как раз нужно сворачивать белки, можно крутить вручную (буквально дергая и сгибая элементы белка в произвольных местах), можно использовать уже имеющиеся стандартные алогритмы (практически такие же, как используются в розетте), можно писать собственные скрипты, которые будут вести автоматический поиск по заданной лично вами статегии(с использованием тотечных воздействий и стандартных подпрограмм с варьируемыми параметрами). Цель такая же - свернуть в структуру с минимальной энергией. Среда будет только следить, чтобы не нарушались физические законы, расчитывать "очки" и визуализировать это, в остальном полная свобода действий.
Я в ней уже 2ю неделю "играю". занятие довольно интересное - есть где и грубую силу нужно применить (в виде авто-молотилки по программе, фактически аналог кранчинга), есть где подумать головой надо, часто одна удачная ручная правка приносит пользы больше, чем часы работы скриптов. И пока что люди заметно "обыгрывают" Розетту - сейчас там идут белки с CASP9 (своего рода международного совернования по определению стуктуры белков), в качестве шаблонов / стартовых точек, обычно служат как раз модели, которые выдала Розетта (там 2 стадии обычно - сначала задания сдают сервера, на них выделяется небольшое время, менее суток обычно, 2-я где работают люди, на нее выделяется больше времени и можно их сдавать позже) и у людей получается существенно улучшить модели (т.е. добить меньшей энергии) чем созданные розеттой. Т.е. алгоритмам еще есть куда совершенствоваться. По аналогии с шахматами, это если бы обычный человек (любитель) мог профессиональную шахматную программу высшего уровня спокойно обыгрывать.

Кстати Российская команда там 4-е место в мире держит. Причем держится команда фактически на 2х фанатах сейчас. Я на днях на 3-е место в команде вышел, остальные сдулись, а большинсво вообще с нулем на счетах сидят (т.е. либо вообще не поняли что надо делать, либо не смогли ни одной модели хоть отдаленной похожей на правду свернуть).

P.S.
Кстати кто за FAH следит (я давно уже ничего по нему не читал) - они в CASP9 участие принимают? Это же своего рода независимая проверка / соревнование между группами учетных, которое реально показывает, кто что может и чего реально добился...

Добавлено спустя 18 минут 14 секунд:
Hil
Хм, что кураторство предполгает? Какие права/обязанности? Единсвенной что про это знаю, что можно первый пост темы редактировать и там мини-FAQ делать. Что еще? (не модером ни куратором раньше ни на каких форумах не был)

А так я в общем не против. Хотя заранее предупреждаю, регулярно заходить не могу. Обычно времени на РВ нет, только железки на автомате считают. Когда появляется лишнее время и желание, делаю "набеги" на сайты проектов в которых участвую, читаю новости и выборочно форумы, если что интересуют задаю вопросы там же на форумах. Если покажется что-то инетересным для общей аудитории по Розетте еще захожу сюда, дабы краткий пересказ по русски написать. И потом до следующего "набега" (который может быть и через пару дней, а может только через месяц, как сложится...)

Редактировать сообщения, удалять сообщения, закрывать-открывать тему, в основном. То есть выполнять функции модератора в одной отдельной теме. Обычно из этого используется только редактирование, но вполне можно и оффтопик вычищать.

Mad'Max, а где можно найти информацию по FoldIt! на русском?

Hil
Ок, можно считать должность принял. Кнопки редактирования вижу.

ice--9
К сожалению поднобной информации на самом проекте нет. Только английский, немецкий, итальянский.
Вот нашел перевод статьи, посвященной запуску проекта: http://www.vechnayamolodost.ru/pages/dr ... elkov.html
Для общего представления можно почитать, детали к сожалению только на иностранном.

принимайте в команду ))))

простите за тупой вопрос... на видяхе же Rosseta не считается ???