Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

вот как раз и валидное.в этом то и дело.


при выставленных 16 часах,нередко считает до 10к.

большое спасибо за разъяснение Mad'Max! а я на самом деле думал, что всё проще чем на самом деле

Только стерео пойдет в несжатом виде. А сжимать на лету в AC3 - нужен пак дров на одиджи 2 (ну или новые титаниум - в них этот пак встроен). У процесса высокий приоритет, но почему-то все равно не хватает. Причем еще не так давно все ок было.

bi6a
А пришли ка ссылку на это задание (с сервера розетты). Если его еще не удалили. Или более свежее с подобными симптомами(т.е. с временем выполнения во много раз меньше целевого времени), если этого уже нет в истории.
Посмотрю в логе, из-за чего такое могло получиться...
Может новый баг поймаем и на исправление отправим.

2 ALL
Кто подписан на эту темы - у вас уведомления о новых ответах нормально приходят?
Мне почему-то они не приходят вообще, хотя при этом из других тем этого форума - приходят, т.е. в принципе рассылка уведомлений работает и до моего мыла доходит, но не по этой теме.
Из-за того, что я куратор что-ли...

Тоже не приходят) вроде я не куратор)

с уведомлениями конечно не помогу, не подписан, захожу всегда так, специально
а задание с коротким временем тоже иногда бывают, задание не ошибочное
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/resul ... =386683334
хотя выставлено на 6 часов.

Да, вроде как нормальное, в логе тоже полный порядок. Странно, спрошу на форуме у разработчиков, фича это это или баг.

Обновление по проекту, доктора выложили новую большую публикацию подводящую итоги работ по моделированию за последнее время.
Аннотация тут: http://www.miketyka.com/2010/12/energy_landscapes/
Полная версия статьи: http://www.miketyka.com/data/mtyka_dkeedy_2010.pdf
Все на английском разумеется.
Кто не знает и/или "многа букв" (с) - далее краткое содержание в моем изложении.

Исследовался вопрос качества моделей получаемых при помощи текущего уровня алгоритмов Розетты. В частности вопрос почему не удается довести модели до "идеала" - несмотря, на то что модели в целом получаются хорошие, все-равно остаются существенные расхождения с экспериментальными данными и еще дальше "улучшить"(приблизить к эксперементальным) уже не получается.
Обобщены данные по 111 белкам, моделировшимся в R@H в разное время, в общей сложности 80 миллионов моделей посчитанных по ним. + все доступные экспериментальные данные по этим же белкам.
И выясняется что в большинстве случаев расхождение(модель-эксперимент) вызвано уже не недостатками алогоритмов, а недостаточной точностью экспериментальных данных!.

1. В некоторых случаях это прямые ошибки в экспериментах, которые были обнаружены благодаря сравнению с моделями или результатов нескольких экспериментов между собой.

2. Во многих случаях это собственно не ошибки, а сама особенность сбора экспериментальных данных. Наиболее распростаненный на текущий момент способ это кристаллография, суть которого сводится к тому, что исследуемый белок как бы "замораживается" в кристалле (я не в курсе как на самом деле это происходит), а потом с этого образца делается множество рентгеновских снимков с максимально возможным разрешением. Так вот сам этот метод влияет на исследуемый белок - из-за того, что он находится не в свободном состоянии, а окружен кристаллической решеткой - его форма (которая потом фиксируется на ренгеновских снимках) несколько изменяется из-за взаимодействия с ней, особенно в наружних и "подвижных" частях. Когда попробовали запускать моделирование с учетом такой решетки по тем же алгоритмам розетты - расхождение между моделью и экспериментальными данными резко уменьшалось. С учетом того, что вообще-то ученых интересует форма/структура белка в условно свободном состоянии (например в физиологической жидкости внутри организма), а не "вмороженного" в кристалл, то расчетная модель уже сейчас может давать более точные данные чем эксперимент.

3. Часть расхождений из-за того, что розетта моделирует изолированные молекулы белков, а в природе белки часто формируют что-то вроде полимера(олигомера), когда окружены такими же молекулами. Это можно сказать и недостаток алгоритмов, хотя не совсем - например для расчета взаимодействия с другими белками больше подходит как раз такая изолированная модель, а не "натуральная" (форма белка в котором он находится в реальном организме ДО начала взаимодействия).

4. Часть случаев выяснила что у некоторых белков есть несколько (2, иногда больше) состояний с практически одинаковой энергией - соотв. в природе они могут принимать одну из нескольких возможных форм. И розетта обнаружила одну из них, а в базах экспериментальных данных за "эталон" принята другая наиболее часто проявляющаяся в экспериментах. Т.е. значительное расхождение есть - а ошибки нет, оба варианта (и расчетный и экспериментальный) правильные.

Значит не зря считаем Интересно, в F@h есть какие-нибудь подобные результаты-выводы за последнее время?

Эх, господи, ну как-же много букв. Осатанеть можно.
Мне и от половины их хочется просто умереть, и ничего больше не считать. Ну, попроще-бы, а? Ну как-ни будь, дядьки, а?

Реальные результаты есть, и это хорошо. Недаром пять кислых набил. И спасибо моим предшественникам,что порекомендовали Розетту как альтернативный боинк-проект во время засилья ФаХа.

У меня задания перестали на сервер сливатся (около 40ка уже накопилось), у всех так или у меня проблемы?

TheSacrament
Тоже самое.

У них несколько серверов на данный момент не работают: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_status.php

У меня и новые получить не может.
3 ядра простаивают. Через пару часов и остальные встанут.

ЗЫ ФАХом нагрузить, что-ли?.. А то холодно становится.

у меня тоже опять крякнуло! и я не наученый горьким опытом так и не увеличил число заданий на определённое количество дней! где это можно сделать?

perest, на сайте в настройках учетной записи или непосредственно в настройках клиента (Дополнительно - Настройки клиента - Настройки сети - Загружать задания на ... дней).

ice--9, спасибо! выставил в клиенте! осталось теперь дождаться соединения... не думал что так часто они у них падают

после недавней поломки я тоже стал набирать на пару дней вперед

Не забываем запасной проект ) у меня тоже скоро кончатся задания на розетку. Spinhenge@home. А то получается только я и Behc отдувается. Надо поднажать))) По скорости счета мы там 42ые, в общем зачете 79ые