Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

гммм... а почему бы не сделать мейл-рассылку о том, что мелкие мощности в заначке очень бы пригодились в розете, проекте где не так сильна зависимости от новых архитектур и видеокарт

нужно только это нормально описать... а то я ещё в себя не пришёл после отравления... мозг не думает...

underworlddemon
угу а с утечками памяти как быть? Не менее 1 ГБ на ядро... Старое железо тут не особо. Хотя из приоритетных проектов со старым железом смысл есть только в Розетке.
Но на поэме у мя ща самые жалкие кулькуляторы жгут, потому как под Розеткой они даже виндой шевелить не будут, не говоря о работе для пользователей.
http://boinc.fzk.de/poem/hosts_user.php?userid=34461
Тут видно что считает, по в поэме от 3,5 до 25 метров на ядро... Розетка от 150 до 860 (замечал на своих куляторах)... А для "привлечения новых адептов в нашу секту" и стимулирования их на апгрейд может и такого проекта как поем хватить. ИМХО
Угу представляю сидит камрад с гигом на пеньке с НТ, и офигевает от розетки! А потом бац, осенило, пойду за оперативой, еще гиг! И то же самое, он в афиге! Сдается мне не за новым процом он побежит... А в "панель управления", а дельше от видны зависит..

А с этого места поподробнее. С 4 ядрами и 2 Гб памяти мне в розетте, выходит, ловить нечего? И даже с 2 ядрами, ибо под нужны ОС и прочего ПО тоже памяти требуется?
Таки становится понятно, почему в F@H, а не R@H основные силы команды.
P.S. А когда месячник то? Или же еще не все собрались после НГ праздников?

Мой рабочий комп из разряда "два ядра, два гига". Смотрю по диспетчеру задач, сейчас файрфокс жрет больше памяти чем оба ядра розетты вместе взятые (240 мб против 90+74). В пике потребление памяти было 285 мб на расчетное ядро.

еще раз про память в розетте...
#77
кстати, для мак ос они до сих пор не починили

corsi
Да можно, просто ограничить максимум занимаемой памяти (причем в процентах) в настройках БОИНКа... Делов-то!
Но хочется чо б все ядры считали, и работать не мешало, а когда крутишь чо-нить в каде, хром весело 20 окошками мигает, на фоне музычка рубит, антивирь решает проверить кого-то... Вот тут привет.
Snow
Бывало и такое что все восемь вычислений в гиг помещались, а бывало что комп зависал от свопания... Вот тут нужно проблемку в факе освятить.
DmGun
Да и для винды тоже чо-то тоже.

сперва надо дождаться пока наладют работу, а потом и подумаем когда точно его устроить

Вот это другой разговор.

Так это проблема со стороны докторов - все может наладиться, а потом и заново поломаться. Вроде о феврале речь шла - все, кто загулял в январе, вернуться успеют, и времени вполне достаточно, чтобы FAQ'и подправить и в случае, если оно будет, агитацию провести.

Внесу свой маленький вклад по мере возможностей
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_user.php?userid=407829

Вопрос - на сколько замедляют процесс вычисления игры? Как заметил игры вычисление практически не замедляет.

Ну вот и рабочая машинка осталась без заданий. 5 штук посчитанных заданий висят в очереди на отправку, новых заданий не дают . Наверно пора заводить тему про поем@дома.

У команды обычно около 200к RAC это примерно соотвествует суперкопьютеру производительностью 2 TFLOPS работающему 24/7
Правда это результат по бечмарку встроенному в BOINC (поскольку розетта начисляет кредиты на основе его данных - хотя и не напрямую, а усредняет по всем копьютерам считавшим одно задание), а он почему-то дает сильно заниженные результаты - в несколько раз меньше, чем тот же процесссор выдаст например в LINPACK (которым обычно скорость суперкопьютеров и замеряют). К примеру бенчмарк boinck дает на моем процессоре (Athlon II X2@3.3 Ghz) около 3-3.4 GFLOPs на ядро(и эти результаты потом идут для расчета всей статистики) при том что его пиковая производительность ~13 GFLOPS/ядро(4х3.3) и где-то 10-12 GFLOPS/ядро должно быть в LINPACK (хотя и не проверял - прикидка на основе результатов других процессоров аналогичной архитектуры и частоты)
Поэтому кредиты в розетте "весят" в несколько раз больше, чем в проектах где используются собственные схемы начисления кредитов.
Если грубо привести скорость к стандартной суперкопьютерной шкале, то это будет где-то 5-8 TFLOPS

xxxInKxxx
Добро пожаловать У нас тут технические проблемы в проекте, так что могут быть перебои с выдачей новых заданий.

Upd Скорее всего у тебя одно ядро уходит под игрушку, на втором ведутся расчеты. Вообще у расчетного ядра по умолчанию самый низкий приоритет, так что, теоретически, игры расчеты практически останавливают.

Snow

Тоже весит 1 отправка, но пока есть 4 задания

2 Гб на 2 ядра (и 2 потока т.е. 2 ядра без HT) живут нормально (по крайней мере на XP). Уже год с таким конфигом ротетту гоняю и работаю на этом же компе, обычно не мешает - гасить розетту приходится только если ресурсоемкую игрушку запускаю. Обычной работе (типа почтовый клиент + браузер с десятком вкладок/страничек + аська/ееаналог + офисная софтина/редактор + набор фоновой фигни типа музыки, антивируса, пунто и т.д.) не мешает.
а вот конфиг 4 ядра(потока) + 2 гига в розетте не жилец, вмысле если на нем только розетта крутится в выделенном режиме - то еще нормально(бошьшую часть времени все 4 ядра будут работать, изредка 4-е простаивать из-за нехватки памяти) но вот паралельно еще и своими делами на нем заниматься - уже нет, своп замучает.
Т.к. в среднем 1 процесс розетты от 250 до 500 мб кушает + под нужны ОС и фонового ПО.

Добавлено спустя 41 минуту 35 секунд:
Да насчет последнего падения и продолжающихся глюков информация.

1. Умер опять SAN(сетевое хранилище данных) как и в прошлый раз. Собственно тот же самый. То что его пора менять доктора были в курсе, уже были выделены деньги под это дело и как раз на январь была запланирована его замена на новый (к тому же более емкий и производительный, дабы потом еще на несколько лет иметь запас по мощности). Но не успели - старый SAN умер раньше, не дожив 2 недели до пенсии.

2. Проблема в том, что он не просто умер, а перед смертью некоторое время сильно потел мучался и глючил и вместе с собой похоронил рабочие данные проекта! Бекапа как водится не было, вмысле был но довольно старый (от 9 декабря) и не совсем полный. (т.к. объемы данных и кол-во файлов оч. большое - более 10 млн сейчас, то бекап этой кухни вещь длительная и ресурсоемкая, и обычно не критически важная т.к. от выхода из строя отдельных жестких дисков в нормальной ситуации спасает зеркалирование внутри массива, поэтому делается бекап не часто. Но в данном случае полетелили не сами диски, а электроника/оптика управляющая массивом которая и убила данные на нормально работающих дисках). Сейчас проект работает на данных развернутых из бекапа, которые постепенно заменяются/обновляются данными которые удается восстановить.

3. Задания не репортятся и не валидируются из-за того, что на серверах в основном крутятся старые данные из бекапа и сервер просто не знает, что это такие за задание вы пытаетесь ему прислать - т.к. на момент бекапа этих заданий еще просто не было! Так что скрипты не знают что это за данные и что с ними делать и отправляют клиента курить бамбук. Тоже самое с выдачей новых заданий - в очереди заданий вроде бы полно, но большая их часть это уже посчитанные или высланные кому-либо задания (за прошедший с момента бекапа месяц). Постепенно этот бардак будут разбирать и частично заменять восстановленными данными. По мере этого будут уходить часть готовых заданий стоящих в очереди и вываливаться пачки свежих. Например у меня часть готовых заданий 8-го числа ушла, часть 11 числа. Но еще больше половины продолжают ломиться. Отменять/удалять их не надо, пусть переодически стучатся.

4. В проекте продолжается большой бардак и будет продолжаться еще довольно долго (несколько дней минимум, может и пару недель - т.к. скоро прибудет новый SAN и паралельно с восстановлением еще нужно будет все на новый переносить). Так что рекомендуется пока считать альтернативные/запасные проекты, а не надеяться, что вот буквально сейчас все вдруг восстановится и заработает на полную мощность. Быстро этот бардак не разгребут. Совсем отключаться конечно не нужно - просто подключайте паралельно другие проекты в BOINC, достанется порция свежих жаб из розетты - хорошо, нет значит будет запасной проект считаться.

всё-равно глючит как то не справедливо! у чехов сейчас получается в день больше очков чем у нас, но реальная цифра до глюка была наша раза в полтора больше!

И насчет международного соревнования CASP9 проходившем летом теперь уже прошлого года. Итоги подводили в декабре.
Собственно основные моменты отмеченные др Бакером (полные документы мне сейчас читать некогда).
Соревнование состояло из 2х основных категорий - полностью автоматизированное, выполняемое софтом на кластерах или проектах РВ. На выполнение каждого задания выделялось 18 часов с момента публикации задания.
Соревнование групп людей, где можно использовать что угодно - 3 суток с момента публикации задания.

1. В соревновании групп (людей) между собой по предсказанию моделей победителей сложно выявить, хотя общий уровень (т.е. точность и качесво предсказаний) значительно вырос относительно предыдущих (которые были 2.5 года назад), НО многие команды с лучшими результатами собственно вообще не занимались моделированием/ручной правкой белков, а просто выбирали лучшие варианты из моделей сгенерированных на автоматизированном этапе. Т.е. прибавка человеческих интеллекта, логики, интуиции уже не дает особого преимущества по сравнению с полностью автоматизированными вариантами.

2. R@H по уровню полностью автоматизированного моделирования уверенно заняла 1-е место (в этот раз использовался именно R@H, т.е. счет на копьютерах добровольцев, а не просто моделирование с использованием скриптов розетты на кластере серверов)

3. Неожиданно хорошо себя показали методы предсказания, которые собственно вообще моделированием не занимаются - а именно поиск и комбинация фрагментов по базам данных уже известных белков. В R@H нечто подобное используется, но насколько я понимаю сейчас используется несколько максимально близких/родственных белков предварительно отобранных учеными, чтобы "помочь" алгоритмам моделирования. А тут идеть речь о другом подходе - использовании воообще ВСЕХ известных данных о всех известных на данный момент белках, и автоматизированном поиске совпадающих фрагментов и комбинации белка из кусочков как конструктор. Раньше такие методы сами по себе (без моделирования) не давали хороших результатов, но по мере накопления данных в базах данных, из результаты становяться лучше.
Соотвественно доктора в ближайшем будущем (когда полностью нормализуется работа) планируют тоже начать работать в этом направлении.

perest
они запас большой держали да и фиг с ними... у мя тут рабочий феник глюкнул и привет 46 заданиям...
Потерпим, пощитаем чо-нить... Все равно забадаем чехов!

было бы хорошо подобные посты про научный аспект выносить в отдельную ветку и дать ссылку на нее в шапке этой и в ФАКе тоже

Не совсем понял - есть смысл считать сейчас те задания, что висят в данный момент в очереди или это бесполезно и можно убить эти задания и переключиться на другой проект?

Mad'Max
Респект за информацию. Очень познавательно и даже внушает некий оптимизм, что не зря мы электричество жгём.

ice--9
Имхо убивать не надо, пусть считаются и висят в очереди на отправку. Они есть не просят, а докторам, когда все наладится, виднее будет, что с ними делать.