Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

hvvt Мы все надеемся вы тоже в них поучаствоваете)))

Уважаемые розеттчики, а можно узнать мини статистику по процессорам? Типа P4 - X, C2D - 2,5X, C2Q - 5X и т.д.

http://ru.wikipedia.org/wiki/Windows_Azure
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_ ... rid=410222
Только я один получаю интересные мысли при попытке сложить 2+2? Парк Оптеронов, кстати, внушает

Будет но небольшая. И смотреть надо тут больше на память - розетта очень любит память кушать, а включение HT увеличивает кол-во паралельно выполняемых заданий в 2 раза (а следовательно и удваивает использование памяти). Чтобы не иметь проблем с переодической нехваткой оперативки или свопингом, желательно иметь не менее 500 МБ на поток (не считая памяти для ОС и другого используемого софта), т.е. например для 4х ядерного +HT (8 логических), 4 ГБ памяти будет недостаточно, нужно 6 или лучше 8 Гб + 64бит ОС.

Добавлено спустя 7 минут 8 секунд:
Leonator
Не только. Хотя собственно домысливать ничего и не надо - да, Майкрософт подключила свою сетку в Розетту. "Стресс тесты" под полной нагрузкой проводит, ну а дальше планирует неиспользуемые мощности (не задействованные коммерческими клиентами) пускать на РВ.
Думаю очень хороший ход - и пользу приносят и М$ получает почти бесплатную рекламу и PR для своего проекта.

Добавлено спустя 44 минуты 31 секунду:
Ну и обновление по проекту, а то давно не писал.

Про глюки с заданиями вида Tхххх_ , где хххх - 4 цифры (вылетают почти сразу после запуска) и с ProteinG_abinitio_SAVE_ALL_OUT_design_relax (выполняются нормально, но потом не проходят валидацию) уже давно известно. Проблемы на серверной стороне(так что у себя ничего искать/переставлять не надо). Но разработчики(именно программеры) похоже ушли в длительный запой и пока на это никак не реагируют. В результате народ на оф. форуме обратился напрямую к Девиду Бейкеру, надеюсь он программеров пнет, чтобы они наконец-то обратили внимание на проблему.
Впрочем проблемы не такие уж и серьезные, задания Tхххх_ вылетают практически сразу после запуска, так что потерь вычислительного времени от них почти нет (из неприятностей только доп. трафик для тех у кого он ограничен/платен), ProteinG_abinitio считаются по полной и сбоят на этапе валидации, так что научные результаты скорее всего теряются (если только потом их вручную не вытащат), но кредиты за потраченное процессорное время зачисляются нормально несмотря на эту ошибку (только с задержкой где-то через сутки)

От самого Бейкера обновление - опять сообщает что работы по белку-ингибитору Гемагглютинина(на основе которого по-идее можно разработать и наборы экспресс-диагностики и собственно лекарство для многих разновидностей вируса гриппа) идут "очень хорошо" (впрочем опять без особых подробностей). Из конкретики - по этому белку (от начала разработки/моделирования через практический синтез смоделированного белка и первые результаты испытаний) оформлены в виде научной статьи и приняты к публикации в "Science magazine". Когда она выйдет там можно будет все подробности прочитать.

Ну и последнее обновление как раз по публикациям - после очередного напоминания Девиду, что список научных публикаций на сайте Розетты уже около года не работает, они наконец-то занялись этим вопросом, починили список и внесли туда все последние научные статьи за 2010 и начало 2011 года.
Список тут: http://boinc.bakerlab.org/rah_publications.php
Что удобно это не просто перечень публикаций, а тут же сразу прямые ссылки на полную версию всех документов (в PDF) имеются. Для дружащих с английским и интересующимся подробностями - читать не перечитать.

Новости тестового проекта RALPH@Home

Сейчас в рамках проекта RALPH@Home идёт тест нового приложения minirosetta_beta_3.06_windows_intelx86.exe

Новая minirosetta_database_rev41800.zip весит 64 мегабайта (130 Мб в распакованном виде)!

Правда тестовых заданий пока было очень мало.

В памяти - занимает максимум 580 Мб памяти (и примерно столько же виртуальной).

А вот при нажатии кнопки "Показать графику" - вызывается старое приложение minirosetta_graphics_1.92_windows_intelx86.exe ничего не показывает, и зависает (диспетчером задач без проблем снимается).

Вот такие новости на начало мая 2011 года.

они издеваются что ли? RosettaMini Хотя мне с 12 Гб планками 3*4 пофиг абсолютно. А где же другой модуль, просто Rosetta? Уже неактуален?

Кстати, у меня 2 часа считалось это задание, потом загрузка процессора этим заданием упала до нуля (и так уже час висит).

Нажать приостановить - потом запустить - не помогает. Видимо надо отменять это задание.

Leonator
Да, обычная Розетта (не мини) уже устарела. С полгода назад последний тип заданий(россманы), который переодически на обычной розетте считали перевели тоже на мини.
А с названием ("мини") действительно забавно получилось - по крайней мере памяти "мини" кушает в среднем раза в 2 больше чем старая розетта 5.хх версий.
Впрочем это в первую очередь от типа задания зависит, на одном типе старая и "мини" память кушали сравнимо. Просто в мини добавили еще кучу других алгоритмов и считали более "жирные" задания на ней - поэтому и памяти больше.

Если правильно помню основное различие между старой (Rosetta Beta) и новой (Rosetta Mini) линейкой приложений в том, что бета писалась еще на чем-то допотопном типа Фортрана, а мини на Си.

Добавлено спустя 32 минуты 41 секунду:
И заодно раз уж зашел сюда - обновление по проекту.
1. Очередная научная публикация вышла, на этот раз в "Nature magazine" по исследованию о совместном использовании компьютерного моделирования с неполными кристаллографическими данными для более точного определения структуры белка. (пару месяцев назад я об этот в этой ветке писал).
2. В подпроекте расчетов взаимодействий белок-белок запускаются новые расчетные цели: одни из ключевых белков в вирусах Эбола и Кори. В случае с корью целевой белок (одна из разновидностей гемаглютиина) похож на аналогичный белок из вируса грипа (по которому был получен пока единственный практически значимый результат),поэтому предположительно алгоритм должен на нем хорошо отработать. Посмотрим как будет на практике.

Да они к нему по-моему не особо стремятся, полируют розетту, а кому надо купит коммерческую лицензию на розетту и будет получать практически значимые рез-ты.

вчера впервые стал участником распред вычислений, сегодня решил присоединиться к вашей команде, из проектов у меня запущены только rosetta, aqua и gpugrid

сразу вопрос - я присоединился к команде и создал профиль, этого достаточно??

теперь о бенчмарке, вчера бенчмарк показывал примерно 3200 whetstone и 12100 в dhrystone, комп проработал всю ночь и полдня - сегодня делаю еще раз бенч ради прикола и вижу следующее 4200\9800 !!! КАК ТАК))) вдруг вычислений с плав запятой стало больше а целочисленные упали, теперь так и держатся в районе этих значений, разгон и сброс не помогают вернуть целочисленные вычисления, что-то не так с процом от перенапряга (слышал про деградацию) или это проделки самого бенчмарка??? мне канечно наплевать на циферки, но вдруг это симптомы увядающего проца? (не кидайтесь помидорами если это звучит глупо, волнуюсь просто))))))))

спасибо)

Все с твоим процом нормально!
Разбег в этих значениях нормальное дело. Все зависит от запущенных служб, софта и .т.д... В принципе незабивай себе голову этим. Деградация - нечто иное.

еще вопрос, ни в какую не хочет работать Folding@Home, поэтому юзаю только boinc
что бы я ни делал F@H пишет что ядро обнаружило ошибку и программа будет закрыта, манипуляция с файлами в директории программы тоже не помогла

комп core i5 760 разгон до 3.8Ghz, память 1600 DDR3, видео GTX 560 Ti с заводским разгоном win 7 x64

anton_kireev
Какой именно клиент (-ы) ставил? Какая ошибка? Подозрение, что путь до Рабочей папки неверный...

Salmonella
Ну в общем-то да, главная цель вполне официально и ставится как совершенствование и "шлифовка" ПО.
А все практические результаты это так сказать побочный продукт - надо же на чем-то "тестировать"/проверять эффективность ПО. Почему-бы не на реальных болезнях?
В часности подпроект по вирусу Кори отдали одному из аспирантов лабы (потом видимо на его основе напишет кандидатскую), а основные сотрудники продолжают алгоритмы "полировать".

"Иди лучше тренируйся вон на... на кошках" (C) Понятно, на чём же ещё.

Корь это интересно. ВОЗ сейчас активно пугает эпидемией в Европе - у них туземцы и туристо болвано из Африки, у нас - из Ср. Азии везут, плюс все начитались интернетов (в частности липовая британская статейка про аутизм и Котоки всякие) и не хотят вакцинироваться, так им и надо пусть болеют.

Кстати да, в статье про РСА в соавторстве "светятся" и русские фамилии из разных контор. И в розеттекоммонс тоже они. В Сколково, все в Сколково!

Всем привет! У меня к Вам такой вопрос! Я уже два месяца в проекте Розетта! Обычно на буке у меня 2 задания обрабатываются и еще 4 готово к обработке! А можно как-нить увеличить количество заданий для обработки? Просто началась дачная пора и я с собою бук беру на дачу для музыки и фильмов по вечерам! На тех выходных у меня за 9 часов сосчиталось 6 заданий (1 задание на ядро)! И два дня ничего не обрабатывалось! Вот хочется увеличить количество заданий для обработки, находясь не дома и без инета!Что для этого надо сделать??? Заранее спасибо за ответы!

вкладка дополнительно - настройка клиента - настройка сети - загружать заданий на ... дней, дополнительный буфер.

Да, выше все правильно erema68 написал. Небольшие уточнения:
1е значение это насколько часто клиент будет пытаться выйти в интернет (чтобы сдать/получить задания), 2е просто дополнительный "запас" заданий. (по сути они складываются, хотя и действуют по разному).
На хх дней не значит на хх суток непрерывного счета, клиент будет пытаться прикинуть сколько нужно заданий исходя из того, сколько в среднем он за день работает. Т.е. если раньше он у вас работал скажем по 5 часов в день (в среднем), то поставив в настройках 3 дня, он скачает запас заданий на 3*5=15 часов непрерывного счета. Можно это учитывать если во время отсутствия интернета будет "нетипичное" время работы (существеннно больше или меньше среднего).

Ну что, камрады, обезьяний забег окончен. Вроде планировалось после него провести месячник розетты?

Right
Могу в него отправить домашний Ph X4@3.9. Можешь обрисовать ситуацию по статистике? Какое место, какое по скорости, от кого есть угрозы. Жутко интересно.