Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

Пока я собирался осилить изучение и перевод очередной публикации по Розетте, наткнулся на уже готовый материал по ней на русском.
Поэтому просто приведу ссылку: http://elementy.ru/news?newsid=431629
Всем интересующимся научной частью проекта читать в обязательном порядке!
Очередной успешный шаг. Тьфу х 3 (чтоб не накаркать ) но последнее время розетта начинает радовать практическими успехами все чаще и чаще. Все-таки годы шлифовки алгоритмов не прошли даром и видимо сейчас уже подобрались к уровню, достаточному для начала широкого прикладного применения.
На наших глазах (и при непосредственном участии!) начинается переход из сферы фундаментальной науки к прикладной.

Добавлено спустя 19 минут 41 секунду:
И еще из обновлений в научной части
Кроме двух основных и уже привычных подпроектов (предсказание 3Д структуры белка по аминокислотным последовательностям и моделирования взаимодействия белок-белок) в R@H запускается еще один: моделирование белок-малые молекулы.
Под малыми молекулами подразумеваются обычные вещества (не белки), как органического так и неорганического происхождения.
Первая задача в рамках подпроекта - подобрать такие вещества, которые можно использовать для включения/выключения (регулировать экспрессию) отдельных генов. В рамках этой работы лаба Бейкера будет сотрудничать с другой лабораторией (George Church's lab at Harvard), у которой есть налаженная методика, нужное оборудование и ресурсы для массового синтеза белковых последовательностей "с нуля" (только по сгенерированной компьютером формуле цепочки аминокислот). Так что вместо выборочного синтеза в этот раз будут синтезированы и испытаны на практике (в пробирке) практически все подходящие модели, которые будет генерировать R@H.

А "Акву" прихватили за бочок. Как только стали интересны, приматривались с год.
А я, наверное, слишком советский человек, ибо:

Mad'Max
Спасибо за информацию

Salmonella
А что там с аквой? А то меня хватило только на то чтобы узнать о поставке одной системы для военных

Mad'Max, интересно, а что это за программа Rosetta-3.3, упоминающаяся на сайте по ссылке из статьи(http://www.rosettacommons.org/)? делает то же самое, только не на платформе Boinc?
и да, Salmonella, что там с аквой, и какая именно аква?

perest
Ну собственно это и есть сама основная Розетта - набор тех самых алгоритмов по предсказанию структур белка и моделированию их взаимодействий.
Rosetta@Home только одно из их применений. Human Proteome Folding Project входящий в World Community Grid другое применение Розетты в распределенных вычислениях. А можно и просто лицензию купить (или даже беслпатно получить - для некоммерческого использования) установить на выделенные сервера (BOINC для этого совершенно не нужен) или собственный/арендованный суперкомпьютр и считать свои собственные задачи.
Чем множество научных организаций и фарм. компаний и пользуются.

Mad'Max, понято! большое спасибо за разъяснение, и спасибо за новости и перевод статей!

sco01
К чему это?

Для тех кто с английским не дружит краткое содержание:
Речь идет о том, что Folding@home в одном из своих подпроектов (в частности упоминаются задания 7600 серии) использует результаты (предсказанные структуры белков) из Rosetta@home. Они используются в качестве "стартовой точки" - берется модель созданная в Rosetta@home и дальше для нее используются методы FAH (т.е. молекулярная динамика с точностью до атома) для какого-то "сбора дополнительной информации" и "проверки" результатов получаемых в R@H.

На мой взгляд это бесполезно - R@H сама использует молекулярную динамику с атомарной точностью в качестве самой последней стадии, когда все остальные имеющиеся методы уже не позволяют "улучшить" модель (для окончательной "полировки" и проверки не "развалится" ли слепленная молекула если в предыдущих "грубых" методах были допушены какие-то ошибки и белок свернулся так, что это невозможно физически в природе), так что еще один прогон через молекулярную динамику ничего давать не должен.
Скорее цель этой работы в том, что группа Pande просто решила самостоятельно оценить точность R@H и сравнить с тем, что получается у них.

Mad'Max
интересно было твое мнение на этот счет, т.к. я с Розеттой не знаком вообще, а ты постоянно следишь за ее научной частью..

Спасибо

Какие-то перебои с выдачей заданий, готовимся к переключению на резервные проекты.

кэш рулит

это ж какой кэш должен быть. Перебой с выдачей еще вчера начался, переключился на поем@, вот это понимаю проект, сразу 30 заданий на меня вывалил. Обрадовался что ли?

От "жадности" (последний перебой с заданиями не понравился) ставил большой кэш. А DimBo время счёта одного задания, как оказалось, 6 часов в это же время выставил. Так считались задания около десяти дней. Никакие перебои не страшны.

DayWalker загрузка заданий стоит на 5 дней......все последние катаклизмы прошили мимо.....считает себе и считает......

Кстати никаких сбоев на самом деле нет(вмысле аппратных/програмных), просто доктора мышей не ловят - очередь заданий планомерно уменьшалась последние дни, пока (что логично) не дошла до нуля. Просто забыли во время очередную порцию на сервер-планировщик загрузить.

Это точно. Причем большинство пользователей розетты похоже это правило уже хорошо усвоили, ибо несмотря на то, что задания уже больше суток не выдаются:

356 тысяч жаб заныкано в кэшах запасливых участников.

В R@H при увеличенном буфере у меня тогда под ~150-200 заданий скачалось. Ажно "Не запрашивать задания" с перепугу кликнул.

а я временно подразбавил заданиями из WCG, хотя розеточных немного ещё есть, правило и правда усвоили
я чего заметил, что раньше кэш выставлял на 2 дня, и заданий в очереди стояло штук 20 всегда было, потом, после весенних крутейших глюков, при том же кэше в 2 дня, очередь всегда была в районе 10 заданий, как будто поменялась политика в этом плане у них, а всё последнее время и того меньше, в очереди всего 3-4-5 заданий, окромя считающихся и всё. время счёта постоянно 6 часов.

Smotrel, smotrel, no tak i ne nashel, gde postavit vremya c4eta c 3 4asov na 6 4asov. Podskagite Pogaluysta.

figaro001, заходим в свой профиль, можно через кнопку в Boinc на закладке Проекты(расширеный вид(Advanced View)), выбрав проект, нажать кнопку Ваши настройки. попадаем в профиль. нужен раздел "Настройки", там видим - Выделенные ресурсы и графика, жмём напротив Настройки Rosetta@home, дальше опять жмём Edit Rosetta@home preferences и меняем там параметр Target CPU run time, выставляем нужное время, после чего не забыть нажать кнопу Update Preferences. после чего в Boinc обновить проект розетты, либо обновится само при следующей связи клиента с сервером

Вроде задания появились (раздают) .