Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 05.07.2020)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux, Android)
"Portable" версия BOINC клиента

Новости о борьбе с COVID 19 и о проекте в целом с оф. форума за март 2020 (спасибо Lecc)
Список научных достижений за последние 5 лет от 19.01.2019 (спасибо Lecc за анализ)

Альтернативная статистика:
1) BOINCstats;
2) stats.free-dc;

Соседние темы:
[TSC!] Наши успехи в Rosetta@Home
[R@H] Догонялки
[TSC!] Разбираемся с BOINC
[TSC!] Заготовки для FAQ BOINC
[TSC!] Выбор железа для F@H и R@H

Мы в Telegram - https://t.me/TSCRussia

krasbars, понял, спасибо

Mad'Max, раз пошла правка faq, то надо уточнить объемы:

Объем начальной загрузки файлов розетты на данный момент не менее 50Мб (не считая заданий).

ToEst, да, там примерно такой объём, 40 и + ещё какие то файлы, один или два по 10 мб. но там можно написать что это единовременная загрузка, по крайней мере до следующего обновления счётного приложения. всё остальное время грузятся только задания. у меня результаты в среднем 120-160 кб на отправку, правда однажды было даже 33 мб, я всё ждал выгрузки, посмотреть что это за задание за такое и сколько за него дадут, оказалось коцаное - ноль мне по всей морде на приём по разному, часто от 5 до 8 мб, но бОльшая половина всё-таки меньше 5.

Ну да, там основная(общая) база данных розетты скачивается. Вообще она почти 150 МБ занимает, но в запакованном виде дествительно вроде около 40 приходит.
Обновил.

Добавлено спустя 53 минуты 58 секунд:
Пока было время заодно и блок про начисление кредитов в FAQ дополнил - про то как из запрошенных клиентом Claimed credit получаются фактически начисляемые Granted credit.

Камрады, что-то не могу понять, куда копать...
Новый комп, новая, только что установленная Win7 x64 + драйвера + апдейты.
Поставил boinc x64 6.12.34, перезагружаю комп.
После перезагрузки добавляю проект R@H, boinc успешно скачивает все необходимое и начинает считать.
После этого через windowsupdate накатываю оставшиеся апдейты на ОС и софт, ставлю Office 2010, перезагружаюсь.
И вот после этой перезагрузки boinc перестает коннектиться к localhost.
Пробовал стопить стандартный брандмауер - не помогает. Антивирус пока вообще не ставил.

Снес boinc. Перезагрузил комп. Установил по новой - не помогло.
Снова снес boinc, удалил пользователей *_boinc, удалил папку из ProgramData, проверил реестр (hklm_sw). Все пусто. Перезагрузил комп.
Снова установил boinc, перезагрузил - так он после перезагрузки даже проект не предложил добавить. Просто запустился boincmgr в трее и опять не может соединится с localhost.

P.S. Да, установка производилась в Protected mode.
P.P.S. Неужели дело в kms?

ToEst
там в одном из последних обновлений ВинДефендер ставиться вроде как - может оно?
а брандмауер - вместо стопов попробуй правила просмотреть

sco01, защитник windows отключил.
В настройках брандмауэра все по умолчанию, на всякий случай указал выкл. для домашней сети.
Также отключил протокол ipv6 в настройка адаптера, вдруг boinc не понимает адрес локалхоста как ::1
Комп перезагрузил.

Не помогло...

В общем странно это все, не в первый раз ведь на x64 ставлю...

Так а основной клиент нормально запускается? Может он просто по какой-то причине вообще не работает, а не из-за того что что-то в сетевой части не дает к нему подключиться.

Вот тут для наглядности схемка: http://boinc.berkeley.edu/wiki/How_BOINC_works
Раздел How the software works

Для начала убедиться, что главная часть, т.е. сore client (в винде за него отвечает boinc.exe ) запускается и нормально работает, открывает (слушает) порт.
Если с этим ОК, тогда смотреть что не так в GUI оболочке (boincmgr.exe в случае винды), например в меню зайти в Advanced --> Select Computer и еще раз выбрать там из списка именно localhost.
Попробвать вместо localhost конкретно ip (т.е. 127.0.0.1).
Проверить соотвествует пароль в GUI облочке указанному в gui_rpc_auth.cfg (по идее все автоматом прописывается и совпадает, но глюк на то и глюк, что что-то идет не так).

Добавлено спустя 3 минуты 58 секунд:
Посмотреть что в логах пишется. При неработающем GUI стандартным способом его не посмотреть, но можно нарямую в файл заглянуть: stdoutdae.txt

Mad'Max, boinc.exe как служба работает, но процессор не загружен! Причем при попытке перезапустить службу выдается ошибка, что служба не отвечает.

Вот что обнаружил: удаляю драйвер видюхи (HD6750, Catalyst 11.9, брал с amd.ru) - boincmgr начинает нормально соединятся с ядром boinc.exe, как только снова накатываю каталист - все, локалхост снова недоступен.
У них что, порты совпадают?

Отвоевал я работоспособность boinc'а.
Проблема в последних драйверах AMD Catalyst 11.9, причем я сначала думал на Catalyst Control Center - поставил только драйвера 11.9 - все равно после перезагрузки boincmgr не видит localhost
Нашел версию Catalyst 11.5 - поставил - и все ОК!
В общем неизвестно, что там в 11.9, может какой-то из 3D профилей по хешу совпадает с кодом boinc - не ясно.

Вот оно как оказалось
Связано думаю с тем, что боинк клиет (ядро) при запуске среди прочего проверяет какие GPU в системе установлены и их возможности (память, версию шейдеров/CUDA/OPEN CL, пиковую производительность).
Видимо в последнем каталисте ATI чего-то такого накосячили (это они умеют, хреновые драйвера слабое место ATI еще с давних времен), что на запрос отвечают так криво, что боинк-клиенту крышу сносит. Ну или наоборот - вообще не отвечает, а боинк ждет ответа до бесконечности.

товарищи, я не пойму что за ерунда какая то у меня, когда было выставлено время счёта на 2 часа, всё считалось хорошо(можно глянуть например здесь), как только для профиля компа выставил время счёта default(3ч), так начались сыпаться с Validate error чуть ли ни через одно, или вообще подряд, как можно видеть тут и дальше плюс/минус одна страница. процессор виноват или система можт? версия боинк 6.10.58

perest Возможно, переразгон. Можно попробовать сбросить и посмотреть, будут ли ошибки.
Кроме того, недавно обновилась версия приложения:

Возможно, в этом проблема.

krasbars, в том и странность, что всё без разгона, и те задания считаются ещё на 3.14-ой версии. на 3.17 задания уже скачались, но пока висят ждут своей очереди.
пока попробовал увеличить время счёта на 4 часа, глянуть что будет. что то всё очень странно

perest, у меня на предыдущей версии BOINC (которая перед 6.13.34) пару дней назад такая-же проблема была на профильном компе, причем именно с разгоном игрался . Сбавил чуть обороты, обновил клиента, рестартнул проект - и все ок.

и так на штатной частоте фенома сижу - 3.4 если даунклочить, для чегож я его покупал то тогда

Можно не даунклочить, а поднять напряжение на проце на одну ступеньку в BIOS. У меня было подобное ещё во времена 939-го сокета (Х2 4600+).

krasbars, спасибо, понято! действительно, кажется что в этом причина. но полазил щас по этому идиотскому АМИ биосу, и кажется там разгона нет, только показывают текущие значения. плата какая то Green от асуса. всё, знач кина у меня не будет?

perest, может в boinc в настройках клиента указать использование не более 90-95% процессорного времени?
А температура на ядрах какая?

Я снова с вами в данном проекте
Вот такого зверька попросил поработать

Давно не писал обновлений/переводов по научной части, вот чего интересного за последние 2 месяца было по Rosetta@Home.

1. Не совсем по Rosetta@Home, но по их "дочернему" проекту онлайн "игры" по сворачиванию белков FoldIt

Мелкие достижения там были и раньше(типа успешного определения структур уже известных белков или небольшого уточнения/полировки моделей созданных автоматизированными алгоритмами типа R@H, так же была победа по нескольким моделям при CASP9 соревновании), а сейчас благодаря "коллективному разуму" игрокам удалось определить 3D структуру белка, которую в более 10 лет не удавалось определить ученым.
Оригинал полной статьи тут: http://depts.washington.edu/bakerpg/drupal/node/414
Краткое изложение тут: http://the-scientist.com/2011/09/18/pub ... structure/
Команда(в FoldIt тоже командное участие/соревнования) нашедшая правильную структуру: The Contenders
Результаты были оформлены как научная статья и опубликованы в журнале "Nature Structural and Molecular Biology" 18 сентября 2011.
Белок, структуру которого искали - "retroviral protease" из вируса родственного ВИЧ/СПИД(только у обезьян, а не человека), были неоднократные попытки определить его структуру - как кристаллографией, так и различными методиками моделирования. Все заканчивались неудачно.
После очередной неудачи один из ученых (Mariusz Jaskolski из Mickiewicz University Польши) отправил этот белок Дэвиду Бейкеру вместе с которым оформили ее как очередной "пазл" для игры FoldIt. В результате игроками была найдена правильная структура.

Немного цифр:
- поиск продолжался 3 недели
- в работе над этим белком принимало участие 600 человек ("игроков") из 41 команды
- сгенерировано 1.25 миллиона моделей (на самом деле это не такая уж гигантская цифра - в FoldIt после каждого небольшого внесенного изменения в структуру белка промежуточный результат на всякий случай отправляется на сервер, т.е. можно считать проведено 1.25 млн. "манипуляций", хотя тоже прилично - в среднем по 2 тыс на человека).
- из них учеными было отобрано 5000 наиболее "перспективных", которые тестировали сравнивая с результатами рентгеновской кристаллографии (там тот случай о котором я раньше писал: когда по кристаллографии невозможно определить исходную структуру/модель исследуемой молекулы, но при данной известной модели можно проверить соответствует ли она экспериментальным наблюдениям)
Победила в итоге модель созданная командой The Contenders, давшая почти идеальное совпадение с данными кристаллографии.

Сейчас обсуждается возможность, а не дать ли игрокам FoldIt доступ к данным и соответствующий инструментарий для сравнения моделей которые они создают с экспериментальными данными по этому белку (если они есть конечно), чтобы игроки могли самостоятельно сравнивать модели с экспериментальными данными и лучше понимать в правильном ли направлении они двигаются и что возможно нужно изменить в модели для большего соответствия (формула минимальной энергии, которая сейчас используется, не всегда хороша - часто она заводит модель в "ловушки локальных минимумов"). По сути это уже практически не будет отличаться от того, чем занимаются настоящие ученые занимающиеся кристаллографией, только в форме онлайн "игры" и командного соревнования.

Продолжение по другим обновлениям после перерыва...

Добавлено спустя 2 часа 2 минуты 34 секунды:
2. При помощи Rosetta@Home был сделан шаг в сторону создания вакцины против ВИЧ/СПИД.

Научная публикация его описывающая вышла в журнале "Science" в октябре (в онлайн доступе ее пока нет, так что пока без особых подробностей).
Вакцины для большинства известных вирусов создаются примерно по одной схеме: берутся образцы вируса, инактививируются ("убиваются" если упростить) и вводятся человеку, поскольку вирус неактивен, вреда нанести он не может, а вот зато иммунная система его "изучает", адаптируется, начинает синтез подходящих антител для его нейтрализации. И когда в организм попадает настоящий активный вирус - иммунная систему уже знает как с ним бороться.
Аналогично вместо целых вирусов вводят отдельные белки, входящие в состав вируса (специально отдельно синтезированные или просто "раздробленные" на части образцы вируса), далее все аналогично.
А с ВИЧ такие методы не работают - это одна из причин, почему до сих пор не разработано эффективной вакцины, несмотря на активную и длительную работу в этом направлении.
Подход который сейчас используют в Rosetta@Home состоит в том, чтобы взять часть белка (выбран gp120: http://en.wikipedia.org/wiki/Gp120) которая отвечает за формирование одного из ключевых регионов на поверхности вируса ВИЧ (и блокирование которого предположительно должно нейтрализовать вирус), и "пересадить" его на простой "белок-плашку" (буквально пересаживать на самом деле никто конечно не будет, речь о разработке с помощью R@H нового белка, одна из частей которого будет в точности повторять нужный участок ВИЧ). Цель в том, чтобы облегчить иммунной системе обучение/синтез антител к нужному ключевому региону вируса, а так же в простоте производства такого белка-вакцины (в качестве "плашки" выбираются простые, безвредные для человека белки, и легкие с точки зрения их искуственного синтеза)

Добавлено спустя 3 часа 7 минут 53 секунды:
3. Ну и последнее (на сегодня).
В октябре Доктору Бейкеру(кто забыл - глава лаборатории создавшей R@H) было присвоено звание Изобретатель(исследователь) года: Inventor of the Year Award 2011
Награда присуждается за наиболее значительный вклад в области медицины и здоровья.
Немного подробнее о самом звании, а так же список тех, кто получал его в предыдущие годы по ссылке: http://uwmedicine.washington.edu/Resear ... Award.aspx